Đang tải... (xem toàn văn)
Bài viết đánh giá đa dạng di truyền giúp quản lí được nguồn gen đa dạng của loài Dendrobium, phục vụ công tác quản lí giống và lai tạo. Nghiên cứu này, thực hiện khảo sát đa dạng di truyền mẫu thuộc chi Dendrobium ở khu vực phía Nam Việt Nam.
Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 24 Đánh giá đa dạng di truyền số loài Lan Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam Lê Thị Ngọc Điệp1, Nguyễn Thanh Điềm1, Nguyễn Như Hoa2, Trần Hồng Dũng1, Vũ Thị Huyền Trang1,* Khoa Cơng nghệ Sinh học, Đại học Nguyễn Tất Thành Khoa Sinh học, Đại học Sư phạm Tp Hồ Chí Minh * vthtrang@ntt.edu.vn Tóm tắt Chi Dendrobium có số lượng lồi lớn, hình thái màu sắc đa dạng Đặc biệt, Việt Nam độ đa dạng loài Dendrobium cao, với 107 loài phân bố vùng núi từ Bắc vào Nam số đảo ven biển Việc nhận dạng hình thái dễ bị nhầm lẫn lồi khơng có hoa Từ đánh giá đa dạng di truyền giúp quản lí nguồn gen đa dạng lồi Dendrobium, phục vụ cơng tác quản lí giống lai tạo Nghiên cứu này, thực khảo sát đa dạng di truyền mẫu thuộc chi Dendrobium khu vực phía Nam Việt Nam Kết nhận diện loài vùng ITS matK lần lượt: 16/16 loài 10/16 loài Vùng ITS cho tiềm cao so với matK việc nhận diện lan Dendrobium với tỉ lệ nhận diện 100% tổng số lồi khảo sát Từ đó, vùng ITS xem tiềm việc nhận diện nhóm Lan Dendrobium Nghiên cứu cịn góp phần phục vụ cho việc phân định, chọn lai tạo giống loài Dendrobium Việt Nam Nhận 25.08.2020 Được duyệt 22.09.2020 Cơng bố 30.10.2020 Từ khóa Dendrobium, ITS, matK, đa dạng di truyền ® 2020 Journal of Science and Technology - NTTU Giới thiệu Hoa Lan loài hoa có nhiều màu sắc, hình dáng tao nhã hương thơm hấp dẫn nên nhiều người yêu thích Đặc biệt, Lan Dendrobium dễ trồng, đa dạng hình dáng kích thước, với 1148 lồi khác nhau; đứng thứ họ hoa Lan, sau chi Lan Lọng (Bulbophyllum) [1] Ở Việt Nam, điều kiện môi trường tự nhiên thuận lợi, thích hợp cho việc sinh trưởng phát triển Lan, riêng Lan Dendrobium có 100 lồi phân bố rộng rãi khắp nước [2] Tuy nhiên việc nhận diện Dendrobium phương pháp truyền thống cịn nhiều hạn chế phụ thuộc mẫu, phải ngun vẹn tất phận Nhờ đời phương pháp DNA bacored với khả phân định xác nhanh chóng phận mẫu tách chiết Hiện giới, để phân tích mối quan hệ di truyền thực vật, trình tự thường dùng ITS, matK, rbcL, trnH - psbA, rpoC1, rpoB… Trong đó, vùng matK có khả phân định cao rbcL khảo sát loài Dendrobium, sử dụng làm thuốc như: Dendrobium fimbriatum, D moniliforme, D nobile, D pulchellum D Tosaense [3] Đồng thời, matK cịn xác định lồi Lan Dendrobium Đại học Nguyễn Tất Thành Úc, dựa vào thị phân tử xác định biến thể số nhóm Lan Dendrobium so với phương pháp nhận diện hình thái [4] Ngồi ra, ITS vùng sử dụng nhiều nghiên cứu mức độ đa dạng Dendrobium [5,6], đồng thời ITS có khả phân định tốt (100%) so với vùng khác [7] Trong nghiên cứu nước, vùng ITS nhà nghiên cứu ưu tiên lựa chọn cho việc phân định loài Dendrobium Việt Nam [8] Từ nghiên cứu trên, cho thấy khả phân định lồi thuộc chi Dendrobium hai vùng