Phân tích tổng hợp và khảo sát trên máy tính về đặc điểm phân tử gen mthfr và gen pcsk9 đối với bệnh cao cholesterol máu có tính gia đình nghiên cứu khoa học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN Đề tài: PHÂN TÍCH TỔNG HỢP VÀ KHẢO SÁT TRÊN MÁY TÍNH VỀ ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ GEN MTHFR VÀ GEN PCSK9 ĐỐI VỚI BỆNH CAO CHOLESTEROL MÁU CĨ TÍNH GIA ĐÌNH Mã số đề tài: 36 Bình Dương, tháng năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN Đề tài: PHÂN TÍCH TỔNG HỢP VÀ KHẢO SÁT TRÊN MÁY TÍNH VỀ ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ GEN MTHFR VÀ GEN PCSK9 ĐỐI VỚI BỆNH CAO CHOLESTEROL MÁU CĨ TÍNH GIA ĐÌNH Mã số đề tài: 36 Chủ nhiệm đề tài: Phạm Thị Mộng Tuyền Khoa: Công nghệ sinh học Các thành viên: Phan Ngọc Bảo Trâm Võ thị Hương Huỳnh Thanh Thủy Nguyễn Thị Phương Diệu Người hướng dẫn: ThS Trương Kim Phượng Bình Dương , tháng năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THƠNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: Phân tích tổng hợp khảo sát máy tính đặc điểm phân tử gen MTHFR gen PCSK9 bệnh cao cholesterol máu có tính gia đình - Sinh viên thực hiện: Phạm Thị Mộng Tuyền - Lớp: YD51 Khoa: Công nghệ sinh học Năm thứ: Số năm đào tạo: - Người hướng dẫn: ThS Trương Kim Phượng Mục tiêu đề tài: Bước đầu xác định tương quan đặc điểm phân tử gen MTHFR PCSK9 bệnh cao cholesterol máu có tính chất gia đình thơng qua liệu thuộc phân tích tổng hợp Kết nghiên cứu tạo tiền đề phát triển hướng nghiên cứu thực nghiệm phân tích thực nghiệm dựa vào công cụ sinh học phân tử phù hợp xác định đặc điểm phân tử gen MTHFR PCSK9 mẫu máu bệnh nhân cao cholesterol số bệnh lý liên quan Tính sáng tạo: Hiện nay, liệu đặc điểm phân tử gen MTHFR PCSK9 mẫu máu bệnh nhân cao cholesterol công bố số báo khoa học tiếng Anh giới Tuy nhiên, liệu đặc điểm phân tử gen MTHFR PCSK9 người Việt Nam chưa có nhiều cơng bố Do vậy, cơng trình nghiên cứu với cơng cụ thống kê phân tích tổng hợp để khái quát nên tương quan đặc điểm đa hình/đột biến gen mục tiêu bệnh lý rối loạn chuyển hóa cholesterol, homocystein,… Kết nghiên cứu tạo tiền đề phát triển hướng nghiên cứu nhóm gen dẫn đến bệnh lý rối loạn chuyển hóa cholesterol, homocystein,… người Việt Nam Kết nghiên cứu:  Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng biến thể (đột biến) C677T thể đồng hợp TT 12 công bố khoa học 12,469% (95%CI: 7,080-19,114, mơ hình R) mẫu bệnh 8,08% (95%CI: 4,581-12,459, mơ hình R) mẫu lành  Chỉ số OR phản ánh độ chênh xuất dạng biến thể C677T thể đột biến đồng hợp TT quần thể người châu Á OR = 1,658 (95%CI: 1,037-2,649, mơ hình R)  Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng biến thể (đột biến) A1298C thể đồng hợp CC 12 cơng bố khoa học 12,554% (95%CI: 6,89-19,930, mơ hình R) mẫu bệnh 8,404 % (95%CI: 3,327-15,510 mô hình R) mẫu lành  Chỉ số OR phản ánh độ chênh xuất dạng biến thể A1298C thể đồng hợp CC quần thể người châu Á OR = 1,5 (95%CI: 0,883-2,550, mơ hình R)  Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng đột biến gen PCSK9 mẫu bệnh FH (10 cơng trình nghiên cứu) 14,986% (95%CI: 8,020-23,650, mơ hình R) Chỉ số Proportion phản ánh giá trị tỷ lệ tăng dần xuất dạng đột biến exon PCSK9: exon 3: 0,318% (95%CI: 0,0129-1,535, mơ hình R); exon 12: 1,285% (95%CI: 0,514-2,397, mơ hình R); exon 1: 1,887% (95%CI: 0,503-4,129, mơ hình R); exon 4: 2,09% (95%CI: 0,195-8,000, mơ hình R); exon 7: 5,185 % (95%CI: 0,939-12,568, mơ hình R); exon 9: 10,461 % (95%CI: 3,142-21,367, mơ hình R)  Chọn lọc cặp mồi phù hợp với việc khuếch đại vùng trình tự gen mục tiêu: cặp mồi M_F2 & M_R2 cặp mồi M_F7 & M_R7 khuếch đại vùng gen MTHFR, bao quanh biến thể C677T với kích thước sản phẩm PCR 1958 