Trong 10 năm qua, Nhà nước chi ngân sách cho GDĐH luôn đảm bảo năm sau tăng cao hơn năm trước, như giai đoạn 1998 – 2004 tăng bình quân 17%/năm; giai đoạn 2005 – 2009 tăng bình quân 18%/năm. Đến năm 1999, ngân sách nhà nước chi cho GDĐH chiếm 0.36% GDP, đến năm 2009 là 0.66% GDP (Tổng cục thống kê, 2011). So với tổng chi ngân sách cho giáo dục, chi cho giáo dục đại học còn thấp, chưa đáp ứng nhu cầu đào tạo và nghiên cứu khoa học (chưa nói đến khu vực đại học dân lập và tư thục). Trong khi đó, các trường ĐHTT hoạt động bằng kinh phí ngoài ngân sách, do đó việc thực hiện chính sách này chỉ tiêu tốn ngân sách nhà nước về quản lý và thanh tra, kiểm tra, giám sát. Phần chi phí này nằm trong mục “Chi thường xuyên” trong ngân sách dành cho giáo dục và đào
tạo, chung cho cả khối đại học công lập và NCL. Do đó, việc tính toán lợi ích – chi phí và phân bổ tác động rất khó thực hiện.
Tuy nhiên, xét trên quan điểm của các nhà khoa học và nhà sáng lập trường, việc mâu thuẫn lợi ích giữa quyền lãnh đạo, điều hành và quyền sở hữu làm cho những người này giảm bớt sự nhiệt tình đóng góp về khả năng nghiên cứu, năng lực điều hành nhà trường. Bên cạnh đó, việc các trường đại học không thể tuyển sinh trong vài năm gần đây gây ra chi phí không nhỏ cho các trường ĐHTT.
Xét trên quan điểm học sinh, sinh viên và phụ huynh, chính sách này ảnh hưởng đến uy tín của trường cũng như lòng tin của phụ huynh đối với chất lượng đào tạo tại các ĐHTT. Người học có xu hướng theo học tại các trường quốc tế 100% vốn nước ngoài hoặc bỏ học. Việc này gây ra một thiệt hại nhất định cho giáo dục Việt Nam.