trình tự ITS matK Tuy nhiên nghiên cứu dừng lại loài Dendrobium Úc, Thái Lan Malaysia Trong khu vực Việt Nam, Trần Duy Dương nghiên cứu nhóm Lan thuộc khu vực phía Bắc [9] Từ đó, chúng tơi tiến hành nghiên cứu với số lượng loài Dendrobium tại khu vực phía Nam Vật liệu phương pháp 2.1 Vật liệu thí nghiệm Mẫu 30 mẫu Lan Dendrobium đưa vào nghiên cứu Các mẫu thu từ hai nguồn: Nguồn thứ sưu tập hoa Lan Trung tâm CNSH, Tp Hồ Chí Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 25 Minh Nguồn thứ hai mẫu thương mại thu từ vườn Lan 2.2 Tách DNA tổng số, khuếch đại giải trình tự hai vùng ITS matK DNA tổng số tách kit Isolate II PLant DNA kit BIO-52069 (Bioline, USA) Các vùng trình tự nghiên cứu gồm ITS, matK tương ứng với cặp mồi thể Bảng Các thành phần có phản ứng khuếch đại trình tự ITS gồm 12,5 μL Taq DNA pol 2x – premix, μL mồi xi (5 μM – 10 µM), μL mồi ngược (5 µM – μM), μL DNA khn thêm nước cho đủ 25 μL DNA tổng số sản phẩm PCR điện di gel argarose 1% có bổ sung GelRed để soi huỳnh quang Sản phẩm PCR giải trình tự Sanger Sequencing hai chiều tại Cơng ti Macrogen, Seoul, Hàn Quốc Bảng Trình tự mồi chu trình nhiệt cho phản ứng khuếch đại vùng ITS, matK Tên vùng trình tự Primer Chiều dài sản phẩm dự kiến Chu trình nhiệt Tiền biến tính: 940C/3’ Biến tính: 940C/30” 800bp - 900bp Bắt mồi: 550C /40” ITS4R (5’TCCTCCGCTTATTGATATGC3’) Kéo dài: 720C /1’ Kết thúc: 720C/5’ Tiền biến tính: 940C/90’’ 390F (5’CGATCTATTCATTCAATATTTC3’) Biến tính: 940C/1’ 800bp - 1100bp Bắt mồi: 480C /40” 1326R (5’TCTAGCACACGAAAGTCGAAGT3’) Kéo dài: 720C /1’ Kết thúc: 720C/3’’ Tham khảo ITS1F (5’CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA3’) ITS matK 2.3 Định danh loài phân tích liệu trình tự Kết giải trình tự hiệu chỉnh phần mềm FinchTV [13], SeaView [14] Kết giải trình tự chiều kiểm tra sai lệch kết hợp thành trình tự liên ứng (consensus sequence) Mỗi trình tự so với trình tự tương đồng có sẵn sở liệu Genbank công cụ BLAST để xác định loài mẫu nghiên cứu Đa dạng di truyền mối quan hệ mẫu loài phân tích dựa vào phát sinh xây dựng phần mềm MEGA 7.0, thuật tốn Maximum likelihood, theo mơ hình Kimura - thông số, hệ số bootstrap 1.000 lần [15] [10,11] [12] Kết thảo luận 3.1 Kết thu mẫu Nghiên cứu thu thập 30 mẫu Lan Dendrobium thuộc 18 loài dự kiến thứ loài D anosmum var alba D venustum (Bảng 2) Các mẫu thu từ nguồn: mẫu thu từ sưu tập Lan Trung tâm Công nghệ Sinh học thành phố Hồ Chí Minh mẫu thu từ vườn Lan thương mại khu vực phía Nam Việt Nam Đối với mẫu thu từ Trung tâm, tên khoa học Trung tâm định danh ghi bảng thông tin mẫu Đối với mẫu thương mại, tên khoa học dự kiến mẫu suy từ định danh sơ hình thái theo tên gọi vườn Lan Bảng Các mẫu Lan Dendrobium thu nghiên cứu Kí hiệu STT Nơi thu mẫu Tên địa phương mẫu 1DT Đức Trọng Thuỷ tiên tím 1DT2 Đức Trọng Thuỷ tiên tím 3TT Trung tâm CNSH Tp.HCM Giả hạc hè 3DT Đức Trọng Giả hạc hè 10DT Đức Trọng Thái Bình 11TT Trung tâm CNSH Tp.HCM Thuỷ tiên mỡ gà 14DT Đức Trọng Thuỷ tiên trắng 15PN Phú Nhuận Giả hạt xuân = Giả hạc xuân Di