Sau khi Việt Nam gia nhập WTO, bên cạnh những cơ hội đầu tư ngành dược phẩm trong nước sẽ phải đối mặt với sự cạnh tranh khốc liệt hơn với doanh nghiệp nước ngoài. Việc thực hiện cắt giảm các hàng rào thương mại,
bảo hộ ngành sản xuất nội địa tạo điều kiện cho sản phẩm dược phẩm nước ngoài thâm nhập vào thị trường trong nước gây ra không ít áp lực cạnh tranh cho ngành. Cụ thể:
* Quyền kinh doanh:
Từ 1/1/2007 các doanh nghiệp nước ngoài sẽ được phép mở chi nhánh tại Việt Nam dưới hình thức liên doanh liên kết hay 100% vốn nước ngoài. Doanh nghiệp trong nước và doanh nghiệp nước ngoài sẽ được đối xử bình đẳng theo nguyên tắc đối xử quốc gia. Việc bảo hộ các doanh nghiệp phải được thực hiện đúng trong khuôn khổ WTO.
* Quyền phân phối:
Kể từ 1/1/2009 các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và chi nhánh doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài sẽ được phép trực tiếp xuất khẩu mà không phải thông qua nhập khẩu ủy thác và uỷ thác nhập khẩu.
Tuy nhiên, các doanh nghiệp nước ngoài vĩnh viễn không được phép phân phối trực tiếp dược phẩm tại Việt Nam mà phải bán lại cho các doanh nghiệp Việt Nam có chức năng phân phối. Như vậy, các doanh nghiệp nước ngoài và chi nhánh doanh nghiệp nước ngoài Việt Nam nhập khẩu trực tiếp sẽ phải bán lại cho các doanh nghiệp trong nước có chức năng phân phối.
* Thuế : Thuế nhậ p khẩ u thuố c sẽ giả m dầ n và xuố ng 2,5% vào nă m 2012
Sau khi gia nhập WTO Việt Nam cam kết giảm thuế suất đối với 47 dòng thuế chủ yếu là kháng sinh (có 18 dòng), Vitamin (4 dòng) được giảm từ 10-15% xuống 3%-13%, trung bình mức giảm 3%. Sẽ có 3 dòng thuế sẽ giảm 0-5% với thời gian trong vòng 3-5 năm. Mức thuế trung bình 2,5% sau 5 năm kể từ khi Việt Nam trở thành thành viên của WTO. Thuế đối với mỹ phẩm giảm từ 44%-17,9%. Giảm thuế nhập khẩu là thách thức cho các doanh
nghiệp sản xuất dược trong nước trong việc cạnh tranh với thuốc nhập khẩu từ nước ngoài. Các nguyên liệu làm thuốc nhập khẩu sẽ được miễm giảm đến 0% tạo điều kiệm giảm chi phí giá vốn, tuy nhiên cũng ảnh hưởng đến một số