Bên cạnh các nguyên nhân không thuộc về các chủ thể quản lý như trên chúng tôi nhận thấy có không ít nguyên nhân tồn tại từ bên trong, những nguyên nhân ấy xuất phát từ chủ thể hay nói cụ thể hơn ở đây là cách thức quản lý của chủ thể quản lý HĐHT, các nguyên nhân chủ quan này có tác động không nhỏ đến công tác quản lý, thậm chí có tác động lớn như nguyên nhân “Mục tiêu, nhiệm vụ học tập chưa được cụ thể hóa trong từng bài học, chưa sát với yêu cầu thực tiễn” với giá trị trung bình của 3 nhóm đối tượng đánh giá là 3.10 (CBQL), 3.17 (GV), 2.79 (HS).
Nguyên nhân được cho là có tác động lớn tiếp theo là “Công tác quản lý kỷ cương, nề nếp chính quy trong học tập còn lỏng lẻo” với ĐTB là 3.23 (CBQL), 2.91 (GV), 2.63 (HS). Ngoài ra các nguyên nhân như: Công tác tổ chức các hình thức HT chưa thu hút được HS; HS ít được trao đổi, tọa đàm về phương pháp học tập;
GV chưa sâu sát trong việc tổ chức HĐHT cho HS; Thiếu cơ sở vật chất, trang thiết bị… phục vụ cho giảng dạy và học tập; Công tác kiểm tra, đánh giá kết quả HT chưa khách quan, đề thi không bao quát được toàn bộ chương trình, không phân loại được HS, chưa có ngân hàng câu hỏi là những nguyên nhân được đa số CBQL, GV và HS lựa chọn.
Ngoài các nguyên nhân nêu trên, các nguyên nhân còn lại như: Chương trình đào tạo còn nặng về lý thuyết, ít thực hành; Thời gian học tập ít và bị cắt xén bởi các hoạt động khác; HS thiếu giáo trình, tài liệu tham khảo, đều được CBQL, GV và HS lựa chọn với mức độ tác động nhiều (ĐTB > 2.5).
Các nguyên nhân trên đều tác động nhiều đến công tác quản lý hoạt động học tập của HS TCCN, điều đó đòi hỏi các cấp quản lý cần xem xét và có biện pháp tác động phù hợp để điều chỉnh lại công tác quản lý của mình nhằm nâng cao chất lượng học tập của HS đồng thời giúp công tác quản lý của nhà trường đạt hiệu quả.