Nghiên cứu đặc điểm phân tử trên gen apob và ldlr đối với bệnh tăng cholesterol máu có tính gia đình nghiên cứu khoa học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ TRÊN GEN APOB VÀ LDLR ĐỐI VỚI BỆNH TĂNG CHOLESTEROL MÁU CĨ TÍNH GIA ĐÌNH Bình Dương, tháng 03 năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ TRÊN GEN APOB VÀ LDLR ĐỐI VỚI BỆNH TĂNG CHOLESTEROL MÁU CÓ TÍNH GIA ĐÌNH Chủ nhiệm đề tài: Mai Kim Bảo Châu Khoa: Công nghệ Sinh học Các thành viên: Mai Thị Tiền Phi Lâm Thị Ngọc Người hướng dẫn: ThS Trương Kim Phượng Bình Dương, tháng 03 năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CỘNG HỒ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: Tên đề tài: NGHIÊN CỨU ĐẶC ĐIỂM PHÂN TỬ TRÊN GEN APOB VÀ LDLR ĐỐI VỚI BỆNH TĂNG CHOLESTEROL MÁU CĨ TÍNH GIA ĐÌNH Sinh viên thực hiện: Mai Kim Bảo Châu Lớp: DH15YD51 Khoa: Công nghệ Sinh học Năm thứ: Số năm đào tạo: Người hướng dẫn: ThS Trương Kim Phượng Mục tiêu đề tài: Khảo sát tính chất đột biến điểm xuất gen APOB LDLR bệnh nhân tăng cholesterol máu, dựa vào phương pháp sinh học phân tử phù hợp: kỹ thuật PCR kết hợp giải tình tự Tính sáng tạo: Ứng dụng phương pháp Phân tích tổng hợp (Meta-analysis) việc phản ánh tương quan tính chất đột biến điểm trội gen LDLR gen APOB bệnh tăng cholesterol máu có tính chất gia đình (Familial Hypercholesterolemia-FH) giới Xây dựng quy trình sinh học phân tử xác định tính chất đột biến điểm trội gen LDLR gen APOB với khả mắc bệnh tăng cholesterol máu có tính chất gia đình người Việt Nam Kết nghiên cứu: Thu thập liệu nghiên cứu đồn hệ phân tích tính chất đột biến gen APOB LDLR 13 30 cơng trình nghiên cứu Chỉ số “Proportion” phản ánh tỷ lệ đột biến gen APOB xuất nhóm bệnh nhân có biểu nồng độ cholesterol máu cao bất thường 10,229 (95% CI: 5,631-16,170; P < 0,0001; mơ hình R) Chỉ số “Proportion” phản ánh tỷ lệ đột biến gen LDLR xuất nhóm bệnh nhân có biểu nồng độ cholesterol máu cao bất thường 51,2 (95% CI: 41,214-61,201; P < 0,0001; mơ hình R) Chọn lọc cặp mồi đưa vào nội dung phân tích thực nghiệm để khảo sát tính chất đột biến gen mục tiêu với bệnh phẩm máu người Việt Nam: - Cặp mồi APOB_F1- APOB_R2 khuếch đại vùng trình tự chứa đột biến R3527Q exon 26 từ vị trí 42.638- 42.971 gen APOB với chiều dài sản phẩm 334 bp - Cặp mồi LDLR_F7- LDLR_R7 khuếch đại vùng trình tự exon từ vị trí 20,79621,103 gen LDLR với chiều dài sản phẩm 308 bp Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phịng khả áp dụng đề tài: Mơ tả tính chất đột biến điểm trội tập trung gen LDLR, gen APOB đặc trưng quần thể người Việt Nam có ý nghĩa khoa học thực tiễn, ứng dụng để phát triển công cụ sinh học phân tử phù hợp nhằm tiên lượng chẩn đoán sớm bệnh FH người bệnh Việt Nam Cơng trình nghiên cứu sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ tên tạp chí có) nhận xét, đánh giá sở áp dụng kết nghiên cứu (nếu có): Ngày 24 tháng 03 năm 2019 Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Mai Kim Bảo Châu Nhận xét người hướng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi): Tác giả (nhóm sinh viên) chủ động việc tìm hiểu tổng quan khoa học tiếng Anh tiếp cận nội dung phân tích tổng hợp để làm rõ mối tương quan tính chất đột biến điểm xuất gen APOB LDLR bện lý tăng cholesterol máu dạng di truyền (có tính chất gia đình) Xác nhận đơn vị (ký tên đóng dấu) Ngày tháng năm Người hướng dẫn (ký, họ tên) Trương Kim Phượng BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN: Họ tên: Mai Kim Bảo Châu Ảnh 4x6 Sinh ngày: 30/05/1996 Nơi sinh: Thành phố Hồ Chí Minh Lớp: DH15YD51 Khóa: 2015-2019 Khoa: Cơng nghệ Sinh học Địa liên hệ: B3 305 KDC Nam Long, phường Vĩnh Phú, Thị xã Thuận An, tỉnh Bình Dương II Q TRÌNH HỌC TẬP (kê khai thành tích sinh viên từ năm thứ đến