bp biến thể A1298C với kích thước sản phẩm PCR 163 bp; cặp mồi P_F2 & P_R2 khuếch đại vùng gen PCSK9, bao quanh vùng trình tự exon với kích thước sản phẩm PCR 518 bp Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phòng khả áp dụng đề tài: Công bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ tên tạp chí có) nhận xét, đánh giá sở áp dụng kết nghiên cứu (nếu có): Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Nhận xét người hướng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi): Nhóm sinh viên chủ động khai thác liệu khoa học xử lý, phân tích thống kê theo số Odds ratio Proportion để phản ánh tương quan tính chất đột biến trội gen MTHFR, PCSK9 bệnh lý FH với số bệnh lý khác liên quan Kết nghiên cứu sở khoa học để thực tiếp nội dung nghiên cứu chuyên sâu – thiết lập quy trình phân tích/sàng lọc đặc điểm phân tử gen MTHFR, PCSK9 để làm rõ nguyên nhân dẫn đến bệnh lý rối loạn cholesterol máu, rối loạn homocystein bệnh lý tim mạch Việt Nam Ngày Xác nhận đơn vị (ký tên đóng dấu) tháng năm Người hướng dẫn (ký, họ tên) BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THƠNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN: Ảnh 4x6 Họ tên: Phạm Thị Mộng Tuyền Sinh ngày: 10 tháng năm 1997 Nơi sinh: Long An Lớp: YD51 Khóa: 2015-2019 Khoa: Cơng nghệ sinh học Địa liên hệ: 142, ấp 7, xã Nhựt Chánh, huyện Bến Lức, tình Long An Điện thoại: 0352525768 Email: 1553010231tuyen@ou.edu.vn II Q TRÌNH HỌC TẬP (kê khai thành tích sinh viên từ năm thứ đến năm học): * Năm thứ 1: Ngành học: Công nghệ sinh học Khoa: Công nghệ sinh học Kết xếp loại học tập: trung bình Sơ lược thành tích: Học kì I: 6,29 Học kì II: 5,5 Học kì III: 5,75 * Năm thứ 2: Ngành học: Công nghệ sinh học Kết xếp loại học tập: trung bình-khá Khoa: Cơng nghệ sinh học Sơ lược thành tích: Học kì I:5,64 Học kì II: 5,77 Học kì III: 7,29 * Năm thứ 3: Ngành học: Công nghệ sinh học y dược Khoa: Công nghệ sinh học Kết xếp loại học tập: trung bình-khá Sơ lược thành tích: Học kì I: 7,8 Học kì II: 6,31 Học kì III: 7,08 * Năm thứ 4: Ngành học: Công nghệ sinh học y dược Khoa: Công nghệ sinh học Kết xếp loại học tập: trung bình-khá Sơ lược thành tích: Học kì I: 10 Ngày tháng năm Xác nhận đơn vị Sinh viên chịu trách nhiệm (ký tên đóng dấu) thực đề tài (ký, họ tên) MỤC LỤC MỤC LỤC i DANH MỤC BẢNG iii DANH MỤC HÌNH .iv DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT .v ĐẶT VẤN ĐỀ PHẦN I : TỔNG QUAN Bệnh cao cholesterol máu có tính gia đình (Familial Hypercholesterolaemia FH) Gen mục tiêu: Proprotein convertase subtilisin/kexin (PCSK9) Methyltetrahydrofolate reductase (MTHFR) 10 2.1 Gen PCSK9 10 2.2 Gen MTHFR 11 Tình hình nghiên cứu tính chất đa hình/tính chất đột biến gen mục tiêu bệnh cao cholesterol máu có tính gia đình số bệnh lý khác liên quan 12 3.1 Gen PCSK9 12 3.2 Gen MTHFR 13 Phương pháp phân tích tổng hợp (Meta –analysis) 15 PHẦN II : VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .17 Vật liệu: 17 1.1 Công cụ phần mềm: 17 1.2 Công cụ trực tuyến: 17 Phương pháp: .17 2.1 Phương pháp khai thác liệu phân tích tổng hợp 17 2.2 Khảo sát máy tính (In silico): 18 Trang i PHẦN IV: KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ Kết luận: Các kết cơng trình nghiên cứu phản ánh tổng hợp đặc điểm phân tử gen mục tiêu: MTHFR PCSK9, điển hình dạng đa hình, đột biến xảy dẫn đến số bệnh lý di truyền, liên quan đên chuyển hóa cholesterol, homocystein, hình thành huyết khối (cục máu đông) nguy mắc bệnh lý liên quan, dựa vào liệu khoa học giới cập nhật đến tháng năm 2019, cụ thể là: 1.1 Nội dung khai thác liệu phân tích tổng hợp gen MTHFR: - Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng biến thể (đột biến) C677T thể đồng hợp TT 12 công