XÁC ĐỊNH tỷ lệ NHIỄM, tải LƯỢNG VIRUS và GENOTYPE HCV ở BỆNH NHÂN đến KHÁM và điều TRỊ tại BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT đới TRUNG ƯƠNG từ 62012 đến 62016

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG QUỲNH HƯƠNG XÁC ĐỊNH TỶ LỆ NHIỄM, TẢI LƯỢNG VIRUS VÀ GENOTYPE HCV Ở BỆNH NHÂN ĐẾN KHÁM VÀ ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI TRUNG ƯƠNG TỪ 6/2012 ĐẾN 6/2016 ĐỀ CƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC HÀ NỘI – 2015 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG QUỲNH HƯƠNG XÁC ĐỊNH TỶ LỆ NHIỄM, TẢI LƯỢNG VIRUS VÀ GENOTYPE HCV Ở BỆNH NHÂN ĐẾN KHÁM VÀ ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI TRUNG ƯƠNG TỪ 6/2012 ĐẾN 6/2016 Chuyên ngành : Vi sinh Mã số : ĐỀ CƯƠNG LUẬN VĂN THẠC SỸ Y HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS.TS Nguyễn Vũ Trung HÀ NỘI – 2015 CÁC CHỮ VIẾT TẮT AND Acid deoxyribonucleic ARN Acid ribonucleic BN Bệnh nhân BVBNĐTW Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương cAND Complementary deoxyribonucleic acid dNTP Deoxynucleoside triphosphate ELISA Enzym-Linked Immunosorbent Assay (Thử nghiệm miễn dịch gắn men) HBV Hepatitis B Virus (Vi rút viêm gan B) HCV Hepatitis C virus (Vi rút viêm gan C) HIV Human Immunodeficiency Virus (Vi rút gây suy giảm miễn dịch người) LiPA Line Probe Assay (Thử nghiệm line đầu dò) OD Optical Density (Mật độ quang học) PCR Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp) QHTD Quan hệ tình dục RT-PCR Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (Phản ứng chuỗi trùng hợp chép ngược) WHO World Health Organization (Tổ chức Y tế Thế giới) MỤC LỤC ĐẶT VẤN ĐỀ Chương 1: TỔNG QUAN .3 1.1 Tình hình nhiễm bệnh viêm gan vi rút C 1.1.1 Tình hình nhiễm viêm gan C giới 1.1.2 Tình hình nhiễm viêm gan C Việt Nam 1.2 Đặc điểm virus gây bệnh viêm gan vi rút C 1.2.1 Đặc điểm sinh học vi rút HCV 1.2.2 Cấu trúc genome vi rút HCV 1.2.3 Cơ chế gây bệnh .7 1.3.Triệu chứng lâm sàng .8 1.3.1 Giai đoạn cấp tính 1.3.2 Giai đoạn mãn tính 1.4 Chẩn đoán 10 1.4.1 Phương pháp gián tiếp tìm kháng thể anti - HCV 10 1.4.2 Phương pháp trực tiếp tìm HCV RNA 10 1.4.3 Phương pháp định lượng RNA-HCV huyết .11 1.4.4 Các phương pháp xác định kiểu gen .13 1.5 Con đường lây bệnh biện pháp đề phòng điều trị bệnh viêm gan siêu vi C .14 1.5.1 Con đường lây bệnh .14 1.5.2 Các biện pháp phòng ngừa: 15 1.5.3 Điều trị 16 1.6 Tình hình nghiên cứu tải lượng vi rút genotype giới Việt Nam 16 Chương 2: ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 18 2.1 Đối tượng nghiên cứu 18 2.2 Vật liệu nghiên cứu .18 2.2.1 Sinh phẩm, hóa chất 18 2.2.2 Dụng cụ, thiết bị 19 2.3 Thiết kế nghiên cứu: Mô tả (hồi cứu tiến cứu) .19 2.4 Kỹ thuật nghiên cứu 19 2.4.1 Kỹ thuật thu thập số liệu .19 2.4.2 Kỹ thuật lấy mẫu xét nghiệm 20 2.4.3 Kỹ thuật xét nghiệm 20 2.5 Quản lý phân tích số liệu 27 2.6 Địa điểm nghiên cứu 27 2.7.Thời gian nghiên cứu 27 2.8 Đạo đức nghiên cứu 27 Chương 3: DỰ KIẾN KẾT QUẢ .28 3.1 Tỷ lệ nhiễm HCV 28 3.2 Tải lượng virus 31 3.3 Phân bố genotype HCV đối tượng nghiên cứu .35 Chương 4: DỰ KIẾN BÀN LUẬN .40 DỰ KIẾN KẾT LUẬN 41 DỰ KIẾN KIẾN NGHỊ .41 TÀI LIỆU THAM KHẢO DANH MỤC BẢNG