Hiến pháp năm 1946 ra đời đánh dấu một bước ngoặc về tổ chức của ngành tòa án. Theo quy định tại Điều 63 Hiến pháp 1946 thì ở Việt Nam cơ quan tư pháp gồm có: Tòa án tối cao, các tòa phúc thẩm, các tòa đệ nhị cấp và sơ cấp. Tòa án tối cao được thành lập, nhưng chịu sự quản lý của Chính phủ. Các thẩm phán của Tòa án do Chủ tịch nước bổ nhiệm nhưng thực chất là do Chính phủ bổ nhiệm bởi Chủ tịch nước, Phó Chủ tịch nước cũng là thành viên của Chính phủ. Hệ thống tòa án được tổ chức theo các nguyên tắc: Tòa án độc lập đối với hành chính; các thẩm phán do Chính phủ bổ nhiệm; xử các việc hình có phụ thẩm nhân dân tham gia; khi xét xử các viên thẩm phán chỉ tuân theo pháp luật, các cơ quan khác không được phép can thiệp; các phiên tòa đều được công khai, trừ những trường hợp đăc biệt; bị cáo có quyền tự bào chữa lấy hoặc tìm luật sư; quốc dân thiểu số có quyền dùng tiếng nói của mình trước Tòa án.
Về việc phân định thẩm quyền giữa các cấp tòa án: theo các Điều 2, 3, 10, 11 Sắc lệnh số 185 ngày 26/5/1948 của Chủ tịch Chính phủ ấn định thẩm quyền các Tòa án sơ cấp và Tòa án đệ nhị cấp, thì hệ thống tòa án Việt Nam trong giai đoạn này hoạt động trên cơ sở phân định thẩm quyền khá rạch ròi. Về hình sự,
Tòa án sơ cấp chỉ xét xử những vụ vi cảnh hoặc đòi bồi thường; Tòa đệ nhị cấp xét xử những vụ tiểu hình và đại hình. Về dân sự và thương sự, Tòa sơ cấp xét xử những việc hộ tịch, những vụ kiện liên quan đến động sản có giá ngạch thấp; Tòa án đệ nhị cấp cao xét xử những việc liên quan đến động sản có giá ngạch hoặc bất động sản, những việc không thể định giá ngạch, những việc không có giá ngạch nào mà phải có án nghị về thẩm quyền, những việc liên quan đến thân phận hay căn cước của con người (trừ các việc hộ tịch) hoặc các vấn đề tế tự. Ngoài ra, Tòa đệ nhị cấp cũng có quyền phúc thẩm những phán quyết sơ thẩm của Tòa án sơ cấp bị kháng cáo. Tòa thượng thẩm xét xử phúc thẩm những phán quyết sơ thẩm của Tòa án đệ nhị cấp bị kháng cáo.
Tuy nhiên, do điều kiện chiến tranh (kháng chiến chống thực dân Pháp) nên hệ thống tòa án trong thời kỳ này chưa được thiết lập theo đúng quy định của Hiến pháp 1946, cụ thể là chỉ có Tòa án sơ cấp và Tòa đệ nhị cấp được thành lập (ở hầu hết các địa phương trên miền Bắc và miền Trung), còn Tòa án tối cao chưa được thành lập và Tòa án phúc thẩm được thành lập nhưng ngay sau đó, theo Nghị định số 05 ngày 01/01/1947 đã tạm đình chỉ và giải thể.
Do yêu cầu củng cố sức mạnh của quân đội trong hoàn cảnh cuộc kháng chiến toàn quốc nên Chính phủ Việt Nam dân chủ Công hòa dã thành lập Tòa án binh lâm thời theo sắc lệnh số 163 ngày 23/8/1946 về tổ chức Tòa án binh. Hệ thống tòa án binh trong thời kỳ này bao gồm: Tòa án binh mặt trận, Tòa án binh khu (mỗi khu sẽ đặt một tòa án binh), Tòa án tối cao và Tòa án khu Trung ương. Tòa án binh gồm có: Một chánh án và hai hội thẩm ngồi xử; một ủy viên Chính phủ đứng buộc tội (viên này kiêm công việc dự thẩm) và một lục sự ngồi ghi chép các điều tranh luận, giữ án từ và giấy má. Tòa án binh mặt trận được thành lập từ cấp trung đoàn trở lên, có thẩm quyền xét xử sơ, chung thẩm những người phạm tội phản quốc, gián điệp hoặc cướp của, nhũng nhiễu nhân dân ở các điểm đang tác chiến; Tòa án binh khu có thẩm quyền xét xử những quân nhân phạm
vào một hay nhiều tội định ở hình luật chung, một hay nhiều tội có tính cách nhà binh; Tòa án binh tối cao có thẩm quyền xét xử những quân nhân từ cấp trung đoàn trở lên và các quân nhân thuộc cơ quan trung ương phạm vào các tội đã được quy định ở hình luật chung và những tội có tính cách nhà binh (Điều 67 Sắc lệnh 163/SL) và Tòa án khu trung ương tại Bộ quốc phòng, có thẩm quyền xét xử các nhân viên thuộc các cơ quan của Bộ quốc phòng và Bộ tổng chỉ huy, kể cả trung đoàn trưởng trở lên phạm tội trong địa bàn khu Trung ương. Các Tòa án binh được thành lập và hoạt động trong thời kỳ này không phải là tổ chức chuyên trách mà chỉ khi có vụ án mới thành lập và tổ chức xét xử. Người làm công tác xét xử ở các Tòa án binh trừ một Hội thẩm chuyên môn do cơ quan tư pháp cử, số còn lại đều là cán bộ lãnh đạo, chỉ huy của các đơn vị trong quân đội đảm nhiệm. Tòa án binh được tổ chức theo mô hình vừa làm công tác điều tra, vừa làm công tác truy tố; vừa làm công tác xét xử và cuối cùng là đảm nhiệm cả công tác quản lý, giáo dục phạm nhân và tuyên truyền giáo dục pháp luật. Mọi hoạt động nêu trên của Tòa án binh đều có sự kiểm tra, chỉ đạo và giám sát của Cục trưởng Cục Quân pháp. Mối quan hệ giữa các tòa án còn chưa được phân biệt rạch ròi. Các Tòa án được tổ chức và hoạt động theo thẩm quyền. Về biên chế cũng trong tình trạng tạm thời không ổn định.
