Để phòng ngừa, ngăn chặn rủi ro, trong thời gian qua, KBNN đã có nhiều văn bản cảnh báo rủi ro trong hoạt động hạch toán, thanh toán, kiểm soát chi ngân sách,… đối với các KBNN địa phương. Các văn bản trên đã cảnh tỉnh, cảnh báo những nguy cơ và cách phòng ngừa đối với công chức KBNN ở cơ sở. Tuy nhiên, rất cần thiết phải xây dựng được hệ thống quản trị rủi ro trong các hoạt động nghiệp vụ của KBNN trên cơ sở phân tích, nhận diện các yếu tố có thể dẫn đến rủi ro để có phương án phòng ngừa, ngăn chặn hiệu quả. Có thể chia thành 2 nhóm yếu tố rủi ro đối với hệ thống KBNN gồm yếu tố bên trong và yếu tố bên ngoài hệ thống.