Bảng 3.1 Tỷ lệ nhiễm HCV số bệnh nhân vào viện .28 Bảng 3.2 Tỷ lệ nhiễm HCV số bệnh nhân viêm gan 28 Bảng 3.3 Tỷ lệ nhiễm HCV theo tuổi 28 Bảng 3.4 Tỷ lệ nhiễm HCV theo giới: 29 Bảng 3.5 Tỷ lệ nhiễm HCV theo nghề nghiệp .29 Bảng 3.6 Tỷ lệ nhiễm HCV theo tiền sử phơi nhiễm 30 Bảng 3.7 Tỷ lệ đồng nhiễm HCV HIV 30 Bảng 3.8 Tỷ lệ đồng nhiễm HCV HBV 30 Bảng 3.9.Tải lượng virus theo nghề ngiệp bệnh nhân 31 Bảng 3.10 Tải lượng virus theo giới .32 Bảng 3.11 Tải lượng virus theo tuổi .33 Bảng 3.12 Tải lượng virus theo tiền sử phơi nhiễm .34 Bảng 3.13 Phân bố genotype HCV theo tuổi .35 Bảng 3.14 Phân bố genotype HCV theo giới .36 Bảng 3.15 Phân bố genotype HCV theo nghề nghiệp 37 Bảng 3.16 Phân bố genotype HCV theo tiền sử phơi nhiễm 38 Bảng 3.17.Mối liên quan kiểu gen HCV tải lượng vi rút 39 DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Phân bố tỷ lệ nhiễm HCV giới Hình 1.2 Vi rút viêm gan C mơ hình cấu trúc Hình 1.3 Cấu trúc genome virus .7 Hình 1.4 Chu kỳ sống HCV .8 Hình 1.5: Sơ đồ tiến triển bệnh nhân nhiễm HCV 10 ĐẶT VẤN ĐỀ Hiện nay, người ta ước tính có khoảng nửa dân số giới bị nhiễm nhiều vi rút gây viêm gan từ vi rút viêm gan A đếnvi rút viêm gan G Nhiễm vi rút viêm gan A E gây bệnh lý cấp tính diễn tiến bệnh thường tự giới hạn, để lại hậu quảng hiêm trọng Ngược lại, viêm gan vi rút B, C D dẫn đến nhiễm trùng mãn tính với nguy tiến triển thành xơ gan, ung thư gan dẫn đến tử vong Viêm gan vi rút viêm gan C (HCV) bệnh nguy hiểm vấn đề quan tâm sức khoẻ cộng đồng số lượng người nhiễm bệnh, biến chứng gây nguy hiểm đến sức khỏe 50% - 80% chuyển qua mạn tính, có tới 20% - 25% bệnh nhân mạn tính diễn tiến qua xơ gan ung thư gan [1],[2],[3]… Theo ước tính Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) 2014, giới có 185 triệu người nhiễm HCV với 350.000 người chết năm [4] Ở Việt Nam, - 10% dân số nhiễm HCV [5] Bệnh viêm gan C gây vi rút HCV (Hepatitis C Virus), Houghton phát vào năm 1989 Vi rút viêm gan C chia thành kiểu gen (genotype) ký hiệu số từ đến chia tiếp kiểu gen phụ ký hiệu chữ a,b,c,…[6] Ðể xác định nhiễm HCV, xét nghiệm phát kháng thể (anti HCV) người ta sử dụng kỹ thuật sinh học phân tử để phát HCVRNA máu bệnh nhân Mặc dù việc điều trị HCV tốn với tiến y học, có số thuốc điều trị hiệu Tuy nhiên, để định điều trị theo dõi trình điều trị, người ta phải đo số lượng vi rút máu (tài lượng vi rút) xác định kiểu gen (genotype) Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương sở hàng đầu chẩn đốn, điều trị bệnh truyền nhiễm nói chung, đặc biệt bệnh viêm gan có viêm gan vi rút C nói riêng Hàng năm, bệnh viện có khoảng 10.000 lượt người đến khám điều trị Trong số đó, có bệnh nhân bị nhiễm HCV có nhu cầu khám điều trị Nhưng chưa có nghiên cứu đánh giá tỷ lệ nhiễm HCV số bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương xác định phân bố tải lượng vi rút, genotype chủng HCV Vì để góp phần vào việc chẩn đoán, điều trị theo dõi diễn tiến biến chứng bệnh, tiến hành nghiên cứu đề tài: “Xác định tỷ lệ nhiễm, tài lượng vi rút genotype HCV bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện BNĐTƯ từ 6/2012 đến 6/2016” với mục tiêu : Xác định tỷ lệ nhiễm HCV bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương từ tháng 6/2012 đến tháng 6/2016 Xác định tải lượng Genotype HCV bệnh nhân nhiễm HCV 34 Bảng 3.12.Tải lượng virus theo tiền sử phơi nhiễm TL virus Năm 2012 2013 2014 2015 2016 TSPN Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an toàn Truyền máu phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu phẩm máu Khác ≤ 2×106 > 2×106 (Bảnsao/mL) (Bảnsao/mL) n % n Tổng % chế chế chế chế chế Nhận xét : 3.3 Phân bố genotype HCV đối tượng nghiên cứu Bảng 3.13 Phân bố genotype HCV theo tuổi Năm Genotype Genotype1 Genotype Genotype3 Genotype6 Tổng 35 Nhóm tuổi 2012 ≤ 40 >40 2015 ≤ 40 >40 ≤40 >40 ≤ 40 2016 >40 ≤ 40 2013 2014 >40 Nhận xét : n % n % n % n % 36 Bảng 3.14 Phân bố genotype HCV theo giới Năm Genotype Genotype1 Genotyp2 Genotype Genotype6 Tổng Giới n n n 2012 Nam Nữ 2013 Nam Nữ 2014 Nam Nữ 2015 Nam Nữ 2016 Nam Nữ Nhận xét : % n % % % 37 Bảng 3.15 Phân bố genotype HCV theo nghề nghiệp Genotype Năm Nghề nghiệp 2012 Nông dân Genotype Genotyp2 Genotype3 Genotype6 Tổng n n n % % % Công nhân Khác 2013 Nông dân Công nhân Khác 2014 Nông dân Công nhân 2015 Khác Nông dân Công nhân 2016 Khác Nông dân Công nhân Khác Nhận xét : Bảng 3.16.Phân bố genotype HCV theo tiền sử phơi nhiễm 38 Genotype Năm TSPN Genotyp n % Genotype2 n % Genotype n % Genotype6 Tổng n % 2012 Tiêm chích ma túy 2013 2014 2015 2016 QHTD khơng an tồn Truyền máu chế phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu chế phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu chế phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu chế phẩm máu Khác Tiêm chích ma túy QHTD khơng an tồn Truyền máu chế phẩm máu Khác Nhận xét : Bảng 3.17.Mối liên quan kiểu gen HCV tải lượng vi rút 39 Genotype Genotype1 Genotyp2 Genotype3 Genotype6 Tổng TL virus n n n Năm 2012 % % ≤ 2× 106 > × 106 2013 ≤ 2× 106 > × 106 2014 ≤ 2× 106 > × 106 2015 ≤ 2× 106 > × 106 2016 ≤ 2× 106 > × 106 Nhận xét : Chương DỰ KIẾN BÀN LUẬN % n % 40 Dựa mục tiêu kết nghiên cứu DỰ KIẾN KẾT LUẬN 41 DỰ KIẾN KIẾN NGHỊ KẾ HOẠCH NGHIÊN CỨU STT Nội dung Thời gian Xây dựng phê duyệt đề tháng Thời gian hoàn thành (dự kiến) 9/2015 cương Tiến hành thực tháng 6/2016 thu thập số liệu Xử lý số liệu tháng 8/2016 Viết báo cáo tháng 10/2016 TÀI LIỆU THAM KHẢO Hồ Tấn Đạt, Phạm Thị Thu Thủy, Nguyễn Thanh Tòng et al(2006) Kiểu gen siêu vi viêm gan C Việt Nam Tạp chí Y Học TP Hồ Chí Minh ,10, 28-34 Lothar Thomas(1999).Clinical Laboratory Diagnostics, Use and Assessment of Clinical Laboratory Results, TH-Books, 1273-1278 Doris B Strader et al (2014) Diagnosis, management, and treatment of Hepatitis C AASLD practice guideline American Association for the Study of Liver Diseases Hepatology, Vol 39 No 4 WHO (2014) Guideline for the screening,care and treatment of person with hepatitis C infection April 2014 Đỗ Thị Thanh Thủy (2000) Góp phần nghiên cứu xác lập kỹ thuật RT – PCR thường quy phát virus viêm gan C, Luận văn thạc sỹ y học, Đại học Y dược TP Hồ Chí Minh Peter Simmonds, Jens Bukl, Christophe Combetet al (2005) Consensus proposals for a unified system ò Nomenclature of Hepatitis C Virus Genotypes.Hepatology , 42, 962-973 WHO : Global surveillance and