Tần suất mang gen sinh β‐lactamase và AMPC của enterobacteriacae trong cộng đồng tại Thành phố Hồ Chí Minh năm 2013

Đề tài này được tiến hành với mục tiêu nhằm xác định tần suất mang gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriaceae phân lập được trong cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh năm 2013. Mời các bạn cùng tham khảo bài viết để nắm rõ nội dung chi tiết.

Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014   TẦN SUẤT MANG GEN SINH β‐LACTAMASE VÀ AMPC  CỦA ENTEROBACTERIACAE TRONG CỘNG ĐỒNG TẠI THÀNH PHỐ  HỒ CHÍ MINH NĂM 2013  Nguyễn Đỗ Phúc*, Nguyễn Lý Hồng Ngân*  TĨM TẮT  Đặt vấn đề: Lý do chính đề kháng kháng sinh của Enterobacteriaceae đối với nhóm kháng sinh β‐lactama là  việc sinh ra men Extended spectrum β‐lactamase (ESBLs) và AmpC β‐lactamas. Tiếp theo nghiên cứu trước về  tần suất vi khuẩn Enterobacteriaceae sinh ESBL trong cộng đồng Tp. Hồ Chí Minh. Nghiên cứu tiếp tục thực  hiện phân tích kiểu gen của vi khuẩn sinh β‐lactamase và sự tương quan giữa kiểu hình ‐ kiểu gen ESBL và  AmpC của các chủng phân lập được.   Mục  tiêu:  Xác định tần suất mang gen sinh ESBL và AmpC của Enterobacteriaceae phân lập được trong  cộng đồng tại Tp. Hồ Chí Minh năm 2013.  Phương pháp nghiên cứu: Nghiên cứu tiền cứu, thực hiện từ tháng 6 đến tháng 12 năm 2013 tại Tp. Hồ  Chí Minh. 148 chủng sinh men β‐lactamas đưa vào nghiên cứu, E.coli là 85 chủng; Klebsiella spp. là 61 chủng và  Citrobacter  là  2  chủng.  Các  chủng  được  phân  tích  xác  định  kiểu  gen  sinh  ESBL  và  AmpC  bằng  kỹ  thuật  multiplex‐PCR.  Kết quả: Trong số 148 chủng Enterobacteriaceae sinh men β‐lactamase thì tỷ lệ chủng có kiểu hình ESBL là  113 (76,4%) và AmpC là 35 (23,6%). Tỷ lệ kiểu gen so với kiểu hình của ESBL là 85/113 (85%) và kiểu gen của  AmpC 7/35 (20%). Đối với E. coli, có 62/73 (85%) chủng có mang gen sinh ESBL, trong đó chủng mang 1 gen  phổ biến CTX‐M là 26 (35,6%), TEM là 1 (1,4%); mang 2 gen TEM+CTX‐M là 34 (46,5%) và SHV+CTX‐M là  1 (1,4%). Chủng mang gen AmpC là 2/12 (33%), trong đó tần suất mang 1 gen DHA là 2 (16,7%), mang 2 gen  FOX+CYM  là  2  (16,7%).Đối  với  Klebsiella  spp.,  có  22/39  (56,4%)  có  mang  gen  sinh  ESBL,  trong  đó  chủng  mang 1 gen CTX‐M là 6 (15,4%), TEM là 2 (5,1%), mang 2 gen SHV+CTX‐M 6 (15,4%) và TEM+CTX‐M là  4 (10,3%) và mang 3 gen SHV+TEM+CTX‐M là 3 (7,7%). Chủngmang gen sinh AmpC có 2/20 (9%), trong đó  số chủng mang 1 gen DHA là 2 (4,5%) và mang 2 gen FOX+CYM là 2 (4,5%). Đối với Citrobacter, thì 1 chủng  có kiểu hình sinh ESBL và kiểu gen là TEM ; 1 chủng có kiểu hình sinh AmpC và kiểu gen CYM.  Kết luận: Tần suất mang gen ESBL của Enterobacteriaceae: mang 1 gen CTX‐M là 28,3%, TEM là 3,5%,  SHV  là  1%;  mang  2  gen  TEM+CTX‐M  là  33,6%,  SHV+  CTX‐M  là  6,2%  và  3  gen  SHV+TEM+CTX‐M  là  2,7%. Tần suất mang gen AmpC của Enterobacteriaceae: mang 1 gen DHA là 8,6%, CYM là 2,9% và mang 2  gen FOX+CYM là 8,6%.  Từ khóa: gen sinh ESBL, Ampc, cộng đồng khỏe mạnh.  