Linh tím 15DT Đức Trọng Giả hạt xuân = Giả hạc xuân Di Linh tím 10 17TT Trung tâm CNSH Tp.HCM Báo hỉ 11 17DT Đức Trọng Báo hỉ 12 18TT Trung tâm CNSH Tp.HCM Xương cá 13 21TT Trung tâm CNSH Tp.HCM Thập hoa (Thập hoa trắng = Thập hoa tím) 14 21PN Phú Nhuận Thập hoa (Thập hoa trắng = Thập hoa tím) Tên khoa học dự kiến D.amabile D.amabile D superbum D superbum D pulchellum D densiflorum D farmeri D anosmum var alba D anosmum var alba D secundum D secundum D aloifolium D hercoglossum D hercoglossum Đại học Nguyễn Tất Thành Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 26 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 22DT 22DT2 24DT 26TT 27TT 28DT 28PN 29TT 33TT 34TT 34PN 35DT 35PN 36TT 37TT 37PN Đức Trọng Đức Trọng Đức Trọng Trung tâm CNSH Tp.HCM Trung tâm CNSH Đức Trọng Phú Nhuận Trung tâm CNSH Tp.HCM Trung tâm CNSH Tp.HCM Trung tâm CNSH Tp.HCM Phú Nhuận Đức Trọng Phú Nhuận Trung tâm CNSH Tp.HCM Trung tâm CNSH Tp.HCM Phú Nhuận Long nhãn Long nhãn Trúc đen Trường Sơn xanh Giả hạc xuân = Giả hạc Hawaii Kim điệp vàng Kim điệp vàng Trường Sơn trắng Hồng liên Hoàng thảo tuyết mai Hoàng thảo tuyết mai Hoàng thảo ngọc thạch Hồng thảo ngọc thạch Hồng thảo cong Hồng thảo vơi Hồng thảo vơi 3.2 Kết khuếch đại, giải hiệu chỉnh trình tự DNA tổng số tách chiết từ 30 mẫu sử dụng làm khuôn để khuếch đại vùng trình tự ITS matK Cả vùng trình tự khuếch đại thành cơng tất mẫu nghiên cứu; hiển thị điện di với băng sản phẩm D fimbriatum D fimbriatum D salaccense D venustum D anosmum D capillipes D capillipes D venustum D linguella D crumenatum D crumenatum D crystallinum D crystallinum D intricatum D cretaceum D cretaceum PCR sáng, rõ không bị đa băng Vùng ITS cho sản phẩm khuếch đại có chiều dài 700 – 800 bp, kích thước vùng matK vị trí khoảng 900 – 1.000 bp (Hình 1) Như sản phẩm PCR thu có kích thước khuếch đại với dự kiến (Bảng 1) ITS matK Hình Kết điện di sản phẩm PCR vùng ITS matK Với L: thang DNA, 1DT-1DT2: D amabile, 3DT-3TT: D superbum, 10DT: D pulchellum, 11TT: D densiflorum, 14DT: D farmeri, 15PN-15DT: D anosmum var alba,17TT-17DT: D secundum, 18TT: D aloifolium, 21TT-21PN: D hercoglossum, 22DT-22DT2: D fimbriatum, 24DT: D salaccense, 26TT-29TT: D venustum, 27TT: D anosmum, 28DT-28PN: D capillipes, 33TT: D linguella, 34TT34PN: D crumenatum, 35DT-35PN: D crystallinum, 36TT: D intricatum, 37TT-37PN: D cretaceum Sản phẩm PCR gửi giải trình tự chiều tại Cơng ty Macrogen, Hàn Quốc Tỉ lệ giải trình tự thành cơng tất vùng trình tự 100% (Bảng 3) Dữ liệu trình tự hiệu chỉnh cách loại bỏ đầu bị nhiễu kiểm tra độ tin cậy phần mềm FinchTV Mỗi cặp trình tự chiều trình tự hợp thành trình tự thống (consensus sequence) phần mềm Seaview 4.0, sử dụng cho phân tích trình tự Bảng Kết khuếch đại giải trình tự vùng trình tự ITS matK mẫu lan nghiên cứu Vùng trình tự ITS matK PCR 30/30 30/30 Tỉ lệ PCR (%) 100.00 100.00 3.3 Kết phân tích đa dạng di truyền lồi Dendrobium Trình tự liên ứng (consensus sequence) mẫu so với trình tự tương đồng Lan Dendrobium sở liệu NCBI