Quy định về chứng từđiện tử:
Chứng từ, hóa đơn là căn cứ để NNT hạch toán kế toán xác định kết quả kinh doanh của doanh nghiệp cũng như thực hiện nghĩa vụ khai thuế với cơ quan thuế. Theo cách khai thuế truyền thống bằng việc nộp hồ sơ khai thuế bằng giấy, NNT sẽ in tờ khai ra giấy, trực tiếp lên cơ quan thuế nộp hồ sơ hoặc sẽ gởi qua bưu điện. Tuy nhiên hiện nay một số doanh nghiệp sau khi thực hiện khai thuế qua mạng vẫn phải in thêm hồ sơ giấy để lưu trữ, phục vụ cho nội bộ doanh nghiệp và cho công tác thanh tra, kiểm tra của một số cơ quan chức năng không đồng ý sử dụng hồ sơ điện tử.
Vì vậy Chính phủ, Bộ Tài Chính cần có quy định rõ hơn về chứng từ điện tử, hóa đơn điện tử; tờ khai thuếđiện tửđược lưu trữ và quản lý ra sao tại trụ
sở người nộp thuế và cơ quan thuếđể có thể sử dụng và đối chiếu khi cần. Chỉ khi nào hồ sơ điện tử của doanh nghiệp được sử dụng phục vụ công tác thanh tra, kiểm tra thì lúc ấy giá trị của công việc khai thuế qua mạng mới được thể hiện đầy đủđối với NNT.
Quy định về hệ thống an toàn, bảo mật của thông tin:
Bảo mật thông tin khi khai thuế qua mạng chính là mối quan tâm của tất cả các doanh nghiệp khi tham gia dịch vụ khai thuế này. Hiện nay các văn bản pháp lý về dịch vụđiện tử chưa có quy định cụ thể về trách nhiệm của các chủ thể tham gia và các giải pháp an toàn bảo mật (mật khẩu, chữ ký điện tử).
Vì vậy Chính phủ, Bộ Tài Chính cần có quy định rõ hơn về trách nhiệm trong việc bảo mật thông tin của các cơ quan cung cấp dịch vụ khai thuế qua mạng và các biện pháp chế tài cần thiết để NNT có thể an tâm khi sử dụng dịch vụ. Bên cạnh đó cần xây dựng hệ thống giám sát và quản lý hệ thống an toàn, bảo mật có khả năng: quản lý thiết bị trong toàn mạng; giám sát và kiểm tra người dùng, khoanh vùng bị tấn công, bảo vệ mạng, bảo vệ tính toàn vẹn dữ liệu trao đổi; phòng chống các lỗ hổng, truy cập bất hợp pháp; cung cấp chứng cứ các tình tiết vi phạm an toàn, bảo mật; xây dựng thư viện lưu giữ các dấu vết của các hoạt động bất thường; hiển thị được các bản ghi giám sát ở dạng văn bản, hiển thị trực quan trạng thái an toàn, bảo mật của hệ thống.