Ngày 31/12/1959, Quốc hội nước Việt Nam Dân chủ cộng hòa đã thông qua bản Hiến pháp 1959 và tổ chức ngành Tòa án được ghi nhận như sau: “Tòa án nhân dân tối cao nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, các tòa án nhân dân địa phương, các tòa án quân sự là những cơ quan xét xử của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Trong trường hợp cần xét xử những vụ án đặc biệt, Quốc hội có thể quyết định thành lập Tòa án đặc biệt”. Như vậy Hiến pháp năm 1959 ghi nhận Tòa án quân sự (Tòa án quân sự trung ương và các tòa án quân sự quân khu, quân binh chủng, sự đoàn trực thuộc Bộ quốc phòng và tương đương) cũng thuộc hệ thống Tòa án nhân dân, nhưng được tổ chức trong quân đội. Hệ thống tòa án nhân dân được tổ chức theo nguyên tắc hai cấp xét xử; các nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Tòa án nhân dân nhân dân thời kỳ 1946-1959 đã được kế thừa và phát triển ở mức cao hơn, cụ thể là: khi xét xử, Tòa án nhân dân có quyền độc lập và chỉ tuân theo pháp luật (Điều 100 Hiến pháp 1959); việc xét xử của Tòa án nhân dân có Hội thẩm nhân dân tham gia… Khi xét xử, Hội thẩm
nhân dân ngang quyền với thẩm phán (Điều 99 Hiến pháp 1959); Tòa án nhân dân xét xử công khai; đảm bảo quyền bào chữa của bị cáo (Điều 101 Hiến pháp 1959); Tòa án xét xử theo nguyên tắc mọi công dân đều có quyền bình đẳng trước pháp luật…
Về thẩm phán: Nguyên tắc bổ nhiệm thẩm phán được thay thế bằng nguyên tắc bầu thẩm phán. Các thẩm phán của Tòa án nhân dân được bầu theo quy định của pháp luật. Theo các Điều 26, 27, 28 Luật tổ chức Tòa án nhân dân năm 1960, thẩm phán Tòa án nhân dân các cấp ở địa phương do Hội đồng nhân dân cùng cấp bầu ra. Nhiệm kỳ của thẩm phán nhân dân cấp tỉnh là bốn năm, nhiệm kỳ của thẩm phán Tòa án nhân dân cấp huyện là ba năm. Chánh án Tòa án nhân dân tối cao do Quốc hội bầu ra và bãi miễn. Nhiệm kỳ của Chánh án Tòa án nhân dân tối cao là năm năm. Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao do Ban Thường vụ Quốc hội bổ nhiệm và bãi nhiệm theo đề nghị của Chủ tịch Ủy ban thường vụ Quốc hội. Tòa án nhân dân tối cao là cơ quan xét xử cao nhất của nước Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Tòa án nhân dân tối cao giám đốc việc xét xử của các tòa án nhân dân địa phương, Tòa án quân sự và Tòa án đặc biệt. Tòa án nhân dân tối cao chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Quốc hội, trong thời gian Quốc hội không họp thì Tòa án nhân dân tối cao chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Ủy ban thường vụ Quốc hội. Các Tòa án nhân dân địa phương chịu trách nhiệm và báo cáo công tác trước Hội đồng nhân dân cùng cấp.
Theo Hiến pháp 1959, ngoài hệ thống tòa án nhân dân thì cơ quan tư pháp bao gồm cả Viện Kiểm sát nhân dân. Hai hệ thống cơ quan này không còn trực thuộc Hội đồng chính phủ mà chịu trách nhiệm và báo cáo trước cơ quan quyền lực nhà nước là Quốc hội.
Để thực hiện các quy định trên đây của Hiến pháp, ngày 14/7/1960, Quốc hội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đã thông qua luật tổ chức Tòa án nhân dân.
Đây là luật tổ chức Tòa án nhân dân đầu tiên và hoàn chỉnh nhất từ khi thành lập nước cho đến giai đoạn này.
