Với tôn chỉ hoạt động vì lợi ích của các thành viên và định hướng phát triển là: tăng trưởng và bền vững. Mục tiêu chủ yếu của Quỹ hỗ trợ phụ nữ nghèo trong giai đoạn 2016 -2020 là:
- Tiếp tục góp phần thực hiện mục tiêu Chương trình quốc gia về xoá đói giảm nghèo và việc làm, thực hiện công bằng xã hội, cải thiện đời sống, nâng cao địa vị kinh tế cho phụ nữ và thúc đẩy bình đẳng giới; góp phần củng cố, phát triển tổ chức Hội.
- Tiếp tục cho vay các thành viên thuộc hộ nghèo, cận nghèo, thu nhập thấp; phụ nữ yếu thế: phụ nữ khuyết tật, phụ nữ chịu ảnh hưởng của HIV, phụ nữ hoàn lương tái hòa nhập cộng đồng... phụ nữ nông thôn mất việc làm do chuyển đổi mục đích sử dụng đất, do doanh nghiệp bị phá sản…
- Địa điểm cho vay: tập trung vào các địa bàn khó khăn tại 14 chi nhánh: Bình Thuận; Bình Phước, Cần Thơ, Điện Biên, Đắk Lắk, Lâm Đồng, Lạng Sơn, Ninh Thuận, Quảng Ninh, Quảng Ngãi, Quảng Trị, Tây Ninh, Sơn La, Vĩnh Long.
- Không ngừng cải tiến và nâng cao chất lượng sản phẩm, tăng cường huy động phát triển nguồn vốn, nâng cao chất lượng các khoản cho vay, tăng cường kiểm soát việc sử dụng vốn và những hỗ trợ như cách làm ăn, khoa học kỹ thuật cho thành viên sau khi vay, đặc biệt là nâng cao nghiệp vụ cho các tổ/nhóm trưởng và nâng cao năng lực quản trị, điều hành của cấp quản lý.
Thiếu vốn đầu tư sẽ ảnh hưởng đến kết quả sản xuất, đến sự thoát nghèo bền vững của phụ nữ nghèo cũng như hiệu quả của các chương trình cho vay. Vì vậy cần phải đảm bảo đủ vốn cho các hội viên phụ nữ nghèo cần vay vốn sản xuất: cần thực hiện rộng rãi “xã hội hoá” nguồn vốn cho vay bằng sự phối hợp giữa Quỹ hỗ trợ phụ nữ nghèo với các tổ chức hội, với chính quyền cơ sở, nhằm đảm bảo cung cấp đủ vốn sản xuất cho các hội viên phụ nữ nghèo; Trong công tác cho vay cần chú ý hoạt động thẩm định, giám sát mục đích sử dụng vốn vay nhằm cung cấp đủ vốn và kịp thời hỗ trợ vốn cho phụ nữ nghèo; đối với các thành viên sau khi thoát nghèo cần kéo dài thời gian hưởng các chính sách hỗ trợ thêm khoảng thời gian 1- 2 năm nữa nhằm giúp họ có thể thoát nghèo bền vững.
- Giữ vững và nâng cao chất lượng tín dụng, giảm tình trạng nợ quá hạn, nợ xấu xuống mức thấp nhất có thể được;
- Tiếp tục tuyển dụng và đào tạo đội ngũ cán bộ nhân viên đủ tiêu chuẩn nhằm đáp ứng được yêu cầu công việc;
- Đảm bảo kết hợp hài hoà giữa mục tiêu tăng trưởng lợi ích về kinh tế và xã hội góp phần vào công cuộc xóa đói giảm nghèo của đất nước.