Do Phú Tân là một trong các huyện có nền nông nghiệp lâu đời của tỉnh An Giang nên trong cơ cấu kinh tế của huyện, nông nghiệp chiếm tỷ trọng cao nhất, năm 2005 là 41,26% còn lại là công nghiệp (20,76%) và dịch vụ (37,98%). Trong nông nghiệp thì trồng trọt luôn chiếm tỷ trọng cao nhất là 44,23% (năm 2006). Nông dân chủ yếu trồng lúa (bao gồm lúa tẻ và lúa nếp). Diện tích trồng lúa luôn dẫn đầu so với diện tích của tất cả các loại cây trồng khác. Trước 1999 nông dân chủ yếu trồng lúa tẻ, nhưng năng suất lao động thấp do nhiều nguyên nhân như thiên tai, dịch bệnh… Năm 1996, 1997 do ảnh hưởng của thời tiết diễn biến bất thường cuối vụ hè thu, mưa nhiều cộng thêm ảnh hưởng của bão số 2 đã gây thiệt hại đáng kể, ước tính số tiền thiệt hại lên đến 1,7 tỷ đồng. Giá cả thì thấp, chất lượng lúa lại giảm nên sản xuất không hiệu quả, nông dân bị lỗ vốn.
Đến năm 1998 giá nông sản mới bước đầu ổn định. Nông dân trồng lúa tẻ thu được lợi nhuận. Song do tác động của quy luật cung cầu, thị trường và giá cả đã tác động khiến bà con nông dân và một số doanh nghiệp vào cuộc sản xuất và xuất khẩu nếp. Năm 1999, lúa nếp có bước đột phá lớn về cả năng suất và chất lượng, đến năm 2000 trở về sau diện tích trồng lúa nếp tăng lên nhanh chóng, hiện nay diện tích cây lúa nếp chiếm tỷ trọng cao nhất so các loại cây trồng (năm 2007 là 75,56%). Thực tế cho thấy trồng nếp rất ít bị lỗ vốn vì giá nếp thường rất cao, chất lượng lại đạt yêu cầu. Nghề trồng lúa nếp đã góp phần đẩy mạnh ngành trồng trọt ở
huyện nhà, chuyển dịch cơ cấu kinh tế theo hướng đẩy mạnh xuất khẩu và mặt hàng nếp giữ vai trò chủ lực.
Nghề trồng lúa nếp cũng góp phần thúc đẩy công nghiệp phát triển, đặc biệt là công nghiệp bảo quản và chế biến lương thực (lúa nếp). Năm 2006, huyện đã đầu tư 3 tỷ đồng trang bị máy sấy và xay xát, lau bóng để nâng cao chất lượng chế biến lúa nếp đặc sản Phú Tân. Đồng thời ưu tiên phát triển loại hình doanh nghiệp vừa và nhỏ, gắn công nghiệp với phát triển nông nghiệp toàn diện và khuyến khích phát triển các ngành nghề phục vụ cho sản xuất nông nghiệp.
Sự phát triển mạnh của nghề trồng lúa nếp cũng thúc đẩy phần nào các dịch vụ nông nghiệp phát triển, số lượng các cơ sở cung cấp đầu vào cho sản xuất nông nghiệp tăng lên như chi nhánh bảo vệ thực vật, các đại lý phân bón, thuốc trừ sâu, cơ giới hóa nông nghiệp được áp dụng rộng rãi hơn. Thị trường tiêu thụ nông sản cũng được củng cố và phát triển. Hiện Phú Tân đang thực hiện kế hoạch 2005 – 2010 của Uỷ Ban Nhân Dân huyện xúc tiến xây dựng hoàn thành khu dân cư – thương mại – đô thị Phú Mỹ và xây dựng chợ nông sản Tân Trung, trung tâm thương mại thị trấn Chợ Vàm, khu dân cư – thương mại Hòa Long, khu thương mại Long Sơn, Phú Thọ năm 2006. Xây dựng hệ thống thông tin và dự báo tình hình thị trường để giúp các doanh nghiệp, hợp tác xã tổ chức sản xuất có hiệu quả, tránh rủi ro. Và hiện nay kinh tế huyện phát triển đang chuyển sang xu hướng tập trung đẩy mạnh đầu tư xuất khẩu mặt hàng nếp với chất lượng cao.