ĐỊNH LƯỢNG VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VIRUS PRRS TRÊN ĐÀN HEO GIỐNG TỈNH ĐỒNG NAI LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH ….
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ….WUX… LÊ THỊ THU HÀ ĐỊNH LƯỢNG VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VIRUS PRRS TRÊN ĐÀN HEO GIỐNG TỈNH ĐỒNG NAI LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành Phố Hồ Chí Minh Tháng 12/2010 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO ĐẠI HỌC NÔNG LÂM THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH ********** LÊ THỊ THU HÀ ĐỊNH LƯỢNG VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VIRUS PRRS TRÊN ĐÀN HEO GIỐNG TỈNH ĐỒNG NAI Chuyên ngành: Công nghệ Sinh học Mã số: 60.42.80 LUẬN VĂN THẠC SỸ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hướng dẫn Khoa học: PGS.TS TRẦN THỊ DÂN TS NGUYỄN ĐÌNH QT Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 12/2010 ĐỊNH LƯỢNG VÀ GIẢI TRÌNH TỰ VIRUS PRRS TRÊN ĐÀN HEO GIỐNG TỈNH ĐỒNG NAI LÊ THỊ THU HÀ Hội đồng chấm luận văn Chủ tịch : TS LÊ ĐÌNH ĐƠN Đại học Nơng Lâm Tp.HCM Thư ký : TS LÊ THỊ DIỆU TRANG Đại học Nông Lâm Tp HCM Phản biện : TS LÊ HUYỀN ÁI THÚY Đại học Mở Tp.HCM Phản biện : TS NGUYỄN TẤT TOÀN Đại học Nông Lâm Tp HCM Ủy viên : PGS.TS TRẦN THỊ DÂN Hội Thú Y Việt Nam ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG i LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tôi tên Lê Thị Thu Hà sinh ngày 07 tháng 07 năm 1974 Phú Yên Con Ông Lê Văn Luân Bà Đặng Thị Tâm Tốt nghiệp tú tài Trường phổ thông trung học Trần Quốc Tuấn, tỉnh Phú Yên năm 1991 Tốt nghiệp Đại học ngành Chăn ni –Thú y hệ quy trường Đại học Tây Nguyên, năm 1998 Tháng 09 năm 2007 đến theo học Cao học ngành Công nghệ Sinh học trường Đại học Nơng Lâm Tp.Hồ Chí Minh Tháng 07/1998 – 02/2000 làm việc Dự án phát triển cộng đồng (VnPlus) thuộc huyện Định Quán – Đồng Nai, phụ trách huấn luyện kỹ thuật Chăn nuôi – Thú Y cho nông dân vùng Dự án Tháng 02/2000 – 01/2003: Cơng tác Phòng Khoa học, Trung tâm NC HLCN Bình Thắng -Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam Tháng 01/2003 – 06/2006: Công tác Phòng Di truyền giống vật ni – Viện Khoa học Kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam Tháng 07/2006 đến cơng tác Phòng Cơng nghệ Sinh học – Viện Khoa học Kỹ thuật Nơng nghiệp miền Nam Tình trạng gia đình: họ tên chồng Lê Việt Khoa, nghề nghiệp chuyên viên Thẩm định giá, kết hôn năm 2005, gái tên Lê Thu Giang sinh năm 2006 Địa liên lạc: Viện KHKTNNMN, 121 Nguyễn Bỉnh Khiêm, phường Đakao, quận 1, Tp Hồ Chí Minh Điện thoại liên hệ: 08.37262218 (NR) - 0982870774 Email: habiotechias@gmail.com ii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan công trình nghiên cứu tơi Các số liệu, kết nêu luận văn trung thực chưa cơng bố cơng trình khác Tác giả luận văn, Lê Thị Thu Hà iii LỜI CÁM ƠN Xin thành kính biết ơn cơng lao sinh thành đến Ba mẹ Xin thành kính ghi ơn PGS.TS Trần Thị Dân hết lòng tận tâm giúp đỡ hướng dẫn tơi suốt q trình cơng tác, học tập thực luận văn Xin chân thành cám ơn TS Nguyễn Đình Quát, PGS.TS Nguyễn Ngọc Hải giúp đỡ trước trình thực đề tài tốt nghiệp Xin gửi lời cám ơn sâu sắc đến TS Nguyễn Thị Diệu Thúy – Viện Công nghệ Sinh học (Viện KHCN Việt Nam) ủng hộ vật chất, tinh thần kinh nghiệm trình làm đề tài Chân thành cám ơn: Ban giám hiệu Trường Đại học Nông lâm, Ban chủ nhiệm Thầy Cô giáo Bộ môn Công nghệ sinh học, Khoa Chăn ni – Thú Y, Phòng Đào tạo sau đại học giảng dạy, truyền đạt kinh nghiệm, kiến thức tạo điều kiện thuận lợi hỗ trợ khác để chúng tơi hồn thành khóa học Ban Giám đốc Viện KHKTNNMN, lãnh đạo Phòng CNSH, TS Chung Anh Dũng tạo điều kiện cho tơi tham gia khóa học hồn thành luận văn TS Phạm Hùng Vân bạn Ngọc, Trang, Yến… phòng RD - Cty Nam Khoa hỗ trợ chia sẻ nhiều kinh nghiệm thời gian thực đề tài Các trại heo giống Hố Nai, Vĩnh Cữu, Gia Kiệm, Trảng Bom Anh Lê Việt Trương tạo điều kiện cho thu thập mẫu để phục vụ thí nghiệm Các bạn Thu Phương (Navetco), Khánh Hưng (ĐHNL), Thu Hương, Thu Hường (Chi cục