Bên cạnh những thành tựu mà nghề trồng nếp ở huyện Phú Tân đã đạt được thì còn những hạn chế, khó khăn cần phải khắc phục.
Diện tích và sản lượng lúa nếp tuy có xu hướng tăng nhưng không cố định qua các năm. Theo biểu đồ 3 thì từ năm 1999 – 2000; năm 2001 – 2002; năm 2003 – 2004 có diện tích nếp tăng tương đương nhau; năm 2005 và 2006 thì giảm xuống; năm 2007 tăng lên cao nhất so với các năm trước đó.
Nguyên nhân là do nông dân trồng lúa nếp không tập trung, sản xuất còn mang tính chất manh mún, nhỏ lẻ, khả năng hợp tác liên kết của nông
dân còn rất yếu, nông dân và doanh nghiệp còn ít gắn bó, vẫn còn tình trạng nông dân sản xuất chạy theo biến động giá cả của thị trường (khi giá lúa nếp thấp thì chuyển sang trồng lúa tẻ). Điển hình như năm 2005, vụ Đông Xuân do việc tiêu thụ lúa giống gặp nhiều khó khăn làm giá nếp tụt xuống nên ảnh hưởng đến diện tích nhân giống trong vụ Hè Thu. Trình độ canh tác dựa vào thủ công là chủ yếu, chưa mạnh dạn áp dụng máy móc trong sản xuất và khi thu hoạch nên không tránh khỏi thất thoát sau thu hoạch (tỷ lệ hao hụt từ 10 - 12% (80 - 88kg/ha)). Nông dân thường có thói quen bán tại chỗ, bán lẻ không tập trung sau thu hoạch nên giá không cao, lời ít.
Giá cả không ổn định, có vụ giá rất cao (vụ Đông Xuân 2007 là 4.500 đồng/kg), có vụ giá tụt xuống thấp hơn giá lúa tẻ (vụ Đông Xuân 2005 khoảng 2.100 đồng/kg). Nguyên nhân là do thiếu thị trường tiêu thụ vì chất lượng nếp kém không đạt yêu cầu của người tiêu dùng, nhất là không đạt tiêu chuẩn xuất khẩu (độ trắng, độ mịn không đều, lẫn thóc và nhiều tạp chất, độ ẩm cao, ….), nên không thể xuất khẩu dẫn đến giá nếp thấp làm cho nông dân không có lời, một số hộ còn bị lỗ. Vì vậy cần phải giải quyết sản phẩm nếp xuất khẩu có hệ thống từ sản xuất đến chế biến, bảo quản và tiêu thụ - lưu thông – phân phối.
Các thiết bị xử lý sản phẩm sau thu hoạch chưa được áp dụng rộng rãi làm giảm sức cạnh tranh trong thị trường. Giá vật tư tăng liên tục nên chi phí sản xuất cao. Chương trình “3 giảm 3 tăng”, giống lúa xác nhận chưa được nông dân áp dụng triệt để. Do trình độ áp dụng kĩ thuật của nông dân còn hạn chế dẫn đến hàm lượng thuốc hóa học đọng trong sản phẩm còn cao chưa bảo đảm tốt cho sức khỏe người tiêu dùng.
Kinh tế hợp tác xã tuy có phát triển nhưng chưa thật sự vững mạnh; không ít hợp tác xã còn tư tưởng trông chờ, ỷ lại; cán bộ chưa nhanh nhạy bắt kịp yêu cầu đặt ra. Chưa xây dựng xong đề án phát triển kinh tế trang trại. Nông dân tham gia hợp tác xã còn ít, chưa hiểu rõ được lợi ích mà hợp tác xã mang lại cho các thành viên. Giữa các hợp tác xã với nông dân chưa thật kết hợp, nhiều nông dân chưa tiếp thu được cách thức áp dụng chương trình “3 giảm, 3 tăng”, chưa sử dụng triệt để giống xác nhận của hợp tác xã.
Nếp Phú Tân trong những năm qua do chưa có thương hiệu nên ít được người dân trong nước biết đến, khi bán ra ngoài huyện thường bị pha trộn với nếp Thái Lan nên bị đổi tên là nếp Thái Lan nên không bán được giá tối đa. Nhưng bắt đầu tháng 3/2007 huyện đã xúc tiến xây dựng thương hiệu Nếp Phú Tân hỗ trợ Công ty trách nhiệm hữu hạn Đặng Ngọc (xã Phú Hưng) chọn giống tốt đạt tiêu chuẩn theo thị trường quốc tế để xây dựng thương hiệu
“Đặng Ngọc nếp thơm Phú Tân”. Sản phẩm phân phối ở các siêu thị, cửa hàng, đại lý bán lẻ các sản phẩm chất lượng cao.
Do đó, để sản phẩm của “Đặng Ngọc nếp thơm Phú Tân” ngày càng vươn xa hơn nữa, có mặt trên thị trường trong và ngoài nước ngày càng đa dạng, được nhân dân các nước biết đến thì huyện cần duy trì những thành tựu đạt được và phát huy tối đa những tiềm năng sẵn có để tập trung sản xuất lúa nếp đạt tiêu chuẩn, hiệu quả kinh tế cao, bên cạnh dần dần khắc phục những hạn chế, khó khăn còn tồn tại.