Một trong những nguyên tắc phát triển hệ thống BHTG hiệu quả của Ủy ban Basel về giám sát ngân hàng và IADI là “Tổ chức BHTG cần hoạt động độc lập, minh bạch và có trách nhiệm giải trình và độc lập với những ảnh hưởng không mong muốn về chính trị và các ngành khác”. Hiện nay trên thế giới có hơn 120 quốc gia có hệ thống BHTG, trong số này thì hầu hết các tổ chức BHTG đều là một tổ chức độc lập và không trực thuộc NHTW.
Với góc nhìn từ việc xem xét Luật NHNN và văn bản pháp luật quy định về BHTG, căn cứ theo chức năng và nhiệm vụ cơ bản của NHNN và DIV sẽ thấy thể hiện sự mâu thuẫn. Theo quy định tại Điều 1 Luật NHNN Việt Nam thì “NHNN thực hiện chức năng quản lý nhà nước về tiền tệ và hoạt động ngân hàng, hoạt động của NHNN nhằm ổn định giá trị đồng tiền, góp phần bảo đảm an toàn hoạt động ngân hàng và hệ thống các tổ chức tín dụng,…”. Trong khi đó, hoạt động của tổ chức BHTG, về bản chất vẫn dựa theo nguyên lý của hoạt động bảo hiểm. Đó là bù đắp rủi ro theo cơ chế lấy số đông bù cho số ít chứ không thuộc một trong các chức năng quản lý của NHNN. Ngoài ra, BHTG còn có chức năng giám sát rủi ro, góp phần ổn định hệ thống tài chính. Do vậy, quy định chức năng của NHNN như là một cơ quan quản lý của BHTG là không phù hợp với chức năng của NHNN. Vì thế, NHNN nên chỉ thực hiện quản lý Nhà nước về những vấn đề liên quan đến các chỉ tiêu, tiêu chí giám sát tài chính ngân hàng để tạo sự thống nhất và phối hợp trong việc giám sát ngân hàng. Còn những vấn đề khác thì để DIV tự hoạch định và soạn thảo, trình Chính phủ phê duyệt dưới sự tư vấn của các chuyên viên, lãnh đạo các ban ngành có liên quan đến lĩnh vực kiến nghị nhằm đảm bảo mục tiêu chính sách công đã đề ra.