control of Hepatitis C (1999) Report of Who consultation organized in collaboration with the vital Hepatitis prevention Board, Antucerp.Belgium J Viral Hepatol, 6: 35 – 47, In Alter Mj, Kruszon – Moran D, Nainam Ov et al ( Med 1999) The prevalence of Hepatitis C virus infection in the united state 1988 through 1994 N engl J, 341 : 556 – 562,In Phương Thị Hà(2011) Xác định kiểu gen viruts viêm gan C huyết bệnh nhân viêm gan C kỹ thuật sinh học phân tử Real-time PCR, Luận văn Thạc sỹ ngành Vi sinh vật học,Trường Đại học Khoa học tự nhiên 10 Simmonds P., Holmes E.C., Cha T.A et al (1993) Classification subtype by phylogenetic analysis of the NS-5 rigion.Journal of General Virology,74, 2391-2399 11 Simmonds P., Bukh J., Combet C., et al (2005) Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes Hepatology 2005, 42, 962-973 12 Hoàng Đăng Mịch (2003) Số lượng tế bào lympho B T người Anti HCV dương tính số nhóm đối tượng Hải Phòng, Luận văn tiến sỹ y học, MS 3.01.09 13 Đỗ Tuấn Đạt (2000) Tình hình nhiễm virus viêm gan B C Thanh Hóa.Tóm tắt báo cáo khoa học ngày gặp mặt viện hàng năm giảng dạy nghiên cứu miễn dịch học lần thứ 10, Hà Nội ,33- 34 14 Đỗ Trung Phấn (2000) An toàn truyền máu, Nhà xuất khoa học kỹ thuật, Hà Nội 15 Trần Thanh Dương,Trương Xuân Liên (2006).Tìm hiểu thứ type di truyền vi rút viêm gan C thành phố Hồ Chí Minh Tạp chí Y học Thực Hành, 2,72-75 16 Khổng Minh Huệ (2009).Nghiên cứu tạo sinh phẩm phát HIV, HBV HCV kỹ thuật PCR, Luận văn thạc sĩ khoa học, Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội 17 Milliman(2009).Consequenceces of hepatitis C virus (HCV): costs of a baby boomer epidemic of liver disease 18 WHO(2011), Hepatitis C 19 Choo Q.L, Kuo.G, Weiner.A.J(1989) Isolation of a cDNA clone derived from a blood –borne non – A, non – B viral Hepatitis genome, Science, 244(4902) 20 Chu H.W et al (1996) Genomic and replicated Hepatitis C virus RNA sequence and histologic activity in chronic Hepatitis C, Humpathol, 25 (2), 160-163 21 Norah A Terrault, and Sanjiv Chopra(2011) Screening for and diagnostic approach to hepatitis C virus infection, Nguồn: www.uptodate.com 22 Sanjiv Chopra (2009) Characteristics of the hepatitis C virus, Nguồn: www.uptodate.com 23 Bukl.J (2000) The Hepatitis C virus, in Schiff E.R,Hofhagle J.H update on virus hepatitis, The American association for the study of liver disease, 102-126 24 Dusheiko G.M (1997) Hepatitis C infection from virology to management, Abbot diagnostics education services 25 De lamballerie X et al (1997) Classification of Hepatitis C virus viriants in six major type base on analysis of the envelope and nonstructural 5B genome region and complete polyprotein sequence, Gen virol, 78 (1), 45 -51 26 P.Simmonds (1996).Evolutionary analysis of variants of hepatitis C virus found in South-East Asia: comparison with classifications based upon sequence similarity,Journal of General Virology,77 , 3013-3024 27 Phạm Hoàng Phiệt (2000) Viêm gan siêu vi C từ cấu trúc siêu vi đến điều trị Đại học y dược thành phố Hồ Chí Minh, pp -15 49.69 -72 28 Phạm Hùng vân – Nam khoa Co Ltd (2006) Từ PCR đến Realtime PCR : Giải pháp tồn diện cho chẩn đốn