năm học): * Năm thứ 1: Ngành học: Công nghệ Sinh học Khoa: Công nghệ Sinh học Kết xếp loại học tập: Khá Sơ lược thành tích: Điểm trung bình tích lũy: 5.96 * Năm thứ 2: Ngành học: Công nghệ Sinh học Khoa: Công nghệ Sinh học Kết xếp loại học tập: Khá Sơ lược thành tích: Điểm trung bình tích lũy: 6.67 * Năm thứ 3: Ngành học: Công nghệ Sinh học Khoa: Công nghệ Sinh học Kết xếp loại học tập: Khá Sơ lược thành tích: Điểm trung bình tích lũy: 7.00 * Năm thứ 4: Ngành học: Công nghệ Sinh học Khoa: Công nghệ Sinh học Kết xếp loại học tập: Khá Sơ lược thành tích: Điểm trung bình tích lũy: 7.11 Xác nhận đơn vị (ký tên đóng dấu) Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Mai Kim Bảo Châu DANH MỤC VIẾT TẮT WHO Word Health Organization CVD Cardiovascular diseases CHD Coronary Heart Disease- FH Familial hypercholesterolaemia LDLR Low-Density Lipoprotein Receptor APOB Apolipoprotein B PCSK9 Proprotein Convertase Subtilisin–Kexin type ADH Autosomal Dominant Hypercholesterolemia ARH Autosomal Recessive Hypercholesterolemia HoFH Homozygous Familial Hypercholesterolemia HeFH HeterozygousFamilial Hypercholesterolemia DLCN Dutch Lipid Clinic Network MEDPED US Make Early Diagnoses Prevent Early Deaths FDB Familial defective Apolipoprotein B-100 SSCP Single Strand Conformation Polymorphism AS-PCR Allele Specific PCR DGGE Denaturing Gradient Randomised RCTs Controlled Trials PRISMA Preferred Reporting Items of Systematic Reviews and meta-analyses OR Odds ratio HR Hazard ratio CIs Confidence intervals NGS Next generation sequencing HRM High Resolution Melt CDS Coding sequence Gel Eletrophoresis DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Tiêu chí chẩn đốn bệnh FH tổ chức DLCN Bảng 1.2 Tiêu chí chẩn đoán bệnh FH Simon Broome Bảng 1.3 Tiêu chí chẩn đốn bệnh FH US MEDPED Bảng 3.1 Bộ liệu cơng trình nghiên cứu đồn hệ đột biến gen APOB 18 Bảng 3.2 Kết phân tích tương quan tỷ lệ đột biến gen APOB bệnh FH từ cơng trình nghiên cứu đồn hệ 22 Bảng 3.3 Bộ liệu công trình nghiên cứu đồn hệ đột biến gen LDLR 24 Bảng 3.4 Kết phân tích tương quan tỷ lệ đột biến gen LDLR bệnh FH từ cơng trình nghiên cứu khoa học đoàn hệ 28 Bảng 3.5 Kết phân tích tính chất đột biến số exon gen LDLR 29 Bảng 3.6 Các mồi khuếch đại vùng trình tự exon 26 gen APOB 31 Bảng 3.7 Thông số vật lí số mồi khuếch đại exon 26 thuộc gen APOB 31 Bảng 3.8 Kết BLAST trình tự mồi APOB_F1 - APOB_R1 với trình tự NG_011793.1 32 Bảng 3.8 Các mồi khuếch đại vùng trình tự exon gen LDLR 35 Bảng 3.9 Thông số vật lý số mồi khuếch đại vùng trình tự exon thuộc gen LDLR 35 Bảng 3.10 Kết Blastn trình tự mồi với trình tự gen LDLR 36 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Minh họa gen LDLR Hình 1.2 Gen APOB định vị nhiễm sắc thể Hình 3.1 Sơ đồ quy trình trích xuất liệu phân tích tổng hợp tính chất đột biến điểm gen APOB 17 Hình 3.2 Đồ thị “Forest plot” biểu thị tỷ lệ đột biến gen APOB mẫu bệnh FH 19 Hình 3.3 Đồ thị “Funnel plot” đánh giá tính bất đồng liệu đoàn hệ phân tích tỷ lệ đột biến gen APOB mẫu bệnh phẩm FH 2020 Hình 3.4 Sơ đồ quy trình trích xuất liệu phân tích tổng hợp tính chất đột biến điểm gen LDLR 23 Hình 3.5 Đồ thị “Forest plot” biểu thị tỷ lệ đột biến gen LDLR mẫu bệnh phẩm tăng cholesterol 25 Hình 3.6 Đồ thị “Funnel plot” đánh giá tính bất đồng liệu đồn hệ phân tích tỷ lệ đột biến gen LDLR mẫu bệnh phẩm tăng cholesterol 26 Hình 3.7 Đồ thị “Forest plot” phản ánh tỷ lệ đột biến exon 30 Hình 3.8 Vị trí bắt cặp cặp mồi APOB_F1 - APOB_R1 trình tự tham chiếu NG_011793.1 33 Hình 3.9 Kết gióng cột trình tự gen LDLR cơng cụ Blastn 34 10 Gen LDLR - Chỉ số “Proportion” phản ánh tỷ lệ đột biến gen LDLR xuất nhóm bệnh nhân có biểu nồng độ cholesterol máu cao bất thường 51,2 (95% CI: 41,214-61,201; P