- Khả năng chi trả cho thuốc còn thấp: Chi tiêu cho dược phẩm trên đầu người của Việt Nam còn ở mức thấp (chiếm 1,9% trong tổng GDP bình quân đầu người trong năm 2013). Dịch vụ chăm sóc sức khỏe kém phát triển cản trở việc tiếp cận thuốc men của người dân và việc cải thiện thị trường.
- Thiếu cơ chế kiểm soát giá: Gía thuốc thay đổi mạnh trong chuỗi cung ứng do việc tăng giá tùy tiện của các đại lý phân phối và các hiệu thuốc bán lẻ. Tình trạng này không những ảnh hưởng đến khả năng chi trả thuốc tại các tỉnh của Việt Nam mà còn làm suy giảm niềm tin của người tiêu dùng vào thuốc nội.
- Nguyên liệu phục vụ sản xuất đa số phải nhập khẩu gây ra những rủi ro về chất lượng, giá cả, ... cho các doanh nghiệp sản xuất nội địa.
- Tham nhũng: Sự thống nhất giữa các nhà sản xuất thuốc nước ngoài và các nhà phân phối trong nước nhằm giữ giá thuốc ở mức cao, và tình trạng bác sĩ được nhận hoa hồng khi kê toa cho một số loại thuốc là thực tế đang xảy ra đối với ngành dược Việt Nam. Thực trạng này khiến giá thuốc tăng cao và vượt xa khả năng chi trả của người dân.
- Tình trạng thuốc giả vẫn chưa được giải quyết triệt để.
- Phân bố các doanh nghiệp sản xuất không đều, tập trung tại hai thành phố lớn là Hà Nội (30%) và Tp. Hồ Chí Minh (50%) dẫn đến sự tập trung phân phối sản phẩm tại hai thành phố này. Điều này gây khó khăn cho việc tiếp cận thuốc của người dân tại các tỉnh nhỏ lẻ, vùng nông thôn và miền núi.
- Chi phí đầu tư cho R&D thấp
- Cơ chế bảo hộ sở hữu trí tuệ tại Việt Nam còn nhiều thiếu sót. Theo nghiên cứu của tổ chức BMI thì một phần lớn thị trường thuốc generic của Việt Nam là các loại thuốc chất lượng thấp và chưc được thử nghiệm tương đương sinh học.