Tương tự như IgG của loài hữu nhũ, nhưng phần Fc của IgY là vị trí có chức năng hiệu quả sinh học nhất với chuỗi 2 carbonhydrate trong khi IgG chỉ có một.
a) Đặc tính sinh hóa
Điểm đẳng điện của IgY thấp hơn IgG (Polson et al., 1980) trong dãy 5,7-7,6 còn IgG nằm giữa 6,1-8,5, trong khi đó chuỗi Fc (phần kỵ nước nhất của phân tử kháng thể) của IgY thì lớn hơn của IgG, nên phân tử IgY kỵ nước hơn IgG (Davalos et al., 2000).
b) Tính bền của IgY
IgY bền với pH: hoạt tính IgY giảm ở pH= 3,5 hoặc thấp hơn và hầu như hoàn toàn mất ở pH=3 (Shimizu et al., 1988, 1992,1993). Hoạt tính IgY nhanh chóng giảm ở pH thấp đòi hỏi những thay đổi thích ứng và sự tồn tại trên phần Fab bao gồm vị trí gắn kháng nguyên. Ở điều kiện kiềm tính, hoạt tính của IgY không thay đổi ngay cả khi pH tăng đến 11. Dù vậy nó vẫn bị giảm ở pH=12 hay cao hơn (Shimizu et al., 1988, 1992,1993).
IgY bền với sự phân giải protein: IgY có tính đề kháng với trypsine hay chymotrysine tiêu hóa nhưng hơi nhạy cảm với pepsine tiêu hóa. Hatta (1993) chỉ định rằng hầu hết hoạt tính IgY bị mất theo đường tiêu hóa với pepsine, nhưng hoạt tính được duy trì mức 39% và 41% khi ủ với trysine và chymotrypsine sau 8h.
IgY bền với nhiệt và áp suất: IgY được dùng ấm ở các mức nhiệt khác nhau cho các giai đoạn khác nhau về thời gian. Hoạt tính gắn kết của IgY với kháng nguyên giảm với sự tăng nhiệt và thời gian làm nóng. Theo Shimizu (1992) và Hatta (1993) IgY bền với nhiệt độ 60-700C. Hoạt tính IgY giảm do sự làm nóng trong 15 phút ở 700C hay cao hơn; IgY biến tính nhiều khi làm nóng ở nhiệt độ trên 750C (Chang et al., 1999). IgY có tính bền với áp suất được ghi nhận qua sự không phát hiện ra sự bất hoạt của IgY bởi áp suất 4000kg/cm2 (Shimizu et al., 1994).
IgY bền với lạnh và khí khô: lạnh và đông khô là quá trình nhiệt thấp thường được xem như ít bị hủy hoại. Tuy nhiên, protein có lẽ phải chịu sự mất hoạt tính là kết quả của sự thay đổi cấu tạo, sự kết tập hay sự bám hút (Skrabania et al., 1994). Một số báo cáo về tính bền của IgY liên quan đến các phương pháp này: lạnh khô không làm ảnh hưởng tới hoạt tính của IgY trừ khi lặp lại nhiều lần (Shimizu et al., 1988).
Yokoyama (1992) phân tích tính chất của bột IgY nhận được bằng cách phun khô hay đông khô nước hòa tan lòng đỏ trứng gà miễn dịch với E.coli không thấy một dấu hiệu biến đổi nào trong chuẩn độ kháng thể và hàm lượng kháng thể, ngay cả khi nhiều mức nhiệt phun khô được thử nghiệm từ 140- 1700C.