sinh học phân tử phát tác nhân gây bệnh nhiễm trùng,giải pháp tồn diện chẩn đốn sinh học phân tử bệnh nhiễm HBV HCV , - 29 Nizar N Zein(2000) Clinical Significance of Hepatitis C Virus Genotypes,Clinical Microbiology Reviews 13,2 , 223-235 30 Alan Flanciscus(2011).HCV Diagnostic Tools: Genotype, Subtype and Quasispecies, Hepatitis C support project , nguồn : www.hcvadvocate.org 31 Jean- Michel Pawlotsky et al (2014) EASL Recommendations on treatment of Hepatitis C 2014 APRIL 2014 32 Masao Omata, Tatsuo Kanda, Ming Lung Yu et al (2012) APASL cosnensus statements and management algorithms for hepatitis C virus infection Hepatology International April 2012, Volume 6, 2,409- 435 33 Nguyễn Bảo Toàn, Hồ Tấn Đạt, Nguyễn Thanh Tòng et al (2005) Xác định kiểu gen virus viêm gan C (HCV) dựa vào kỹ thuật giải trình tự chuỗi (sequencing) vùng 5’ khơng mã hóa Tạp chí Y học TP Hồ Chí Minh, (2), 25-29 34 Tomoaki Tanimoto, Nguyen Hung Cuong, Azumi Ishizaki, Phan Thi Thu Chung et al( 2010) Multiple Routes of Hepatitis C Virus Transmission Among Injection Drug Users in Hai Phong, Northern Vietnam Journal of Medical Virology, 82 , 1355-1363 35 Phan Quốc Việt, Đoàn Mai Phương, Vũ Thị Tường Vân et al(2011) Ứng dụng kỹ thuật Real-tiem RT-PCR xác định kiểu gen virus viêm gan C Tạp chí Y học lâm sàng, 62, 9-12 36 Đơng Thị Hồi An, Phạm Hoàng Phiệt, Lê Bảo Trân et al(2013) Ứng dụng kỹ thuật real – time PCR vùng 5’-UTR-core để xác định kiểu gen virus viêm gan C Tạp chí gan mật Vệt Nam, 26, 11-17 37 Phạm Thị Thu Thủy,Hồ Tấn Đạt, Nguyễn Bảo Toàn et al (2014) Tỉ lệ khác kiểu gen siêu vi viêm gan C với vùng giải trình tự khác : 5’NC NS5B củ bệnh nhân Việt Nam trung tâm y khoa Medic Tạp chí gan mật Việt nam 2, 10-19 38 Toshiyuki Shinji, Norio Koide et al ( 2006) Three type hepatitis C virus subgroups among blood donors in the Yangon area of Myanmar are identified as subtypes 6m and 6n, and a novel subtype by sequence analysis of the Core region, Acta Med, Okayama 60(6) , 345-349 Phụ lục Phiếu thu thập số liệu Ngày thu thập Số phiếu I.Hành Chính Họ tên bệnh nhân: Tuổi: Giới : Nam Nghề nghiệp : Công nhân Nông dân Nữ Khác Địa liên hệ : 6.Ngày vào viện : II Tiền sử phơi nhiễm Tiêm chích ma túy Quan hệ tình dục khơng an tồn Truyền máu chế phẩm máu III Xét Nghiệm miễn dịch : Anti HCV Khác Anti HIV HBsAg IV Tải lượng virus 1.Ngày vào viện : 2.Sau điều trị : IV Kiểu gen HCV Genotype Genotype Genotype Genotype Genotype Genotype V Kiểu gen phụ HCV : Người thu thập Hoàng Quỳnh Hương ... DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ Y TẾ TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y HÀ NỘI HOÀNG QUỲNH HƯƠNG XÁC ĐỊNH TỶ LỆ NHIỄM, TẢI LƯỢNG VIRUS VÀ GENOTYPE HCV Ở BỆNH NHÂN ĐẾN KHÁM VÀ ĐIỀU TRỊ TẠI BỆNH VIỆN BỆNH NHIỆT ĐỚI TRUNG ƯƠNG TỪ... trị Bệnh viện BNĐTƯ từ 6/2012 đến 6/2016” với mục tiêu : Xác định tỷ lệ nhiễm HCV bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương từ tháng 6/2012 đến tháng 6/2016 Xác định tải lượng. .. nhiễm HCV có nhu cầu khám điều trị Nhưng chưa có nghiên cứu đánh giá tỷ lệ nhiễm HCV số bệnh nhân đến khám điều trị Bệnh viện Bệnh Nhiệt đới Trung ương xác định phân bố tải lượng vi rút, genotype