Định danh và phân nhón nấm

Định danh và phân nhón nấm

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM ------ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003 – 2007 Sinh viên thực hiện: NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 iii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ------- ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện TS. LÊ ĐÌNH ĐÔN NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 iii                                              iv TÓM TẮT         Trichoderma            Mục đích Trichoderma  Trichoderma spp Trichoderma spp. (Trichoderma Phƣơng pháp thực hiện  rDNA (Internal Transcribed Space  tef1 (4th large intron) (EF                 tef1   Trichoderma            TreeView 1.6.6.  tef1  Trichoderma  Kết quả đạt đƣợc Trichoderma. Trichoderma. Trichoderma T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum, T. virens T. asperellum  v T. asperellum  Kết luận   tef1  Trichoderma.  tef1 Trichoderma  vi ABSTRACT Trichoderma spp. collecarried out by Nguyen Thi Kha Tu, from 19 Mar, 2007 to 19 Aug, 2007 at Plant Protection Pepartment, Argonomy Faculty, Nong Lam University and Phytobiotechnology Laboratory, Reseach Institute Biological and Enviromental Technology, Nong Lam University. This thesis was based on molds identified results then using Clustal 1.83 and Treeview 1.6.6 software to compare ITS  rDNA (Internal Transcribed Space  rDNA) stable and apart of tef1 (EF   1 alpha) funtional regions with their data on NCBI to identifying species and grouping of 11 Trichoderma genus. Finally, ITS  rDNA and apart of tef1 regions of 11 Trichoderma genus were compared with their data at different ecological, geographic areas on over the world to clear the genetic relationship. The results show that confirming exactly the species of 10 Trichoderma genus, T68 genus was identified T. atroviride. Establishing and clearing the genetic relationship among 11 Trichoderma genus. In which, 11 Trichoderma genus in Viet Nam of 5 species T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum , T. virens (except T. asperellum genus (T6)) have a rather far genetic relationship from others in the world. 10 genus orginated from locality and T. asperellum (T6) is the one migrated in our country. Genetic relationship among 5 species is stable and suitable with morphological characteristics. vii MỤC LỤC  . iv ABSTRACT vi  . vi  . x  . xii  xii  . 0  . 0 1.1.  0 1.2.  0 1.3.  0  . 2  . 2 2.1. Trichoderma . 2 2.1.1.  . 2 2.1.2.  2 2.1.3.  . 3 2.1.4.  . 4 2.1.5.  . 4 2.2. Trichoderma . 6 2.3. Trichoderma 7 2.4.  rDNA . 9 2.5. tef1 . 10 2.6.   . 10 2.7. Trichoderma  11 2.8.  Trichoderma . 13  . 15 viii  15 3.1.  15 3.1.1.  . 15 3.1.2. u 15 3.2.  . 16 3.3.  . 17 3.4.  . 17 3.5. Trichoderma 17 3.6.  . 18 3.7.  . 18 3.8.  19 3.9.  . 21 3.10. Trichoderma . 22 3.11.  24 Trichoderma  24 g 4 . 25  . 25 4.1.  . 25 4.2.   tef1 . 26 4.3.  . 27 4.4.  . 35 4.4.1.  tef1 35 4.4.2.  rDNA 37 4.5.   39 4.6.  tef1  . 41  . 44 ix   . 44 5.1.  44 5.2.  . 44   x DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT    dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate. DNA: Deoxyribonucleic acid EDTA: Ethylene diamin tetracetic acid. PCR: Polymerase chain reaction. RAPD: Random amplified polymorphism DNA. RNA: Ribonucleic acid. SDS: sodium dodecyl sulfate. Taq: Thermus aquaticus. TAE: Tris-glacial acetic acid- ethylenne diamine tetra acetic acid. TE: Tris ethylene diamine tetra acetate. Tm: Melting Tempereture . . [...]