Đây là lần di chuyển trên một chặng đờng dài nhất, khó khăn nhất, nguy hiểm nhất lại di chuyển từ tỉnh nọ sang tỉnh kia. Trong Đảng ủy đã tranh luận kĩ càng, thẳng thắn với một tinh thần trách nhiệm cao, đã nhiều lần xin chỉ thị của tỉnh ủy Nghệ An và của Bộ Giáo dục, cuối cùng Đảng ủy đã hoàn toàn nhất trí với quyết định của tỉnh ủy, đã vạch ra kế hoạch lãnh đạo t tởng và kế hoạch tổ chức, thực hiện di chuyển cụ thể và chu đáo.
1.2.4.1. Hà Trung (cuối năm 1965 đến giữa năm 1966)
Để đảm bảo bí mật, từ tháng 11/1965 Trờng lấy tên giao dịch là: Trờng văn hóa 12-9. Các đơn vị đợc gọi theo kí hiệu: K1 (Hiệu bộ ), K2 (khoa Văn), K3 (Khoa Toán), K4 (Khoa Lý).
Đến cuối tháng 11/1965 theo quyết định của Bộ giáo dục, khoa Hóa-Sinh đợc chia thành hai khoa: khoa Hóa học và khoa Sinh học. Đồng chí Đặng Trần Phách đợc bổ nhiệm làm chủ nhiệm khoa Hóa, đồng chí Lơng Ngọc Toản đợc bổ nhiệm làm chủ nhiệm khoa Sinh.
Ngay từ khi thành lập, khoa Hóa mang ký hiệu K5, khoa Sinh mang ký hiệu K6.
Địa phận Trờng đóng nằm trên 4 xã: ở Hà Vân là K1, K5 và K6, Hà Thanh K2, Hà Châu K3 và Hà Lan K4.[19,20]
Các xã Trờng đóng là vùng chiêm trũng, vào mùa ma, nớc sông bởi tràn về gây lũ lụt nặng, sự đi lại cũng nh cung cấp lơng thực, thực phẩm rất khó khăn. Đây còn là vùng gần biển, nằm trong tầm pháo địch. Do vậy vào tháng 6/1966 Trờng xin ý kiến của ban sơ tán TƯ và tỉnh ủy Thanh Hóa chuyển lên Thạch Thành.
1.2.4.2. Thạch Thành (từ tháng 6/1966 đến tháng 9/1966)
Thạch Thành là một huyện miền núi của tỉnh Thanh Hóa, giáp huyện Vĩnh Lộc, phía đông giáp huyện Hà Trung, phía Tây giáp huyện Cẩm Thủy. Nơi đây có nhiều thuận lợi để Trờng có thể ở lại lâu dài. Có thể nói Thạch Thành là “một huyện thung lũng” vì cả huyện đều có địa hình xen kẽ giữa núi đồi cao thấp và thung lũng lớn nhỏ. Địa hình Thạch Thành có đặc trng là hình lòng máng lớn dốc và xen kẽ các thung lũng hẹp.
Về việc đảm bảo an toàn cho huyện thì đứng trớc âm mu thủ đoạn của đế quốc Mỹ thì mỗi xã đều có một đại đội dân quân, một trung đội mạnh trực chiến. Các đơn vị mạnh ở vị trí quan trọng đợc tổ chức và chỉ huy chặt chẽ. Thế trận chiến tranh nhân dân đợc hình thành kịp thời đánh trả máy bay địch.
Với vị trí địa lý và địa hình vùng núi hiểm trở cùng với công tác chuẩn bị chiến đấu, sẵn sàng đánh trả sự phá hoại của đế quốc Mỹ trong mọi tình huống. Thạch Thành vừa là hậu phơng, vừa là tiền tuyến của hậu phơng lớn Thanh-Nghệ Tĩnh, trở thành điểm tập kết và trú quân của các s đoàn chủ lực, dân quân hỏa tuyến, cũng là địa điểm thích hợp để sơ tán một Trờng Đại học với số lợng cán bộ và sinh viên đông.
