Sau gần 11 năm chính thức đi vào hoạt động, ngân hàng MHB Sóc Trăng đã có chuyển biến tích cực, tuy nhiên vẫn còn một số hạn chế và cần phải đƣợc nhìn nhận một cách đúng đắn để có những biện pháp giải quyết kịp thời.
+ Lực lƣợng cán bộ trẻ chiếm đa số tuy đƣợc đào tạo bài bản song chƣa có kinh nghiệm thực tế, phƣơng pháp làm việc mang nặng tính sách vở, kém linh hoạt trong xử lý công việc.
+ Bộ phận kiểm soát viên còn gặp nhiều khó khăn trong quá trình kiểm soát do số lƣợng nhân viên còn mỏng nên nhiều khi công việc bị quá tải, không phát hiện kịp thời các khoản vay. Ví dụ một ngày có nhiều khách hàng đến ngân hàng vay đòi hỏi bộ phận kiểm soát phải xử lý đồng thời các nghiệp vụ phát sinh của ngân hàng nên có thể kiểm soát viên không kiểm tra kịp thời khối lƣợng công việc. Điều này nên đƣợc khắc phục để có sự phối hợp chặt chẽ giữa bộ phận kiểm soát và bộ phận kế toán cho vay nhằm làm cho hiệu quả công việc đƣợc nâng cao. + Dù hệ thống sổ sách chứng từ đã đƣợc cải tiến khá nhiều so với thời kỳ còn vận hành thủ công, nhƣng số lƣợng các chứng từ hầu nhƣ không giảm nó vẫn đƣợc coi là những thủ tục pháp lý khi đặt quan hệ tín dụng với ngân hàng. Hồ sơ vay vốn vẫn còn mang nặng các thủ tục giấy tờ rƣờm rà, nhiều cái không cần thiết, gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc làm hồ sơ, điều đó vô tình đã làm mất đi thời cơ kinh doanh khiến doanh nghiệp chịu nhiều thiệt thòi và không vay đƣợc vốn khi họ thực sự đang khát vốn.
+ Hiện nay ngân hàng MHB Sóc Trăng đang áp dụng tính lãi hàng tháng còn nợ gốc chỉ khi đến hạn mới thu. Việc thu lãi hàng tháng ít nhiều có ảnh hƣởng đến quá trình hoạt động của đơn vị vay vốn nhất là các đơn vị có vòng quay vốn chậm, chu kỳ sản xuất mang tính thời vụ. Hơn nữa, đối với những món vay có giá trị nhỏ thì việc thu lãi hàng tháng gây khó khăn cho ngƣời đi vay và làm cho công việc của kế toán viên không cần thiết và chi phí hoạt động của ngân hàng bị lãng phí.
+ Đối với những quy định của Ngân hàng Nhà nƣớc Việt Nam thì chế độ kế toán còn nhiều bất cập so với chuẩn mực, thông lệ quốc tế. Nhƣ quyết định 493/2005/QĐ-NHNN về việc trích lập dự phòng rủi ro cho vay tại NHTM tuy đã có những đổi mới cơ bản, hƣớng dẫn việc phân loại nợ và trích lập dự phòng rủi ro nhƣng vẫn còn nhiều hạn chế. Ví dụ về việc phân loại nợ các khoản nợ thành 5 nhóm phù hợp với các chuẩn mực quốc tế, nhƣng tiêu chí để phân loại nợ vẫn dựa vào khoản vay. Điều này dẫn đến là nhóm nợ chƣa phản ánh đúng chất lƣợng tín dụng.
+ Tại ngân hàng MHB Sóc Trăng, mặc dù đã đƣợc trang bị khá hiện đại nhƣng vẫn chƣa đƣợc triển khai một cách đầy đủ các phềm mềm ứng dụng, hệ thống máy rút tiền tự động còn thƣa thớt, một số phần mềm khi đƣa vào sử dụng vẫn bộc lộ một số hạn chế, trục trặc kỹ thuật gây trở ngại cho kế toán trong việc theo dõi thời hạn trả nợ, trả lãi của từng món vay…