thú y Tp.HCM), Khánh Tùng (Viện Thú Y), tập thể lớp Cao học K.2007 bạn đồng nghiệp Viện KHNNMN giúp đỡ động viện tơi suốt q trình học tập Xin gửi đến lời biết ơn lòng yêu thương chân thành đến chồng ln động viên, giúp đỡ cho tơi cơng tác hồn thành luận văn Chân thành cám ơn Lê Thị Thu Hà iv TÓM TẮT Đề tài “Định lượng giải trình tự virus PRRS đàn heo giống tỉnh Đồng Nai” tiến hành Viện Khoa học kỹ thuật Nông nghiệp miền Nam Cty Nam Khoa từ tháng 6/2009 – 9/2010 Đề tài thực với nội dung nhằm phát hiện, định lượng xác định đặc tính di truyền virus thực địa, từ hỗ trợ cho việc phát sớm phòng chống dịch PRRS cách hiệu Kết thu gồm: Cặp mồi mẫu dò Taqman sử dụng quy trình real-time RT-PCR cho phép phát định lượng virus PRRS hai dòng Bắc Mỹ (NA), Châu Âu (EU) Độ nhạy quy trình real-time RT-PCR 103 sao/ml cho dòng NA 102 sao/ml cho dòng EU Trong số 50 mẫu xét nghiệm real-time RT-PCR, kết có có 22 (44%) mẫu nhiễm PRRSV dòng NA, 19 (38%) mẫu nhiễm PRRS dòng EU (14%) mẫu nhiễm đồng thời hai dòng EU NA Lượng virus mẫu thực địa nhiễm dòng NA cao 108 sao/ml thấp vào khoảng 102 sao/ml Trên dòng EU lượng virus cao phát mẫu thực địa 107 sao/ml thấp 102 sao/ml Đối với mẫu nhiễm hai dòng EU NA lượng virus phát mức cao 104 sao/ml thấp 102 sao/ml Phân tích đặc tính di truyền dựa vào trình tự vùng ORF5 chủng virus PRRS xác định phần mềm MEGA 4.1 Các mẫu nghiên cứu thuộc dòng Bắc Mỹ, nằm nhóm với chủng 07QNVN chủng độc lực cao Trung Quốc Tương đồng dòng NA EU thấp 60-65%) Ba chủng nghiên cứu Đồng Nai, Bình Dương TP HCM có độ tương đồng cao (95,2-98,5%), tương đồng cao với chủng Trung quốc độc lực (99,5%) tương đồng thấp với chủng cổ điển VR-2332 vaccine nhược độc Besta IngelVac Tuy nhiên với virus vaccine JXA1, chủng nghiên cứu có độ tương đồng cao (99,5%) Như sử dụng real-time RT-PCR cho kết nhanh, nhạy, xác phát sớm virus gây bệnh cho heo nhằm hạn chế thiệt hại kinh tế chăn nuôi v SUMMARY The study “Quantification and phylogenetic analysis of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) in breeding pigs of Dong Nai province” was carried out at Institute of Agricultural Science for Southern Vietnam, and Namkhoa Biotek Co., from 6/2009 to 9/2010 The aims were to apply qPCR qualifying ORF7 copies of PRRSV and to find the genetic diversity based on the ORF5 sequence of PRRSV isolates in Vietnam The results were as follows: Primer and Taqman described by Lurchachaiwong et al (2008) and Kleiboeker et al (2005) were used in the protocol The detection limit of the assay was approximately 102/ml copies of EU-strain RNA (from Amervac-vaccine virus), and 103/ml copies of NA-strain RNA (from the cell culture liquid of LMY/2002 strain) Of the 50 samples tested by real-time RT-PCR using Taqman, 22 samples were NA-strain positive, 19 samples EU-infected, and samples positive to both NA and EU The detected quantities of RNA copies in samples were highest at 108 copies/ml and lowest 102 copies/ml for NA strain With EU geneotype, quantities of RNA copies in samples were highest at 107/mll and lowest 102/ ml copies The range was 102 - 104 copies/ml as samples infected with both NA and EU geneotype Only NA geneotype was used for phylogenetic analysis Sequence analysis revealed that these collections shared a close relationship with Chinese virulent PRRSV and 07QNVN isolated in Vietnam in 2007 as well as JXA-1 vaccine virus (95,2 -100%) All three samples collected from Dong Nai, Binh Duong and Ho Chi Minh City were identical 95,2 – 98,5 %, and only 85,2 – 88% to commercial vaccine vi MỤC LỤC CHƯƠNG TRANG Trang tựa Trang chuẩn y .i Lý lịch cá nhân ii Lời cam đoan iii Lời cám ơn iv Tóm tắt v Mục lục vii Danh sách chữ viết tắt x Danh sách bảng xi Danh sách hình xii MỞ ĐẦU 1.1 Đặt vấn đề 1.2 Mục tiêu đề tài 1.3 Yêu cầu đề tài 2 TỔNG QUAN 2.1 Hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp (PRRS) 2.2 Virus PRRS 2.2.1 Đặc điểm hình thái cấu trúc virus PRRS 2.2.2 Phân loại dòng virus 2.2.3 Chủng virus Trung Quốc 2.3 Các phương pháp chẩn đoán 2.3.1 Các phương pháp xét nghiệm kháng thể 2.3.2 Các phương pháp phát kháng nguyên 10 2.3.3 Phương pháp khuếch đại 11 2.3.3.1 Phương pháp RT-PCR 11 vii 2.3.3.2 Phương pháp nested RT-PCR .12 2.3.3.3 Phương pháp real-time RT- PCR 12 2.3.4 Phương pháp phân tích trình tự 19 2.4 Lượt khảo nghiên cứu liên quan giới PRRSV 19 2.4.1 Nghiên cứu sử dụng real-time RT-PCR 19 2.4.2 Phân biệt chủng virus PRRS dựa vào giải trình tự 21 2.5 Lượt khảo công trình nghiên cứu PRRS Việt Nam 22 NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU .25 3.