Vấn đề cơ quan nào đóng vai trò lãnh đạo triển khai tái cấu trúc cũng quan trọng. Tại Thái Lan, Ủy ban tư vấn tái cấu trúc tài chính được thành lập
để ban hành các hướng dẫn cần thiết. Ủy ban này do Thứ trưởng Bộ tài chính
đứng đầu và bao gồm thành viên từ NHTW, bộ tài chính và khu vực tư nhân. Tương tự như vậy, tại Indonesia, cơ quan tái cấu trúc ngân hàng Indonesia lãnh đạo việc tái cấu trúc gồm các thành viên của các cơ quan quản lý nhà nước. Như vậy, xét về thực tế, Ngân hàng Trung ương thường không tham gia lãnh đạo trực tiếp mà chỉ đóng vai trò tham gia. John Hawkins (1999) đã thực hiện khảo sát về tái cấu trúc của 24 quốc gia cho thấy nếu Ngân hàng Trung
ương chịu trách nhiệm tái cấu trúc, thì hệ thống ngân hàng thay đổi chậm và như vậy tái cấu trúc hệ thống ngân hàng khó đạt hiệu quả cao.
Ở Việt Nam, cơ quan chịu trách nhiệm chính thực hiện tái cấu trúc ngân hàng nên là NHNN, hay Bộ tài chính, hoặc có nên thành lập một Ủy Ban tái cấu trúc ngân hàng, trực thuộc Chính phủ, như kinh nghiệm của Nhật Bản và Hàn Quốc. NHNN có lợi điểm khi là đơn vị đầu mối thực hiện tái cấu trúc vì NHNN là đơn vị trực tiếp quản lý hệ thống NH, họ dễ dàng trong việc tiếp cận thông tin để nắm rõ thực trạng hoạt động của hệ thống (phân loại NH
để kiểm soát tăng trưởng tín dụng), dễ dàng sử dụng các biện pháp hành chính trong việc thúc đẩy các giải pháp tái cấu trúc (khuyến khích các NH lớn hỗ
trợ/mua lại các NH nhỏ). Tuy nhiên, cũng nhiều ý kiến chỉ ra những hạn chế
của mô hình này là: (i) thông tin không minh bạch và chỉ có nội bộ NHNN nắm được kế hoạch tái cấu trúc trước khi đưa ra công bố công khai, (ii) thiếu sự kết hợp chặt chẽ với các cơ quan có liên quan, như Bộ Tài chính, Ủy Ban giám sát tài chính quốc gia, (iii) chi phí tái cấu trúc không xác định được
chính xác, (iv) có thể dẫn đến mâu thuẫn lợi ích hoặc nảy sinh vấn đề lợi ích nhóm.
Có thể nói, việc NHNN là cơ quan đầu mối thực hiện tái cấu trúc hệ
thống NH như hiện nay cũng có những ưu điểm nhất định, tuy nhiên mô hình này vẫn tiềm ẩn những rủi ro nhất định.