Khảo sát tính chất methyl hóa bất thường trên gen e cadherin và apc đối với bệnh ung thư vú và ung thư vòm họng meta analysis in silico nghiên cứu khoa học

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN KHẢO SÁT TÍNH CHẤT METHYL HÓA BẤT THƯỜNG TRÊN GEN E-CADHERIN VÀ APC ĐỐI VỚI BỆNH UNG THƯ VÚ VÀ UNG THƯ VÒM HỌNG: META-ANALYSIS & IN SILICO Bình Dương, tháng năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH BÁO CÁO TỔNG KẾT ĐỀ TÀI NGHIÊN CỨU KHOA HỌC SINH VIÊN KHẢO SÁT TÍNH CHẤT METHYL HĨA BẤT THƯỜNG TRÊN GEN E-CADHERIN VÀ APC ĐỐI VỚI BỆNH UNG THƯ VÚ VÀ UNG THƯ VÒM HỌNG: META-ANALYSIS & IN SILICO Chủ nhiệm đề tài: Nguyễn Thị Hồng Trinh Khoa: Cơng Nghệ Sinh Học Các thành viên: Nguyễn Thị Phương Diệu Phạm Thị Mộng Tuyền Mai Kim Bảo Châu Nguyễn Thị Lệ Người hướng dẫn: Th.S Trương Kim Phượng Bình Dương, tháng năm 2019 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH THÔNG TIN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU CỦA ĐỀ TÀI Thông tin chung: - Tên đề tài: Khảo sát tính chất methyl hóa bất thường gen E-cadherin APC bệnh ung thư vú ung thư vòm họng: Meta-analysis & In silico - Sinh viên thực hiện: Nguyễn Thị Hồng Trinh - Lớp: YD51 Khoa: Cơng Nghệ Sinh Học Năm thứ: Số năm đào tạo: - Người hướng dẫn: ThS Trương Kim Phượng Mục tiêu đề tài: Xác định tương quan tính chất methyl hóa bất thường (vượt mức) vùng promoter gen E-cadherin APC bệnh ung thư vú ung thư vòm họng giới Việt Nam Tính sáng tạo: Áp dụng công cụ tin sinh học công cụ thống kê, kết nghiên cứu bộc lộ tương quan tính chất methyl hóa bất thường (vượt mức) vùng promoter gen E-cadherin APC nguy cơ/khả mắc bệnh ung thư vú ung thư vòm họng giới Kết nghiên cứu bước đầu biểu thị tính tiềm dấu chứng sinh học: tính chất methyl hóa bất thường (vượt mức) vùng promoter gen E-cadherin APC việc tiên lượng, chẩn đoán bệnh lý ung thư Kết nghiên cứu: Trong nội dung phân tích tổng hợp, nhóm nghiên cứu thu thập liệu khoa học phù hợp để xác định số OR biểu thị độ chênh xuất tính chất methyl hóa gen CDH1 mẫu bệnh ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành OR = 12,386 (95%CI = 7,499-20,458; P< 0,001), OR = 4,018 (95%CI = 1,272-12,685; P = 0,018) Kết nghiên cứu phản ánh tương quan chặt tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vịm họng, so với bệnh ung thư vú Bên cạnh đó, số OR biểu thị độ chênh xuất tính chất methyl hóa gen APC mẫu bệnh ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành OR = 2,545 (95%CI = 53,65-94,78; p = 0,0016), OR = 14,842 (95%CI = 3,830-57,504; P< 0,001) Kết nghiên cứu phản ánh tương quan chặt tính chất methyl hóa gen APC bệnh ung thư vú, so với tương quan với bệnh ung thư vòm họng Trong nội dung khảo sát máy tính (In silico), nhóm nghiên cứu thu thập chọn lọc mồi thuộc phương pháp MSP: (1) Bộ mồi CDH1_MF&CDH1_MR, CDH1_UF& CDH1_UR khuếch đại đặc hiệu trạng thái allen có khơng bị methyl hóa vùng trình tự promoter gen CDH1, đảo CpG thứ I Chiều dài sản phẩm MSP gồm có 205 bp 212 bp; (2) Bộ mồi APC_MF& APC_MR, APC_UF& APC_UR khuếch đại đặc hiệu trạng thái allen có khơng bị methyl hóa vùng trình tự promoter gen APC Chiều dài sản phẩm MSP gồm có 98bp 108 bp Đóng góp mặt kinh tế - xã hội, giáo dục đào tạo, an ninh, quốc phòng khả áp dụng đề tài: Kết nghiên cứu phần bộc lộ đặc điểm tính chất methyl hóa bất thường vùng gen mục tiêu: CDH1 APC mẫu ung thư vòm họng ung thư vú, tạo nên tiền đề phát triển hướng nghiên cứu dấu chứng sinh học tiên lượng, chẩn đốn bệnh ung thư vịm họng ung thư vú Công bố khoa học sinh viên từ kết nghiên cứu đề tài (ghi rõ tên tạp chí có) nhận xét, đánh giá sở áp dụng kết nghiên cứu (nếu có) : Ngày tháng năm Sinh viên chịu trách nhiệm thực đề tài (ký, họ tên) Nhận xét