Tuy được tổ chức và hoạt động không chuyên trách nhưng với vai trò là công cụ đấu tranh phòng, chống tội phạm, hoạt động của Tòa án binh trong thời kỳ này đã góp phần đập tan âm mưu và hành động chống phá cách mạng của đế quốc Mỹ và bọn phản động tay sai. Ngăn chặn có hiệu quả những tư tưởng cầu an, hưởng lạc, công thần, địa vị, thu vén cá nhân, giảm sút ý chí chiến đấu của quân đội, nhằm thiết lập an ninh trật tự xã hội, đồng thời, thông qua hoạt động xét xử, các tòa án binh đã góp phần tuyên truyền, giáo dục ý thức pháp luật cho nhân dân.
Sau gần 5 năm, kể từ ngày Cách mạng tháng tám thành công, việc tổ chức ngành Tòa án cũng có nhiều vấn đề cần phải được bổ sung và thay đổi bởi các sắc lệnh, thông tư liên tịch quy định về tổ chức Tòa án trước đây không đáp ứng được yêu cầu của công tác xét xử hiện tại. Vì vậy, ngày 22/5/1950 Chủ tịch Chính phủ Việt Nam Dân chủ cộng hòa ký ban hành Sắc lệnh số 85-SL về cải cách bộ máy tư pháp và luật tố tụng. Đây là cuộc cải cách về tổ chức ngành Tòa án đầu tiên ở nước ta. Theo Sắc lênh này, các khái niệm Tòa án sơ cấp, Tòa án đệ nhị cấp, phụ thẩm nhân dân cũng được thay đổi. Cụ thể như: về tổ chức “Tòa sơ cấp” nay gọi là Tòa án nhân dân huyện; “Tòa đệ nhị cấp” nay gọi là Tòa án nhân dân tỉnh; “Hội đồng phúc án” nay gọi là Tòa phúc thẩm; “Phụ thẩm nhân dân” nay gọi là Hội thẩm nhân dân. Tổ chức Tòa án theo Sắc lênh 85-SL ngày 22/5/1950 gồm: Tòa án nhân dân tối cao; các Tòa án phúc thẩm; các Tòa án nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương; các Tòa án huyện, quận và Ban Tư pháp xã.
Khi xét xử việc hình và việc hộ, Tòa án nhân dân huyện, Tòa án nhân dân tỉnh gồm một thẩm phán và hai Hội thẩm nhân dân, Tòa phúc thẩm gồm hai Thẩm phán và ba Hội thẩm nhân dân. Hội thẩm nhân dân có quyền xem hồ sơ và biểu quyết, được hưởng quyền tài phán như thẩm phán và lương bổng thì như Ủy viên Ủy ban kháng chiến hành chính cấp tương đương. Sắc lệnh này cũng mở rộng thẩm quyền cho Ban Tư pháp xã về việc phạt vi cảnh nhằm giải quyết mau chóng ở cấp xã một số việc quan trọng về mặt trị an. Mục đích cải cách tư pháp lần này nhằm dảm bảo nguyên tắc dân chủ trong tổ chức và hoạt động của Tòa án các cấp, tạo điều kiện cho nhân dân tham gia trực tiếp vào công việc xét xử của Tòa án và thông qua đó có điều kiện giám sát hoạt động xét xử của Tòa án.
Từ năm 1946 đến năm 1958, việc thực hiện quyền công tố cũng do Tòa án đảm nhiệm, nhưng có sự phân công rõ ràng giữa thẩm phán xét xử với thẩm phán buộc tội (thực hiện quyền công tố). Tháng 4 năm 1958, Quốc hội quyết
định thành lập Tòa án nhân dân và Viện công tố. Quyết định này đánh dấu một giai đoạn phát triển mới của hệ thống tư pháp Việt Nam. Từ đây, hệ thống tòa án nhân dân và viện công tố tách khỏi Bộ Tư pháp và chịu sự quản lý của Hội đồng Chính phủ. Tại Hội nghị lần thứ 14 (tháng 11/1958), Ban chấp hành Trung ương đảng đã chủ trương tăng cường nhà nước dân chủ nhân dân và tăng cường sự lãnh đạo của Đảng đối với chính quyền các cấp từ trung ương đến cơ sở. Trong tình hình đó, bộ máy nhà nước nói chung và Tòa án nhân dân nói riêng được tăng cường và cải thiện hơn một bước. Những cải cách này được chính thức ghi nhận trong Hiến pháp 1959.
Tóm lại: Hiến pháp 1946 của nước Việt Nam dân chủ cộng hòa đã xác lập mô hình Tòa án theo cấp xét xử với hệ thống khá đầy đủ các nguyên tắc tổ chức và hoạt động của Tòa án.