Năm 1996, với tầm nhìn chiến lược nhằm phát huy sức mạnh giữa ngành công nghiệp mũi nhọn của đất nước là dầu khí với nông nghiệp giữa trung ương và địa phương. Tổng Công ty Dầu khí Việt nam (nay là Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam) đã cử đoàn cán bộ đến khảo sát địa điểm tại ĐBSCL để xây dựng kho bãi, phát triển mở rộng thị trường sản phẩm ở khâu hạ nguồn. Với vị trí là trung tâm của vùng ĐBSCL, Cần Thơ đã được chọn là địa điểm để đặt trụ sở và Tổng kho xăng dầu. Công ty Liên doanh Dầu khí Mêkông (Petromekong) đã được hình thành trên cơ sở hợp tác toàn diện giữa Tập đoàn Dầu khí và 7 tỉnh ĐBSCL gồm TP Cần Thơ, tỉnh Sóc Trăng, tỉnh Bạc Liêu, tỉnh Cà Mau, tỉnh Vĩnh Long, tỉnh Trà Vinh và tỉnh An Giang theo giấy phép số 007083/GP/GPTL-02 ngày 15-05-1998 do UBND tỉnh Cần Thơ cấp với các chức năng chính là: xuất nhập khẩu trực tiếp các sản phẩm dầu mỏ, sản xuất chế biến các sản phẩm xăng dầu, kinh doanh tạm nhập tái xuất, bán buôn bán lẻ các loại xăng dầu, gas, nhớt… nhưng nhiệm vụ chính vẫn là đầu tư xây dựng Tổng kho xăng dầu Cần Thơ.
Nhằm đào tạo cán bộ và chuẩn bị thị trường kinh doanh sau khi Tổng kho xăng dầu Cần Thơ đi vào hoạt động. Năm 1999, Công ty đã đạt được một bước phát triển mới khi chính thức trở thành một trong những đầu mối nhập khẩu kinh doanh xăng dầu, được nhập khẩu trực tiếp và phân phối sản phẩm xăng dầu, giúp nâng cao vị thế không chỉ của Công ty mà còn là vị thế của tỉnh Cần Thơ khi có một doanh nghiệp đầu mối kinh doanh xăng dầu tại địa bàn với các chỉ tiêu nộp ngân sách luôn đứng đầu trong tỉnh.
Năm 2002, năm đầu tiên Tổng kho xăng dầu đi vào hoạt động càng khẳng định vị thế của Công ty khi doanh thu tăng hơn 182% so với các năm trước. Đây cũng là năm đầu tiên bắt đầu tính chi phí khấu hao Tổng kho, do đó Công ty đã triển khai rất mạnh việc mở rộng thị trường tiêu thụ và khách hàng. Từ năm 2003-2006 là giai đoạn hết sức khó khăn do thị trường thế giới biến động tăng giá rất mạnh nhưng tốc độ phát triển của Công ty vẫn tăng đáng kể và hoàn thành vượt mức kế hoạch được giao hàng năm. Đây là giai đoạn phát triển vượt bậc của Công ty về tất cả các chỉ tiêu với mức tăng trưởng 2-3 lần so với giai đoạn trước.
Năm 2007 là năm có nhiều biến đổi lớn đối với Công ty. Công ty đã lần lượt chuyển đổi loại hình hoạt động sang Công ty TNHH và được sở Kế hoạch và Đầu tư Tp.Cần Thơ cấp giấy phép CNĐKKD số 5702000488.
Bên cạnh đó,Tập đoàn Dầu khí Quốc gia Việt Nam cũng đã chuyển đổi phần vốn góp của Tập đoàn về cho Tổng Công ty Dầu Việt Nam (PV Oil) từ tháng 08/2008. Từ thời điểm này, Công ty đã trở thành thành viên của Tổng Công ty Dầu Việt Nam.
Ngày 31/12/2008, Hội đồng thành viên của Công ty đã có Quyết định số 128/QĐ-HĐTV về việc chuyển đổi Công ty TNHH Dầu khí Mê Kông thành Công ty Cổ phần Dầu khí Mê Kông. Theo đó, ngày 15/01/2009, Công ty được sở Kế hoạch và Đầu tư TP.Cần Thơ cấp giấy CNĐKKD và đăng ký thuế lần đầu với số vốn điều lệ là 112 tỷ.
Sau hơn 15 năm tồn tại và phát triển, Công ty đã khẳng định được vị thế của mình là Công ty kinh doanh xăng dầu uy tín cao của Tập đoàn Dầu khí Việt Nam tại ĐBSCL. Công ty đã mở rộng được mạng lưới phân phối khắp các tỉnh ĐBSCL, TPHCM, các tỉnh miền Đông Nam bộ và là Công ty sản xuất kinh doanh đầu tiên của Tập đoàn mở chi nhánh nước ngoài tại Campuchia; góp phần rất đáng kể vào việc mở rộng sản phẩm mang thương hiệu PetroVietnam vươn tới mọi vùng miền của đất nước và các quốc gia lân cận.
* Sơ lược về công ty dầu khí Mê Kông
- Tên tiếng Việt: Công ty Cổ phần Dầu khí Mêkông
- Tên tiếng Anh: Mekong Petroleum Joint Stock Compapy - Tên viết tắt: PV OIL MEKONG
- Địa chỉ trụ sở: Số 08, Phan Đình Phùng, P.Tân An, Q.Ninh Kiều, Cần Thơ
- Điện thoại: (0710) 3810 817 - Fax: (0710) 3810 810
- Website: www.petromekong.com.vn
- Vốn điều lệ: 350.446.780.000 đồng (ba trăm năm mươi tỷ, bốn trăm bốn mươi sáu triệu, bảy trăm tám mươi nghìn đồng)
- Giấy CNĐ KKD số: 1800277683 do Sở Kế hoạch và Đầu tư Tp. Cần Thơ cấp, đăng ký lần đầu ngày 15/01/2009, đăng ký thay đổi lần 16 ngày 23/08/2012