người hướng dẫn đóng góp khoa học sinh viên thực đề tài (phần người hướng dẫn ghi) : Nhóm sinh viên nỗ lực để thu thập, khai thác liệu nguồn công bố khoa học tiếng Anh để thực nội dung nghiên cứu theo dạng phân tích tổng hợp – địi hỏi khả đọc-hiểu liệu trích xuất thực nguyên tắc nghiên cứu thực chứng, liên quan đến lĩnh vực y sinh học Cơng trình nghiên cứu phản ánh số khía cạnh tính chất methyl hóa gen CDH1 APC bệnh ung thư vòm họng ung thư vú Ngày tháng năm Xác nhận đơn vị Người hướng dẫn (ký tên đóng dấu) (ký, họ tên) BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT TRƯỜNG ĐẠI HỌC MỞ NAM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH Độc lập - Tự - Hạnh phúc THÔNG TIN VỀ SINH VIÊN CHỊU TRÁCH NHIỆM CHÍNH THỰC HIỆN ĐỀ TÀI I SƠ LƯỢC VỀ SINH VIÊN: Họ tên: Nguyễn Thị Hoàng Trinh Ảnh 4x6 Sinh ngày: 21 tháng 10 năm 1997 Nơi sinh: Đà Lạt, Lâm Đồng Lớp: YD51 Khóa: 2015 Khoa: Cơng Nghệ Sinh Học Địa liên hệ: Tự Phước, Phường 11, Thành Phố Đà Lạt, Tỉnh Lâm Đồng Điện thoại: 0911667833 Email: 1553010224trinh@ou.edu.vn II QUÁ TRÌNH HỌC TẬP (kê khai thành tích sinh viên từ năm thứ đến năm học) : * Năm thứ 1: Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa: Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: Trung bình-Khá Sơ lược thành tích: 6.7 * Năm thứ 2: Ngành học: Công Nghệ Sinh Học Khoa:Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: Trung bình-Khá Sơ lược thành tích: 6.44 *Năm thứ 3: Ngành học: Cơng Nghệ Sinh Học Khoa:Công Nghệ Sinh Học Kết xếp loại học tập: Trung Bình-Khá Sơ lược thành tích: 6.76 Ngày…tháng năm Xác nhận đơn vị Sinh viên chịu trách nhiệm (ký tên đóng dấu) thực đề tài (ký, họ tên) DANH MỤC HÌNH Hình I.1Vị trí gen E-cadherin nhiễm sắc thể số 16 Hình I.2Vị trí gen APC nhiễm sắc thể số Hình III 1Quy trình chọn lọc báo phân tích tổng hợp gen CDH1 gen APC Hình III.2 Đồ thị “Forest plot” phản ánh tính chất methyl hóa gen CDH1 liệu 13 công bố khoa học ca chứng 12 Hình III.3 Đồ thị “Funnel plot” đánh giá tính thiên vị liệu ca chứng phân tích số OR liệu ca chứng 12 Hình III.4 Đồ thị “Forest plot” phản ánh tính chất methyl hóa gen CDH1 liệu 11 công bố khoa học ca chứng 14 Hình III.5 Đồ thị “Funnel plot” đánh giá tính thiên vị liệu ca chứng phân tích số OR liệu ca chứng 14 Hình III.6 Đồ thị “Forest plot” phản ánh methyl hóa vùng gen APC cơng trình nghiên cứu ca chứng 23 Hình III.7 Đồ thị “Forest plot” phản ánh methyl hóa vùng gen APC công bố khoa học ca chứng 24 Hình III.8 Đồ thị “Forest plot” phản ánh tính chất methyl hóa gen APC liệu 11 công bố khoa học ca chứng 25 Hình III.9 Đồ thị “Funnel plot” đánh giá tính thiên vị liệu ca chứng phân tích số OR liệu ca chứng 26 Hình IV.1 Vùng promoter gen CDH1 33 Hình IV.2Vùng promoter gen APC 34 DANH MỤC BẢNG Bảng III.1 Đặc điểm liệu ca chứng tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vòm họng 11 Bảng III.2 Đặc điểm liệu ca chứng tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vú 13 Bảng III.3 Chỉ số tỷ suất chênh (OR) tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vịm họng ung thư vú, xét số phân hạng 21 Bảng III.4 Chỉ số tỷ suất chênh (OR) tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vòm họng ung thư vú, xét số phân hạng (tiếp theo) .22 Bảng III.5 Đặc điểm liệu ca chứng methyl hóa vùng promoter gen APC bệnh ung thư vòm họng 23 Bảng III.6 Đặc điểm liệu ca chứng methyl hóa vùng promoter gen APC .25 Bảng III.7 Kết phân tích methyl hóa vùng promoter gen APC từ 13 cơng trình nghiên cứu ca chứng bệnh ung thư vú cơng trình nghiên cứu ca chứng bệnh ung thư vòm họng 31 Bảng III.8 Chỉ số tỷ suất chênh (OR) tính chất methyl hóa gen APC bệnh ung thư vòm họng ung thư vú, xét số phân hạng (tiếp theo) .32 Bảng IV.1 