Việc ban hành một số cơ chế, chắnh sách trong lĩnh vực ngân sách xã chưa kịp thời, ựầy ựủ, ựồng bộ và phù hợp với nền kinh tế thị trường. Luật NSNN mặc dù ựã góp phần nâng cao hiệu quả quản lý ngân sách xã song vẫn còn có những bất cập chưa phù hợp, ảnh hưởng ựến hiệu quả hoạt ựộng NSNN nói chung và quản lý chi ngân sách xã của hệ thống KBNN nói riêng. Tắnh lồng ghép của hệ thống NSNN ựã làm phức tạp hoá các quy trình chi ngân sách xã; chưa có cơ chế thực hiện khuôn khổ tài khoá trung hạn và lập, bố trắ dự toán ngân sách theo chương trình, nhiệm vụ, dự án, quản lý ngân sách xã theo kết quả ựầu ra; cơ chế quản lý, hạch toán kế toán chưa phản ánh ựúng bản chất và không phù hợp với thông lệ quốc tế...
Chức năng nhiệm vụ của cơ quan KBNN về vấn ựề quản lý chi chưa ựược rõ ràng, chưa có ựầy ựủ cơ sở pháp lý cần thiết ựể KBNN thực hiện chức năng quản lý ngân quỹ theo mục tiêu hiệu quả. Công tác quản lý ngân quỹ tuy có mối quan hệ mật thiết với quản lý ngân sách song nó lại ựộc lập tương ựối với công tác quản lý ngân sách (do phạm vi, bản chất, cơ quan quản lý, công cụ quản lý ngân quỹ khác với NSNN); vì vậy Luật NSNN chưa mang lại khung pháp lý ựầy ựủ cho công tác quản lý ngân quỹ. Mặt khác, ựể quản lý ngân quỹ hiệu quả cần có văn bản pháp lý cao ở cấp ựộ Luật nhằm quy ựịnh rõ nhiệm vụ, quyền hạn trách nhiệm của Bộ Tài chắnh và Ngân hàng Nhà nước và các ựơn vị có liên quan trong việc quản quản lý ngân quỹ.