Tháng 8/1988, thực hiện nghị quyết đại hội Đảng toàn quốc lần thứ VI về việc triển khai công tác đổi mới nền kinh tế từ chế độ quan liêu bao cấp sang cơ chế thị trường có sự quản lý của nhà nước theo định hướng XHCN, hệ thống ngân hàng đã từng bước phân cấp cụ thể. NHTM được tách khỏi NHNN về mặt chức năng và nhiệm vụ hoạt động. Ngân hàng Công Thương Bình Trị Thiên ra đời trong hoàn cảnh đó. Ngân hàng có trụ sở đặt tại số 2 Lê Quý Đôn thuộc phường Phú Hội thành phố Huế, 02 chi nhánh đặt tại Đông Hà và Đồng Hới. Tất cả các mặt hoạt động kinh doanh đều chịu sự chỉ đạo từ NHNN tỉnh và NHCTVN.
Tháng 7/1989, do sự phân chia ranh giới tỉnh Bình Trị Thiên thành 3 tỉnh: Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên Huế, chi nhánh NHCT tỉnh Bình Trị Thiên chuyển đổi thành chi nhánh NHCT tỉnh Thừa Thiên Huế theo quyết định 217/42 của hội đồng bộ trưởng. Kể từ đó, NHCT tỉnh Thừa Thiên Huế luôn hoạt động độc lập, tự chủ trên cơ sở pháp lệnh ngân hàng.
Là một chi nhánh thuộc NHCTVN, NHCT tỉnh Thừa Thiên Huế luôn tìm mọi biện pháp giải quyết khó khăn, nắm bắt tìm hiểu thị trường trong tỉnh để phát triển hoạt động kinh doanh cả về số lượng và chất lượng nhằmđáp ứng nhu cầu của thị trường. Bên cạnh việc mở rộng dịch vụ như kinh doanh vàng bạc, dịch vụ cầm đồ, ngoại hối…, NHCT tỉnh Thừa Thiên Huế tăng cường phát triển thêm các quầy tiết kiệm trên những địa bàn trọng điểm, mở rộng địa bàn hoạt động ra các huyện. Đến năm 2002, ngân hàng đã mở một chi nhánh cấp 2 tại Phú Bài, một quầy giao dịch ở Thuận An. Năm 2006, chi nhánh cấp 2 tại Phú Bài đã tách riêng thành chi nhánh trực thuộc NHCTVN, các quầy giao dịch đã trở thành
phòng giao dịch, quầy tiết kiệm trở thành các điểm giao dịch ở những nơi trọng điểm trên địa bàn thành phố Huế.
Ngày 15/04/2008, NHCTVN chính thức áp dụng tên thương hiệu mới VietinBank thay thế cho thương hiệu IncomBank trước đây.
Đặc biệt từ ngày 03/07/2009, NHCTVN đã chuyển đổi chính thức hình thức sở hữu thành NHTMCPCTVN và ngày 16/07/2009 đã chính thức niêm yết cổ phiếu trên sở giao dịch chứng khoán thành phố Hồ Chí Minh. Đây là một bước ngoặc tạo nền tảng vững chắc để VietinBank hoạt động an toàn, hiệu quả hơn; nhưng cũng là một thách thức lớn đối với VietinBank Huế trong việc tìm hướng đi đúng đắn.
Với chủ trương mở rộng mạng lưới hoạt động để cung cấp dịch vụ tốt hơn, trong năm 2009 chi nhánh đã khai trương thêm phòng giao dịch Nguyễn Hoàng. Tính đến nay, VietinBank Huế đã có 1 trụ sở chính với 7 phòng, tổ nghiệp vụ và 8 phòng giao dịch trên địa bàn tỉnh Thừa Thiên Huế.
Trong những năm qua, cùng với quá trình đổi mới đất nước và tỉnh nhà, NHTMCPCT VN CN tỉnh Thừa Thiên Huế (VietinBank Huế) đã dần khẳng định vị thế là một NHTM có uy tín và tầm cỡ trên địa bàn tỉnh, góp phần thực thi các chính sách tiền tệ của Nhà Nước nhằm kiềm chế và đẩy lùi lạm phát, ổn định và phát triển kinh tế. Không bằng lòng với những gì hiện có, ngân hàng luôn cố gắng củng cố và nâng cao hơn nữa chất lượng dịch vụ và sản phẩm nhằm phục vụ khách hàng ngày càng tốt hơn, đủ sức cạnh tranh trong điều kiện hội nhập kinh tế quốc tế.