chương trình BLAST để xác định mức Đại học Nguyễn Tất Thành Giải trình tự 30/30 30/30 Tỉ lệ giải trình tự (%) 100.00 100.00 độ tương đồng đánh giá sơ định danh mẫu Loài phân loại rõ ràng phát sinh mẫu lồi nằm chung với nhánh chung với trình tự GenBank lồi Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 27 Hình Cây phát sinh 30 mẫu trình tự xây dựng trình tự ITS Trên ITS, 13 loài D aloifolium, D amabile, D capillipes, D cretaceum, D crumenatum, D crystallinum, D densiflorum, D farmeri, D intricatum, D secundum, D fimbriatum, D pulchellum D venustum phân định rõ ràng (Hình 2) Riêng mẫu loài D superbum lại nằm chung với D anosmum nhánh mẫu D hercoglossum nằm chung với D linguella Qua nghiên cứu tài liệu phân loại hình thái Lan, biết D superbum tên đồng danh D Anosmum [16] Tương tự D hercoglossum D linguella tên đồng danh lồi [17] Vì vậy, việc lồi đồng danh nằm nhánh phát sinh hoàn tồn hợp lí mẫu khơng bị nằm lẫn nhánh khác (monophyletic) nên loài D anosmum D hercoglossum xem phân định rõ ràng với lồi cịn lại (Hình 2) Đại học Nguyễn Tất Thành Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 28 Hình Cây phát sinh 30 mẫu trình tự xây dựng trình tự matK Đáng ý, hai phát sinh ITS matK, mẫu D salaccense 24DT nằm tách biệt với trình tự lồi D salaccense từ GenBank (JN388577.1, KJ210494.1, KF143506.1, HQ114260.1, MK522259.1 KJ210493.1) Để kiểm tra khác biệt này, chúng tơi tìm trình tự tương đồng mẫu 24DT từ GenBank công cụ BLAST Kết cho thấy trình tự mẫu 24DT tương đồng với D hancockii 99,71% dựa vào liệu ITS 100% dựa vào liệu matK (Hình 5-6) Kết cho thấy mẫu 24DT định danh khoa học chưa xác Việc lí giải lồi có tên tiếng Việt “Hồng thảo trúc” hình thái khơng có hoa giống dẫn đến nhầm lẫn (Hình 4) Từ kết này, tên khoa học mẫu 24DT sửa thành D hancockii (Lan Hoàng thảo trúc đen) (Bảng 4) Đại học Nguyễn Tất Thành Hình Hình thái thân loài D hancockii loài D saclaccence giống Với A: D hancockii (nguồn https://www.reddit.com/r/orchids), B: D saclaccence (nguồn http://tropical.theferns.info) Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 29 Hình Kết BLAST trình tự ITS mẫu 24DT tương đồng với D hancockii Hình Kết BLAST trình tự matK mẫu 24DT tương đồng với D hancockii Hai mẫu 15DT 15PN biến thể hoa trắng loài D anosmum, định danh tên khoa học D anosmum var alba thứ loài nằm nhánh với mẫu loài D anosmum Như vậy, không phân định mức độ loài, phát sinh ITS nhận diện mẫu loài D anosmum Như ITS nhận diện đa dạng tất mẫu, thuộc 16 lồi Dendrobium Trong đó, phát sinh lồi dựa vào trình tự matK nhận diện 10 loài, gồm D pulchellum, D.crystallinum, D venustum, D intricatum, D cretaceum, D crumenatum, D hercoglossum (đồng danh D linguella), D anosmum (đồng danh D superbum), D capillipes D aloifolium (Hình 3) lồi cịn lại D fimbriatum, D densiflorum, D amabile, D farmeri, D secundum D salaccense bị nằm lẫn với loài khác nhánh khác phát sinh (hiện tượng paraphyletic) nên không phân định Bảng Kết định danh đa dạng lồi Dendrobium nghiên cứu Kí hiệu mẫu 1DT 1DT2 3TT 