Tùy thuộc vào sự phát triển của thị trường tài chính, sự phát triển của nền kinh tế ở mỗi quốc gia, NHTW sẽ có một cơ chế điều hành lãi suất riêng của mình.
• Cơ chế điều hành trực tiếp lãi suất thị trường
Đây là cơ chế điều hành mà trong đó NHTW sẽ quản lý lãi suất của các tổ chức tín dụng đối với nền kinh tế như: quy định các mức lãi suất cụ thể về tiền gửi và cho vay; khung lãi suất; trần lãi suất cho vay; biên độ dao động đối với lãi suất tiền gửi và cho vay; chênh lệch giữa lãi suất cho vay và lãi suất tiền gửi, …Thực chất là NHTW quy định mức lãi suất cho vay tối đa hoặc tiền gửi tối thiểu của các tổ chức tín dụng đối với nền kinh tế.
Ưu điểm của cơ chế này là NHTW luôn kiểm soát được diễn biến lãi suất TTTT, nhưng nhược điểm là thiếu linh hoạt, không phù hợp với cơ chế thị trường, lãi suất bị bóp méo, không phản ánh đúng cung cầu vốn thị trường, kìm hãm sự phát triển của TTTT. Chính vì vậy hiện nay, ở các nước có nền kinh tế phát triển, lãi suất ngày càng được tự do hóa và xu hướng chung đều là ngày càng giảm dần sự quản lý trực tiếp này.
Đây là cơ chế điều hành mà trong đó các NHTW thông qua việc sử dụng các công cụ CSTT gián tiếp kiểm soát lãi suất TTTT biến động phù hợp với mục tiêu của chính sách lãi suất đã đề ra.
Thông thường NHTW một nước tác động lên lãi suất bằng con đường gián tiếp, có nghĩa thông qua nghiệp vụ thị trường mở, dự trữ bắt buộc để tăng hay giảm lượng tiền trong lưu thông, từ đó làm giảm hay tăng lãi suất thị trường. Hoặc cũng có thể tăng hay giảm lãi suất tái cấp vốn, tái chiết khấu để tác động mạnh mẽ đến lãi suất trên TTTT. Các mức lãi suất tiền gửi và cho vay cụ thể theo từng kì hạn, đối tượng của các tổ chức tín dụng sẽ do các tổ chức này tự ấn định, dựa trên cơ sở cung – cầu về vốn và sự cạnh tranh trên thị trường.