Trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 của 11 dòng Trichoderma
khảo sátđƣợc so sánh với dữ liệu của chúng trên NCBI. Dựa vào độ tƣơng đồng di truyền (%) kết hợp với kết quả định danh bằng hình thái, để từ đó xác định tên loài của 11 dòng Trichoderma khảo sát.
Dòng T37: đƣợc định danh dựa vào hình thái là T. sinensis, kết hợp với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T37 là
Bảng 4. 1 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T37 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83) (mã số truy cập-tên loài-địa điểm phân lập) 1: X93938-T.reesei-Đức 100 99 99 99 99 99 98 2: AY328038-T.longibrachiatum-Hunrary 99 100 99 99 99 99 98 3: DQ297053-T.longibrachiatum-Mexico 99 99 100 100 100 99 99 4: T37-T.sinensis-ITS_rDNA-Việt Nam 99 99 100 100 100 99 99 5: Z48726-T.saturnisporum-Đức 99 99 100 100 100 100 99 6: AF048744-T.saturnisporum-Hàn Quốc 99 99 99 99 100 100 99 7: DQ083012-T.sinensis-Đài Loan 98 98 99 99 99 99 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: DQ297066-T.longibrachiatum-Mexico 100 100 99 78 78 81 84 2: T37-T.sinensis-tef1-Việt Nam 100 100 99 67 67 69 75 3: AY937412-T.longibrachiatum-Hoa Kỳ 99 99 100 76 75 80 84 4: AY750888-T.sinensis-Đài Loan 78 67 76 100 99 85 79 5: AY750889-T.sinensis-Đài Loan 78 67 75 99 100 85 78 6: AY937414-T.saturnisporum-Nam Phi 81 69 80 85 85 100 78 7: Z23012-T.reesei-Phần Lan 84 75 84 79 78 78 100
Dòng T42: Với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI, kết hợp với kết quả định danh dựa vào hình thái là T. viride, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T42 là
Trichoderma asperellum.
Bảng 4. 2 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T42 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:AY585878-T.atroviride-Hungary 100 100 100 100 99 99 99 98 99 2:Z48818-T.atroviride-Đức 100 100 100 100 100 99 98 98 98 3:DQ313146-T.koningiopsis-Canada 100 100 100 100 100 99 99 98 99 4:DQ313135-T.koningiopsis-Brazil 100 100 100 100 100 99 99 98 99 5:DQ313155-T.viride-New Zealand 99 100 100 100 100 100 98 98 98 6:DQ315439-T.viride-Anh 99 99 99 99 100 100 98 98 98 7:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 99 98 99 99 98 98 100 100 100 8:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 98 98 98 98 98 98 100 100 100 9:T42-T.viride-ITS_rDNA-Việt Nam 99 98 99 99 98 98 100 100 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:AF348116-T.viride-Hoa Kỳ 100 99 90 91 89 88 86 77 84 2:DQ307555-T.viride-CH.Czech 99 100 89 92 89 89 85 78 84 3:AF348112-T.atroviride-Hoa Kỳ 90 89 100 96 88 89 87 79 86 4:DQ307550-T.atroviride-Sri Lanka 91 92 96 100 90 91 87 85 88 5:DQ288997-T.koningii-Ecuador 89 89 88 90 100 96 84 78 85 6:DQ289002-T.koningii-Brazil 88 89 89 91 96 100 84 78 84 7:AY857274-T.asperellum-Úc 86 85 87 87 84 84 100 92 100 8:T42-T.viride-tef1-Việt Nam 77 78 79 85 78 78 92 100 92 9:AY376058-T.asperellum-Hoa Kỳ 84 84 86 88 85 84 100 92 100
Dòng T38: Với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI, chúng tôi xác định dòng T38 chỉ có thể
là T. virens hay Gliocladium flavofuscum (là một teleomorph của T. virens) hoặc
Hypocrea virens (cũng là một teleomorph của T. virens) nhƣng kết hợp với kết quả định danh dựa vào hình thái (là T. virens), chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T38 là Trichoderma virens.