bố khoa học 12,469% (95%CI: 7,08019,114, mơ hình R) mẫu bệnh 8,08% (95%CI: 4,581-12,459, mơ hình R) mẫu lành - Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng biến thể (đột biến) C677T thể đồng hợp TT quần thể người châu Á 13,682% (95%CI: 6,89522,321, mơ hình R) mẫu bệnh 8,415% (95%CI: 4,129-14,035, mơ hình R) mẫu lành - Chỉ số OR phản ánh độ chênh xuất dạng biến thể C677T thể đột biến đồng hợp TT quần thể người châu Á OR = 1,658 (95%CI: 1,037-2,649, mơ hình R) - Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng biến thể (đột biến) A1298C thể đồng hợp CC 12 công bố khoa học 12,554% (95%CI: 6,8919,930, mơ hình R) mẫu bệnh 8,404 % (95%CI: 3,327-15,510 mơ hình R) mẫu lành - Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng biến thể (đột biến) A1298C thể đồng hợp CC quần thể người châu Á 12,185% (95%CI: 3,80524,418, mơ hình R) mẫu bệnh 8,53% (95%CI: 1,933-19,177, mơ hình R) mẫu lành - Chỉ số OR phản ánh độ chênh xuất dạng biến thể A1298C thể đồng hợp CC quần thể người châu Á OR = 1,5 (95%CI: 0,883-2,550, mô hình R) Trang 37 1.2 Nội dung khai thác liệu phân tích tổng hợp gen PCSK9:  Chỉ số Proportion phản ánh tỷ lệ xuất dạng đột biến gen PCSK9 mẫu bệnh FH (10 cơng trình nghiên cứu) 14,986% (95%CI: 8,02023,650, mơ hình R)  Chỉ số Proportion phản ánh giá trị tỷ lệ tăng dần xuất dạng đột biến exon PCSK9: exon 3: 0,318% (95%CI: 0,0129-1,535, mơ hình R); exon 12: 1,285% (95%CI: 0,514-2,397, mơ hình R); exon 1: 1,887% (95%CI: 0,503-4,129, mơ hình R); exon 4: 2,09% (95%CI: 0,195-8,000, mơ hình R); exon 7: 5,185 % (95%CI: 0,939-12,568, mơ hình R); exon 9: 10,461 % (95%CI: 3,142-21,367, mơ hình R) 1.3 Nội dung khảo sát in silico: Dựa vào công cụ tin sinh học, dự kiến chọn lựa cặp mồi phù hợp để đưa vào nội dung nghiên cứu thực nghiệm công cụ sinh học phân tử phù hợp (PCR kết hợp giải trình tự) để phân tích đặc điểm phân tử vùng gen mục tiêu: - Cặp mồi M_F2 & M_R2 cặp mồi M_F7 & M_R7 khuếch đại vùng gen MTHFR, bao quanh biến thể C677T với kích thước sản phẩm PCR 1958 bp biến thể A1298C với kích thước sản phẩm PCR 163 bp; - Cặp mồi P_F2 & P_R2 khuếch đại vùng gen PCSK9, bao quanh vùng trình tự exon với kích thước sản phẩm PCR 518 bp Đề nghị: Chuyên đề nghiên cứu khoa học thực thời gian tháng, đó, có điều kiện chúng tơi tiếp tục hoàn thiện nghiên cứu với nội dung nghiên cứu chuyên sâu dự kiến đăng báo khoa học tạp chí khoa học Trường Đại học Mở thành phố Hồ Chí Minh Nội dung nghiên cứu chuyên sâu dự kiến bao gồm: - Xác định rõ mối tương quan tính chất đột biến trải dài vùng exon khác thuộc gen PCSK9 nội dung khai thác liệu phân tích tổng hợp nội dung phân tích thực nghiệm quy trình PCR kết hợp giải trình tự số vùng trinh tự exon gen PCSK9 mang đột biến trội Trang 38 - Phân tích thêm số Proportion số OR biến thể CC, CT TT thuộc dạng đa hình/đột biến A1298C AA, AC CC thuộc đa hình/đột biến A1298C gen MTHFR, xét yếu tố phân hạng: phương pháp phân tích đặc điểm phân tử; thơng tin bệnh học: số cholesterol máu, cân nặng, bệnh lý, độ tuổi, Trang 39 TÀI LIỆU THAM KHẢO Abifadel M., Varret M., Rabes J P., Allard D., Ouguerram K., Devillers M., Cruaud C., Benjannet S., Wickham L., Erlich D., Derre A., Villeger L., Farnier M., Beucler I., Bruckert E., Chambaz J., Chanu B., Lecerf J M., Luc G., Moulin P., Weissenbach J., Prat A., Krempf M., Junien C., Seidah N G., Boileau C (2003), Mutations in PCSK9 cause autosomal dominant hypercholesterolemia, Nature Genetics, 34(2), pp 154-156 Almawi, W Y., Khan, A., Al-Othman, S S., & Bakhiet, M (2009) Casecontrol Study of methylenetetrahydrofolate hyperhomocysteinemia and risk of reductase stroke Journal mutations of Stroke and and Cerebrovascular Diseases, 18(5), 407-408 Basu, A (2017) How to conduct meta-analysis: a basic tutorial Brown, M S., & Goldstein, J L (1986) A receptor-mediated pathway for cholesterol homeostasis Science, 232(4746), 34-47 Chehadeh, S W E H., Jelinek, H F., Al Mahmeed, W A., Tay, G K., Odama, U O., Elghazali, G E., & Al Safar, H S (2016) Relationship between MTHFR A1298C and A1298C gene polymorphisms and complications of type diabetes mellitus in an Emirati population Meta gene, 9, 70-75 Chehadeh, S W E H., Jelinek, H F., Al Mahmeed, W A., Tay, G K., Odama, U O., Elghazali, G E., & Al Safar, H S (2016) Relationship between MTHFR C677T and A1298C gene polymorphisms and complications of type diabetes mellitus in an Emirati population Meta gene, 9, 70-75 Cohen, J., Pertsemlidis, A., Kotowski, I K., Graham, R., Garcia, C K., & Hobbs, H H (2005) Low LDL cholesterol in individuals of African descent resulting from frequent nonsense mutations in PCSK9 Nature genetics, 37(2), 161 Davidson, E R., Snider, M J., Bartsch, K., Hirsch, A., Li, J., & Larry, J (2018) Tolerance of Proprotein Convertase Subtilisin/Kexin type (PCSK9) Inhibitors in Patients With Self-Reported Statin Intolerance Journal of pharmacy practice, 0897190018799218 Trang 40 Di Taranto, M D., Benito-Vicente, A., Giacobbe, C., Uribe, K B., Rubba, P., Etxebarria, A., & Fortunato, G (2017) Identification and in vitro characterization of two new PCSK9 Gain of Function variants found in patients with Familial Hypercholesterolemia Scientific reports, 7(1), 15282 10 Dikmen, M., Ozbabalik, D., Gunes, H V., Degirmenci, I., Bal, C., Ozdemir, G., & Basaran, A (2006) Acute stroke in relation to homocysteine and methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphisms Acta neurologica scandinavica, 113(5), 307-314 11 Fekih-Mrissa, N., Mrad, M., Klai, S., Mansour, M., Nsiri, B., Gritli, N., & Mrissa, R (2013) Methylenetetrahydrofolate reductase (C677T and A1298C) polymorphisms, hyperhomocysteinemia, and ischemic stroke in Tunisian patients Journal of Stroke and Cerebrovascular Diseases, 22(4), 465-469 12 Födinger, M., Hörl, W H., & Sunder-Plassmann, G (2000) Molecular biology of 5, 10-methylenetetrahydrofolate reductase Journal of Nephrology, 13(1), 2033 13 Froese, D S., Kopec, J., Rembeza, E., Bezerra, G A., Oberholzer, A E., Suormala, T., & Yue, W W (2018) Structural basis for the regulation of human 5, 10-methylenetetrahydrofolate reductase by phosphorylation and Sadenosylmethionine inhibition Nature communications, 9(1), 2261 14 Frosst, P., Blom, H J., Milos, R., Goyette, P., Sheppard, C A., Matthews, R G., & Rozen, R (1995) A candidate genetic risk factor for vascular disease: a common mutation in methylenetetrahydrofolate reductase Nature genetics, 10(1), 111 15 Goyette, P., Sumner, J S., Milos, R., Duncan, A M., Rosenblatt, D S., Matthews, R G., & Rozen, R (1994) Human methylenetetrahydrofolate reductase: isolation of cDNA, mapping and mutation identification Nature genetics, 7(2), 195 16 Hartgers, M L., Ray, K K., & Hovingh, G K (2015) New approaches in detection and treatment of familial hypercholesterolemia Current cardiology reports, 17(12), 109 Trang 41 17 Hooper, A J., Marais, A D., Tanyanyiwa, D M., & Burnett, J R (2007) The C679X mutation in PCSK9 is present and lowers blood cholesterol in a Southern African population Atherosclerosis, 193(2), 445-448 18 Hopkins, P N., Toth, P P., Ballantyne, C M., & Rader, D J (2011) Familial hypercholesterolemias: prevalence, genetics, diagnosis and screening recommendations from the National Lipid Association Expert Panel on Familial Hypercholesterolemia Journal of clinical lipidology, 5(3), S9-S17 19 Hou, N., Chen, S., Chen, F., Jiang, M., Zhang, J., Yang, Y., & Xu, C (2016) Association between premature ovarian failure, polymorphisms in MTHFR and MTRR genes and serum homocysteine concentration Reproductive biomedicine online, 32(4), 407-413 20 Hovingh, G K., Davidson, M H., Kastelein, J J., & O'connor, A M (2013) Diagnosis and treatment of familial hypercholesterolaemia European heart journal, 34(13), 962-971 21 Humphries, S E., Whittall, R A., Hubbart, C S., Maplebeck, S., Cooper, J A., Soutar, A K., & Miller, J P (2006) Genetic causes of familial hypercholesterolaemia in patients in the UK: relation to plasma lipid levels and coronary heart disease risk Journal of medical genetics, 43(12), 943-949 22 Kawashiri, M A., Kajinami, K., Nohara, A., Yagi, K., Inazu, A., Koizumi, J., & Mabuchi, H (2000) Effect of common methylenetetrahydrofolate reductase gene mutation on coronary artery disease in familial hypercholesterolemia The American journal of cardiology, 86(8), 840-845 23 Kerkeni, M., Addad, F., Chauffert, M., Myara, A., Gerhardt, M., Chevenne, D., & Maaroufi, K (2006) Hyperhomocysteinaemia, methylenetetrahydrofolate reductase polymorphism and risk of coronary artery disease Annals of clinical biochemistry, 43(3), 200-206 24 Klose, G., Laufs, U., März, W., & Windler, E (2014) Familial hypercholesterolemia: developments in diagnosis and treatment Deutsches Ärzteblatt International, 111(31-32), 523 25 Laraqui, A., Allami, A., Carrié, A., Raisonnier, A., Coiffard, A S., Benkouka, F., & Benomar, A (2007) Relation between plasma homocysteine, gene Trang 42 polymorphisms of homocysteine metabolism-related enzymes, and angiographically proven coronary artery disease European journal of internal medicine, 18(6), 474-483 26 Li, W X., Dai, S X., Zheng, J J., Liu, J Q., & Huang, J F (2015) Homocysteine metabolism gene polymorphisms (MTHFR A1298C, MTHFR A1298C, MTR A2756G and MTRR A66G) jointly elevate the risk of folate deficiency Nutrients, 7(8), 6670-6687 27 McCully, K S (1969) Vascular pathology of homocysteinemia: implications for the pathogenesis of arteriosclerosis The American journal of pathology, 56(1), 111 28 Mudd, S H., & Levy, H L (1983) Disorders of transsulfuration Metabolic basis of inherited disease/[edited by] John B Stanbury [et al.] 29 Najam, O., & Ray, K K (2015) Familial hypercholesterolemia: a review of the natural history, diagnosis, and management Cardiology and therapy, 4(1), 2538 30 Ni, W., Li, H., Wu, A., Zhang, P., Yang, H., Yang, X., & Jiang, L (2015) Lack of association between genetic polymorphisms in three folate-related enzyme genes and male infertility in the Chinese population Journal of assisted reproduction and genetics, 32(3), 369-374 31 Nordestgaard, B G., Chapman, M J., Humphries, S E., Ginsberg, H N., Masana, L., Descamps, O S., & Wiegman, A (2013) Familial hypercholesterolaemia is underdiagnosed and undertreated in the general population: guidance for clinicians to prevent coronary heart disease: consensus statement of the European Atherosclerosis Society European heart journal, 34(45), 3478-3490 32 Nozue, T (2017) Lipid lowering therapy and circulating PCSK9 concentration Journal of atherosclerosis and thrombosis, 24(9), 895-907 33 Nuglozeh, E., & Hasona, N A (2017) Co-segregation of PCSK9 gene I474V variant with diabetic and hypercholesterolemic subjects International Journal of Medical Research and Health Sciences, 6(6), 100-105 Trang 43 34 Patel, R S., Scopelliti, E M., & Savelloni, J (2015) Therapeutic management of familial hypercholesterolemia: current and emerging drug therapies Pharmacotherapy: The Journal of Human Pharmacology and Drug Therapy, 35(12), 1189-1203 35 Pisciotta, L., Cortese, C., Gnasso, A., Liberatoscioli, L., Pastore, A., Mannucci, L., & Bertolini, S (2005) Serum homocysteine, methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphism and cardiovascular disease in heterozygous familial hypercholesterolemia Atherosclerosis, 179(2), 333-338 36 Rashid, S., Curtis, D E., Garuti, R., Anderson, N N., Bashmakov, Y., Ho, Y K., & Horton, J D (2005) Decreased plasma cholesterol and hypersensitivity to statins in mice lacking Pcsk9 Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(15), 5374-5379 37 Real, J T., Martinez-Hervas, S., Garcia-Garcia, A B., Chaves, F J., Civera, M., Ascaso, J F., & Carmena, R (2010) Association of A1298C polymorphism in MTHFR gene, high homocysteine and low HDL cholesterol plasma values in heterozygous familial hypercholesterolemia Journal of atherosclerosis and thrombosis, 16(6), 815-820 38 Real, V., Heaney, P R., Fenwick, G R., & Portas, C A M (2010) Glucosinolates in crop plants Horticultural reviews, 55, 99 39 Rodseth, R., & Marais, L C (2016) Meta-analysis: Everything you wanted to know but were afraid to ask SA Orthopaedic Journal, 15(4), 31-36 40 Ryan R (2013) Heterogeneity and subgroup analyses in cochrane consumers and communication review group reviews: planning the analysis at protocol stage Cochrane Consumers and Communication Review Group 41 Sawuła, W., Banecka-Majkutewicz, Z., Kadziński, L., Jakóbkiewicz-Banecka, J., Węgrzyn, G., Nyka, W., & Banecki, B (2009) Homocysteine level and metabolism in ischemic stroke in the population of Northern Poland Clinical biochemistry, 42(6), 442-447 42 Sazci, A., Ergul, E., Tuncer, N., Akpinar, G., & Kara, I (2006) Methylenetetrahydrofolate reductase gene polymorphisms are associated with Trang 44 ischemic and hemorrhagic stroke: Dual effect of MTHFR polymorphisms A1298C and A1298C Brain research bulletin, 71(1-3), 45-50 43 Scartezini, M., Hubbart, C., Whittall, R A., Cooper, J A., Neil, A H., & Humphries, S E (2007) The PCSK9 gene R46L variant is associated with lower plasma lipid levels and cardiovascular risk in healthy UK men Clinical Science, 113(11), 435-441 44 Seidah, N G., Awan, Z., Chrétien, M., & Mbikay, M (2014) PCSK9: a key modulator of cardiovascular health Circulation research, 114(6), 1022-1036 45 Soutar, A K., & Naoumova, R P (2007) Mechanisms of disease: genetic causes of familial hypercholesterolemia Nature Reviews Cardiology, 4(4), 214 46 Strauss, K A., Morton, D H., Puffenberger, E G., Hendrickson, C., Robinson, D L., Wagner, C., & Niculescu, M D (2007) Prevention of brain disease from severe 5, 10-methylenetetrahydrofolate reductase deficiency Molecular genetics and metabolism, 91(2), 165-175 47 Tripathi, R., Tewari, S., Singh, P K., & Agarwal, S (2010) Association of homocysteine and methylene tetrahydrofolate reductase (MTHFR C677T) gene polymorphism with coronary artery disease (CAD) in the population of North India Genetics and molecular biology, 33(2), 224-228 48 van der Put, N M., Gabreëls, F., Stevens, E M., Smeitink, J A., Trijbels, F J., Eskes, T K., & Blom, H J (1998) A second common mutation in the methylenetetrahydrofolate reductase gene: an additional risk factor for neuraltube defects? The American Journal of Human Genetics, 62(5), 1044-1051 49 Wang, B J., Liu, M J., Wang, Y., Dai, J R., Tao, J Y., Wang, S N., & Chen, Y (2015) Association between SNPs in genes involved in folate metabolism and preterm birth risk Genet Mol Res, 14(1), 850-859 50 Wang, X., Wei, H., Tian, Y., Wu, Y., & Luo, L (2018) Genetic variation in folate metabolism is associated with the risk of conotruncal heart defects in a Chinese population BMC pediatrics, 18(1), 287 51 Yang, B., Liu, Y., Li, Y., Fan, S., Zhi, X., Lu, X., & Sun, G (2013) Geographical distribution of MTHFR A1298C, A1298C and MTRR A66G Trang 45 gene polymorphisms in China: findings from 15357 adults of Han nationality PloS one, 8(3), e57917 52 Yuan, R Y., Sheu, J J., Yu, J M., Hu, C J., Tseng, J., Ho, C S., & Chiang, T R (2009) Methylenetetrahydrofolate reductase polymorphisms and plasma homocysteine in levodopa-treated and non-treated Parkinson's disease patients Journal of the neurological sciences, 287(1-2), 64-68 53 Zhi, X., Yang, B., Fan, S., Wang, Y., Wei, J., Zheng, Q., & Sun, G (2016) Gender-specific interactions of MTHFR A1298C and MTRR A66G polymorphisms with overweight/obesity on serum lipid levels in a Chinese Han population Lipids in health and disease, 15(1), 185 54 Zwahlen M., Renehan A., … & Egger M (2008, May) Meta-analysis in medical research: potentials and limitations In Urologic Oncology: Seminars and Original Investigations (Vol 26, No 3, pp 320-329) 55 https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=MTHFR 56 https://www.genecards.org/cgibin/carddisp.pl?gene=PCSK9&keywords=PCSK9 57 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4524 58 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/255738 Trang 46 PHẦN PHỤ LỤC Bảng III.2.1 Đặc điểm liệu khoa học đột biến thể hoang dại CC (C677T) gen MTHFR 12 công bố khoa học Tác giả Năm Quốc gia Chủng tộc Loại Cỡ Số mẫu mẫu mẫu đột biến Wang,2018 2018 Trung Quốc Châu Á Máu 427 148 Hou, 2016 2016 Trung Quốc Châu Á Máu 375 140 Chehadeh,2016 2016 Ả Rập Châu Á Máu 378 287 Ni, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 500 201 Wang,2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 503 161 Fekih-Mrissa, 2013 2013 Tunisian Châu Phi Máu 184 95 Gupta, 2012 2012 Ấn Độ Châu Á Máu 399 286 Han, 2010 2010 Hàn Quốc Châu Á Máu 491 146 Tripathi, 2010 2010 Ấn Độ Châu Á Máu 660 548 Almawi, 2009 2009 Bahraini Châu Á Máu 238 144 Sawua, 2009 2009 Ba Lan Châu Âu Máu 195 105 Kerkeni, 2006 2006 Tunisian Châu Phi Máu 220 107 Chú thích: CC: đột biến thể hoang dại CT: đột biến thể dị hợp CC: đột biến thể đồng hợp Trang 47 Bảng III.2.2 Đặc điểm liệu khoa học đột biến thể dị hợp CT (C677T) gen MTHFR 12 công bố khoa học Năm Tác giả Quốc gia Chủng tộc Loại Cỡ Số mẫu mẫu mẫu đột biến Wang,2018 2018 Trung Quốc Châu Á Máu 427 188 Hou, 2016 2016 Trung Quốc Châu Á Máu 375 174 Chehadeh,2016 2016 Ả Rập Châu Á Máu 378 76 Ni, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 500 229 Wang,2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 503 242 Fekih-Mrissa, 2013 2013 Tunisian Châu Phi Máu 184 78 Gupta, 2012 2012 Indian Châu Á Máu 399 109 Han, 2010 2010 Hàn Quốc Châu Á Máu 491 267 Tripathi, 2010 2010 Ấn Độ Châu Á Máu 660 98 Almawi, 2009 2009 Bahraini Châu Á Máu 238 52 Sawua, 2009 2009 Ba Lan Châu Âu Máu 195 69 Kerkeni, 2006 2006 Tunisian Châu Phi Máu 220 90 Bảng III.2.3 Đặc điểm liệu khoa học đột biến thể đồng hợp TT (C677T) gen MTHFR 12 công bố khoa học Tác giả Năm Quốc gia Chủng tộc Loại Cỡ Số mẫu mẫu mẫu đột biến Wang,2018 2018 Trung Quốc Châu Á Máu 427 91 Hou, 2016 2016 Trung Quốc Châu Á Máu 375 174 Chehadeh,2016 2016 Ả Rập Châu Á Máu 378 15 Ni, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 500 70 Wang,2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 503 100 Fekih-Mrissa, 2013 2013 Tunisian Châu Phi Máu 184 11 Gupta, 2012 2012 Indian Châu Á Máu 399 Han, 2010 2010 Hàn Quốc Châu Á Máu 491 84 Tripathi, 2010 2010 Ấn Độ Châu Á Máu 660 14 Almawi, 2009 2009 Bahraini Châu Á Máu 238 42 Sawua, 2009 2009 Ba Lan Châu Âu Máu 195 13 Kerkeni, 2006 2006 Tunisian Châu Phi Máu 220 23 Trang 48 Bảng III.2.4 Đặc điểm liệu khoa học đột biến thể hoang dại AA (A1298C) gen MTHFR 12 công bố khoa học Tác giả Năm Quốc gia