3DT 10DT 11TT 14DT 15PN 15DT 17TT 17DT 18TT 21TT 21PN Tên khoa học dự kiến D.amabile D.amabile D superbum D superbum D pulchellum D densiflorum D farmeri D anosmum var alba D anosmum var alba D secundum D secundum D aloifolium D hercoglossum D hercoglossum Tên khoa học xác D amabile D amabile D superbum (đồng danh với D anosmum) D superbum (đồng danh với D anosmum) D pulchellum D densiflorum D farmeri D anosmum var alba D anosmum var alba D secundum D secundum D aloifolium D hercoglossum (đồng danh với D linguella) D hercoglossum (đồng danh với D linguella) Đại học Nguyễn Tất Thành Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 30 22DT 22DT2 24DT 26TT 27TT 28DT 28PN 29TT 33TT 34TT 34PN 35DT 35PN 36TT 37TT 37PN 30 mẫu D fimbriatum D fimbriatum D salaccense D venustum D anosmum D capillipes D capillipes D venustum D linguella D crumenatum D crumenatum D crystallinum D crystallinum D intricatum D cretaceum D cretaceum Thảo luận ITS sử dụng nghiên cứu trước việc xác định lồi Dendrobium, số nghiên cứu tập trung vào loài dược liệu để phân biệt thảo dược chất ngoại lai [18,19] Tại Trung Quốc, Hongmei Liu cộng (2019) sử dụng vùng ITS nhận diện 15 số 43 loài Dendrobium hoang dã trồng trọt [19] Cũng ITS, Kornsorn Srikulnath cộng phân định 27/27 loài Dendrobium tại Thái Lan [20] nhiều nghiên cứu khác ITS sử dụng phổ biến cho việc phân định nhận diện loài Lan Dendrobium [5,21] Năm 2018, Trần Duy Dương cộng thu thập mẫu Dendrobium Việt Nam với nhiều loài thuộc khu vực Bắc Việt Nam Trong đó, tác giả sử dụng vùng trình tự ITS phân định 19 tổng số 23 loài Dendrobium nghiên cứu, tỉ lệ phân định 82,61% [9] Trong nghiên cứu này, 16 loài thu thập chủ yếu từ khu vực phía Nam Tất lồi nghiên cứu phân định rõ ràng dựa liệu ITS 16 loài thảo luận mới, chưa có nghiên cứu trước Trần Duy Dương cộng (2018) Kết nghiên cứu không mâu thuẫn với công bố Trần Duy Dương (2018) mà bổ sung liệu cho Đại học Nguyễn Tất Thành D fimbriatum D fimbriatum D.hancockii D venustum D anosmum (đồng danh với D superbum) D capillipes D capillipes D venustum D linguella (đồng danh với D hercoglossum) D crumenatum D crumenatum D crystallinum D crystallinum D intricatum D cretaceum D cretaceum 16 loài đóng góp đáng kể vào thư viện trình tự đa dạng Dendrobium địa Việt Nam Kết luận Vùng ITS có mức độ đa dạng di truyền cao vùng khảo sát, có tiềm để đánh giá đa dạng di truyền xác định lồi Dendrobium phía Nam Việt Nam Kết nghiên cứu lần khẳng định ảnh hưởng ITS việc đánh giá đa dạng di truyền việc xác định loài Dendrobium khơng phía Nam Việt Nam mà cịn môi trường sống khác Trong nghiên cứu này, 30 mẫu Dendrobium phân loại 16 loài thứ loài D superbum đồng danh D anosmum D hercoglossum đồng danh D linguella Mẫu DT24 xác định lại tên khoa học D hancockii Dữ liệu 12 mẫu thu từ Trung tâm Công nghệ Sinh học phản hồi tên khoa học xác dựa vào định danh phân tử Dữ liệu trình tự Dendrobium nghiên cứu góp phần vào liệu thư viện trình tự Dendrobium Việt Nam giới Lời cảm ơn Nghiên cứu tài trợ Quĩ Phát triển Khoa