Đoạn gen 16S rDNA ở vi khuẩn là một công cụ hữu ích để phân loại và định danh vi khuẩn. Ngoài đặc điểm là hiện diện trong tất cả các sinh vật, vùng gen 16S rDNA có nhiều bản sao trong tế bào, có tính bảo tồn cao nhưng vẫn có những vùng trình tự khác nhau giữa các loài và trình tự đặc trưng từng nhóm vi khuẩn, đặc biệt là thích hợp với mục tiêu phân loại nhờ có kích thước vừa phải (1500 bp) thuận tiện cho việc giải trình tự.
Máy giải trình tự ABI 3130 hoạt động theo nguyên tắc của phương pháp dideoxy của Fred Sanger, tức là trong quá trình chạy PCR, mạch DNA đang được tổng hợp, nếu gặp dideoxy nucleotide thì bị dừng lại và các dòng nucleotide được tạo ra có độ dài khác nhau. Với máy giải trình tự, chúng ta sử dụng vật liệu đánh dấu là 4 màu huỳnh quang gắn vào các ddNTP’s. Hệ thống đọc huỳnh quang của máy sẽ ghi nhận các tín hiệu từ các màu huỳnh quang của các đoạn DNA đã được đánh dấu. Và như vậy chúng ta cũng thu được những đoạn DNA với chiều dài dài ngắn khác nhau.
Với thời gian thực hiện nhanh và tương đối chính xác, việc giải trình tự DNA bằng hệ thống tự động đã giúp biết được cụ thể trình tự của đoạn gen đến từng nucleotide, giúp cho việc phân tích đa dạng di truyền các giống, các loài được dễ dàng, thuận lợi hơn.
Ngày nay, với sự ra đời của hệ thống giải trình tự DNA tự động đã góp phần đáng kể vào công việc phân tích đa dạng di truyền giữa các giống loài bổ sung cho các phương pháp trên hoàn chỉnh hơn.
(Trần Nhân Dũng et al., 2012).