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu .25 3.1.1 Thời gian 25 3.1.2 Địa điểm 25 3.2 Nội dung nghiên cứu 25 3.3 Vật liệu, hóa chất thiết bị 25 3.3.1 Vật liệu mẫu: .25 3.3.2 Hóa chất nghiên cứu .27 3.3.2.1 Hóa chất tách chiết RNA .27 3.3.2.2 Hóa chất dùng phản ứng RT-PCR real-time RT-PCR 27 3.3.2.3 Hóa chất kít điện di Chip 28 3.3.2.4 Hóa chất tinh sản phẩm RT-PCR 28 3.3.3 Thiết bị dụng cụ nghiên cứu 29 3.4 Phương pháp nghiên cứu 29 3.4.1 Thu thập mẫu 29 3.4.2 Tách chiết RNA 29 3.4.3 Khuếch đại vùng gene ORF7 kỹ thuật RT-PCR .29 3.4.4 Thực real-time RT-PCR định tính với RNA chuẩn dựa vào ORF7 30 3.4.5 Định lượng virus PRRS mẫu thực địa real-time RT-PCR .31 3.4.6 Giải trình tự chuỗi ORF5 xây dựng sinh dòng .32 3.4.6.1 Khuếch đại gene ORF5 32 3.4.6.2 Giải trình tự gene ORF5 hai dòng NA, EU 33 viii dịch Việt Nam nằm phía Bắc gần với ổ dịch trước Trung Quốc khả lây nhiễm từ Trung Quốc cao Dịch PRRS liên tiếp xảy từ năm 2007 (18 tỉnh), 2008 (24 tỉnh), 2009 (7 tỉnh) năm 2010 (32 tỉnh), nhiều nghiên cứu Việt Nam giới PRRS Việt Nam cho virus PRRS xuất Việt Nam thuộc dòng Bắc Mỹ, chủng Trung Quốc độc lực cao (Feng cs, 2009; Nguyễn Ngọc Hải cs, 2010; Metwally cs, 2010) Do đó, kết nghiên cứu trước, nghiên cứu cho biến chủng virus độc lực cao năm 2006 Trung Quốc lây truyền sang Việt Nam thông qua việc vận chuyển heo sống sản phẩm từ heo Sau lây nhiễm tỉnh phía Bắc, q trình vận chuyển heo tỉnh từ phía Bắc vào phía Nam lây nhiễm nhanh bùng phát nhiều tỉnh thàmh nước 58 Chương KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 5.1 Kết luận Đã ứng dụng kỹ thuật real-time RT-PCR để phát định lượng virus PRRS Độ nhạy quy trình 103 sao/ml cho dòng Bắc Mỹ 102 sao/ml cho dòng Châu Âu Quy trình real-time RT-PCR thiết lập phát mẫu nhiễm thuộc dòng NA, dòng EU có mẫu nhiễm dòng Đồng thời xác định lượng virus mẫu nhiễm, theo lượng virus có mẫu nhiễm dòng NA cao lượng virus có mẫu nhiễm dòng EU Lượng virus phát cao vào khoảng 108 sao/ml mẫu thấp vào khoảng 102 sao/ml mẫu Phân tích trình tự vùng ORF5 mẫu thuộc dòng Bắc Mỹ cho thấy chủng nằm nhánh với chủng độc lực cao Trung Quốc chủng 07QN phân lập Việt Nam năm 2007 Tương đồng hai dòng Bắc Mỹ Châu Âu thấp 60-65%) Bốn chủng phân lập Đồng Nai, Bình Dương TP Hồ Chí Minh có độ tương đồng cao, tương đồng cao với chủng Trung quốc độc lực cao (99,5%) tương đồng thấp với chủng cổ điển VR-2332 vaccine nhược độc Besta IngelVac.Tuy nhiên với virus vaccine JXA1, chủng nghiên cứu có độ tương đồng cao (99,5%) 5.2 Đề nghị Xác định độ nhạy mức pha loãng thấp kết hợp thực độ nhạy dựa TCID50 mẫu chuẩn Từ dùng quy trình real-time RT- 59 PCR việc kiểm soát xuất nhập heo giống phát sớm thú nhiễm PRRSV Giải trình tự nhiều mẫu với nguồn mẫu ổ dịch trước để có thêm sở đánh giá vùng dịch tễ bệnh phương pháp dịch tễ phân tử đồng thời phục vụ cơng tác phòng chống bệnh vaccine ngày hiệu 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO TIẾNG VIỆT Cục Thú Y, 2010 Thơng tin tình hình dịch bệnh gia súc gia cầm Trần Thị Dân, Trần Thị Bích Liên, Nguyễn Thị Phước Ninh, Nguyễn Ngọc Tuân, 2005 Xác định tuổi nhiễm phương pháp phát Mycoplasma hyopneumoniae virút PRRS trại chăn nuôi heo Tạp chí KHKT Nơng lâm nghiệp (2, 3): 256 - 259 Đặng Ngọc Thùy Dương, 2009 Chẩn đoán phân biệt virus chủng vaccine nhược độc hoang dại gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp heo (PRRS) Luận văn Thạc sĩ Trường Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Feng Y., Zhao T., Nguyễn Tùng, Inui K., Ma Y., Nguyễn Thị Hoa, Nguyễn