Tình trạng ô nhiễm môi trường ngày càng gia tăng xuất phát từ nhiều nguyên nhân, trong đó nguyên nhân chủ yếu là do công tác tổ chức thi hành pháp luật bảo vệ môi trường trong toàn xã hội còn chưa đạt hiệu quả, chưa chặt chẽ, cụ thể. Hệ thống văn bản pháp luật về bảo vệ môi trường còn một số bất cập (ví dụ như quy định về Ban quản lý khu công nghiệp, Báo cáo đánh giá tác động môi trường, việc phân cấp trách nhiệm đối với các đơn vị có liên quan trong bảo vệ môi trường khu công nghiệp còn có bất cập, chức năng của các đơn vị tham gia còn chồng chéo, tuy đã có quy hoạch phát triển khu công nghiệp nhưng chưa thống nhất, thiếu khoa học,…), thiếu đồng bộ, chưa có những quy định toàn diện về bảo vệ môi trường trong các doanh nghiệp. Việc tổ chức triển khai các văn bản pháp luật về bảo vệ môi trường gặp khá nhiều khó khăn đòi hỏi phải kết hợp đồng bộ nhiều yếu tố như: tuyên truyền, giáo dục để các đối tượng liên quan đến lĩnh vực quản lý chất thải nguy hại hiểu biết và nâng cao ý thức tự giác trong việc thực hiện trách nhiệm của mình; việc thực hiện chức năng, vai trò quản lý nhà nước trong việc triển khai giám sát thực thi; vấn đề đầu tư vốn, phương tiện xử lý chất thải nguy hại; việc xác định mức độ vi phạm và các chế tài xử phạt; việc triển khai các công cụ quản lý chưa hiệu quả;… Cho đến nay, chúng ta chưa giải quyết được thấu đáo các vấn đề trên và thực sự chưa thu được những kết quả như mong đợi… Hầu hết các văn bản liên quan đều tập trung vào những vấn đề cải thiện môi trường đầu tư còn hành lang pháp lý về quản lý môi trường lại chậm được ban hành. Có thể nhận thấy, việc triển khai tổ chức thi hành pháp luật bảo vệ môi trường trong toàn xã hội chưa thực sự nghiêm túc và còn khá nhiều bất cập.
Vì vậy phát triển bền vững trong thời kỳ công nghiệp hoá, hiện đại hoá đất nước và thực hiện chương trình hành động của thế kỷ 21, thế kỷ của chuẩn mực về sinh thái nhân văn, của hội nhập khu vực và toàn cầu hoá trong thương mại với môi trường. ...đòi hỏi phải kiện toàn tổ chức, tăng cường năng lực quản lý nhà nước về bảo vệ môi trường.
Kiện toàn bộ máy tổ chức của hệ thống quản lý nhà nước về môi trường từ trung ương đến địa phương, nâng cấp hệ thống cơ quan quản lý môi trường trung ương thành lập Tổng cục Môi trường, hoặc Bộ Môi trường và kiện toàn tổ chức quản lý môi trường ở các Bộ/ngành; kiện toàn tổ chức quản lý môi trường ở cấp tỉnh, thành phố, quận huyện và các vùng kinh tế trọng điểm, các khu công nghiệp tập trung, .v.v..
Tăng cưòng năng lực quản lý nhà nước về môi trường phù hợp với chức năng, nhiệm vụ của hệ thống tổ chức như tăng cường nguồn lực về nhân lực về đầu tư cho các hoạt động quản lý môi trường; chú trọng đầu tư cho nghiên cứu chính sách và pháp luật, kiểm soát ô nhiễm và chất thải, thanh tra, hệ thống quan trắc và phân tích môi trường, giáo dục và nâng cao nhận thức môi trường, cũng như tăng cường các cơ sở vật chất, kỹ thuật cho hoạt động quản lý Nhà nước về môi trường từ Trung ương đến địa phương.
Nghiên cứu thành lập một cơ chế quản lý liên ngành, có thể là một hội đồng quốc gia về phát triển bền vững để điều phối thực hiện các mục tiêu, nội dung các chương trình trong chiến lược bảo vệ môi trường quốc gia 2001-2010 cũng như thực hiện chương trình hành động của thế kỷ 21 mà Việt Nam đã ký kết