Thông tin mồi khảo sát tính chất methyl hóa gen mục tiêu 35 Bảng IV.2 Thông số vật lý mồi đặc hiệu vùng promoter gen mục tiêu .36 DANH MỤC PHỤ LỤC Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi CDH1 _MF, CDH1 _MR với trình tự promoter gen CDH1 phần mềm Annhyb 47 Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi CDH1_UF, CDH1_UR với trình tự promoter gen CDH1 phần mềm Annhyb 47 Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi APC _MF, APC _MR với trình tự promoter gen APC phần mềm Annhyb 48 Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi APC _UF, APC _UR với trình tự promoter gen APC phần mềm Annhyb 48 Hình IV.2Vùng promoter gen APC Đảo CpG vùng promoter gen CDH1 gen APC Dựa vào công cụ Methprimer, xác định vị trí đảo CpG diện vùng promoter gen mục tiêu sau: (1) Vùng promoter gen CDH1 có đảo CpG, thuộc vùng trình tự nhiễm sắc thể số 16 (NC_000016.10) : 68.737.303-68.737.98 8.738.057-68.738.255 Chiều dài đảo đảo thứ hai 681 bp 199 bp Dựa vào công cụ LASAGNA, xác định vùng promoter gen CDH1 mang số nhân tố phiên mã :JDP2 , thuộc vào vùng trình tự đảo CpG (dữ liệu khơng trình bày) (2) Vùng promoter gen APC có đảo CpG, thuộc vùng trình tự nhiễm sắc thể số (NC_000005.10) : 112.737.675-112.737.810 Chiều dài đảo CpG 149 34 bp Sử dụng công cụ LASAGNA, chúng tơi ghi nhận số vị trí nhân tố phiên mã: CACCC-binding factor, FOXJ2 thuộc đảo CpG (dữ liệu không trình bày) Tóm lại, dựa vào liệu vị trí đảo CpG vùng trình tự gen mục tiêu: CDH1 APC trình bày trên, chúng tơi định hướng vùng trình tự mục tiêu nội dung nghiên cứu thực nghiệm xác định tính chất methyl hóa gen CDH1 APC nội dung khảo sát mồi quy trình MSP IV.2 Khảo sát mồi quy trình MSP Dựa vào số công bố khoa học giới, thu thập mồi thuộc phương pháp MSP cho phép khảo sát tính chất methyl hóa gen CDH1 gen APC Thông tin chi tiết mồi trình bày Bảng IV.1 Bảng IV.1 Thơng tin mồi khảo sát tính chất methyl hóa gen mục tiêu Tài liệu tham khảo Mồi Trình tự mồi (5’-3’) Sản phẩm (bp) Gen CDH1 CDH1_MF GGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTAC CDH1_MR CATAACTAACCGAAAACGCCG CDH1_UF GGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGGGTA CDH1_UR ACCCATAACTAACCAAAAACACCA CDH1_MF GGTGAATTTTTAGTTAATTACGGTAC 205 Tsao et al, 2002 212 CDH1_MR 205 CATAACTAACCGAAAACGCCG Lao et al, 2014 CDH1_UF GGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGTGGTA CDH1_UR GGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGTGGTA APC_MF TATTGCGGAGTGCGGGTC APC_MR TCGACGAACTCCCGACGA APC_UF TGTTTTATTGTGGAGTGTGGGTT APC_UR CCAATCAACAAACTCCCAACAA 212 Gen APC 98 Esteller et al, 2000 108 35 Ghi chú: M (Methylated_bị methy hóa); U (Unmethylated: khơng bị methyl hóa); F (Forward_mồi xi); R (Reverse_mồi ngược) Tiếp theo, chúng dựa phần mềm IDT Analyzer (https://sg.idtdna.com/calc/analyzer) để kiểm tra thông số vật lý cặp mồi: chiều dài, nhiệt độ nóng chảy, %GC mức lượng liên kết tự cho khả hình thành cấu trúc hairpin, self-dimer, hetero-dimer Kết phân tích thể bảng IV.2 Bảng IV.2 Thơng số vật lý mồi đặc hiệu vùng promoter gen mục tiêu Mồi Chiều dài (bp) Gen CDH1 CDH1_MF 27 CDH1_MR 21 CDH1_UF 29 CDH1_UR 24 Sản phẩm Tm (0C) (bp) 205 212 %GC (1) (2) (3) 52,8 33,3 0,42 -6,75 54,3 47,6 0,63 -3,61 53,2 31 0,42 -7,29 54,9 37.5 - -1,47 56,6oC 61,11 -1,3 -3,61 -3,61 57,1oC 61,11 -0,89 -10,87 -4,95 54,7oC 39,13 2,15 -1,47 -8,09 40,90 - -1,47 -8,09 -8,75 -8,75 Gen APC APC_MF 18 APC_MR 18 APC_UF 23 APC_UR 22 98 108 o 53,8 C Chú thích: Tm (Melt temperature) : nhiệt độ nóng chảy mồi; (1) : mức lượng liên kết tự cho khả hình thành cấu trúc kẹp tóc hairpin (kcal.mole); (2) : mức lượng liên kết tự cho khả hình thành cấu trúc self-dimer (kcal/mole); (3) : mức lượng liên kết tự