Bên cạnh những kết quả đạt được như đã nêu ở trên, tình hình giải ngân của dự án vẫn còn tồn tại nhiều mặt hạn chế, khó khăn như sau:
Thứ nhất, dễ nhận thấy là tiến độ giải ngân của dự án bị chậm so với kế hoạch. Sau 4 năm thực hiện thid dự án mới đạt tỷ lệ giải ngân là 82,19%. Do vậy để giải ngân toàn bộ vốn từ khi khởi công dự án đến khi kết thúc hoàn toàn vào năm 2016 đòi hỏi phải có sự cố gắng, nỗ lực của tất cả các bên liên quan.
Thứ hai, về xác định ưu tiên sử dụng viện trợ: Khi thực hiện, một phần do chúng ta còn thiếu kinh nghiệm, phần khác do tình trạng thiếu vốn trầm trọng xảy ra ở tất cả các tiểu dự án của dự án lớn, chưa xác định được những mục tiêu chính yếu quan trọng, phù hợp với tình hình hiện tại nhất, qua đó việc phân bổ còn phân tán, chưa thực sự tập trung vào những lĩnh vực, những vùng cần ưu tiên. Mặt khác, mặc dù đã có những tiêu chí ưu tiên rõ ràng và quy trình đánh giá dự án cụ thể nhưng trong quá trình triển khai thực hiện, công tác thẩm định đánh giá của các cấp nhiều khi còn mang tính cảm tính, chất lượng thấp. Điều này còn dẫn đến tình trạng viện trợ không được sử dụng triệt để đúng mục đích và phát triển theo hướng bền vững.
Thứ ba, cán bộ quản lý các dự án chuyên môn chưa cao, việc tiếp cận nguồn vốn ODA là khó khăn và không đạt yêu cầu của các phía nhà tài trợ là Ngân hàng phát triển Châu Á.
Thứ tư, khó khăn về quy trình, thủ tục giải ngân vốn của dự án. Do việc giải ngân và thực hiện dự án yêu cầu quá nhiều thủ tục, nhiều cấp phê duyệt, liên quan đến nhiều Sở, ban ngành khác nhau, dự án thực hiện trên phạm vi rộng, liên quan đến nhiều cơ quan, nhiều địa phương. Để xây dựng một công trình trước hết cần phải có được quyết định phê duyệt và giải ngân cho giai đoạn chuẩn bị dự án; sau đó giải ngân cho dự án chỉ được thực hiện khi được phê duyệt qua kiểm soát chi của Ngân hàng, kiểm soát của Ủy ban nhân dân tỉnh. Hơn nữa đối với mỗi tiểu dự án thực hiện tại các địa phương khác nhau nên sẽ phải có các phương án thực hiện khác nhau, phải mất thời gian làm các thủ tục về địa chính, nghiên cứu khả thi, giải phóng mặt bằng… Vì vậy, dẫn đến việc giải ngân của dự án bị chậm so với kế hoạch.
Thứ năm, công tác lập kế hoạch, phê duyệt thiết kế chi tiết, tổng dự toán còn hạn chế, mất nhiều thời gian và còn chưa sát với thực tế. Do vậy, chi phí của dự án có chênh lệch khá nhiều so với kế hoạch. Điều này làm ảnh hưởng không nhỏ đến kế hoạch giải ngân của dự án.
Thứ sáu, những hạn chế về năng lực của các nhà thầu và địa phương cũng là nguyên nhân ảnh hưởng đến hiệu quả trong công tác quản lý và khai thác của dự án từ đó làm ảnh hưởng đến quá trình giải ngân. Mặt khác, phần lớn các nhà thầu thực hiện dự án đều là nhà thầu nhỏ, khả năng vốn có hạn, không có tiền mua vật liệu thi công nên liên tiếp có hiện tượng giãn tiến độ thi công làm ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện chung và tiến độ giải ngân của dự án. Bên cạnh đó, công tác hoàn thành hồ sơ hoàn công, hồ sơ thanh toán của nhà thầu còn yếu kém nên mất nhiều thời gian trong khâu lập hồ sơ, do đó ảnh hưởng đến tiến trình giải ngân của dự án.
Thứ bảy, khó khăn trong công tác giải phóng mặt bằng, tái định cư. Nhiều hộ dân thuộc diện di dời, thu hồi đất không chấp hành gây khó khăn cho công tác giải phóng mặt bằng nên thời gian giải phóng mặt bằng bị kéo dài làm ảnh hưởng đến tiến độ thi công của dự án. Việc lập phương án bồi thường còn yếu kém; thời gian chờ phê duyệt phương án bồi thường dài do cần có sự xem xét, kiểm tra của Ủy ban nhân dân tỉnh, BQLDA; công tác bố trí địa điểm tái định cư còn vấp phải sự phản đối của người dân do địa điểm được lựa chọn khó khăn về việc cung cấp điện nước lại quá xa đường giao thông chính. Những điều này làm kéo dài công tác giải phóng mặt bằng dẫn đến ảnh hưởng đến tiến độ dự án.
Thứ tám, các quy trình thủ tục về môi trường của dự án còn phức tạp lại liên quan đến nhiều ban ngành trong tỉnh nên cần phải có sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan liên quan. Vì lẽ đó nên các báo cáo về môi trường mất nhiều thời gian để hoàn thành và phê duyệt do đó ảnh hưởng không nhỏ đến tiến độ thi công của dự án.
Bên cạnh đó, dự án còn gặp một số vấn đề khác như trụ sở làm việc còn chật chội, việc di chuyển các công trình công cộng như đường điện, đường nước, kênh mương, thủy lợi còn khó khăn… Nếu những vấn đề này không được giải quyết kịp thời cũng là nhân tố trở ngại lớn đến tiến độ giải ngân của dự án.