Tiền thân của công ty Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ là công ty hợp danh sản xuất chế biến hàng Xuất nhập khẩu Hậu Giang (năm 1980) đến 05/06/1983 chuyển thành doanh nghiệp nhà nước với tên gọi Công ty Sản xuất Chế biến hàng Xuất nhập khẩu; ngày 04/06/1986 đổi tên thành Công ty Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Hậu Giang. Đến ngày 12/01/2014 Công ty chính thức lấy tên Công ty Cổ phần Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Thành phố Cần Thơ như hiện nay.
Năm 1988 liên doanh với nước ngoài thành lập các xí nghiệp liên doanh gồm có: Xí nghiệp Da Meko, Xí nghiệp Chế biến Thức ăn gia súc Meko, Xí nghiệp may mặc Meko, Xí nghiệp Lông vũ Meko, Xí nghiệp Gia cầm Meko, Xí nghiệp thủ công mỹ nghệ Meko, Xí nghiệp Liên doanh Thuốc lá Vinasa.
Ngày 28/11/1992, theo quyết định số 1374/QĐ Uỷ ban Thành phố về việc thành lập doanh nghiệp Nhà nước, kèm theo nghị định số 338/HĐBT ngày 2/11/1992 của Bộ trưởng Bộ thương mại công nhận công ty là một doanh nghiệp Nhà nước trực thuộc UBND Thành phố Cần Thơ, tổ chức doanh
nghiệp theo hình thức quốc doanh, hạch toán độc lập có con dấu riêng, có giấy phép xuất nhập khẩu trực tiếp.
Năm 1997 sáp nhập với xí nghiệp chế biến Nông sản Thực phẩm Cần Thơ và xí nghiệp thuộc da Tây Đô. Năm 1998 Công ty là thành viên trong liên doanh dầu khí Mekong, Mekong Gas. Ngày 01/10/1998 tham gia góp vốn hình thành Công ty Liên doanh giày da Tây Đô. Tháng 02/2004 sáp nhập: Xí nghiệp May meko, Xí nghiệp Thức ăn gia súc Meko vào Công ty Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ.
Ngày 20/07/2010 Công ty chính thức chuyển thành “Công ty Cổ phần Nông sản Thực phẩm Xuất khẩu Cần Thơ” theo quyết định 3355/QĐ-UBND ban hành ngày 28/12/2008 của UBND Thành phố Cần Thơ.