Khi đã thu thập đầy đủ các thông tin về thị trường, thời tiết…xác định đầy đủ các điều kiện về sức khỏe, kích cỡ cá nuôi thì tiến hành xác định thời điểm thu hoạch cá và chuẩn bị tốt các công việc tiếp theo sao cho việc thu hoạch cá đạt hiệu quả cao
Chọn cỡ cá thu hoạch sao cho có hiệu quả nhất, thông thường cá lăng, cá chiên sau 12 tháng, có thể thu hoạch khi cá đạt tiêu chuẩn xuất khẩu, kích cỡ trung bình là trên 1kg/con (cá lăng) và 1,5kg/con (cá chiên); Cá thường có kích cỡ không đều vì vậy những con chưa đủ kích cỡ có thể nuôi tiếp cho đến khi cá đạt kích cỡ thương phẩm.
Không được thu hoạch cá đang trong thời gian cá bị bệnh.
Cần lấy mẫu cá gửi đến cơ quan chức năng để kiểm tra dư lượng thuốc, hoá chất, kháng sinh cấm sử dụng và hạn chế sử dụng trước khi thu hoạch.
Ngừng sử dụng các loại thuốc điều trị bệnh trước khi thu hoạch theo quy định của các ngành chức năng.
Trước khi thu hoạch 1 – 3 ngày thì giảm cho ăn và ngưng hẳn để tránh tình trạng cá yếu và chết khi vận chuyển.
Khi thu hoạch cá phải chọn thời tiết tốt; lúc không nắng, mưa bão. Thời gian thu hoạch cá tốt nhất trong ngày là vào lúc chiều tối hoặc sáng sớm vì lúc này nhiệt độ môi trường thấp, không có ánh nắng mặt trời nên sẽ hạn chế được các tác động của môi trường ảnh hưởng đến chất lượng cá trong quá trình thu hoạch, xử lý.
Kinh nghiệm thực tế nếu thu hoạch cá để bảo quản sống thì thời điểm thu hoạch cá thích hợp là chiều tối và sẽ vận chuyển qua đêm để tranh thủ thời tiết mát và kịp đến nơi tiêu thụ.