Việc tự xác định chỉ tiêu của các trường đại học là một bước tiến mới trong việc giao quyền tự chủ, tự quyết định cho các trường này. Tuy nhiên, việc tự xác định chỉ tiêu, như đã phân tích, tạo điều kiện cho các trường công lập nhiều hơn là các trường NCL. Do đó, nhà nước cần tăng cường thanh tra kiểm soát, cần làm rõ trường có đặt chỉ tiêu đúng như năng lực của mình hay không. Việc này cần làm trước khi diễn ra kỳ thi tuyển sinh, không thể để sau đó mới phát hiện và xử phạt.
Bộ GD&ĐT cần phối hợp với các Bộ và Ban ngành khác để tiến hành thăm dò nhu cầu của thị trường lao động. Bộ không đặt chỉ tiêu cho các trường, mà nên kiểm soát chỉ tiêu theo ngành của từng trường. Các ngành đang thừa lao động cần hạn chế đào tạo một cách tràn lan, những ngành đang thiếu thì cần có sự khuyến khích trong cơ chế để các trường mở rộng đào tạo. Điều này góp phần làm cho sinh viên ra trường có cơ hội tìm được việc làm cao hơn, cũng như làm việc đúng ngành nghề đào tạo.
Một giải pháp cho vấn đề tuyển sinh đầu vào đó là tạo điều kiện cho các trường NCL được thực hiện tuyển sinh riêng, các trường sẽ đề ra tiêu chí tuyển sinh phù hợp nhất theo điều kiện của mình. Biện pháp này có thể được gọi là tuyển sinh đa tiêu chí, chứ không chỉ căn cứ vào một tiêu chí là kết quả thi đại học như trước đây. Có thể lấy ĐH Phan Chu Trinh là một ví dụ, trường tuyển sinh theo 5 tiêu chí: điểm thi đại học chiếm 20% tổng điểm tuyển; điểm thi tốt nghiệp: 20%; điểm tổng kết 3 năm học cấp 3: 20%; điểm kiểm tra năng lực tư duy: 20%; điểm phỏng vấn vào trường: 20%.