Bảng 4. 3 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T38 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: AY154935-T.spirale-Iran 100 100 99 99 98 98 98 2: DQ083014-T.spira-Thái Lan 100 100 99 99 98 98 98 3: AF099008-T.virens-Hoa Kỳ 99 99 100 100 98 98 98 4: T38-T.virens-ITS_rDNA -Việt Nam 99 99 100 100 98 98 98 5: AF362101-T.inhamatum-Hàn Quốc 98 98 98 98 100 99 99 6: AF455502-T.inhamatum-Úc 98 98 98 98 99 100 99 7: AF057599-T.virens-Hoa Kỳ 98 98 98 98 99 99 100 Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: AY750890-T.spirale-Thái Lan 100 97 89 84 89 85 86 2: AY750896-T.spirale-Canada 97 100 89 84 89 86 86 3: AY750894-H.virens-Cote.d'Ivoir 89 89 100 96 99 85 85 4: T38-T.virens-tef1-Việt Nam 84 84 96 100 96 76 76 5: AY750891-G.flavofuscum-Hoa Kỳ 89 89 99 96 100 85 85 6: AF348101-T.harzianum-Hoa Kỳ 85 86 85 76 85 100 93 7: AF348103-T.harzianum-Hoa Kỳ 86 86 85 76 85 93 100
Dòng T19: đƣợc định danh dựa vào hình thái là T. asperellum, kết hợp với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA với các loài trên NCBI, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T19 là Trichoderma asperellum.
Bảng 4. 4 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T19 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:DQ313155-T.viride-New Zealand 100 100 100 99 98 98 98 97 97 2:DQ315439-T.viride-Anh 100 100 99 99 97 97 97 97 97 3:Z48818-T.atroviride-Đức 100 99 100 100 97 97 98 97 97 4:AY585878-T.atroviride-Hungary 99 99 100 100 98 98 98 97 97 5:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 98 97 97 98 100 100 100 99 99 6:T19-T.asperellum-ITS_rDNA-Việt Nam 98 97 97 98 100 100 100 99 99 7:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 98 97 98 98 100 100 100 99 99 8:AJ507086-T.hamatum-Úc 97 97 97 97 99 99 99 100 100 9:Z48816-T.hamatum-Đức 97 97 97 97 99 99 99 100 100
Dòng T33: đƣợc chúng tôi khẳng định tên loài chính xác là Trichoderma asperellum dựa vào kết quả định danh dựa vào hình thái là T. asperellum, kết hợp
với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng
tef1 với các loài trên NCBI.
Bảng 4. 5 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T33 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 100 100 100 99 99 98 97 97 98 2:T33-T.asperellum-ITS_rDNA-ViệtNam 100 100 100 99 99 98 98 97 98 3:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 100 100 100 99 99 98 98 97 98 4:AJ507086-T.hamatum-Úc 99 99 99 100 100 97 97 97 97 5:Z48816-T.hamatum-Đức 99 99 99 100 100 97 97 97 97 6:DQ313155-T.viride-New Zealand 98 98 98 97 97 100 100 100 99 7:Z48818-T.atroviride-Đức 97 98 98 97 97 100 100 99 100 8:DQ315439-T.viride-Anh 97 97 97 97 97 100 99 100 99 9:AY585878-T.atroviride-Hungary 98 98 98 97 97 99 100 99 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: AY857274-T.asperellum-Úc 100 92 100 87 87 86 85 84 2: T33-T.asperellum-tef1-Việt Nam 92 100 92 79 84 78 78 77 3: AY376058-T.asperellum-Hoa Kỳ 100 92 100 86 87 85 84 83 4: AF348112-T.atroviride-Hoa Kỳ 87 79 86 100 96 90 89 85 5: DQ307550-T.atroviride-Sri Lanka 87 84 87 96 100 91 92 87 6: AF348116-T.viride-Hoa Kỳ 86 78 85 90 91 100 99 84 7: DQ307555-T.viride-CH.Czech 85 78 84 89 92 99 100 84 8: AY750893-T.hamatum-Canada 84 77 83 85 87 84 84 100
Dòng T2: Tƣơng tự đƣợc định danh dựa vào hình thái là T. asperellum hoặc T. harzianum, kết hợp với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T2 là Trichoderma asperellum.
Bảng 4. 6 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T2 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:DQ313155-T.viride-New Zealand 100 100 97 97 98 98 98 92 90 2:DQ315439-T.viride-Anh 100 100 97 97 97 97 97 92 90 3:AJ507086-T.hamatum-Úc 97 97 100 100 99 99 99 91 90 4:Z48816-T.hamatum-Đức 97 97 100 100 99 99 99 91 90 5:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 98 97 99 99 100 100 100 92 91 6:T2_T.asperellum/harzianum-ITS_rDNA 98 97 99 99 100 100 100 92 91 7:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 98 97 99 99 100 100 100 92 90 8:AF055218-T.inhamatum-New Zealand 92 92 91 91 92 92 92 100 94 9:AF362101-T.inhamatum-Hàn Quốc 90 90 90 90 91 91 90 94 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: AF348116-T.viride-Hoa Kỳ 100 99 87 80 85 84 71 71 2: DQ307555-T.viride-CH.Czech 99 100 85 80 85 84 67 67 3: AY857274-T.asperellum-Úc 87 85 100 92 100 84 76 75 4: T2-T.asperellum/harzianum-tef1 80 80 92 100 92 77 60 59 5: AY376058-T.asperellum-Hoa Kỳ 85 85 100 92 100 83 73 72 6: AY750893-T.hamatum-Canada 84 84 84 77 83 100 70 69 7: AF348101-T.harzianum-Hoa Kỳ 71 67 76 60 73 70 100 93 8: AF348103-T.harzianum-Hoa Kỳ 71 67 75 59 72 69 93 100
Dòng T14: đƣợc định danh dựa vào hình thái là T. harzianum, kết hợp với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA với các loài trên NCBI, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T14 là Trichoderma harzianum.