... phân tử Kết hợp các maker phân tử (ITS1, ITS2, RAPD) với phân tích đă ̣c điể m sinh lý và kết quả phân nhóm dựa vào hình thái để phân tích các teleomorphs của Trichoderma (Kuhls và cs (1996, 1997), Samuels (1996), Samuels và cs (1998), Turner và cs (1997)) Năm 2004, Druzhinina Irina và cs đã bổ sung hệ thống phân loại và phổ hệ di truyền của Trichoderma/ Hypocrea bằng cách kết hợp hình thái với phân. .. hình thái với phân tích sinh lý và phân tử Hiện nay, vùng ITS – rDNA đƣợc xem là cơ sở đáng tin cậy để phân nhóm và định danh Trichoderma Tuy nhiên, chỉ dựa vào vùng ITS – rDNA và đặc điểm hình thái thì rất khó phân biệt đƣợc T viride với T koningii và T atroviride nhƣng nếu phân tích thêm vùng tef1 (large intron) thì hoàn toàn có thể phân biệt giữa chúng Phƣơng pháp định danh GCPSR (Genealogical Concordance... Trichoderma phân lập từ các vùng sinh thái, địa lý khác nhau ở Việt Nam, đã đƣợc định danh bằng hình thái và xác định tính đối kháng với các nấm gây bệnh hại cây trồng bởi TS Lê Đình Đôn và cs, tại bộ môn Bảo vệ Thực vật, khoa Nông học, trƣờng Đại học Nông Lâm Thành phố Hồ Chí Minh, dựa theo khóa phân loại Trichoderma của Gary J Samuels (2004) và tiêu bản chuẩn Bảng 3 1 Các dòng nấm sử dụng để định danh và phân. .. Trichoderma 2.1.1 Phân loại Trichoderma là một trong những nhóm vi nấm gây nhiều khó khăn cho việc định danh, phân loại do còn nhiều đặc điểm cần thiết cho việc định danh, phân loại vẫn chƣa đƣợc biết đầy đủ Theo truyền thống, hệ thống phân loại thƣờng dựa vào sự khác biệt về đặc trƣơng hình thái; đặc điểm bào tử, cành bào tử và quá trình sinh sản bào tử vô tính Năm 1801, Persoon ex Gray đã xác định Trichoderma... tƣơng đồng và các khác biệt của các sinh vật cùng loài hay khác loài, đóng vai trò quan trọng trong các nghiên cứu quá trình tiến hoá, phát sinh loài, phân loại nấm và xác định tính đa dạng di truyền của sinh vật cũng nhƣ các dòng nấm do việc phân loại nấm dựa vào đặc điểm hình thái, cơ chế 9 trao đổi chất, cấu trúc vách tế bào và thành phần protein có kết quả phân loại thƣờng không chính xác và cần khoảng... đồng, xuất khẩu và cân bằng môi trƣờng sinh thái, hƣớng đến một nền nông nghiệp bền vững Vì thế, việc định danh chính xác tên loài và xác định mối quan hệ di truyền của chúng trở nên thật cần thiết Nhƣng do hệ thống định danh và phân loại của Trichoderma vẫn chƣa hoàn chỉnh nên việc chỉ dựa đơn lẻ vào hình thái, trình tự vùng bảo tồ n hoặc trình tự các vùng chức năng thì không thể định danh chính xác... Recognition) là phƣơng pháp dựa vào mức độ tƣơng đồng và vị trí phù hợp của dòng Trichoderma phân tích với các dòng trong phổ hệ di truyền Phƣơng pháp này cho kết quả định danh đáng tin cậy và tiết kiệm đƣợc chi phí, thời gian hơn phƣơng pháp định danh chỉ dựa vào hình thái Năm 2002, Kullnig-Gradinger và cs sử dụng 4 vùng ITS– rDNA, mitssuDNA, tef1 (short intron thứ 5) và ech42 (large exon) để đánh giá... primer ITS4 và ITS5 và một phần vùng tef1 với cặp primer EF1 – 728F và EF1 – 986R Xác định đƣợc tên loài 11 dòng Trichoderma trên cơ sở kết quả định danh dựa vào hình thái kết hợp với kết quả so sánh mức độ tƣơng đồng của trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với dữ liệu của chúng trên NCBI (National Center for Biotechnology Information, USA) bằng phần mềm ClustalX 1.83 Phân nhóm và xác định đƣợc... nghiệp này nhằm mục đích định danh tên loài với độ chính xác cao, bằng cách kết hợp kết quả định danh dựa vào hình thái với trình tự vùng bảo tồn ITS – rDNA và một phần vùng chức năng tef1 (4th large intron) mà phƣơng pháp định danh chỉ bằng hình thái không hoàn toàn chính xác Đồng thời, phân nhóm tạo phổ hệ di truyền để thành lập dữ liệu chi tiết về quần thể nấm Trichoderma phân lập từ các vùng sinh... phút ở nhiệt độ phòng, để sợi nấm tiếp xúc tối đa với môi trƣờng vì thế sợi nấm luôn ở trạng thái sinh trƣởng mạnh nên không mọc bào tử Lắc liên tục cho đến khi sợi nấm mọc nhiều và đều khắp môi trƣờng (khoảng 2 – 3 ngày), dừng lại và thu lấy sợi nấm Cách thu lấy sợi nấm: Dùng vải và phễu lọc đã hấp khử trùng và sấy khô để lọc thu lấy phần sợi nấm, vắt kiệt nƣớc rồi bỏ vào giấy bạc, cán mỏng để khi . GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM ------ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP . GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ------- ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP