Đề tài này được tiến hành với mục tiêu nhằm xác định tần suất mang gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriaceae phân lập được trong cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh năm 2013. Mời các bạn cùng tham khảo bài viết để nắm rõ nội dung chi tiết.
Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014 TẦN SUẤT MANG GEN SINH β‐LACTAMASE VÀ AMPC CỦA ENTEROBACTERIACAE TRONG CỘNG ĐỒNG TẠI THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH NĂM 2013 Nguyễn Đỗ Phúc*, Nguyễn Lý Hồng Ngân* TĨM TẮT Đặt vấn đề: Lý do chính đề kháng kháng sinh của Enterobacteriaceae đối với nhóm kháng sinh β‐lactama là việc sinh ra men Extended spectrum β‐lactamase (ESBLs) và AmpC β‐lactamas. Tiếp theo nghiên cứu trước về tần suất vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh ESBL trong cộng đồng Tp. Hồ Chí Minh. Nghiên cứu tiếp tục thực hiện phân tích kiểu gen của vi khuẩn sinh β‐lactamase và sự tương quan giữa kiểu hình ‐ kiểu gen ESBL và AmpC của các chủng phân lập được. Mục tiêu: Xác định tần suất mang gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriaceae phân lập được trong cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh năm 2013. Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu tiền cứu, thực hiện từ tháng 6 đến tháng 12 năm 2013 tại Tp. Hồ Chí Minh. 148 chủng sinh men β‐lactamas đưa vào nghiên cứu, E.coli là 85 chủng; Klebsiella spp. là 61 chủng và Citrobacter là 2 chủng. Các chủng được phân tích xác định kiểu gen sinh ESBL và AmpC bằng kỹ thuật multiplex‐PCR. Kết quả: Trong số 148 chủng Enterobacteriaceae sinh men β‐lactamase thì tỷ lệ chủng có kiểu hình ESBL là 113 (76,4%) và AmpC là 35 (23,6%). Tỷ lệ kiểu gen so với kiểu hình của ESBL là 85/113 (85%) và kiểu gen của AmpC 7/35 (20%). Đối với E. coli, có 62/73 (85%) chủng có mang gen sinh ESBL, trong đó chủng mang 1 gen phổ biến CTX‐M là 26 (35,6%), TEM là 1 (1,4%); mang 2 gen TEM+CTX‐M là 34 (46,5%) và SHV+CTX‐M là 1 (1,4%). Chủng mang gen AmpC là 2/12 (33%), trong đó tần suất mang 1 gen DHA là 2 (16,7%), mang 2 gen FOX+CYM là 2 (16,7%).Đối với Klebsiella spp., có 22/39 (56,4%) có mang gen sinh ESBL, trong đó chủng mang 1 gen CTX‐M là 6 (15,4%), TEM là 2 (5,1%), mang 2 gen SHV+CTX‐M 6 (15,4%) và TEM+CTX‐M là 4 (10,3%) và mang 3 gen SHV+TEM+CTX‐M là 3 (7,7%). Chủngmang gen sinh AmpC có 2/20 (9%), trong đó số chủng mang 1 gen DHA là 2 (4,5%) và mang 2 gen FOX+CYM là 2 (4,5%). Đối với Citrobacter, thì 1 chủng có kiểu hình sinh ESBL và kiểu gen là TEM ; 1 chủng có kiểu hình sinh AmpC và kiểu gen CYM. Kết luận: Tần suất mang gen ESBL của Enterobacteriaceae: mang 1 gen CTX‐M là 28,3%, TEM là 3,5%, SHV là 1%; mang 2 gen TEM+CTX‐M là 33,6%, SHV+ CTX‐M là 6,2% và 3 gen SHV+TEM+CTX‐M là 2,7%. Tần suất mang gen AmpC của Enterobacteriaceae: mang 1 gen DHA là 8,6%, CYM là 2,9% và mang 2 gen FOX+CYM là 8,6%. Từ khóa: gen sinh ESBL, Ampc, cộng đồng khỏe mạnh. ABSTRACT PREVALENCE OF GENES EXTENDED SPECTRUM LACTAMASE (ESBL) AND AMPC PRODUCING ENTEROBACTERIACAE IN HEALTHY POPULATION, HO CHI MINH, 2013. Nguyen Do Phuc, Nguyen Ly Hoang Ngan * Y Hoc Tp. Ho Chi Minh * Vol. 18 ‐ Supplement of No 6‐ 2014: 388 – 392 Background: A major reason for resistance of Enterobacteriacae to β‐lactamase is the production of ESBLs Viện Y tế cơng cộng Tp. Hồ Chí Minh Tác giả liên lạc: TS. Nguyễn Đỗ Phúc * 388 ĐT: 0907669008 Email: nguyendophucihph@gmail.com Chun Đề Y Tế Cơng Cộng Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014 Nghiên cứu Y học and AmpC β‐lactamase. Continuing the previous study on prevalence of ESBL producing Enterobacteriacae in a healthy population in Ho Chi Minh City, a study on genotypes of ESBLs and AmpC are analysed according to collected Enterobacteriacae isolates. Objectives: to determine the prevalence of genotypes of ESBLs and AmpC of Enterobacteriacae in a healthy population in Ho Chi Minh City. Methods: A prospective cohort study was conducted in Ho Chi Minh City from July to December, in 2013. Of studied 148 isolates of β‐lactamase producing Enterobacteriacae, there were 85 E.coli isolates; 61 Klebsiella spp. isolates and 2 Citrobacter isolates. The isolates were examined genotypes of ESBL and AmpC by using multiplex‐PCR technique. Result: 148 β‐lactamase producing Enterobacteriaceae iolates, phenotypes of ESBL is 113 (76.4%) and AmpC is 35 (23.6%). The rate of genotypes compare with phenotypes of ESBL is 85/113 (85%) and of AmpC 7/35 (20%). 62/73 (85%) E. Coli isolates carry genes producing ESBL; among them, number of isolates carrying one gene CTX‐M is 26 (35.6%), TEM is 1 (1.4%); carrying TEM+CTX‐M genes is 34 (46.5%) and SHV+CTX‐ M is 1 (1.4%). Number of isolates carrying genes producing AmpC is 2/12 (33%); among them, number of isolates carrying one gene DHA is 2 (16.7%), carrying two genes FOX+CYM is 2 (16.7%).Klebsiella spp., 22/39 (56.4%) isolates carry genes producing ESBL; among them, number of isolates carrying one gene CTX‐M is 6 (15.4%), TEM is 2 (5.1%), carrying two genes SHV+CTX‐M 6 (15.4%) and TEM+CTX‐M is 4 (10.3%), and carrying three genes SHV+TEM+CTX‐M is 3 (7.7%).Number of isolates carry genes producing AmpC is 2/20 (9%); among them, number of isolates carrying one gene DHA is (4.5%) carrying two genes FOX+CYM is 2 (4.5%).Citrobacter, one phenotype and genotype of ESBL is TEM ; one phenotype and genotype of AmpC is CYM. Conclusion: Prevalence of ESBL Enterobacteriacae genes: carrying one CTX‐M gene, TEM, SHV, TEM+CTX‐M, SHV+CTX‐M and SHV+TEM+CTX‐M are 28.3%, 3.5%, 1%; 33.6%, 6.2% and 2.7% respectively. Prevalence of AmpC Enterobacteriacae genes: carrying one DHA gene, CYM and FOX+CYM are respectively 8.6%, 2.9% and 8.6%. Key words: GenotypesESBL; AmpC; healthy population. ĐẶT VẤNĐỀ Nhiều nghiên cứu về tần suất mang gen sinh β‐lactam được nghiên cứu tại nhiều nước trên thế giới như Đức(5), Cộng hóa Séc(1), Thái