Văn Cảm, Liu D., Bùi Quang Anh, Tô Long Thành, Wang C., Tian K., Gao GF., 2009 Các biến chủng virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp Việt Nam Trung Quốc năm 2007 Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú Y 16 (1): 5-9 Nguyễn Ngọc Hải, Đặng Ngọc Thùy Dương, 2010 Phân tích di truyền số dòng virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp heo (PRRSV) Tp.Hồ Chí Minh Đồng Nai Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú Y số 1: 25-29 Nguyễn Lương Hiền, Ngô Thanh Long, Nguyễn Ngô Minh Triết, 2000 Bước đầu khảo sát hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp (PRRS) số trại heo giống thuộc vùng Tp.HCM Báo cáo Khoa học Chăn ni Thú Y tồn quốc 1999 – 2000: 244 – 249 Huỳnh Thị Thu Hương, 2009 Xác định tỉ lệ nhiễm dòng virus PRRS đàn heo địa phương Luận văn Thạc sĩ Trường Đại học Nơng Lâm Tp Hồ Chí Minh Trần Thị Bích Liên, Trần Thị Dân, 2007 Xác định tỉ lệ nhiễm chủng virus PRRS số sở chăn ni heo miền Đơng Nam Bộ Tạp chí Khoa học Kỹ thuật Thú Y 14 (6): 5-9 61 Niên gián thống kê, 2009 Nhà xuất Thống kê 10 Kim Văn Phúc, Nguyễn Thị Lam Hương, Đặng Hùng, Trần Thanh Quân, Bùi Anh Thy, Morrissy Chris, 2007 Điều tra lưu hành virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp (PRRS) heo số tỉnh Nam Bộ Báo cáo kết NCKH 2007, Bộ Nông Nghiệp PTNT 11 Huỳnh Trọng Tiến, 2007 Phát virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp heo (PRRS) kỹ thuật RT-PCR Luận văn Thạc sĩ Trường Đại học Nông Lâm Tp Hồ Chí Minh 12 Phạm Hùng Vân, 2009 PCR real-time PCR vấn đề áp dụng thường gặp Nhà xuất Y học TIỀNG NƯỚC NGOÀI 13 Albina E., Leforban Y., Baron T., Plana Duran J.P., Vannier P., 1992 An enzyme linked immunosorbent assay (ELISA) for the detection of antibodies to the porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) virus Ann Rech Vet 23(2): 167- 176 14 Albina E., 1997 Epidemiology of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS): an overview Vet Microbiol 55: 309–316 15 Amonsin A., Kedkovid R., Puranaveja S., Wongyanin P., Suradhat S., and Thanawongnuwech R., 2009 Comparative analysis of complete nucleotidee sequence of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) isolates in Thailand (US and EU geneotypes) Virology Journal 6:143 16 Ansari I.H., Kwon B.,Osorio F.A., and Pattnaik A.K , 2006 Influence of Nlinked glycosylation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus GP5 on virus infectivity, antigeneicity, and ability to induce neutralizing antibodies J Virol., 80(8) : 3994- 4004 17 Allende R., Lewis T.L., Lu Z., Rock D.L., Kutish G.F., Ali A., Doster A.R., Osorio F.A., 1999 North American and European porcine reproductive and respiratory syndrome viruses differ in non-structural protein coding regions J Gene.Virol 80: 307-15 62 18 An T., Zhou Y., Liu G., Tian Z., Li L., Qiu H., Tong G., 2007 Genetic diversity and phylogenetic analysis of glycoprotein of PRRSV isolates in mainland China from 1996 to 2006: Coexistence of two NA-subgeneotypes with great diversity Vet Micro 123: 43–52 19 Andreyev V.G., Wesley R.D., Mengeling W.L., Vorwald A.C and Lager K.M., 1997 Genetic variation and phylogenetic relationships of 22 porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) field strains based on sequence analysis of open reading frame Arch Virol 142: 993-1001 20 Balka G.y., Hornyákb Á., Bálintc Á., Benyeda Z., Rusvai M., 2009 Development of a one-step real-time quantitative PCR assay based on primer-probe energy transfer for the detection of porcine reproductive and respiratory syndrome virus Journal of Virological Methods 158 : 41–45 21 Benfield D.A., Nelson E.A., Collins J.E., Harris L., Goyal S.M., Robison D., Christianson W.T., Morrison R.B., Gorcyca D., Chladek D., 1992 Characterization of swine infertility and respiratory syndrome (SIRS) virus (Isolate ATCC VR-2332) J Vet Diagn Invest 4:127–133 22 Benfield D.A., Nelson E.A., Christopher-Hennings J., 1994 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRS) viral protein and antigeneic variation