Thuế thu nhập có thể ñược thu theo phương pháp khấu trừ tại nguồn hoặc phương pháp thu trực tiếp.
Phương pháp khấu trừ tại nguồnñược áp dụng cho các khoản thu nhập phát sinh có tính chất ổn ñịnh như thu nhập từ lương, tiền công. Theo phương pháp này, người hoặc cơ quan chi trả thu nhập phải tiến hành khấu trừ trước số thuế phải nộp của cá nhân ñể nộp cho cơ quan thuế, sau ñó mới tiến hành chi trả phần còn lại cho người ñược hưởng. Cơ quan hoặc người ñược ủy nhiệm khấu trừ thông thường
ñược trích lại một tỷ lệ thù lao nhất ñịnh song phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về
nghĩa vụ khấu trừ thuế thu nhập trước khi chi trả thu nhập. Phương pháp này thường ñược áp dụng phổ biến ñối với những nước có khả năng kiểm soát và tổng hợp thu nhập thấp. Tuy chi phí hành thu thấp, quy trình quản lý ñơn giản nhưng mức ñộ công bằng lại kém hơn vì thông thường chỉ thu ñược thuế của những khoản thu nhập rõ ràng, chính thống. Những khoản thu nhập khác dễ bị bỏ qua do không kiểm soát ñược.
Phương pháp thu trực tiếp: Thuế thu nhập cá nhân là thuếñánh vào phần thu nhập của cá nhân, do ñó ñể thuế thu ñược sát ñúng với mức thu nhập của từng cá nhân thì cần ñể cho người nộp thuế tự khai thu nhập của mình. Đó là cơ sở ra ñời phương pháp thu trực tiếp. Phương pháp thu trực tiếp ñược thực hiện trên cơ sở
người nộp thuế tự khai thu nhập và gửi cho cơ quan thuế. Cơ quan thuế xác ñịnh số
thuế phải nộp dựa trên số liệu kê khai về thu nhập, về các khoản ñược phép khấu trừ, giảm trừ…kết hợp với sự thẩm tra, kiểm soát của cơ quan thuế. Phương pháp này tuy phức tạp nhưng ñảm bảo tính chính xác vì khả năng tổng hợp nhiều nguồn thu nhập và gắn với hoàn cảnh cá nhân của người nộp thuế. Trên thực tế, phương pháp này chỉ ñạt hiệu quả cao trong ñiều kiện người nộp thuế hiểu rõ nghĩa vụ và trách nhiệm nộp thuế của mình. Nếu trình ñộ hiểu biết của người nộp thuế còn kém, tính tự giác chưa cao thì không thể vận dụng một cách hiệu quả phương pháp này
vào hoạt ñộng thực tiển.
Trên thực tế, các nước có nền kinh tế phát triển mặc dù ñã xây dựng cho mình chế ñộ thuế thu nhập cá nhân khá hoàn chỉnh nhưng cũng thường sử dụng phương pháp khấu trừ tại nguồn.
Về ñơn vị nộp thuế là cá nhân hay hộ gia ñình, trên thế giới cũng tồn tại hai phương pháp, phương pháp thứ nhất thu vào thu nhập thực tế của từng cá nhân có ưu
ñiểm ñơn giản, dễ làm, thu kịp thời cho ngân sách, nhưng lại không ñảm bảo công bằng trong phân phối thu nhập vì mỗi cá nhân có hoàn cảnh và gánh nặng gia ñình khác nhau. Trong một chừng mực nhất ñịnh, việc cho phép khấu trừ theo mức tiêu chuẩn hoặc suất miễn thu tiêu chuẩn có thể chưa thực sự sát với hoàn cảnh gia ñình của những cá nhân cụ thể. Còn phương pháp thu vào thu nhập của cả hộ gia ñình, tuy ñảm bảo công bằng hơn về mặt xã hội song quá trình quản lý thu thuế phức tạp, chi phí hành thu cao nên ít ñược các nước áp dụng.