Bảng 4. 7 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T14 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83) 1:AF362101-T.inhamatum-Hàn Quốc 100 99 100 99 99 91 91 91 91 2:AF455502-T.inhamatum-Úc 99 100 99 99 99 91 90 90 90 3:T14_T.harzianum-ITS_rDNA-Việt Nam 100 99 100 99 99 91 91 91 91 4:AY154932-T.tomentosum-Iran 99 99 99 100 100 91 91 91 91 5:DQ085432-T.tomentosum-Canada 99 99 99 100 100 91 91 91 91 6:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 91 91 91 91 91 100 100 99 99 7:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 91 90 91 91 91 100 100 99 99 8:AJ507086-T.hamatum-Úc 91 90 91 91 91 99 99 100 100 9:Z48816-T.hamatum-Đức 91 90 91 91 91 99 99 100 100
Dòng T85:kết hợp kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI với kết quả định danh dựa vào hình thái là T. harzianum, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T85 là
Trichoderma harzianum.
Bảng 4. 8 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T85 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:AY154932-T.tomentosum-Iran 100 100 99 98 98 92 91 91 91 2:DQ085432-T.tomentosum-Canada 100 100 99 98 98 92 91 91 91 3:AF362101-T.harzianum-Hàn Quốc 99 99 100 99 99 91 91 91 91 4:AF455502-T.harzianum-Úc 98 98 99 100 100 91 90 90 90 5:T85-T.harzianum-ITS_rDNA-Việt Nam 98 98 99 100 100 91 91 90 91 6:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 92 92 91 91 91 100 100 99 99 7:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 91 91 91 90 91 100 100 99 99 8 AJ507086-T.hamatum-Úc 91 91 91 90 90 99 99 100 100 9 Z48816-T.hamatum-Đức 91 91 91 90 91 99 99 100 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: AF348103-T.harzianum-Hoa Kỳ 100 92 93 91 75 76 71 2: T85-T.harzianum-tef1-Việt Nam 92 100 87 87 63 63 59 3: AF348101-T.harzianum-Hoa Kỳ 93 87 100 90 75 76 71 4: AY750882-T.tomentosum-Canada 91 87 90 100 72 75 70 5: AY376058-T.asperellum-Hoa Kỳ 75 63 75 72 100 100 86 6: AY857274-T.asperellum-Úc 76 63 76 75 100 100 87 7: AY750893-T.hamatum-Canada 71 59 71 70 86 87 100
Dòng T88: đƣợc định danh dựa vào hình thái là T. asperellum, kết hợp với kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T88 là
Trichoderma asperellum.
Bảng 4. 9 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T88 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83) 1:AJ507086-T.hamatum-Úc 100 100 99 99 99 97 97 97 97 2:Z48816-T.hamatum-Germany 100 100 99 99 99 97 97 97 97 3:AY380912-T.asperellum-Hoa Kỳ 99 99 100 100 100 98 97 97 98 4:T88-T.asperellum-ITS_rDNA-ViệtNam 99 99 100 100 100 98 98 97 98 5:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 99 99 100 100 100 98 98 97 98 6:DQ313155-T.viride-New Zealand 97 97 98 98 98 100 100 100 99 7:Z48818-T.atroviride-Đức 97 97 97 98 98 100 100 99 100 8:DQ315439-T.viride-Anh 97 97 97 97 97 100 99 100 99 9:AY585878-T.atroviride-Hungary 97 97 98 98 98 99 100 99 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83) 1: AY857274-T.asperellum-Úc 100 92 100 87 87 86 85 84 2: T88-T.asperellum-tef1-Việt Nam 92 100 92 80 84 78 78 77 3: AY376058-T.asperellum-Hoa Kỳ 100 92 100 86 87 85 84 83 4: AF348112-T.atroviride-Hoa Kỳ 87 80 86 100 96 90 89 85 5: DQ307550-T.atroviride-Sri Lanka 87 84 87 96 100 91 92 87 6: AF348116-T.viride-Hoa Kỳ 86 78 85 90 91 100 99 84 7: DQ307555-T.viride-CH.Czech 85 78 84 89 92 99 100 84 8: AY750893-T.hamatum-Canada 84 77 83 85 87 84 84 100
Dòng T6: kết hợp kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA và một phần vùng tef1 với các loài trên NCBI, chúng tôi khẳng định tên loài chính xác của dòng T6 là Trichoderma asperellum.