ABSTRACT  PREVALENCE OF GENES EXTENDED SPECTRUM LACTAMASE (ESBL) AND AMPC PRODUCING  ENTEROBACTERIACAE  IN HEALTHY POPULATION, HO CHI MINH, 2013.  Nguyen Do Phuc, Nguyen Ly Hoang Ngan  * Y Hoc Tp. Ho Chi Minh * Vol. 18 ‐ Supplement of No 6‐ 2014: 388 – 392  Background: A major reason for resistance of Enterobacteriacae to β‐lactamase is the production of ESBLs  Viện Y tế cơng cộng Tp. Hồ Chí Minh  Tác giả liên lạc: TS. Nguyễn Đỗ Phúc   * 388 ĐT: 0907669008   Email: nguyendophucihph@gmail.com  Chun Đề Y Tế Cơng Cộng  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014  Nghiên cứu Y học   and AmpC β‐lactamase. Continuing the previous study on prevalence of ESBL producing Enterobacteriacae in a  healthy population in Ho Chi Minh City, a study on genotypes of ESBLs and AmpC are analysed according to  collected Enterobacteriacae isolates.  Objectives: to determine the prevalence of genotypes of ESBLs and AmpC of Enterobacteriacae in a healthy  population in Ho Chi Minh City.  Methods: A prospective cohort study was conducted in Ho Chi Minh City from July to December, in 2013.  Of  studied  148  isolates  of  β‐lactamase  producing  Enterobacteriacae,  there  were  85  E.coli  isolates;  61  Klebsiella  spp.  isolates  and  2  Citrobacter  isolates.  The  isolates  were  examined  genotypes  of  ESBL  and  AmpC  by  using  multiplex‐PCR technique.  Result:  148  β‐lactamase  producing  Enterobacteriaceae  iolates,  phenotypes  of  ESBL  is  113  (76.4%)  and  AmpC is 35 (23.6%). The rate of genotypes compare with phenotypes of ESBL is 85/113 (85%) and of AmpC  7/35 (20%). 62/73 (85%) E. Coli isolates carry genes producing ESBL; among them, number of isolates carrying  one gene CTX‐M is 26 (35.6%), TEM is 1 (1.4%); carrying TEM+CTX‐M genes is 34 (46.5%) and SHV+CTX‐ M  is  1  (1.4%).  Number  of  isolates  carrying  genes  producing  AmpC  is  2/12  (33%);  among  them,  number  of  isolates carrying one gene DHA is 2 (16.7%), carrying two genes FOX+CYM is 2 (16.7%).Klebsiella spp., 22/39  (56.4%) isolates carry genes producing ESBL; among them, number of isolates carrying one gene CTX‐M is 6  (15.4%), TEM is 2 (5.1%), carrying two genes SHV+CTX‐M 6 (15.4%) and TEM+CTX‐M is 4 (10.3%), and  carrying three genes SHV+TEM+CTX‐M is 3 (7.7%).Number of isolates carry genes producing AmpC is 2/20  (9%); among them, number of isolates carrying one gene DHA is (4.5%) carrying two genes FOX+CYM is 2  (4.5%).Citrobacter,  one  phenotype  and  genotype  of  ESBL  is  TEM  ;  one  phenotype  and  genotype  of  AmpC  is  CYM.  Conclusion:  Prevalence  of  ESBL  Enterobacteriacae  genes:  carrying  one  CTX‐M  gene,  TEM,  SHV,  TEM+CTX‐M,  SHV+CTX‐M  and  SHV+TEM+CTX‐M  are  28.3%,  3.5%,  1%;  33.6%,  6.2%  and  2.7%  respectively. Prevalence of AmpC Enterobacteriacae genes: carrying one DHA gene, CYM and FOX+CYM are  respectively 8.6%, 2.9% and 8.6%.   Key words: GenotypesESBL; AmpC; healthy population.  