Về tổ chức, Điều 2 Luật tổ chức Tòa án nhân dân 1960 quy định: các Tòa án nhân dân gồm có Tòa án nhân dân tối cao; các Tòa án nhân dân địa phương; các Tòa án quân sự. Tòa án nhân dân địa phương bao gồm: Tòa án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hoặc đơn vị hành chính tương đương; Tòa án nhân dân huyện, thành phố thuộc tỉnh, thị xã hoặc đơn vị hành chính tương đương; Tòa án nhân dân ở các khu vực tự trị. Ở các khu vực tự trị, tổ chức các tòa án nhân dân địa phương sẽ do Hội đồng nhân dân khu vực tự trị quy định trên cơ sở căn cứ vào Hiến pháp và Luật tổ chức Tòa án nhân dân. Hiến pháp 1959 và Luật tổ chức Tòa án cũng chỉ mới xây dựng tổ chức Tòa án trên nguyên tắc, còn vấn đề về tổ chức cụ thể sẽ do các văn bản dưới luật điều chỉnh như “Tổ chức Tòa án nhân dân tối cao do Ủy ban Thường vụ Quốc hội quy định” hoặc “Bộ máy làm việc và biên chế của các tòa án nhân dân địa phương do nhân dân tối cao hướng dẫn thực hiện theo quy định chung về bộ máy làm việc và biên chế của các cơ quan nhà nước” (Điều 23 Luật tổ chức Tòa án nhân dân năm 1960). Ngày 23/3/1961, Ủy ban thường vụ Quốc hội ban hành Pháp lệnh quy định cụ thể về tổ chức của Tòa án nhân dân các cấp. Theo đó, Tòa án nhân dân tối cao có cơ cấu tổ chức gồm: Ủy ban thẩm phán; các tòa chuyên trách (tòa hình sự, tòa dân sự, tòa phúc thẩm); Hội đồng toàn thể thẩm phán và bộ máy giúp việc (Điều 1 Pháp lệnh). Tòa án nhân dân tối cao là cơ quan xét xử cao nhất của nước Việt Nam dân chủ cộng hòa, có thẩm quyền: xét xử sơ thẩm các vụ án thuộc thẩm quyền của Tòa án nhân dân tối cao và những vụ án của tòa án nhân dân cấp dưới mà Tòa án nhân dân tối cao lấy lên để xử; phúc thẩm những bản án, quyết định của Tòa án nhân dân cấp dưới bị kháng án hoặc bị kháng nghị; giám đốc thẩm việc xét xử của các tòa án nhân dân địa phương, Tòa án quân sự và Tòa án đặc biệt; Hội đồng toàn thể thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao có nhiệm vụ duyệt lại
các bản án tử hình của Tòa án nhân dân các cấp trước khi các bản án đó được đem thi hành. Cùng với chức năng xét xử, Tòa án nhân dân tối cao còn có chức năng khác: có quyền trình các dự án luật, pháp lệnh về những vấn đề thuộc phạm vi công tác chuyên môn của mình; quản lý các Tòa án nhân dân địa phương về mặt tổ chức; hướng dẫn các Tòa án nhân dân cấp dưới áp dụng pháp luật; huấn luyện cán bộ Tòa án; nghiên cứu khoa học và tuyên truyền, giáo dục pháp luật trong nhân dân.
Tòa án nhân dân cấp tỉnh có cơ cấu tổ chức gồm: Chánh án, các phó chánh án, các thẩm phán và bộ máy giúp việc. Tòa án nhân dân cấp tỉnh có Hội đồng thẩm phán, không có các tòa chuyên trách. Tòa án nhân dân cấp tỉnh có thẩm quyền xét xử sơ thẩm những vụ án hình sự và dân sự thuộc thẩm quyền và những vụ án thuộc thẩm quyền của Tòa án cấp dưới mà Tòa án nhân dân cấp tỉnh lấy lên để xét xử; phúc thẩm những bản án và quyết định của Tòa án cấp dưới bị kháng cáo hoặc bị kháng nghị. Tòa án nhân dân cấp tỉnh còn được giao nhiệm vụ xây dựng tổ chức tư pháp địa phương, huấn luyện thư ký tòa án địa phương, cán bộ tư pháp thị trấn, xã và tổ chức tuyên truyền giáo dục pháp luật trong nhân dân (Điều 9 Pháp lệnh).
