Thách thức nghiêm trọng nhất đối với Việt Nam và bao trùm cả những thách thức nêu trên là Việt Nam hiện có khoảng cách quá lớn về trình độ phát triển so với tất cả các nước thành viên TPP. Bên cạnh đó, Việt Nam còn có những khác biệt lớn với các đối tác trong TPP. Chẳng hạn:
Về kinh tế thị trường: Việt Nam chưa có kinh tế thị trường đúng nghĩa. Kinh tế thị trường ở Việt Nam là "theo định hướng XHCN”, không thật sự tôn trọng các quy luật của thị trường về cung cầu-cạnh tranh-giá cả. Thị trường ở Việt Nam về cơ bản mới có thị trường sản phẩm còn thị trường vốn, lao động, khoa học công nghệ…phát triển chưa đáng kể. Mỹ là đối tác lớn nhất trong TPP hiện cũng vẫn cho rằng Việt Nam là một nền "kinh tế phi thị trường” và áp đặt các hạn chế đối với ngành dệt may, thuỷ sản…của Việt Nam.
Về thể chế và pháp luật: Việt Nam đã có những bước tiến lớn trong công cuộc tự do hoá nền kinh tế và đã trở thành thành viên của WTO. Tuy vậy, Việt Nam vẫn gặp nhiều chỉ trích về các tiêu chuẩn lao động, sở hữu trí tuệ và vấn đề tham nhũng. Riêng về vấn đề quyền sở hữu trí tuệ, Việt Nam tiếp tục nằm trong danh sách các nước bị phía Mỹ theo dõi, một phần do sản phẩm lậu và nhái vẫn được tiêu thụ rộng rãi trên thị trường, bao gồm cả vi
phạm bản quyền online.
Về quan hệ thương mại giữa Việt Nam với các đối tác trong TPP: Đây chủ yếu vẫn là các quan hệ "hàng dọc”, nghĩa là xuất khẩu nguyên liệu thô, sản phẩm gia công; nhập khẩu công nghệ, máy móc…