Gây biến mốc: Nấm mốc là tên chung để chỉ các loại nấm có cấu trúc hình sợi. Chúng thuộc loại thực vật hạ đẳng không có bào tử, không có diệp lục, không có khả năng
mốc sẵn có ở khắp nơi trong tự nhiên. Trong môi trường yếm khí và có đường làm thức ăn, nấm mốc phát triển rất mạnh, không đòi hỏi nghiêm khắc về nhiệt độ. pH thích hợp với nấm mốc nói chung từ 1,2 – 3,0 [35]. Đa số nấm hoại sinh phát triển tốt ở nhiệt độ 28
– 30 oC, ở những nhiệt độ cao hơn thì phát triển kém hoặc có khi không mọc [9].
Khi ủ lên men thì phần trên bề mặt của mẻ ủ thường có nấm mốc gây hại phát triển. Sự sản sinh của nấm mốc làm sản phẩm bị biến màu, mùi và mất chất dinh dưỡng (do sự phân giải của các hợp chất chứa nitơ) thậm chí sản phẩm dịch lên men chứa nấm mốc có thể gây độc cho vật nuôi. Để hạn chế nấm mốc phá hoại trong quá trình lên men cần nén chặt nguyên liệu, hạn chế không khí lọt vào, thời gian xếp nén giữa các tầng nguyên liệu không nên để quá lâu, nấm mốc dễ xâm nhập và ủ trong điều kiện kín.
Gây mùi thối: Chủ yếu do sự phát triển của trực khuẩn butyric yếm khí xâm nhập vào sản phẩm ủ. Trực khuẩn butyric có nhiều trong đất, có khả năng cố định nitơ
trong đất, thích hợp với nhiệt độ 30 – 40 oC và pH từ 6,0 - 7,0, đòi hỏi yếm khí. Trong
môi trường lên men, trực khuẩn butyric gặp điều kiện thuận lợi sẽ phát triển, phân giải rỉ đường và acid lactic, không sinh độc, không gây bệnh nhưng acid butyric có mùi thối. Để tránh sự phá hoại của trực khuẩn butyric cần tạo điều kiện thuận lợi để khuẩn lactic phát triển mạnh, sản sinh nhiều acid lactic làm pH đạt từ 3,0 – 4,5 khi đó khuẩn butyric không có điều kiện phát triển.
Điều kiện ủ trong quá trình lên men không đảm bảo: Hàm lượng nước cao sẽ làm cho acid lactic sinh ra bị pha loãng dẫn đến thời gian giảm pH kéo dài thời gian lên men từ đó các vi khuẩn gây thối sẽ có điều kiện phát triển mạnh làm hư hỏng sản phẩm lên men. Hàm lượng rỉ đường bổ sung vào mẻ lên men thiếu sẽ không có đủ cơ chất cho vi khuẩn lactic phát triển, khi đó chúng sẽ phát triển chậm lại, pH sẽ không hạ thấp được gây thối nguyên liệu. Lượng vi khuẩn lactic bổ sung quá ít sẽ dẫn đến vi khuẩn lactic phát triển chậm, lượng acid sinh ra ít không ức chế được vi khuẩn gây thối làm chúng sản phẩm lên men hư hỏng.
Như vậy, để thu được dịch lên men đạt chất lượng thì cần phải hạn chế những yếu tố ảnh hưởng xấu trong quá trình lên men và tạo những điều kiện thuận lợi cho vi khuẩn lactic phát triển. Sản phẩm dịch lên men thu được sẽ bổ sung vào thức ăn cho động vật chăn nuôi và phần bã được sử dụng sản xuất chitin – chitosan.