Chủng tộc Loại Cỡ Số mẫu mẫu mẫu đột biến Wang, 2018 2018 Trung Quốc Châu Á Máu 427 167 Hou, 2016 2016 Trung Quốc Châu Á Máu 375 259 Chehadeh,2016 2016 Ả Rập Châu Á Máu 378 63 Ni, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 500 318 Wang, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 503 357 Fekih-Mrissa, 2013 2013 Tunisian Châu Phi Máu 184 151 Han,2010 2010 Hàn Quốc Châu Á Máu 498 361 Almawi,2009 2009 Bahraini Châu Á Máu 238 104 Sawua, 2009 2009 Ba Lan Châu Âu Máu 195 79 Laraqui,2007 2007 Morocco Châu Phi Máu 230 100 Kerkeni,2006 2006 Tunisian Châu Phi Máu 220 126 Dikmen , 2006 2006 Thổ Nhĩ Kì Châu Âu Máu 258 97 Bảng III.2.5 Đặc điểm liệu khoa học đột biến thể dị hợp AC (A1298C) gen MTHFR 12 công bố khoa học Tác giả Năm Quốc gia Chủng tộc Loại Cỡ Số mẫu mẫu mẫu đột biến Wang, 2018 2018 Trung Quốc Châu Á Máu 427 167 Hou, 2016 2016 Trung Quốc Châu Á Máu 375 259 Chehadeh,2016 2016 Ả Rập Châu Á Máu 378 63 Ni, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 500 318 Wang, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 503 357 Fekih-Mrissa, 2013 2013 Tunisian Châu Phi Máu 184 151 Han,2010 2010 Hàn Quốc Châu Á Máu 498 361 Almawi,2009 2009 Bahraini Châu Á Máu 238 104 Sawua, 2009 2009 Ba Lan Châu Âu Máu 195 79 Trang 49 Laraqui,2007 2007 Morocco Châu Phi Máu 230 100 Kerkeni,2006 2006 Tunisian Châu Phi Máu 220 126 Dikmen , 2006 2006 Thổ Nhĩ Kì Châu Âu Máu 258 97 Bảng III.2.6 Đặc điểm liệu khoa học đột biến thể đồng hợp CC (A1298C) gen MTHFR 12 công bố khoa học Tác giả Năm Quốc gia Chủng tộc Loại Cỡ Số mẫu mẫu mẫu đột biến Wang, 2018 2018 Trung Quốc Châu Á Máu 427 122 Hou, 2016 2016 Trung Quốc Châu Á Máu 375 16 Chehadeh,2016 2016 Ả Rập Châu Á Máu 378 133 Ni, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 500 14 Wang, 2015 2015 Trung Quốc Châu Á Máu 503 19 Fekih-Mrissa, 2013 2013 Tunisian Châu Phi Máu 184 11 Han,2010 2010 Hàn Quốc Châu Á Máu 498 Almawi,2009 2009 Bahraini Châu Á Máu 238 36 Sawua, 2009 2009 Ba Lan Châu Âu Máu 195 29 Laraqui,2007 2007 Morocco Châu Phi Máu 230 37 Kerkeni,2006 2006 Tunisian Châu Phi Máu 220 20 Dikmen , 2006 2006 Thổ Nhĩ Kì Châu Âu Máu 258 26 Trang 50 Bảng III.13 Chỉ số OR độ chênh xuất dạng biến thể A1298C Phân tích ảnh hưởng OR [95% CI;p] [Mơ hình; I2 %; PH] Chỉ số Tổng mẫu (Số công bố khoa học) N 12 AA 0,766 (0,6060,967;0,025) [R;62,29%;0,00 21] AC 1,146 (0,901-1,457;0,265) [R;64,40%; 0,0011] CC 1,424 (0,955-2,124;0,083) [R; 60,70%;0,032] Châu lục Châu Á Châu PhiChâu Âu 0,785 (0,616-0,997; 0,047) [R; 53,16%, 0,0462] 1,066 (0,822-1,434; 0,563) [R; 66,52%, 0,0064] 1,5 (0,883-2,550; 0,134) [R; 68,34%; 0,0042] 0,69 (0,392-1,216; 0,199) [R; 75,59%, 0,0025] 1,305 (0,781-2,179; 0,31) [R; 68,45%; 0,0130] 1,36 (0,668-2,770; 0,396) [R; 55,85%; 0,0596] 1,134 (0,843-1,524; 0,406) [R; 69,23%; 0,0006] 1,603 (0,925-2,777; 0,093) [R; 61,63%; 0,0052] 1.213 (0.856-1.720; 0,188) [F; 32,12%; 0,2248] 1.156 (0.629-2.125; 0,64) [R; 75,85%; 0,0419] Dạng bệnh Homocystein 10 Khác 0,776 (0,612-0,985; 0,037) [R; 55,23%; 0,0173] 0,763 (0,288-2,026; 0,588) [R; 87,80%, 0,0042] Trang 51 ... thực chuyên đề nghiên cứu khoa học sinh viên: “PHÂN TÍCH TỔNG HỢP VÀ KHẢO SÁT TRÊN MÁY TÍNH VỀ ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ TRÊN GEN MTHFR PCSK9 ĐỐI VỚI BỆNH CAO CHOLESTEROL MÁU CĨ TÍNH GIA ĐÌNH” Trang Mục... DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN Đề tài: PHÂN TÍCH TỔNG HỢP VÀ KHẢO SÁT TRÊN MÁY TÍNH VỀ ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ GEN MTHFR VÀ... quan đặc điểm phân tử gen MTHFR PCSK9 bệnh cao cholesterol máu có tính chất gia đình thơng qua liệu thuộc phân tích tổng hợp Kết nghiên cứu tạo tiền đề phát triển hướng nghiên cứu thực nghiệm phân