học Công nghệ - Đại học Nguyễn Tất Thành, đề tài mã số 2020.01.99/HĐ-KHCN Tạp chí Khoa học & Công nghệ Số 11 31 Tài liệu tham khảo I J Leitch, I Kahandawala, J Suda, L Hanson, M J Ingrouille, M W Chase, M F Fay, Genome size diversity in orchids: consequences and evolution, Annals of botany 104 (2009) 469 Trần Hợp, Phong lan Việt Nam, Nhà xuất nông nghiệp, Hà Nội, 1998 H Asahina, J Shinozaki, K Masuda, Y Morimitsu, M Satake, Identification of medicinal Dendrobium species by phylogenetic analyses using matK and rbcL sequences, Journal of natural medicines 64 (2010) T Yukawa, K Kita, T Handa, DNA phylogeny and morphological diversification of Australian Dendrobium (Orchidaceae), Monocots: systematics and evolution Collingwood: CSIRO (2000) 465 D Li, Z Li, P Mao, X Yan, Z Chun, X Ma, Phylogenetic analysis and identification of Dendrobium species based on ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) sequence, Acta Horticulturae Sinica 39 (2012) S Peyachoknagul, C Mongkolsiriwatana, S Wannapinpong, P S Huehne, K Srikulnath, Identification of native Dendrobium species in Thailand by PCR-RFLP of rDNA-ITS and chloroplast DNA, ScienceAsia 40 (2014) 113 H K Singh, I Parveen, S Raghuvanshi, S B Babbar, The loci recommended as universal barcodes for plants on the basis of floristic studies may not work with congeneric species as exemplified by DNA barcoding of Dendrobium species, BMC research notes (2012) 42 Trần Duy Dương, Nghiên cứu đa dạng di truyền xác định thị nhận dạng số nguồn gen hoa lan Hoàng Thảo (Dendrobium) địa Việt Nam, Luận án Tiến sĩ nông nghiệp (2015) T D Duong, K H Trung, T Nghia, N Thuy, P Hien, N Khoa, T Dung, D Trung, T Khanh, Identification of Vietnamese native Dendrobium Species based on ribosomal DNA internal transcribed spacer sequence, Adv Stud Biol 10 (2018) 10 M Waud, P Busschaert, S Ruyters, H Jacquemyn, B Lievens, Impact of primer choice on characterization of orchid mycorrhizal communities using 454 pyrosequencing, Molecular Ecology Resources 14 (2014) 679 11 Nguyễn Như Hoa, Phân tích trình tự vùng ITS số lồi Hồng thảo thủy tiên, Tạp chí Khoa học - Đại học Sư phạm 15 (2018) 12 T Kyndt, B Van Droogenbroeck, E Romeijn-Peeters, J P Romero-Motochi, X Scheldeman, P Goetghebeur, P Van Damme, G Gheysen, Molecular phylogeny and evolution of Caricaceae based on rDNA internal transcribed spacers and chloroplast sequence data, Molecular Phylogenetics and Evolution 37 (2005) 442 13 Geospiza Inc FinchTV (2015); Internet: Available at: http://www.geospiza.com/Products/finchtv.shtml 14 M Gouy, S Guindon, O Gascuel, SeaView version 4: a multiplatform graphical user interface for sequence alignment and phylogenetic tree building, Molecular biology and evolution 27 (2010) 221 15 Kumar S, Stecher G, Tamura K, MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for bigger datasets, Molecular Biology and Evolution 33 (2016) 1870 16 Bùi Xuân Đáng Lan rừng Việt Nam: Dendrobium Truy cập tại: http://www.hoalanvietnam.org/6B1_lrvnaz/lrvnd/lanrung-vn-Dendrobium-ac.html 