ĐẶT VẤNĐỀ  Nhiều nghiên cứu về tần suất mang gen sinh  β‐lactam  được  nghiên  cứu  tại  nhiều  nước  trên  thế giới như Đức(5), Cộng hóa Séc(1), Thái Lan(2),  Nhật  Bản(3),…  trong  cộng  đồng  người  khỏe  mạnh. Tại Việt Nam, tần suất vi khuẩn sinh men  β‐lactamase của Enterobacteriacae đã được nghiên  cứu chủ yếu tại các bệnh viện tại Việt nam. Gần  đây một số nghiên cứu về tần suất người trên 18  tuổi  mang  vi  khuẩn  sinh  ESBL  tại  Tp.  Hồ  Chí  Minh,  nhưng  chỉ  tập  trung  ở  Quận  3(6).  Việc  nghiên cứu về sự tần suất phân bố các gen sinh  ESBL  và  AmpC  của  Enterobacteriacae chưa  được  nghiên cứu tại cộng đồng khỏe mạnh tại Tp. Hồ  Chí Minh. Đề tài này với mục đích xác định tần  suất  các  gen  sinh  ESBL  và  AmpC  của  Chun Đề Y Tế Cơng Cộng  Enterobacteriacae ở người khỏe mạnh trong cộng  đồng tại Tp. Hồ Chí Minh với các mục tiêu sau.  Mục tiêu nghiên cứu  Tỷ lệ chủng Enterobacteriaceae mang gen sinh  ESBL và AmpC Tỷ lệ các gen sinh β‐lactam (ESBL và AmpC)  phân bố trong các chủng Enterobacteriaceae.  ĐỐI TƯỢNG ‐ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU  Đối tượng nghiên cứu  Chủng  có  kiểu  hình  của  Enterobacteriacae  phân lập trên mẫu phân trong cộng đồng tại Tp.  Hồ  Chí  Minh:  148  chủng:  E.  coli:  85  chủng,  Klebsiella spp.: 61 chủngvà Citrobacter: 2 chủng.  389 Nghiên cứu Y học  Y Học TP. Hồ Chí Minh * Tập 18 * Phụ bản của Số 6 * 2014   Phương pháp nghiên cứu  Chuẩn bị DNA  +  Chuẩn  bị  DNA  để  chạy  phản  ứng  multiplex  PCR  phát  hiện  gen  sinh  ESBL  và  AmpC của Enterobacteriacae:   Từ  khuẩn  lạc  thuần  khiết  trên  môi  trường  BHI.  Hút  0,1ml  dịch  canh  khuẩn  cho  vào 100μl  đệm TE (pH 8.0). Đun sơi 100°C trong 10 phút.  Ly tâm 14.000 vòng, thu dịch nổi và sử dụng cho  phản ứng multiplex‐PCR. Mẫu dịch chiết còn lại  lưu giữ ‐20°C.  + Trình tự mồi phát hiện các gen sinh AmpC  bằng kỹ thuật Multiplex PCR: gen đích MOX‐1,  MOX‐2, CMY‐1, CMY‐8 đến CMY‐11: sản phẩm  PCR 520 bp, LAT‐1 to LAT‐4, CMY‐2 đến CMY‐ 7, BIL‐1: sản phẩm PCR 462 bp, DHA‐1, DHA‐2:  sản phẩm PCR 405 bp, ACC: sản phẩm PCR 346  bp,  MIR‐1T ACT‐1:  sản  phẩm  PCR  302  bp  và  FOX‐1 đến FOX‐5b: sản phẩm PCR 190 bp(1, 4).  ‐  Trình  tự  mồi  phát  hiện  các  gen sinh  ESBL  bằng kỹ thuật Multiplex PCR: gen đích SHV: sản  phẩm  PCR  1018  bp,  TEM:  sản  phẩm  PCR  1080  bp và CTX: sản phẩm PCR 544 bp(1, 5).   Chu kỳ nhiệt phản ứng multiplex‐PCR  Sử dụng 2 μl dịch chiết DNA cho vào master  mix  và  chạy  PCR  theo  chu  kỳ  nhiệt:  1  chu  kỳ:  95oC/15  phút;  30  chu  kỳ:  95oC/30  giây,  60oC/30  giây và 72oC/60 giây và 1 chu kỳ: 72oC/10 phút.  Sản phẩm PCR được điện di trong agarose 2% có  bổ sung Gel Red.   Điện di   Trộn đều sản phẩm PCR và hút 5μl cho vào  1μl thuốc nhuộm màu.  Cho vào giếng agarose 2% bổ sung Gel Red  10.000X.  Điện di 100V trong 40 phút tại nhiệt độ phòng.  Chụp band sản phẩm PCR trên máy điện di  BioRad.  Phân tích thống kê  Nhập dữ liệu bằng phần mềm Epidata 3.0 và  phân  tích  dữ  liệu  bằng  phần  mềm  Stata  10.0.  390 Thống  kê  mô  tả  tính  tần  số  và  tỷ  lệ  phần  trăm  được  dùng  để  mơ  tả  đặc  tính  của  mẫu.  Dùng  phép kiểm χ2 để kiểm định sự khác biệt của các  biến số. Giá trị p