Di chuyển lên Thạch Thành, Trờng triển khai trên địa phận các xã: ở Thạch Bình: K1 và K3; Thạch Sơn: K4; Thạch Tân: K5; Thành Trực: K6. Riêng K2 lúc đầu đợc bố trí ở xã Vĩnh Khang (Vĩnh Lộc). Xã Vĩnh Khang có bến phà Công là nơi thờng bị máy bay địch phá nên chỉ ở đợc 3 tháng, Trờng đã phải quyết định chuyển K2 lên Thành Mỹ, một xã vùng sâu của huyện Thạch Thành.
Tháng 10/1966 Bộ giáo dục cho phép Trờng thành lập khối phổ thông chuyên toán. Đồng chí Nguyễn Văn Bàng phó chủ nhiệm khoa Toán đợc bổ nhiệm kiêm khối trởng. Khối chính thức tuyển sinh và khai giảng khóa học đầu tiên vào năm học 1966-1967 với 35 học sinh.
Tháng 11/1966 Phòng Quản trị - Hành chính đợc chia thành hai phòng: Phòng Hành chính - Tài vụ và phòng Quản trị. Đồng chí Phạm Văn Thế đợc bổ nhiệm làm Trởng phòng Hành chính-Tài vụ, đồng chí Tôn Thất Thanh đợc bổ nhiệm làm trởng phòng Quản trị.
Cuối tháng 11/1966 do số lợng cán bộ các cấp và sinh viên tăng nhanh, địa bàn Trờng đóng lại gần rừng, xa các trung tâm y tế, nên bộ giáo dục cho
phép Trờng đợc thành lập trạm xá. Bác sỹ Lơng Hữu Tranh đợc Hiệu trởng bổ nhiệm làm trạm trởng.
Cuối năm học 1966-1967 theo quyết định của bộ giáo dục, Trờng tiếp nhận Trờng Trung học s phạm 10 + 2 Thanh Hóa và chuyển thành khoa đào tạo giáo viên cấp 2 gồm 4 ngành học: Văn - Sử, Toán - Lý, Sinh - Hóa, Sinh - Địa. Đồng chí Nguyễn Lê Thiệu, hiệu trởng Trờng trung học s phạm 10 + 2 Thanh Hóa đợc bổ nhiệm làm Chủ nhiệm khoa. Khoa đào tạo giáo viên cấp 2 mang ký hiệu K7.[19,20-21]
Trờng đóng ở Thạch Thành hơn 3 năm. Địa bàn Trờng đóng là vùng rừng núi, tơng đối an toàn trong việc phòng tránh máy bay Mỹ. Tuy gian khổ, thiếu thốn nhng đây là thời gian Trờng có điều kiện đồn công sức cho giảng dạy và học tập. Sống chan hòa với đồng bào, đa số là các dân tộc ít ngời. Cán bộ và sinh viên của Trờng đã kiêm luôn công việc lên rừng chặt mía, đẵn gỗ và làm các công việc nh: Thợ mộc, dựng lán làm nhà, dân công, gánh gạo, thồ thực phẩm. Các phòng học, nhà ăn tập thể đợc xây dựng khá kiên cố, có hào giao thông bao quanh. Ngoài giờ học, các sinh hoạt văn nghệ, thể dục thể thao theo từng khoa hoặc liên hoan diễn ra sôi nổi, hào hứng.
Ba năm ở Thạch Thành, số lợng học sinh sinh viên và cán bộ vẫn không ngừng tăng, các lớp học, phòng thí nghiệm, th viện, nhà ở của cán bộ và sinh viên nối nhau mọc lên trong rừng xanh.
Thất bại nặng nề trên cả 2 miền Nam - Bắc, đế quốc Mỹ buộc phải đàm phán với ta ở Pari. Mỹ tạm thời ngừng bắn phá miền Bắc từ vĩ tuyến 19 trở ra. Trớc tình hình đó, để có điều kiện học tập giảng dạy và học tập, Đảng ủy và Ban Giám hiệu đề nghị cho Trờng đợc chuyển về xuôi. Đề nghị này đợc Bộ giáo dục và tỉnh ủy Thanh Hóa chấp nhận.