17 UNEP-WCMC Checklist of CITES species Truy cập tại: http://checklist.cites.org 18 H Wang, L Shi, J Zhou, G Zhu, DNA barcoding identification of Dendrobium huoshanense and its adulterants, Zhongguo Zhong Yao Za Zhi 43 (2018) 4055 19 H Liu, C Fang, T Zhang, L Guo, Q Ye, Molecular authentication and differentiation of Dendrobium species by rDNA ITS region sequence analysis, AMB Express (2019) 20 K Srikulnath, S Sawasdichai, T K Jantapanon, P Pongtongkam, S Peyachoknagul, Phylogenetic relationship of Dendrobium species in Thailand inferred from chloroplast matK gene and nuclear rDNA ITS region, The Horticulture Journal (2015) 21 X Wang, X Chen, P Yang, L Wang, J Han, Barcoding the Dendrobium (Orchidaceae) species and analysis of the intragenomic variation based on the internal transcribed spacer 2, BioMed research international 2017 (2017) Đại học Nguyễn Tất Thành Tạp chí Khoa học & Cơng nghệ Số 11 32 Evaluation of genetic diversity of some Dendrobium orchids in Southern Vietnam Ngoc-Diep Le1, Thanh-Diem Nguyen1, Nhu-Hoa Nguyen2, Hoang-Dung Tran1, Huyen-Trang Vu1,* Faculty of Biotechnology, Nguyen Tat Thanh University Faculty of Biology, Ho Chi Minh City University of Education vthtrang@ntt.edu.vn Abstract Dendrobium is the genus with large number of species and diversity in morphology and colors In Vietnam, there are about 107 Dendrobium species, widely distributed in mountainous areas from North to South and even on some coastal islands Due to this diversity, morphological recognition of Dendrobium taxa is still in challenges and misidentified among species Because of that, diversity assessment based on molecular genetic features will help with the conservation of the species, management of seed breeding, and serving hybridization for creating new valuable variations In this study, we conducted a genetic diversity survey of 30 Dendrobium samples in Southern Vietnam The results identified the exact scientific names of 16 over 16 species using ITS and 10 over 16 species using matK ITS gave higher resolution in comparison with matK Hence this locus was recommended as a potential marker for the identification of Dendrobium species This study also contributes to the identification, selection and breeding of new varieties of Dendrobium species in Vietnam Keywords Dendrobium, ITS, matK, genetic diversity Đại học Nguyễn Tất Thành ... định lồi Dendrobium phía Nam Việt Nam Kết nghiên cứu lần khẳng định ảnh hưởng ITS việc đánh giá đa dạng di truyền việc xác định loài Dendrobium khơng phía Nam Việt Nam mà cịn môi trường sống khác... cretaceum 16 loài đóng góp đáng kể vào thư viện trình tự đa dạng Dendrobium địa Việt Nam Kết luận Vùng ITS có mức độ đa dạng di truyền cao vùng khảo sát, có tiềm để đánh giá đa dạng di truyền xác... 27/27 loài Dendrobium tại Thái Lan [20] nhiều nghiên cứu khác ITS sử dụng phổ biến cho việc phân định nhận di? ??n loài Lan Dendrobium [5,21] Năm 2018, Trần Duy Dương cộng thu thập mẫu Dendrobium Việt