Tòa án nhân dân cấp huyện có cơ cấu tổ chức gồm: Chánh án, các thẩm phán và bộ máy giúp việc; trong trường hợp cần thiết có thể có phó chánh án. Thẩm quyền của Tòa án nhân dân cấp huyện là xét xử các vụ án dân sự và những vụ án hình sự có hình phạt tù từ 02 năm trở xuống; hòa giải các tranh chấp về dân sự và phân xử những việc hình nhỏ mà theo luật định không phải mở phiên tòa. Tòa án nhân dân cáp huyện còn có nhiệm vụ xây dựng tổ chức tư pháp và hướng dẫn công tác hòa giải ở xã, phường, thị trấn, khu phố và tuyên truyền, giáo dục pháp luật.
Theo quy định tại Điều 3, 4 của Luật tổ chức Hội đồng Chính phủ nước Việt Nam dân chủ cộng hòa năm 1960 thì Bộ Tư pháp giải thể, các chức năng
trước đây của Bộ Tư pháp được chuyển giao cho các cơ quan liên quan như: Tòa án nhân dân tối cao quản lý các Tòa án nhân dân địa phương; Bộ nội vụ quản lý các hoạt động điều tra, thi hành án phạt tù, các trại giam; Viện kiểm sát nhân dân tối cao quản lý hệ thống dọc các viện kiểm sát nhân dân địa phương.
Tóm lại: Hệ thống tư pháp theo Hiến pháp 1959 có những điểm rất mới so với Hiến pháp năm 1946, thể hiện ở chỗ: thứ nhất, hệ thống tòa án từ mô hình Tòa án theo cấp xét xử chuyển sang mô hình Tòa án tổ chức theo đơn vị hành chính lãnh thổ; Thứ hai, hệ thống Viện kiểm sát được thiết lập để thực hiện quyền công tố, thay cho Viện Công tố trước đây; Thứ ba, Bộ Tư pháp đã bị giải thể và thay thế vào đó là hệ thống quản lý các cơ quan tư pháp, trong đó hệ thống tòa án quản lý theo ngành dọc là cách thức mà hiện nay chúng ta đang áp dụng.
Triển khai thi hành các quy định của Hiến pháp năm 1959, hệ thống tòa án nhân dân đã được củng cố, tăng cường để hoàn thành nhiệm vụ của mình trong giai đoạn mới. Do đặc điểm tình hình chiến tranh chống đế quốc Mỹ, Tòa án nhân dân các cấp đã gắn chặt công tác tòa án với nhiệm vụ chính trị của thời chiến, đã hướng mọi hoạt động của ngành tòa án vào mục đích phục vụ các cuộc vận động chính trị, các công tác lớn của Đảng và Nhà nước. Nói chung các mặt công tác của Tòa án phát triển đúng hướng, vững chắc, có nội dung chính trị rõ rệt và do đó có tác dụng rất lớn đối với việc thực hiện các nhiệm vụ trọng tâm: chống Mỹ, cứu nước ở miền Nam, xây dựng chủ nghĩa xã hội ở miền Bắc và chi viện đắc lực cho cuộc chiến đấu giải phóng miền Nam. Bên cạnh đó, ngành Tòa án đã tăng cường và kết hợp chặt chẽ các mặt: trừng trị và phòng ngừa, xét xử và tuyên truyền giáo dục pháp luật trong cuộc đấu tranh chống tội phạm và vi phạm chính sách, pháp luật, được nhân dân đồng tình ủng hộ, Đảng và Nhà nước tin tưởng.