Việc xác lập quyền đối với nhãn hiệu được thực hiện theo nguyên tắc đăng ký với cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo trình tự, thủ tục do pháp luật quy định cụ thể. Theo Điều 6 Nghị định 103/2006/NĐ-CP quy định chi tiết hướng dẫn thi hành một số điều luật SHTT về SHCN thì quyền sở hữu đối với nhãn hiệu "được xác định trên cơ sở quyết định của cơ quan quản lý nhà nước về SHCN cấp văn bằng bảo hộ cho người nộp đơn đăng ký", và quyền sở hữu đối với nhãn hiệu đăng ký quốc tế theo Thỏa ước Madrid và Nghị định thư Madrid được xác lập trên cơ sở công nhận của cơ quan quản lý nhà nước đối với đăng ký quốc tế đó. Còn đối với nhãn hiệu nổi tiếng thì "được xác lập trên cơ sở thực tiễn sử dụng rộng rãi nhãn hiệu đó theo quy định tại Điều 75 Luật SHTT mà không cần thủ tục đăng ký". Theo quy định của pháp luật Việt Nam hiện hành, quyền nộp đơn đăng ký nhãn hiệu thuộc về các cá nhân, pháp nhân có hoạt động sản xuất, kinh doanh hợp pháp. Các chủ thể này có thể chỉ thực hiện việc sản xuất sản phẩm hoặc chỉ thực hiện kinh doanh dịch vụ hoặc có cả hai chức năng. Pháp luật cũng cho phép một cơ sở thương mại nộp đơn đăng ký nhãn hiệu cho hàng hóa do mình đưa ra thị trường nhưng do người khác sản xuất với điều kiện người sản xuất không sử dụng và không phản đối việc đăng ký đó.
Về việc nguyên tắc xác lập quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý, trước khi có Luật SHTT 2005, pháp luật Việt Nam có sự phân biệt về phương thức bảo hộ và nguyên tắc xác lập quyền giữa chỉ dẫn địa lý và tên gọi xuất xứ: Quyền SHCN đối với chỉ dẫn địa lý được xác lập theo nguyên tắc tự động theo Nghị định 54/2000/NĐ-CP; quyền SHCN đối với tên gọi xuất xứ hàng hóa được xác lập theo nguyên tắc đăng ký với cơ sở pháp lý là Nghị định 63/CP. Việc quy định hai nguyên tắc bảo hộ khác nhau cho hai đối tượng có nội hàm là tập hợp con của nhau như vậy là không hợp lý. Các quy định của Nghị định 54/2000/NĐ-CP hầu như không được thực thi do không phù hợp với yêu cầu của thực tế; trong khi đó, quy định về trình tự, thủ tục đăng bạ tên gọi xuất xứ hàng hóa theo Nghị định 63/CP và Thông tư 3055/TT-SHCN không rõ ràng, đầy đủ để có thể áp dụng. Hậu quả của bất cập này là cho đến nay, Cục SHTT mới đăng bạ được 4 tên gọi xuất xứ là nước mắm Phú Quốc, chè Shan tuyết Mộc châu, cà phê Buôn Ma Thuột và Bưởi Đoan Hùng; trong khi đó, theo điều tra mới nhất của nhóm điều tra MALICA (Nhóm nghiên cứu phát triển nông nghiệp của các thành phố Châu á - Pháp), Việt Nam có đến 265 loại đặc sản do người tiêu dùng bầu chọn [33].
Luật SHTT đã có thay đổi về nguyên tắc xác lập quyền đối với chỉ dẫn địa lý nhằm khắc phục bất cập nêu trên, theo đó, chỉ dẫn địa lý được bảo hộ theo nguyên tắc đăng ký. Việc quy định đăng ký chỉ dẫn địa lý như là một sự kiện pháp lý làm phát sinh quyền sử dụng đối với tên gọi xuất xứ hàng hóa hoàn toàn đáp ứng các yêu cầu của thực tiễn bảo hộ đối tượng này trên thế giới. Yêu cầu này đã được đưa ra trong Hiệp ước Lisbon, Quy chế 2081/91, 2081/92 của ủy ban Châu Âu và quy định pháp luật của nhiều nước trên thế giới.