cho khả hình thành cấu trúc hetero-dimer (kcal/mole); 36 Song song, chúng tơi khảo sát vị trí bắt cặp, tính đặc hiệu mồi vùng trình tự mục tiêu công cụ Annhyb công cụ Blast (Phụ lục) Chúng ghi nhận mồi phù hợp với mục tiêu nghiên cứu: (1) Bộ mồi CDH1_MF&CDH1_MR, CDH1_UF& CDH1_UR khuếch đại đặc hiệu trạng thái allen có khơng bị methyl hóa vùng trình tự promoter gen CDH1, đảo CpG thứ I Các cặp mồi nhóm tác giả Tsao cộng (2002), Lao cộng (2014) công bố Chiều dài sản phẩm MSP với cặp mồi CDH1_MF&CDH1_MR, CDH1_UF& CDH1_UR 205 bp 212 bp Kết trình bày phụ lục 1, phụ lục (2) Bộ mồi APC_MF& APC_MR, APC_UF& APC_UR khuếch đại đặc hiệu trạng thái allen có khơng bị methyl hóa vùng trình tự promoter gen APC Các cặp mồi Esteller cộng (2000) công bố Chiều dài sản phẩm MSP với cặp mồi APC_MF& APC_MR, APC_UF& APC_UR 98bp 108 bp Kết trình bày phụ lục 3, phụ lục 37 V KẾT LUẬN - ĐỀ NGHỊ V.1 Kết luận Dựa vào khai thác liệu – phân tích tổng hợp, cơng trình nghiên cứu ghi nhận số kết phân tích tính chất methyl hóa gen CDH1 APC bệnh ung thư vòm họng ung thư vú sau: - Bộ liệu gồm 12 công bố khoa học ca chứng tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vòm họng 11 công bố khoa học ca chứng bệnh ung thư vú - Bộ liệu gồm công bố khoa học ca chứng tính chất methyl hóa gen APC bệnh ung thư vịm họng 13 cơng bố khoa học ca chứng bệnh ung thư vú - Chỉ số tỷ suất chênh (OR) xuất tính chất methyl hóa gen CDH1 mẫu bệnh ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành OR = 12,386 (95%CI = 7,499-20,458; P< 0,001), OR = 4,018 (95%CI = 1,272-12,685; P = 0,018) - Chỉ số tỷ suất chênh (OR) xuất tính chất methyl hóa gen APC mẫu bệnh ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành OR = 2,545 (95%CI =53,65-94,78; p = 0,0016), OR = 14,842 (95%CI = 3,830-57,504; P< 0,001) Kết nghiên cứu phản ánh tương quan chặt tính chất methyl hóa gen CDH1 bệnh ung thư vịm họng, so với bệnh ung thư vú Ngược lại, có tương quan chặt tính chất methyl hóa gen APC bệnh ung thư vú, so với tương quan với bệnh ung thư vịm họng Tính chất methyl hóa gen CDH1, APC mẫu ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành biểu thị rõ nét phân hạng: mẫu mô, chủng tộc , - Trên mẫu mô: độ chênh xuất tính chất methyl hóa gen CDH1, APC mẫu ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành OR = 11,442 (95%CI = 0,919-7,134; P< 0,001) OR = 4,511 (95%CI =1,174-17,327; P = 0,028); OR = 2,545 (95%CI =53,65-94,78; p = 0,0016) OR =40,962 (95%CI =12,943-129,638; p< 0,001) - Dựa vào phương pháp MSP, độ chênh xuất tính chất methyl hóa gen CDH1, APC mẫu ung thư vòm họng ung thư vú so với mẫu lành lần 38 lượt OR = 13,283 (95%CI = 1,627-23,132; P< 0,001) OR = 4,018 (95%CI =1,272-12,685; P = 0,018); OR = 2,545 (95%CI =53,65-94,78; p = 0,0016) OR =66,080 (95%CI =25,449 - 171,584; p< 0,001) - Xét chủng tộc- quần thể người châu Á: độ chênh xuất tính chất methyl hóa gen CDH1 APC mẫu ung thư vòm họng, ung thư vú so với mẫu lành OR =16, 062 (95%CI =47,590-33,898; P< 0,001) OR =1,705 (95%CI =1,267-2,293; P< 0,001); OR =1,974 (95%CI = 0,0449-86,721; P =0725) OR =51,155 (95%CI =14,448-181,118; p< 0,001) Khảo sát in sillico: Dựa vào công bố khoa học giới, chọn lọc mồi phù hợp phương pháp MSP cho phép phân tích tính chất methyl hóa gen mục tiêu: (1) Bộ mồi CDH1_MF&CDH1_MR, CDH1_UF& CDH1_UR khuếch đại đặc hiệu trạng thái allen có khơng bị methyl hóa vùng trình tự promoter gen CDH1, đảo CpG thứ I Chiều dài sản phẩm MSP gồm có 205 bp 212 bp; (2) Bộ mồi APC_MF& APC_MR, APC_UF& APC_UR khuếch đại đặc hiệu trạng thái allen có khơng bị methyl hóa vùng trình tự promoter gen APC Chiều dài sản phẩm MSP gồm có 98bp 108 bp IV.2 Đề nghị Dựa số kết nghiên cứu nêu trên, điều kiện cho phép