nói riêng chƣa đƣợc xây dựng hoàn thiện, còn nhiều lỗ hổng, có nhiều những quy định chung chung, bất cập chƣa đáp ứng đƣợc đòi hỏi của cuộc đấu tranh phòng chống vi phạm và tội phạm hình sự.
Trong những năm qua, công tác lập pháp của Quốc hội đã có nhiều cố gắng, nhất là kể từ khi Nhà nƣớc ta ban hành hai bộ luật quan trọng: Đó là BLHS năm 1999 và BLTTHS năm 2003; liên ngành nội chính Trung ƣơng đã ban hành nhiều Thông tƣ, hƣớng dẫn việc áp dụng pháp luật trong những lĩnh vực tƣơng đối cụ thể. Tuy nhiên, qua hoạt động thực tế, vẫn còn nhiều lĩnh vực, nhiều vấn đề còn bất cập, gây khó khăn cho các cơ quan tiến hành tố tụng trong việc thực hiện chức năng và nhiệm vụ của mình. Ví dụ, tại điều 110 Bộ luật tố tụng hình sự năm 2003 quy định về thẩm quyền điều tra, trong đó quy định về thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân điều tra một số loại tội xâm phạm hoạt động tƣ pháp mà ngƣời phạm tội là cán bộ thuộc các cơ quan tƣ pháp. Điều 18 Pháp lệnh Tổ chức điều tra hình sự năm 2004 (sửa đổi bổ sung năm 2009) quy định về thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao nhƣng cũng chƣa làm rõ hơn Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao có thẩm quyền điều tra những tội phạm cụ thể nào quy định tại chƣơng XXII Bộ luật hình sự, nên một thời gian dài trƣớc khi có Quy chế 1169 của Viện kiểm sát nhân dân tối cao thì hoạt động của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao có những hạn chế nhất định. Năm 2010, từ tình hình thực tiễn công tác của ngành kiểm sát nhân dân và yêu cầu đấu tranh, phòng chống tội phạm xâm phạm hoạt động tƣ pháp, Viện trƣởng Viện kiểm sát nhân dân tối cao ban hành Quy chế về tổ chức và hoạt động của Cục điều tra theo quyết định số 1169/2010/QĐ-VKSTC-C6 ngày 19/8/2010 thì Cơ quan điều tra của Viện kiểm sát nhân dân đã tiến hành điều tra các tội phạm về tham nhũng, chức vụ xảy ra trong hoạt động tƣ pháp mà ngƣời phạm tội là
cán bộ, công chức trong các cơ quan tƣ pháp, tuy còn có những bất cập theo quy định của pháp luật về thẩm quyền điều tra của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân nhƣng đã đáp ứng yêu cầu thực tiễn về đấu tranh, phòng chống tội phạm xâm phạm hoạt động tƣ pháp. Tuy nhiên sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao ban hành Quy chế 1169 thì có những phản hồi khác nhau về Quy chế này và cho rằng Quy chế 1169 của Viện kiểm sát nhân dân tối cao có hiệu lực pháp lý ngang luật…
Sự không hoàn thiện của pháp luật là những nguyên nhân khách quan, tác động đến áp dụng pháp luật trong công tác điều tra các vụ án hình sự nói chung và hoạt động của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân nói riêng. Đây là vấn đề mà các nhà làm luật và các nhà quản lý cần quan tâm, nếu muốn nâng cao hiệu quả áp dụng pháp luật trong công tác điều tra vụ án hình sự nói chung và trong điều tra các vụ án xâm phạm hoạt động tƣ pháp nói riêng hiện nay.
- Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao chỉ là Cơ quan điều tra thuần nhất hoạt động tố tụng, không có sự phối hợp, hỗ trợ tƣ pháp, trợ giúp pháp lý từ các đơn vị trong ngành nhƣ lực lƣợng cảnh sát bảo vệ và hỗ trợ tƣ pháp, các trại tạm giam, nhà tạm giữ, các đơn vị quản lý hồ sơ nghiệp vụ, tàng thƣ can phạm… nên khi cần sự phối hợp, trợ giúp cho hoạt động điều tra không đƣợc chủ động nhƣ các ngành Công an, Quân đội, trong khi chƣa có quy chế rõ ràng quy định trách nhiệm của các đơn vị này trong việc thực hiện các yêu cầu của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao.
- Hiện nay vẫn chƣa có phƣơng thức chỉ đạo, điều hành hoạt động điều tra thích hợp với việc điều tra các vụ án xảy ra ở địa bàn xa cơ quan, thời gian chờ đợi, xin ý kiến đƣờng lối xử lý còn dài. Điều đó ảnh hƣởng đến quá trình giải quyết vụ án và làm chậm tiến độ điều tra.
cung cấp tài liệu cũng nhƣ những vấn đề có liên quan cho Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao nhiều nơi, nhiều lúc còn mang tính đối phó, gây khó khăn cho công tác điều tra phá án.
- Cơ sở vật chất, phƣơng tiện làm việc còn thiếu thốn, lạc hậu; kinh phí, phƣơng tiện kỹ thuật, phƣơng tiện nghiệp vụ hỗ trợ cho hoạt động điều tra của Cơ quan điều tra Viện kiểm sát nhân dân tối cao còn hết sức nghèo nàn. Việc đi lại xác minh, điều tra ở những địa phƣơng kéo dài nhiều ngày, trong khi công tác phí và hỗ trợ công tác còn hạn hẹp cũng phần nào ảnh hƣởng đến tâm lý của các điều tra viên. Sự hợp tác của các đơn vị, ngành liên quan, của các địa phƣơng trong việc hỗ trợ tƣ pháp, trợ giúp pháp lý có lúc, có nơi còn hạn chế.