Proceeding of the International Pig Veterinary Society Congress, 62 pages 23 Blaha T., 2000 The “colourful” epidemiology of PRRS Vet Res 31:77–83 24 Bustin SA, 2000 Absolute quantification of mRNA using real-time reverse transcription polymerase chain reaction assays J Mol Endocrinol 25: 169 193 25 Cavanagh D, 1997 Nidovirales: a new order comprising Coronaviridae and Arteriviridae Arch Virol 142: 629-633 26 Cha S.H., Choi E.J., Park J.H., Yoon S.R., Sonf J.Y., Kwon J.H., Song H.J., and Yoon K.Y., 2006 Molecular characterization of recent Korean porcine 63 reproductive and respiratory syndrome (PRRS) viruses and comparison to other Asian PRRS 27 Chen J., Liu T., Zhu C.G., Jin Y.F., Zhang Y.Z., 2006 Genetic Variation of Chinese PRRSV Strains Based on ORF5 Sequence Biochem Genet 44: 421–431 28 Chen N.H., Chen X.Z., Hu D.M., Yu X.L., Wang L.L., Han W., Wu J.J., Cao Z., Wang C.B., Zhang Q., Wang B.Y., Tian K.G., 2009 Rapid differential detection of classical and highly pathogeneic North American Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome virus in China by a duplex realtime RT-PCR J Virol Methods 161(2):192-8 29 Cheng D., Zhao J.J., Sun N.Y., Zhou Y.J., Zhu Y., Tian Y.Z., Tu C., Tong G.Z., Qiu H.J., 2008 Simultaneous detection of Classical swine fever virus and North Americ geneotype Porcine reproductive and respiratory syndrome virus using a duplex real-time RT-PCR Journal of Virological Methods 151: 194-199 30 Cho J.D., Dee S.A, 2006 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus Theriogeneology 66: 655-662 31 Christopher-Hennings J., Nelson E.A., Nelson J.K., Hines R.J., Swenson S.L., Hill H.T., Zimmerman J.F., Katz J.B., Yaeger M.J., Chase C.L., Benfield D.A, 1995 Detection of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus in boar semen by PCR J Clin Microbiol 33 (7): 1730 -1734 32 Christopher-Hennings J., Holler L.D., Benfield D.A., Nelson E.A, 2001 Detection and duration of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus in semen, serum, pripheral blood mononuclear cells, and tissues from Yorkshire, Hampshire and Landrace boars J.Vet Diagn Invest 13: 133-142 33 Christopher-Hennings J., Faaberg K.S., Murtaugh M.P., Nelson E.A., Roof M.B., Vanughn E.M., Yoon K.J., Zimmerman J.J., 2002 Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome (PRRS) diagnostics interpretation and limitation J Swine Health Prod.10 (5): 213-218 34 Chung W.B., Chan W.H., Chaung H.C., Lien Y, Wu C.C and Huang Y.L, 2005 64 Real-time PCR for quantitation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus and porcine circovirus type in naturally-infected and challenged pigs J.Virol Methods 124: 11-19 35 Collins J.E., Benfield D.A., Christianson W.T., Harris L., Hennings J.C., Shaw D.P., Goyal S.M., McCullough S., Morrison R.B., Joo H.S., Gorcyca D.E., and Chladek D.W., 1992 Swine infertility and respiratory syndrome (Mystery swine disease) Proc Minn Swine Vet Conf 15-17 36 Dea S., Gagnon C.A., Mardassi H., Pirzadeh B., Rogan D., 2000 Current knowledge on the structural proteins of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) virus: comparison of the North American and European isolates Arch Virol.145:659 - 688 37 Egli C., Thur B., Liu L., Hofmann MA, 2001 Quantitative TaqMan RT-PCR for the detection and differentiation of European and North American strains Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus J Virol Meth 98: 63–75 38 Forsberg R., Storgaard T., Nielsen H.S., Oleksiewicz M.B., Cordioli P., Sala G., Hein J., Botner A., 2002 The genetic diversity of European type PRRSV is similar to that of the North American type but is geographically skewed within Europe Virology 299: 38–47 39 Feng Y., Zhao T., Tung Nguyen, Innui K., Ma Y., Hoa Nguyen, Cam Nguyen, Liu D., Anh Bui, Thanh To, Wang C., Tian K, Gao G F., 2008 Porcine Respiratory and Reproductive Syndrome Virus Variants, Vietnam and China, 2007 Emer Infect Diseases 14 (11): 1774-1776 40 FAO EMPRES., 2007 Focus on porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) 