Để kiểm tra kết quả ly trích có thu đƣợc DNA tổng số hay không và DNA pha loãng có nồng độ thích hợp để thực hiện phản ứng PCR hay chƣa, chúng tôi tiến hành điện di sản phẩm ly trích và pha loãng trên gel agarose 1%.
Bƣớc 1: Chuẩn bị gel agarose 1 %, cân 0.25 g agarose cho vào 25 ml TAE 0.5X, lắc nhẹ cho agarose phân tán đều, đun nóng trong lò viba ở 650 W trong 2 phút. Để chai nguội lại khoảng 50 – 60 0C, đổ vào khuôn thật bằng phẳng có gắn lƣợc 12 – 18 giếng. Chờ gel đông (khoảng 15 phút), lấy lƣợc ra và bắt đầu tiến hành nạp mẫu.
Bƣớc 2: Nạp mẫu, xác định các thông số điện di và đọc kết quả
Đối với DNA tổng số:Dùng micropipette hút lấy 2 l mẫu, trộn đều với 2 l blue loading dye buffer 6X, hút tổng lƣợng thể tích là 4 l bơm vào 1 giếng trên gel agarose 1 %. Làm tƣơng tự với các mẫu khác. Tiến hành điện di bảng gel đó trong dung dịch đệm TAE 0.5 X, hiệu điện thế 110 V, cƣờng độ dòng điện 400 A trong 20 phút. Sau đó, bảng gel đƣợc chuyển vào thuốc nhuộm ethidium bromide (1%) trong khoảng 15 phút, rửa sạch và chụp gel bằng tia tử ngoại (UV) của máy Gel doc 2000 (Biorad) và kết quả đƣợc đọc bằng phần mềm Quality One.
Nếu sản phẩm ly trích có DNA tổng số thì trên gel điện di sẽ có band DNA phát sáng dƣới dạng vạch. Mức độ tập trung và độ đậm nhạt của băng điện di phản ánh độ tinh sạch và nồng độ cao hay thấp của mẫu DNA. Từ đó, kết hợp với những hiểu biết về phƣơng pháp định lƣợng nồng độ DNA bằng phân tử Mass (mục 2.8.3, phần 2 tổng quan tài liệu), chúng tôi có thể ƣớc lƣợng nồng độ DNA ly trích đƣợc và dự đoán đƣợc độ pha loãng.
Đối với DNA pha loãng: Mỗi mẫu lấy 4 l trộn với 2 l loading buffer 6X, thao tác tiến hành tƣơng tự nhƣ trên. Kết quả thu đƣợc cho phép ta xác định đƣợc nồng độ cần thiết để chọn lấy và thực hiện phản ứng PCR.