Các chúa Nguyễn từ thuở lập quốc và trong giai đoạn trị vì luôn phải đương đầu với nhiều thử thách. Trong thế phải đối đầu với chúa Trịnh ở Đàng Ngoài, Chúa đồng thời phải xây dựng và mở mang bờ cõi, đối mặt với những khó khăn kinh tế, sự đa dạng văn hóa. Trước sức ép của thời cuộc, khó khăn trong bước đầu dựng nước, họ Nguyễn hầu như phải đặt gạch xây những nền móng đầu tiên trên mọi lĩnh vực. Chúa Tiên với ý định lập giang sơn riêng, sau khi bãi bỏ các cơ quan hành chính của triều Lê đã đặt các tạm ty để thay thế, nhưng vẫn sử dụng các quy định quản lí nhà nước theo nhà Lê. Năm Nhâm Thân (1632), Chúa lập ra phép duyệt tuyển mới, tuy có nhiều cải tiến nhưng vẫn dựa trên qui chế đời Hồng Đức. Có thể thấy, việc chúa Nguyễn tự đề ra phép duyệt tuyển cho vùng đất mình cai quản, đã ngầm thể hiện sự độc lập thoát ly khỏi Đàng Ngoài. Đàng Trong đã tự gây dựng một vương quốc riêng, một chế độ riêng, ban hành chính sách vận hành riêng, quân đội riêng, tạo nên một đất nước hùng cường, một đất nước mà chế độ chính trị ôn hòa, rộng mở, nhân dân an cư lập nghiệp, chợ không hai giá, cửa ngoài không cần khóa, không trộm cắp và thương nghiệp phát triển. Trong quá trình trị vì, các chúa Nguyễn đã xây dựng một lực lượng quân đội mạnh, đặc biệt là thủy quân. Để có thể đạt được thành tựu như vậy chính là nhờ hiệu quả của chính sách phát triển thủy quân, đã được ban hành và áp dụng rộng rãi. Đó là chính sách với nhiều điểm tiến bộ so với đương thời. Chính sách phát triển thủy quân của Chúa tập chung chủ yếu về các điểm: tuyển mộ binh lính, huấn luyện và trang bị, tổ chức và quản lý, kỷ luật và chính sách đãi ngộ; đồng thời kèm theo đó là hàng loạt các hoạt động khác để tận dụng tối đa vai trò của thủy quân như: đảm bảo an ninh và bảo vệ chủ quyền vùng biển, đảm bảo khai thác có hiệu quả nguồn lợi biển và việc phát triển kinh tế, thực hiện cứu nạn cứu hộ đồng thời làm nhiệm vụ tuần tra, truyền tin và vận chuyển.