tiếp tục thực hướng nghiên cứu tính chất methyl hóa gen APC CDH1 bệnh lý ung thư vú bệnh lý ung thư vòm họng Nội dung nghiên cứu đẩy mạnh phần phân tích tổng hợp phân hạng đặc điểm bệnh học ung thư hồn thiện quy trình thực nghiệm phân tích tính chất methyl hóa gen mục tiêu, dựa vào phương pháp MSP mẫu bệnh phẩm người Việt Nam Mặt dù nghiên cứu tồn số hạn chế, kết nghiên cứu phần bộc lộ đặc điểm tính chất methyl hóa bất thường vùng gen mục tiêu: CDH1 APC mẫu ung thư vòm họng ung thư vú, tạo nên tiền đề phát triển hướng nghiên cứu dấu chứng sinh học tiên lượng, chẩn đoán bệnh ung thư vòm họng ung thư vú 39 VI.Tài liệu tham khảo Viet Dung Nguyen1, Minh Dong Le2 1Department of Biomedical Engineering, Hanoi University of Science and Technology, Vietnam 2Department of Computer Science, Chonnam National University, South Korea, 2018.Fusion of Random Projection, Multi-resolution Features and Distance Weighted K Nearest Neighbor for Masses Detection in Mammographic Images Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo M, Parkin DM, Forman D, Bray F Cancer incidence and mortality worldwide: sources, methods and major patterns in GLOBOCAN 2012 Int J Cancer 2015;136:E359–386 Duc NB Epidemiology and program of control and prevention for cancer: preliminary report of national cancer project period 2008–2010 Viet J Oncol 2010:21–31 Vietnamese Trieu, P D Y., Mello-Thoms, C., & Brennan, P C (2015) Female breast cancer in Vietnam: a comparison across Asian specific regions Cancer biology & medicine, 12 (3), 238 Xiu Chan Guo, 1,5 Kevin Scott, Yan Liu, Michael Dean, Victor David, George W Nelson, Randall C Johnson, Holli H Dilks, James Lautenberger, Bailey Kessing, Janice Martenson, Li Guan, Shan Sun, Hong Deng, Yuming Zheng, chàng trai, Jian Liao, Yi Zeng, Stephen J O'Brien, Cheryl Một Winkler 1, (2006) Genetic factors leading to chronic Epstein-Barr virus infection and nasopharyngeal carcinoma in South East China: Study design, methods and feasibility Polakis P The adenomatous polyposis coli (APC) tumor suppressor Biochim Biophys Acta 1997;1332:F127–147 Myriam Loyo, Mariam Brait, Myoung S.Kim, Kimberly L.Ostrow, Chunfa C.Jie, Alice Y.Chuang, Joseph A.Califano, Nanette J.Liegeois, Shahnaz Begum, William H.Westra, Mohammad O.Houque, Qian Tao and David Sidransky, 2011, A survey of methylated candidate tumor suppressor genes in nasopharyngeal carcinoma 40 Xu B, Nie Y, Liu X, Feng S, Yang Z, Wang Z, Zheng Q, Luo X Quantitative analysis of APC promoter methylation in hepatocellular carcinoma and its prognostic implications Oncol Lett 2014;7:1683–1688 Polakis P The adenomatous polyposis coli (APC) tumor suppressor Biochim Biophys Acta 1997;1332:F127–147 10 Ferlay J, Soerjomataram I, Dikshit R, Eser S, Mathers C, Rebelo M, Parkin DM, Forman D, Bray F Cancer incidence and mortality worldwide: sources, methods and major patterns in GLOBOCAN 2012 Int J Cancer 2015;136:E359–386 11 McCartney, B M., & Näthke, I S (2008) Cell regulation by the Apc protein: Apc as master regulator of epithelia Current opinion in cell biology, 20 (2), 186-193 12 AKM, M R DNA methylation and cancer; A Review Article 13 Ataollahi MR*, Sharifi J**, Paknahad MR***, Paknahad A*** (2015) Breast cancer and associated factors: a review 14 Wu, L., Li, C., & Pan, L (2018) Nasopharyngeal carcinoma: A review of current updates Experimental and therapeutic medicine, 15 (4), 3687-3692 15 Pang, J M B., Deb, S., Takano, E A., Byrne, D J., Jene, N., Boulghourjian, A , & Dobrovic, A (2014) Methylation profiling of ductal carcinoma in situ and its relationship to histopathological features Breast Cancer Research, 16 (5), 423 16 Swellam, M., Abdelmaksoud, M D., Mahmoud, M