Mặc dù trong phòng xét nghiệm vi sinh, bảo đảm an toàn cho các nhân viên là trách nhiệm của cán bộ giám sát và Trƣởng phòng, nhƣng việc từng cá nhân ý thức đƣợc việc quản lý các vấn đề an toàn sinh học cũng rất cần thiết. Ở nhiều phòng xét nghiệm, vai trò này đƣợc giao cho một cán bộ đủ năng lực, có thể kiêm nhiệm thực hiện những nhiệm vụ này (ví dụ nhƣ các nhà vi sinh
vật học có kinh nghiệm) hoặc chia sẻ trách nhiệm này cho nhiều ngƣời. Vai trò này cũng có thể chính thức giao cho một cán bộ phụ trách về an toàn sinh học, ngƣời có kinh nghiệm làm việc trong phòng xét nghiệm và thành thạo các quy trình.
Cơ chế quản lý các vấn đề an toàn sinh học ở mỗi cơ sở cần phải đƣợc xác định, có thể thay đổi theo mức độ và theo các nguồn lực hỗ trợ cần thiết để thực thi việc quản lý. Các nhân tố quyết định gồm có: quy mô cơ sở (số lƣợng nhân viên và diện tích), số lƣợng phòng xét nghiệm, các loại tác nhân gây bệnh đƣợc thực hiện tại cơ sở, các cấp độ an toàn sinh học phòng xét nghiệm có tại cơ sở (phòng xét nghiệm an toàn sinh học cấp II, III), tính phức tạp của quy trình (chẩn đoán thông thƣờng, nghiên cứu, quy mô lớn, tái tổ hợp), các phòng/khu vực xét nghiệm chung tại cơ sở, các hoạt động liên quan tới động vật thí nghiệm hay chẩn đoán có tại cơ sở (chuột nuôi trong chuồng có kiểm soát, chuồng nuôi các động vật lớn).
Các vấn đề an toàn sinh học cần quản lý có thể bao gồm: xác định nhu cầu đào tạo và hỗ trợ phát triển cũng nhƣ triển khai các khóa đào tạo về an toàn sinh học ví dụ nhƣ an toàn sinh học nói chung, sử dụng tủ an toàn sinh học, các vấn đề an toàn sinh học liên quan tới động vật, giới thiệu cho nhân viên và đào tạo về trang phục bảo hộ. Tiến hành đánh giá nguy cơ định kỳ hoặc khi cần thiết và xây dựng các khuyến cáo cho việc sửa đổi các quy trình hay điều kiện phòng xét nghiệm. Thƣờng xuyên đánh giá hiệu quả của chƣơng trình an toàn sinh học và hệ thống quản lý đi kèm. Tham gia điều tra tai nạn và tiến hành việc báo cáo sự cố trong khuôn khổ phòng xét nghiệm hoặc trong cơ sở. Cập nhật những thông tin mới và có liên quan tới an toàn sinh học cho nhân viên mới. Phối hợp giám sát quy trình khử nhiễm, khử trùng và thải bỏ các chất lây nhiễm trong phòng xét nghiệm và tại cơ sở. Phối hợp trong việc tiếp nhận, gửi và vận chuyển chất lây nhiễm trong cơ sở theo Hƣớng dẫn của TCYTTG và Việt Nam. Thiết lập hệ thống lƣu trữ hồ sơ và bảo quản an ninh
đối với tất cả các chất lây nhiễm tại cơ sở. Phối hợp xử lý các tình huống khẩn cấp, giữ liên lạc với tất cả các nhân viên hỗ trợ, nhân viên thực hiện công việc vệ sinh và các đối tác hợp đồng có liên quan tới an toàn sinh học của cơ sở.