Quyết toán ngân sách là khâu cuối cùng của của một chu trình ngân sách. Mục đích của việc quyết toán chi ngân sách huyện là tổng kết đánh giá lại toàn bộ quá trình chi ngân sách trong một năm ngân sách đã qua, cung cấp đầy đủ thông tin về quản lý điều hành chi cho các đối tượng quan tâm như: HĐND huyện, nhà tài trợ, người dân. Việc quyết toán chi ngân sách được thực hiện tốt có ý nghĩa quan trọng trong việc nhìn lại quá trình chấp hành chi ngân sách trong một năm đã qua, rút ra bài học kinh nghiệm để bổ khuyết cho công tác lập dự toán ngân sách cũng như chấp hành chi ngân sách năm tiếp theo. Ngoài ra, kết quả quyết toán chi ngân sách huyện còn giúp cho UBND huyện đánh giá về tình hình phát triển kinh tế - xã hội trên địa bàn để có sự điều chỉnh, quản lý cho phù hợp.
Nguyên tắc lập quyết toán chi ngân sách:
Về số liệu: phải chính xác, trung thực, đầy đủ. Số liệu quyết toán chi ngân sách là số chi đã thực chi thanh toán hoặc được phép hạch toán chi ngân sách huyện theo quy định.
Về nội dung: Báo cáo quyết toán chi ngân sách phải đúng các nội dung trong dự toán được giao và theo Mục lục ngân sách nhà nước. Báo cáo quyết toán chi ngân sách huyện không được quyết toán chi lớn hơn thu, phải có thuyết minh đi kèm chỉ rõ nguyên nhân tăng, giảm các chỉ tiêu chi ngân sách so với dự toán.
Về trách nhiệm: Thủ trưởng đơn vị sử dụng ngân sách phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực, đầy đủ của báo cáo.
Trình tự lập, gửi xét duyệt, thẩm định và phê chuẩn quyết toán
Thực hiện lập theo trình tự từ dưới lên. Sau khi thực hiện xong công tác khóa sổ cuối ngày 31 tháng 12, số liệu trên sổ kế toán của đơn vị phải bảo đảm cân đối và khớp đúng với số liệu của cơ quan tài chính và KBNN cả về tổng số và chi tiết, khi đó đơn vị mới tiến hành lập báo cáo quyết toán năm.
Khi năm ngân sách kết thúc, ngân sách huyện được phép dành một khoảng thời gian để chỉnh lý sổ sách và thanh toán các khoản chi. Số lượng quyết toán phải được đối chiếu và được KBNN huyện xác nhận.
Phòng Tài chính - Kế hoạch có trách nhiệm tổng hợp quyết toán của cấp dưới, các cơ quan, đơn vị trực thuộc để tổng hợp thành quyết toán ngân sách huyện.
Phòng tài chính huyện có thẩm quyền quyết định quyết toán chi ngân sách xã; lập, tổng hợp báo cáo quyết toán chi ngân sách huyện trình UBND huyện xem xét gửi Sở tài chính đồng thời UBND huyện trình HĐND huyện phê chuẩn. Sau khi được HĐND huyện phê chuẩn, UBND huyện báo cáo bổ sung, quyết toán ngân sách huyện gửi Sở tài chính
Quá trình lập, phê duyệt, thẩm định quyết toán chi ngân sách huyện phải đảm bảo các khoản chi không đúng quy định phải được thu hồi đủ cho ngân sách huyện.