S., Ramadan, A., Abdel‐ Moneem, W., & Hefny, M M (2015) Aberrant methylation of APC and RARβ2 genes in breast cancer patients Iubmb Life, 67 (1), 61-68 17 Begam, N., Jamil, K., & Raju, G S (2018) Promoter epigenetics of APC gene and its implication in sporadic breast cancer patients from South Indian population Gene Reports, 11,255-260 18 Loyo, M., Brait, M., Kim, M S., Ostrow, K L., Jie, C C., Chuang, A Y , & Hoque, M O (2011) A survey of methylated candidate tumor suppressor genes in nasopharyngeal carcinoma International journal of cancer, 128 (6), 1393-1403 19 Challouf, S., Ziadi, S., Zaghdoudi, R., Ksiaa, F., Gacem, R B., & Trimeche, M (2012) Patterns of aberrant DNA hypermethylation in nasopharyngeal carcinoma in Tunisian patients Clinica Chimica Acta, 413 (7-8), 795-802 41 20 Asiaf, A., Ahmad, S T., Aziz, S A., Malik, A A., Rasool, Z., Masood, A., & Zargar, M A (2014) Loss of expression and aberrant methylation of the CDH1 (E-cadherin) gene in breast cancer patients from Kashmir Asian Pac J Cancer Prev, 15 (15), 6397-6403 21 Ooft, M L., van Ipenburg, J., van Loo, R., de Jong, R., Moelans, C., Braunius, W , & Hardillo, J (2017) Molecular profile of nasopharyngeal carcinoma: analysing tumour suppressor gene promoter hypermethylation by multiplex ligation-dependent probe amplification Journal of clinical pathology, jclinpath-2017 22 Tsao, S W., Liu, Y., Wang, X., Yuen, P W., Leung, S Y., Yuen, S T , & Wong, Y C (2003) The association of E-cadherin expression and the methylation status of the E-cadherin gene in nasopharyngeal carcinoma cells European Journal of Cancer, 39 (4), 524-531 23 Xiang, T X., Yuan, Y., Li, L L., Wang, Z H., Dan, L Y., Chen, Y , & Tao, Q (2013) Aberrant promoter CpG methylation and its translational applications in breast cancer Chinese journal of cancer, 32 (1), 12 24 Zhao, Z., Liu, W., Liu, J., Wang, J., & Luo, B (2017) The effect of EBV on WIF1, NLK, and APC gene methylation and expression in gastric carcinoma and nasopharyngeal cancer Journal of medical virology, 89 (10), 1844-1851 25 Zheng, Z., Pan, J., Chu, B., Wong, Y C., Cheung, A L M., & Tsao, S W (1999) Downregulation and abnormal expression of E-cadherin and β-catenin in nasopharyngeal carcinoma: close association with advanced disease stage and lymph node metastasis Human pathology, 30 (4), 458-466 26 Zhou, D., Tang, W., Wang, W., Pan, X., An, H X., & Zhang, Y (2016) Association between aberrant APC promoter methylation and breast cancer pathogenesis: a meta-analysis of 35 observational studies PeerJ, 4, e2203 27 Wu, L., Li, C., & Pan, L (2018) Nasopharyngeal carcinoma: A review of current updates Experimental and therapeutic medicine, 15 (4), 3687-3692 42 28 Caponigro, F., Longo, F., Ionna, F., & Perri, F (2010) Treatment approaches to nasopharyngeal carcinoma: a review Anti-Cancer Drugs, 21 (5), 471–477 doi:10.1097/cad.0b013e328337160e 29 Ayadi, W., Karray-Hakim, H., Khabir, A., Feki, L., Charfi, S., Boudawara, T , & Hammami, A (2008) Aberrant methylation of p16, DLEC1, BLU and E-cadherin gene promoters in nasopharyngeal carcinoma biopsies from Tunisian patients Anticancer research, 28 (4B), 2161-2167 30 Challouf, S., Ziadi, S., Zaghdoudi, R., Ksiaa, F., Gacem, R B., & Trimeche, M (2012) Patterns of aberrant DNA hypermethylation in nasopharyngeal carcinoma in Tunisian patients Clinica Chimica Acta, 413 (7-8), 795-802 31 Chang, H W., Chan, A., Kwong, D L W., Wei, W I., Sham, J S T., & Yuen, A P W (2003) Evaluation of hypermethylated tumor suppressor genes as tumor markers in mouth and throat rinsing fluid, nasopharyngeal swab and peripheral blood of nasopharygeal carcinoma patient International journal of