Bảng 4.10 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T6 với các loài trên NCBI
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1:AY380912-T.asperellum-USA 100 100 100 99 99 98 97 97 98 2:T6- T.asperellum-ITS_rDNA-ViệtNam 100 100 100 99 99 98 98 97 98 3:AY266673-T.asperellum-Trung Quốc 100 100 100 99 99 98 98 97 98 4:AJ507086-T.hamatum-Úc 99 99 99 100 100 97 97 97 97 5:Z48816-T.hamatum-Đức 99 99 99 100 100 97 97 97 97 6:DQ313155-T.viride-New Zealand 98 98 98 97 97 100 100 100 99 7:Z48818-T.atroviride-Đức 97 98 98 97 97 100 100 99 100 8:DQ315439-T.viride-Anh 97 97 97 97 97 100 99 100 99 9:AY585878-T.atroviride-Hungary 98 98 98 97 97 99 100 99 100
Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83) 1: AF348112-T.atroviride-USA 100 96 90 89 85 86 81 87 2: DQ307550-T.atroviride-Sri Lanka 96 100 91 92 87 87 84 87 3: AF348116-T.viride-USA 90 91 100 99 84 85 78 86 4: DQ307555-T.viride-CH.Czech 89 92 99 100 84 84 79 85 5: AY750893-T.hamatum-Canada 85 87 84 84 100 83 76 84 6: AY376058-T.asperellum-USA 86 87 85 84 83 100 100 100 7: T6-T.asperellum-tef1-Việt Nam 81 84 78 79 76 100 100 99 8: AY857274-T.asperellum-Úc 87 87 86 85 84 100 99 100
Dòng T68: định danh dựa vào hình thái là T. atroviride nhƣng kết quả tính độ tƣơng đồng di truyền (%) vùng ITS – rDNA với dữ liệu trên NCBI chỉ giúp kết luận tên loài dòng T68 không phải là T. strigosum và với T. viride (là loài rất dễ nhằm lẫn với T. atroviride khi định danh bằng hình thái) không kết luận đƣợc. Nên chúng tôi chỉ xác định tên loài của dòng T68 là Trichoderma atroviride
Bảng 4. 11 Độ tƣơng đồng di truyền (%) dòng T68 với các loài trên NCBI Percent Identity Matrix - created by ClustalX (1.83)
1: DQ313155-T.viride-New Zealand 100 100 99 100 100 98 2: DQ315439-T.viride-Anh 100 100 99 99 99 98 3: AY585878-T.atroviride-Hungary 99 99 100 100 99 98 4: Z48818-T.atroviride-Đức 100 99 100 100 100 98 5: T68_T.atroviride-ITS_rDNA-Việt Nam 100 99 99 100 100 98 6: AY387661-T.strigosum-Hoa Kỳ 98 98 98 98 98 100
Bảng 4. 12 Kết quả định danh tên loài các dòng Trichoderma của đề tài
Kí hiệu Tên loài định danh dựa vào hình thái
Tên loài đƣợc định danh chính xác dựa vào phân tử
T37 T. sinensis T. longibrachiatum
T42 T. viride T. asperellum
T38 T. virens T. virens
T19 T. asperellum T. asperellum(* )
T33 T. asperellum T. asperellum
T2 T. asperellum/ T. harzianum T. asperellum
T14 T. harzianum T. harzianum(* )
T85 T. harzianum T. harzianum
T88 T. asperellum T. asperellum
T6 Chƣa xác định T. asperellum (*** )
(*): tên loài được định danh chính xác bằng cách kết hợp kết quả định danh bằng hình thái với trình tự vùng ITS – rDNA.(**): tên loài được xác định dựa vào hình thái và trình tự vùng
ITS – rDNA. (***): tên loài được khẳng đi ̣nh dựa vào trình tự vùng ITS – rDNA và một phần vùng
tef1
Từ kết quả định danh trên, cho thấy kết quả định danh tên loài bằng cách kết hợp kết quả định danh dƣ̣a vào hình th ái với trình tự vùng bảo tồn ITS – rDNA và