Việc chọn kiểu mô để làm vật liệu chuyển gen rất quan trọng. Phải chọn loại mô có khả năng tái sinh mạnh để khi thu được một tế bào chuyển gen thì tế bào này có khả năng phân chia nhanh chóng và tạo ra một khối tế bào chuyển gen.
Để tăng hiệu quả chuyển nạp gen và thuận tiện trong bước tái sinh sau này, mẫu trước khi xâm nhiễm với vi khuẩn Agrobacterium có thể được xử lý bằng nhiều cách:
Xử lý thẩm thấu: Việc bổ sung vào môi trường đồng nuôi cấy 200 mM sucrose và 200 mM glucose đã được sử dụng rộng rãi trong quy trình chuyển gen vào cây lúa và bắp (Hiei và ctv, 1994; Zhao và ctv, 2001; Frame và ctv, 2002) (trích dẫn bởi Sunjung Park, 2006).
Xử lý tiền nuôi cấy: Trước khi ủ chung với vi khuẩn A. tumefaciens người ta nuôi cấy mô mục tiêu trên môi trường cảm ứng mô sẹo, chồi một thời gian. Phương pháp này được chứng minh có hiệu quả rất cao trên cây Arabidopsis thaliana (Sanwan và ctv, 1991) và Saintpaulia ionantha (Satoshi và ctv, 2001).
Làm khô mẫu: Trình trạng khô của mẫu trước hoặc ngay khi xâm nhiễm vi khuẩn là một trong những yếu tố quan trọng ảnh hưởng đến khả năng biến nạp. Không rõ nhân tố nào bị tác động bởi việc làm khô mẫu, có thể đó là sự co nguyên sinh chất và tình trạng tổn thương mẫu giống như xử lý thẩm thấu. Mặc dù cơ chế của sự phơi mẫu đến nay chưa rõ, nhưng người ta chứng minh rằng nó có khả năng loại bỏ vi khuẩn tương đương với xử lý AgNO3.
Mức độ gây tổn thương của tế bào chủ: Agrobacterium xâm nhiễm vào tế bào thực vật thông qua một cơ chế chuyển gen gây ra khối u ở thực vật. Gen vir (gen gây độc) được hoạt hóa trong vi khuẩn nhờ chất chuyển hóa của thực vật phóng thích từ các điểm bị thương. Khi mô bị tổn thương, vi khuẩn sẽ dễ dàng xâm nhập và chuyển
DNA vào tế bào thực vật hơn. Nhưng nếu mô bị tổn thương quá nặng thì sau khi chuyển gen khả năng tái sinh của mô rất thấp.