cancer, 105 (6), 851-855 32 Tsao, S W., Liu, Y., Wang, X., Yuen, P W., Leung, S Y., Yuen, S T , & Wong, Y C (2003) The association of E-cadherin expression and the methylation status of the E-cadherin gene in nasopharyngeal carcinoma cells European Journal of Cancer, 39 (4), 524-531 33 Tan, S H., Ida, H., Goh, B C., Hsieh, W., Loh, M., & Ito, Y (2006) Analyses of promoter hypermethylation for RUNX3 and other tumor suppressor genes in nasopharyngeal carcinoma Anticancer research, 26 (6B), 4287-4292 34 Wu, X., Zhuang, Y X., Hong, C Q., Chen, J Y., You, Y J., Zhang, F , & Wu, M Y (2014) Clinical importance and therapeutic implication of E-cadherin gene methylation in human ovarian cancer Medical Oncology, 31 (8), 100 35 Wong, T S., Kwong, D L W., Sham, J S T., Wei, W I., Kwong, Y L., & Yuen, A P W (2004) Quantitative plasma hypermethylated DNA markers of undifferentiated nasopharyngeal carcinoma Clinical cancer research, 10 (7), 2401-2406 43 36 Sun, D., Zhang, Z., Huang, G., Ernberg, I., & Hu, L (2007) Aberrant methylation of CDH13 gene in nasopharyngeal carcinoma could serve as a potential diagnostic biomarker Oral oncology, 43 (1), 82-87 37 Wong, T S., Tang, K C., Kwong, D L W., Sham, J S T., Wei, W I., Kwong, Y L., & Yuen, A P W (2003) Differential gene methylation in undifferentiated nasopharyngeal carcinoma International journal of oncology, 22 (4), 869-874 38 Corn, P G., Heath, E I., Heitmiller, R., Fogt, F., Forastiere, A A., Herman, J G., & Wu, T T (2001) Frequent hypermethylation of the 5′ CpG island of E-cadherin in esophageal adenocarcinoma Clinical cancer research, (9), 2765-2769 39 Ran, Y., Wu, S., & You, Y (2010) Demethylation of E-cadherin gene in nasopharyngeal carcinoma could serve as a potential therapeutic strategy The Journal of Biochemistry, 149 (1), 49-54 40 Nakayama, S., Sasaki, A., Mese, H., Alcalde, R E., Tsuji, T., & Matsumura, T (2001) The E‐cadherin gene is silenced by CpG methylation in human oral squamous cell carcinomas International journal of cancer, 93 (5), 667-673 41 Niemhom, S., Kitazawa, S., Kitazawa, R., Maeda, S., & Leopairat, J (2008) Hypermethylation of epithelial-cadherin gene promoter is associated with Epstein-Barr virus in nasopharyngeal carcinoma Cancer Detection and Prevention, 32 (2), 127-134 42 Duc Thuan, L A O., Huyen Ai Thuy, L E., Hoang Chuong, N G U Y E N., Duc Kha, N G O., Hong Hue, T H I E U., Huu Dung, N G U Y E N., & Trong Minh, N G U Y E N In silico analysis of hypermethylation of E-cadherin gene promoter in nasopharyngeal carcinoma Journal of Science, (2), 22 43 Asiaf, A., Ahmad, S T., Aziz, S A., Malik, A A., Rasool, Z., Masood, A., & Zargar, M A (2014) Loss of expression and aberrant methylation of the CDH1 (E-cadherin) gene in breast cancer patients from Kashmir Asian Pac J Cancer Prev, 15 (15), 6397-6403 44 44 Liu, J., Sun, X., Qin, S., Wang, H., Du, N., Li, Y , & Ren, H (2016) CDH1 promoter methylation correlates with decreased gene expression and poor prognosis in patients with breast cancer Oncology letters, 11 (4), 2635-2643 45 Nandi, K., Yadav, P., Mir, R., Khurana, N., Agarwal, P., & Saxena, A (2008) The Clinical Significance of Rassf1a and Cdh1 Hypermethylation in Breast Cancer Patients Int J Sci Res 46 Prasad, C P., Mirza, S., Sharma, G., Prashad, R., DattaGupta, S., Rath, G., & Ralhan, R (2008) Epigenetic alterations of CDH1 and APC genes: relationship with activation of Wnt/β-catenin pathway in invasive ductal carcinoma of breast Life sciences, 83 (9-10), 318-325 47 Sarrió, D., Moreno‐Bueno, G., Hardisson, D., Sánchez‐Estévez, C., Guo, M., Herman, J G , & Palacios, J (2003) Epigenetic and genetic alterations of APC and CDH1 genes in lobular breast cancer: relationships with abnormal E‐cadherin and catenin expression and microsatellite instability International journal of cancer, 106 (2), 208-215 48 Sebova, K., Zmetakova, I., Bella, V., Kajo, K., Stankovicova, I., Kajabova, V , & Fridrichova, I (2012) RASSF1A and CDH1 hypermethylation as potential epimarkers in breast cancer Cancer Biomarkers, 10 (1), 13-26 49 Shargh, S A., Mohaddes, S M., Sakizli, M., Gharesouran, J., Montazeri, V., Vahedi, A., & Karami, F (2011) Evaluation of methylation modification in E-cadherin gene and its application in the improvement of breast cancer African Journal of Pharmacy and Pharmacology, (16), 1857-1862 50 Hu, X C., Wong, I H., & Chow, L W (2003) Tumor-derived aberrant methylation in plasma of invasive ductal breast cancer patients: clinical implications Oncology reports, 10 (6), 1811-1815 51 Brooks, J., Cairns, P., & Zeleniuch-Jacquotte, A (2009) Promoter methylation and the detection of breast cancer Cancer Causes & Control, 20 (9), 1539-1550 52 Hu, X C., Loo, W T., & Chow, L W (2002) E-cadherin promoter methylation can regulate its expression in invasive ductal breast cancer tissue in Chinese woman Life sciences, 71 (12), 1397-1404 45 53 Naghitorabi, M., Mohammadi-Asl, J., Sadeghi, H M M., Rabbani, M., Jafarian-Dehkordi, A., & Javanmard, S H (2016) Quantitation of CDH1 promoter methylation in formalin-fixed paraffin-embedded tissues of breast cancer patients using differential high resolution melting analysis Advanced biomedical research, 54 Tchurikov, N A (2005) Molecular mechanisms of epigenetics Biochemistry (Moscow), 70 (4), 406-423 55 Herman, J G., Graff, J R., Myöhänen, S B D N., Nelkin, B D., & Baylin, S 56 B (1996) Methylation-specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands Proceedings of the national academy of sciences, 93 (18), 98219826 57 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/324#gene-expression 58 https://www.cancer.gov/publications/dictionaries/cancer-terms/def/biomarker 59 http://www.who.int/cancer/prevention/diagnosis-screening/breast-cancer/en/ 60 http://www.who.int/selection_medicines/committees/expert/20/applications/Nasop haryngealCarcinoma.pdf?ua = 61 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/999 62 https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene = CDH1 63 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/324 64 https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene = APC&keywords = apc 65 http://www.who.int/cancer/prevention/diagnosis-screening/breast-cancer/en/ 46 PHỤ LỤC Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi CDH1 _MF, CDH1 _MR với trình tự promoter gen CDH1 phần mềm Annhyb Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi CDH1_UF, CDH1_UR với trình tự promoter gen CDH1 phần mềm Annhyb 47 Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi APC _MF, APC _MR với trình tự promoter gen APC phần mềm Annhyb Phụ lục Kết phân tích bắt cặp cặp mồi APC _UF, APC _UR với trình tự promoter gen APC phần mềm Annhyb 48 ... ung thư, cụ thể bệnh ung thư vú bệnh ung thư vịm họng, chúng tơi tiến hành đề tài nghiên cứu khoa học sinh viên: ? ?Khảo sát tính chất methyl hóa bất thư? ??ng gen E- cadherin APC bệnh ung thư vú ung. .. Nested-MSP) xác định tính chất methyl hóa vùng promoter gen E- cadherin APC mẫu ung thư vú ung thư vòm họng mẫu lành I TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU Gen E- cadherin (CDH1) Gen E- cadherin (CDH1) là gen ức chế... ung thư vòm họng: Meta- analysis & In silico? ?? Mục tiêu nghiên cứu Xác định tương quan tính chất methyl hóa bất thư? ??ng (vượt mức) vùng promoter gen E- cadherin, APC bệnh ung thư vú ung thư vòm họng