ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM

Nấm Trichoderma là một loại nấm mốc có phổ đối kháng rộng đối với các loại nấm gây bệnh hại cây trồng và có khả năng kích thích sự phát triển của bộ rễ cây. Việc khai thác tiềm năng của Trichoderma dƣới dạng chế phẩm sinh học nhƣ một tác nhân sinh học phòng trừ nhiều bệnh hại cây trồng, giúp cho cây sinh trƣởng và phát triển tốt hơn đã và đang đƣợc các nƣớc trên thế giới trong đó có nƣớc ta rất quan tâm nhằm tạo sản phẩm nông nghiệp không có dƣ lƣợng thuốc hóa học là một yêu cầu bắt buộc vì sức khỏe cộng đồng, xuất khẩu và cân bằng môi trƣờng sinh thái, hƣớng đến một nền nông nghiệp bền vững. Vì thế, việc định danh chính xác tên loài và xác định mối quan hệ di truyền của chúng trở nên thật cần thiết. Nhƣng do hệ thống định danh và phân loại của Trichoderma vẫn chƣa hoàn chỉnh nên việc chỉ dựa đơn lẻ vào hình thái, trình tự vùng bảo tồn hoặc trình tự các vùng chức năng thì không thể định danh chính xác tên loài của chúng (Gary J. Samuels, 2004). Khóa luận tốt nghiệp này nhằm mục đích định danh tên loài với độ chính xác cao, bằng cách kết hợp kết quả định danh dựa vào hình thái với trình tự vùng bảo tồn ITS – rDNA và một phần vùng chức năng tef1 (4th large intron) mà phƣơng pháp định danh chỉ bằng hình thái không hoàn toàn chính xác. Đồng thời, phân nhóm tạo phổ hệ di truyền để thành lập dữ liệu chi tiết về quần thể nấm Trichoderma phân lập từ các vùng sinh thái, địa lý khác nhau trên lãnh thổ nƣớc ta.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM ------ KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Ngành học: CÔNG NGHỆ SINH HỌC Niên khóa: 2003 – 2007 Sinh viên thực hiện: NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 iii BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƢỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HCM BỘ MÔN CÔNG NGHỆ SINH HỌC ------- ĐỊNH DANH VÀ PHÂN NHÓM NẤM Trichoderma spp. PHÂN LẬP TẠI VIỆT NAM Giáo viên hƣớng dẫn Sinh viên thực hiện TS. LÊ ĐÌNH ĐÔN NGUYỄN THỊ KHẢ TÚ Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 9/2007 iii                                                          iv TÓM TẮT         Trichoderma                Mục đích Trichoderma  Trichoderma spp Trichoderma spp. (Trichoderma  Phƣơng pháp thực hiện   rDNA (Internal Transcribed Space   tef1 (4 th large intron) (EF                  tef1    Trichoderma             TreeView 1.6.6.  tef1  Trichoderma   Kết quả đạt đƣợc Trichoderma. Trichoderma. Trichoderma T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum, T. virens T. asperellum   v T. asperellum   Kết luận    tef1   Trichoderma.  tef1  Trichoderma   vi ABSTRACT Trichoderma spp. colle carried out by Nguyen Thi Kha Tu, from 19 Mar, 2007 to 19 Aug, 2007 at Plant Protection Pepartment, Argonomy Faculty, Nong Lam University and Phytobiotechnology Laboratory, Reseach Institute Biological and Enviromental Technology, Nong Lam University. This thesis was based on molds identified results then using Clustal 1.83 and Treeview 1.6.6 software to compare ITS  rDNA (Internal Transcribed Space  rDNA) stable and apart of tef1 (EF   1 alpha) funtional regions with their data on NCBI to identifying species and grouping of 11 Trichoderma genus. Finally, ITS  rDNA and apart of tef1 regions of 11 Trichoderma genus were compared with their data at different ecological, geographic areas on over the world to clear the genetic relationship. The results show that confirming exactly the species of 10 Trichoderma genus, T68 genus was identified T. atroviride. Establishing and clearing the genetic relationship among 11 Trichoderma genus. In which, 11 Trichoderma genus in Viet Nam of 5 species T. longibrachiatum, T. asperellum, T. atroviride, T. harzianum , T. virens (except T. asperellum genus (T6)) have a rather far genetic relationship from others in the world. 10 genus orginated from locality and T. asperellum (T6) is the one migrated in our country. Genetic relationship among 5 species is stable and suitable with morphological characteristics. vii MỤC LỤC  . iv ABSTRACT vi  . vi  . x  . xii  xii  . 0  . 0 1.1.  0 1.2.  0 1.3.  0  . 2  . 2 2.1. Trichoderma . 2 2.1.1.  . 2 2.1.2.  2 2.1.3.  . 3 2.1.4.  . 4 2.1.5.  . 4 2.2. Trichoderma . 6 2.3. Trichoderma 7 2.4.  rDNA . 9 2.5. tef1 . 10 2.6.   . 10 2.7. Trichoderma  11 2.8.  Trichoderma . 13  . 15 viii  15 3.1.  15 3.1.1.  . 15 3.1.2. u 15 3.2.  . 16 3.3.  . 17 3.4.  . 17 3.5. Trichoderma 17 3.6.  . 18 3.7.  . 18 3.8.  19 3.9.  . 21 3.10. Trichoderma . 22 3.11.  24 Trichoderma   24 g 4 . 25  . 25 4.1.  . 25 4.2.   tef1 . 26 4.3.  . 27 4.4.  . 35 4.4.1.  tef1 35 4.4.2.  rDNA 37 4.5.   39 4.6.   tef1  . 41  . 44 ix   . 44 5.1.  44 5.2.  . 44   x DANH SÁCH CÁC CHỮ VIẾT TẮT    dNTP: Deoxyribonucleotide triphosphate. DNA: Deoxyribonucleic acid EDTA: Ethylene diamin tetracetic acid. PCR: Polymerase chain reaction. RAPD: Random amplified polymorphism DNA. RNA: Ribonucleic acid. SDS: sodium dodecyl sulfate. Taq: Thermus aquaticus. TAE: Tris-glacial acetic acid- ethylenne diamine tetra acetic acid. TE: Tris ethylene diamine tetra acetate. Tm: Melting Tempereture . . . Trichoderma spp. colle carried out by Nguyen Thi Kha Tu, from 19 Mar, 2007 to 19 Aug, 2007 at Plant Protection Pepartment, Argonomy.  Trichoderma, Longibrachiatum, Saturnisporum, Pachybasium và Hypocreanum.    Saturnisporum     