41 Gao Z.Q., Guo X., Yang H.C., 2004 Geneomic characterization of two Chinese isolates of porcine respiratory and reproductive syndrome virus Arch Virol 149:1341–1351 42 Golberg T.L., Hahn E.C., Weigel R.M., Scherba G., 2000 Genetic, geographical 65 and temporal variation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in Illinois J Gene Virol 81: 171-179 43 Goyal SM, 1993 Porcine reproductive and respiratory syndrome J Vet Diagn Invest (4):656-64 44 Halbur P.G., Miller L.D., Paul P.S., 1995 Immunohistochemical identication of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) antigene in the heart and lymphoid systems of three-week-old colostrum-deprived pigs Vet Pathol 32: 200-204 45 Inoue R., Tsukahara T., Sunaba C., Itoh M., Ushida M., 2006 Simple and rapid detection of the Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus from pig whole blood using filter paper J Virol Methods 141(1):102-106 46 Kapur V., Elam M.R., Pawlovich T.M., Murtaugh M.P., 1996 Genetic variation in porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolates in the midwestern United States J Gene Virol 77 (6): 1271-6 47 Karmiychuk U.U., Geldhof M., Vanhee M., Van Doorsselaere J., Saveleva T.A., and Nauwynck H.J., 2010 Pathogenesis and antigeneic characterization of a new East European sub-type porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolate BMC Veterinary Research 6:30 48 Kim H.S., Kwang J., Yoon I.J., Joo H.S., Frey M.L., 1993 Enhanced reproduction of porcine reproductive and respiratory syndrome (PPRS) virus in a homogeneous subpopulation of MA -104 cells Arch Virol.133: 477483 49 Keffaber K, 1989 Reproductive failure of unknown aetiology AASP Newslett 1, 1–10 50 Kleiboeker S.B., Schommer S.K., Lee S.M., Watkins S., Chittick W., and Polson D., 2005 Simultaneous detection of North American and European porcine reproductive and respiratory syndrome virus using real-time quantitative reverse transcriptase-PCR J Vet Diagn Invest 17: 165–170 66 51 Kumar S., Tamura K., and Masatoshi N., 2004 MEGA3: integrated software for molecular evolutionary genetics analysis and sequence alignment Briefings in Bioinformatics 5(2):150-163 52 Larochelle R., D’Allaire S., Magar R., 2003 Molecular epidemiology of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) in Quebec Virus Res 96: 3–14 53 Legeay O., Bounaix S., Denis M., Arnauld C., Hutet E., Cariolet R., Albina E., and Jestin A., 1997 Development of a RT-PCR test coupled with a microplate colorimetric assay for the detection of a swine Arterivirus (PRRSV) in boar semen J Virol Meth 68: 65–80 54 Lurchachaiwong W., Payungporn S., Srisatidnaraku U., Mungkundar C., Theam-boonlers A., Poovorawan Y., 2008 Rapid detection and strain identification of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) by real-time RT-PCR Journal compilation The Society for Applied Microbiology, Letters in Applied Microbiology 46: 55- 60 55 Mardassi H., Wilson L., Mounir S., Dea S., 1994 Detection of porcine reproductive and respiratory syndrome Virus and efficient differentiation between Canadian and European strains by reverse transcription and PCR amplification J Clin Microbiol 32: 2197-2203 56 Martínez E., Riera P., Sitja M., Fang Y., Oliveira S., Maldonado J., 2008 Simultaneous detection and geneotyping of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) by real-time RT-PCR and amplicon melting curve analysis using SYBR Green Research in Veterinary Science 85: 184–193 57 Mateu E., Diaz I., 2008 The challenge of PRRS immunology Vet J 177 (3): 345-51 58 McPherson M.J., Moller S.G., 2000 PCR The basic 2nd edition, BIO Scientific Publishers Ltd, UK, 276 pages 59 Meng X.J., Paul P.S., Halbur P.G., Lum M.A., 1995 Phylogenetic analyses of 67 the putative M(ORF6) and N (ORF7) genes of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV): implication for the existence of two geneotypes of PRRSV in the U.S.A and Europe Arch Virol 140(4): 745755 60 Metwally S., Mohamed F., Faaberg K, Burrage T., Prarat M., Moran K., Bracht A., Mayr G., Berninger M., Koster K., To T L , Nguyen V.L., Reising M., Landgra J., Cox L., Lubroth J., and Carrillo C., 2010 Pathogeneicity and Molecular Characterization of Emerging Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus in Vietnam in 2007 Transboundary and Emerging Diseases Original Article 61 Meulenberg J.M., Hulst M.M., de Meijer E.J., Moonen P.L., den Besten A., de Kluyver E.P., Wensvoort G., Moormann R., 1993 Lelystad virus, the causative agenet of porcine endemic abortion and respiratory syndrome (PEARS), is related to LDV and EAV Virology 192: 62 -72 62 Meulenberg J.M., 1998 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) molecular characterization of the agenet In: Proceedings of fifteenth IPVS congress, Birmingham, pp 149 -157 63 Meulenberg J.M., 2000 PRRSV the virus Vet Res 31: 11-21 64 Murakami Y., Kato A., Tsuda T., Morozumi T., Miura Y., et al., 1994 Isolation and serological characterization of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) viruses from pigs with reproductive and respiratory disorders in Japan J Vet Med Sci 56: 891- 894 65 Murtaugh MP, Elam MR, Kakach LT., 1995 Comparison of the structural protein coding sequences of the VR-2332 and Lelystad virus strains of the PRRS virus Arch Virol 140: 1451-1460 66 Nelsen C.J., Murtaugh M.P., Faaberg K.S., 1999 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus comparison: divergenet evolution on two continents J Virol 73 : 271–280 68 67 Paton D.J., Brown I.H., Edwards S., Wensvoort G., 1991.‘‘Blue ear’’disease of pigs Vet Rec 128: 617 68 Plana-Duran J., Climent I., Sarraseca J., Urniza A., Corte´s E., Vela C., Casal JI., 1997 Baculovirus expression of proteins of porcine reproductive and respiratory syndrome virus strain Olot/91 Involvement of ORF3 and ORF5 proteins in protection Virus Genes 14:19–29 69 Ropp S.L., Wees C.E., Fang Y., Nelson E.A., Rossow K.D., Bien M., Arndt B., Preszler S., Steen P., Christopher-Hennings J., Collins J.E., Benfield D.A., and Faaberg K.S., 2004 Characterization of emerging European-like porcine reproductive and respiratory syndrome virus isolates in the United States J Virol 78: 3684 - 3703 70 Rossow K.D., Shivers J.L., Yeske P.E., 1999 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus infection in neonatal pigs characterized by marked neurovirulence Vet Record 144: 444 - 448 71 Snijder E.J., van Tol H., Pedersen K.W., Raamsman M.J., de Vries A.A., 1999 Identification of a novel structural protein of arteriviruses J Virol 73(8): 6335-6345 72 Seuberlich T., Tratschin J.D., Thu B., Hofmann M.A., 2002 Nucleocapsid protein-based enzyme-linked immunosorbent assay for detection and differentiation of antibodies against European and North American porcine reproductive and respiratory syndrome virus Clin Diagn Lab Immunol 9: 1183 -1191 73 Shimizu M., Yamada S., Murakami Y., Morozumi T., Kobayashi H., et al., 1994 Isolation of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) virus from Heko-Heko disease of pigs J.Vet Med Sci 56: 389 - 391 74 Spagnuolo-Weaver M., Walker I.W., McNeilly F., Calvert V., Graham D, Burns K., Adair B.M, Allan G.M., 1998 The reverse transcription polymerase chain reaction fot the diagnostics of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome: comparision with virus isolation and serology Vet 69 Microbiol 62: 207- 215 75 Spagnuolo-Weaver M., Walker I.W., Campbell S.T., Mc Neilly F., Adair B.M., Allan M., 2000 Rapid detection of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome viral nucleic acid in blood using a fluorimeter based PCR method Vet Microbiol 76: 15-23 76 Suarez P., Zardoya R., Martin M.J., Prieto C., Dopazo J., Solana A., Castro J.M., 1996 Phylogenetic relationships of European strains of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) inferred from DNA sequences of putative ORF-5 and ORF-7 genes Virus Res 42:159-165 77 Tian K., Yu X., Zhao T., Feng Y., Cao Z., et al., 2007 Emergenece of fatal PRRSV variants: unparalleled outbreaks of atypical PRRS in China and molecular dissection of the unique hallmark PloS ONE (6), 526 78 Thiel HJ., Meyers G., Stark R., Tautz N., Rumenapf T., et al., 1993 Molecular characterization of positivestrand RNA viruses: pestiviruses and the porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) Arch Virol Suppl 7: 41–52 79 Thanawongnuwech R., Amonsin A., Tatsanakit A., and Damrong watanapokin S., 2004 Genetics and geographical variation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) in Thailand Vet Microbiol 101:9–21 80 Wang F.I., 1994 Minimal resdues of porcine reproductive and respiratory syndrome virus in pig carcases and boar semen Proceeding of the National Science Coucil, Republic of China 33 (4): 167-174 81 Wasilk A., Callahan J.D., Christopher-Hennings J.J, Gay T A., Fang Y., Dammen M., Reos M E., Torremorell M., Polson., Mellencamp M., Nelson E.A., 2004 Detection of U.S Lelystad, and European-like porcine reproductive and respiratory syndrome viruses and relative quantitation in boar semen and serum samples by real-time PCR J Clin Microbiol 42: 4453 - 4461 70 82 Wensvoort G., Terpstra C., Pol J.M., Ter Laak E.A., Bloemraad M., 1991 Mystery swine disease in The Netherlands: the isolation of Lelystad virus Vet Q 13:121–130 83 Wu W.H., Fang Y., Farwell R., Steffen-Bien M., Rowland R.R., ChristopherHennings J., and Nelson E., 2001 A 10 kDa structural protein of porcine reproductive and respiratory syndrome virus encoded by ORF2b Virology 287: 183-191 84 Xiao X.L.,Wu H., Yu Y.G., Cheng B.Z., Yang X.Q., Chen G., Liu D.M., Li X.F., 2008 Rapid detection of a highly virulent Chinese-type isolate of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus by real-time reverse transcriptase PCR J Virol Methods 149 (1): 49-55 85 Yoon K.J., Joo H.S., Christianson W.T., Kim H.S., Colline J.E., Morrison R.B., Dial G.D., 1992 An indirect fluorescent antibody test for the detection of antibody to swine infertility and resporatory syndrome virus in swine sera J Vet Diagn Invest (2): 144 -147 86 Yoon K.J., Zimmerman J.J., McGinley M.J., Landgraf J., Frey M.L., Hill H.T., Platt K.B., 1995 Failure to consider the antigeneic diversity of porcine reproductive and respiratory syndrome (PRRS) virus isolates may lead to misdiagnosis J.Vet Diagn Invest 7: 386 - 387 87 Yoon K-J, Chang C-C, Zimmerman J.J., Harmon K.M., 2001 Genetic and antigeneic stability of PRRSV in persistently infected pigs: clinical and experimental prospective Adv Exp Med Biol 494: 25-30 88 Yoon K.J., Christopher – Henning J.J., Nelson E.A., 2003 Diagnosis the PRRS Compendium 2nd edition National Pork Board, Des Moines, Iowa, pp 59 – 74 89 Yoon S.H., Song J.Y., Lee C.H., Choi E.J., Cho I.S., Kim B., 2008 Genetic characterization of the Korean porcine reproductive and respiratory syndrome viruses based on the nucleocapsid protein gene (ORF7) sequences Arch Virol 153: 627 - 635 71 90 Zimmerman J., Benfield D.A., Murtaugh M.P., Osorio F., Stevenson G.W., Torremorell M., 2006 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (Porcine Arterivirus) In Diseases of swine, 9th edition (B.E Straw., J.J Zimmerman., S D’Allaire , D.J Taylor.,) Blackwell Publishing, pp 387 417 91 Zimmerman J.J., 2008 Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV): the disease that keeps bugging London Swine Conference – Facing the New Reality 1-2 April 2008 Yoon K.J., Joo 72 ... giá thao tác hút dung dịch thao tác pha loãng mẫu, việc pha loãng mẫu để xây dựng đường chuẩn thi u dư mẫu ảnh hưởng đến hiệu PCR Tuy nhiên, thao tác pipet pha lỗng mẫu xác mà hiệu PCR thấp thi t... revealed that these collections shared a close relationship with Chinese virulent PRRSV and 07QNVN isolated in Vietnam in 2007 as well as JXA-1 vaccine virus (95,2 -100%) All three samples collected... trình tự virus hai kiểu gene cho thấy chúng tương đồng trình tự nucleotidee aa (Allende cs, 1999; Nelsen cs, 1999; Suarez cs, 1996) So sánh chi tiết trình tự nucleotidee vùng ORF1 virus Lelystad (LV)