Lan(2), Nhật Bản(3),… trong cộng đồng người khỏe mạnh. Tại Việt Nam, tần suất vi khuẩn sinh men β‐lactamase của Enterobacteriacae đã được nghiên cứu chủ yếu tại các bệnh viện tại Việt nam. Gần đây một số nghiên cứu về tần suất người trên 18 tuổi mang vi khuẩn sinh ESBL tại Tp. Hồ Chí Minh, nhưng chỉ tập trung ở Quận 3(6). Việc nghiên cứu về sự tần suất phân bố các gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriacae chưa được nghiên cứu tại cộng đồng khỏe mạnh tại Tp. Hồ Chí Minh. Đề tài này với mục đích xác định tần suất các gen sinh ESBL và AmpC của Chun Đề Y Tế Cơng Cộng Enterobacteriacae ở người khỏe mạnh trong cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh với các mục tiêu sau. Mục tiêu nghiên cứu Tỷ lệ chủng Enterobacteriaceae mang gen sinh ESBL và AmpC Tỷ lệ các gen sinh β‐lactam (ESBL và AmpC) phân bố trong các chủng Enterobacteriaceae. ĐỐI TƯỢNG ‐ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU Đối tượng nghiên cứu Chủng có kiểu hình của Enterobacteriacae phân lập trên mẫu phân trong cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh: 148 chủng: E. coli: 85 chủng, Klebsiella spp.: 61 chủngvà Citrobacter: 2 chủng. 389 Nghiên cứu Y học Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014 Phương pháp nghiên cứu Chuẩn bị DNA + Chuẩn bị DNA để chạy phản ứng multiplex PCR phát hiện gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriacae: Từ khuẩn lạc thuần khiết trên môi trường BHI. Hút 0,1ml dịch canh khuẩn cho vào 100μl đệm TE (pH 8.0). Đun sơi 100°C trong 10 phút. Ly tâm 14.000 vòng, thu dịch nổi và sử dụng cho phản ứng multiplex‐PCR. Mẫu dịch chiết còn lại lưu giữ ‐20°C. + Trình tự mồi phát hiện các gen sinh AmpC bằng kỹ thuật Multiplex PCR: gen đích MOX‐1, MOX‐2, CMY‐1, CMY‐8 đến CMY‐11: sản phẩm PCR 520 bp, LAT‐1 to LAT‐4, CMY‐2 đến CMY‐ 7, BIL‐1: sản phẩm PCR 462 bp, DHA‐1, DHA‐2: sản phẩm PCR 405 bp, ACC: sản phẩm PCR 346 bp, MIR‐1T ACT‐1: sản phẩm PCR 302 bp và FOX‐1 đến FOX‐5b: sản phẩm PCR 190 bp(1, 4). ‐ Trình tự mồi phát hiện các gen sinh ESBL bằng kỹ thuật Multiplex PCR: gen đích SHV: sản phẩm PCR 1018 bp, TEM: sản phẩm PCR 1080 bp và CTX: sản phẩm PCR 544 bp(1, 5). Chu kỳ nhiệt phản ứng multiplex‐PCR Sử dụng 2 μl dịch chiết DNA cho vào master mix và chạy PCR theo chu kỳ nhiệt: 1 chu kỳ: 95oC/15 phút; 30 chu kỳ: 95oC/30 giây, 60oC/30 giây và 72oC/60 giây và 1 chu kỳ: 72oC/10 phút. Sản phẩm PCR được điện di trong agarose 2% có bổ sung Gel Red. Điện di Trộn đều sản phẩm PCR và hút 5μl cho vào 1μl thuốc nhuộm màu. Cho vào giếng agarose 2% bổ sung Gel Red 10.000X. Điện di 100V trong 40 phút tại nhiệt độ phòng. Chụp band sản phẩm PCR trên máy điện di BioRad. Phân tích thống kê Nhập dữ liệu bằng phần mềm Epidata 3.0 và phân tích dữ liệu bằng phần mềm Stata 10.0. 390 Thống kê mô tả tính tần số và tỷ lệ phần trăm được dùng để mơ tả đặc tính của mẫu. Dùng phép kiểm χ2 để kiểm định sự khác biệt của các biến số. Giá trị p