XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN GENE blaPER1 CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII TIẾT βLACTAMASE PHỔ RỘNG LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 112010 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP. HỒ CHÍ MINH ….
BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ….W U X… CHÂU THỤY VY XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN GENE blaPER-1 CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII TIẾT β-LACTAMASE PHỔ RỘNG LUẬN VĂN THẠC SĨ CƠNG NGHỆ SINH HỌC Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 11/2010 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ….W U X… CHÂU THỤY VY XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN GENE blaPER-1 CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII TIẾT β-LACTAMASE PHỔ RỘNG Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã số : 60.42.80 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hướng dẫn khoa học: TS BS PHẠM HÙNG VÂN Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 11/2010 XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN GENE blaPER-1 CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII TIẾT β-LACTAMASE PHỔ RỘNG CHÂU THỤY VY Hội đồng chấm luận văn: Chủ tịch: PGS.TS NGUYỄN NGỌC TUÂN Trường Đại học Nông Lâm TP HCM Thư ký: TS LÊ HỒNG PHƯỚC Viện Nghiên cứu nuôi trồng thuỷ sản II Phản biện 1: TS VÕ THỊ TRÀ AN Trường Đại học Nông Lâm TP HCM Phản biện 2: PGS.TS NGUYỄN NGỌC HẢI Trường Đại học Nông Lâm TP HCM Ủy viên: TS BS PHẠM HÙNG VÂN Trường Đại học Y Dược TP HCM ĐẠI HỌC NƠNG LÂM TP.HỒ CHÍ MINH HIỆU TRƯỞNG i LÝ LỊCH CÁ NHÂN Tôi tên Châu Thụy Vy, sinh ngày 12 tháng 04 năm 1982 thành phố Cần Thơ Con Ông Châu Thành Cang Bà Lữ Cẩm Hường Tốt nghiệp Phổ thông trung học Trường phổ thông trung học Châu Văn Liêm, thành phố Cần Thơ năm 2000 Tốt nghiệp Đại học ngành Cơng nghệ sinh học hệ quy Đại học Mở Bán Cơng Thành phố Hồ Chí Minh năm 2005 Tháng 09 năm 2006 theo học Cao học ngành Công nghệ sinh học Đại học Nông Lâm, Thủ Đức, Thành phố Hồ Chí Minh Địa liên lạc: 35/11 Nguyễn Xn Ơn, Phường 2, Quận Bình Thạnh, Thành phố Hồ Chí Minh Điện thoại: (08)38413209 0918867052 Email: daisy_vy@yahoo.com ii LỜI CAM ĐOAN Tôi cam đoan công trình nghiên cứu tơi Các số liệu kết nêu luận văn trung thực chưa công bố công trình nghiên cứu khác Châu Thụy Vy iii LỜI CẢM ƠN Trong trình học tập nghiên cứu, nhận nhiều giúp đỡ quý báu quý thầy cô, anh chị đồng môn, gia đình bạn bè giúp tơi hồn thành luận văn Tơi xin chân thành bày tỏ lịng biết ơn đến: Quý thầy cô khoa Công nghệ sinh học q thầy phịng Sau Đại học, Trường Đại học Nông Lâm hướng dẫn, truyền đạt kiến thức tạo điều kiện giúp đỡ suốt q trình học tập Q cơng ty Nam Khoa anh Phạm Thái Bình, anh Đặng Mai Anh Tuấn chị Lê Thị Phi Yến quan tâm, động viên góp ý kiến chân tình giúp tơi hồn thiện luận văn Tôi xin gửi lời tri ân đến: Tiến sĩ bác sĩ y khoa Phạm Hùng Vân, người thầy đáng kính tận tình hướng dẫn, hết lịng bảo tạo điều kiện thuận lợi giúp có hội tiếp cận khoa học ứng dụng công nghệ sinh học vào thực tiễn Ba mẹ người thân yêu bạn bè thân hữu ln bên cạnh tơi, khuyến khích, động viên hỗ trợ tơi vượt qua iv TĨM TẮT Sự gia tăng khả kháng thuốc Acinetobacter baumannii thập niên qua, chế đề kháng đa kháng sinh khả tiết β-lactamase thuỷ phân kháng sinh thuộc họ belactam gọi Expanded Spectrum Betalactamase (ESBL) Trong đó, PER-1 ESBL có khả đề kháng kháng sinh thuộc nhóm cephalosporin aztreonam Do đó, dựa vào kiểu hình để phát diện ESBL Acinetobacter baumannii mục tiêu nghiên cứu Nghiên cứu thực với đề tài “Phát gen blaPER-1 nhằm xác định kiểu hình β-lactamase phổ rộng vi khuẩn Acinetobacter baumannii” phịng thí nghiệm cơng ty Nam Khoa, thời gian từ tháng 10 năm 2009 đến tháng 08 năm 2010 Dựa vào kết kiểu hình kháng sinh đồ khoảng 350 chủng Acinetobacter spp phân lập từ 3.000 mẫu bệnh phẩm bệnh viện Nguyễn Tri Phương, Thành phố Hồ Chí Minh từ tháng 01 năm 2009 đến 06 năm 2010, nhận thấy có chủng Acinetobacter spp có kiểu hình ESBL dương tính đồng thời chọn chủng Acinetobacter spp có kiểu hình ESBL âm tính ngẫu nhiên làm đối chứng Tất chủng Acinetobacter spp định danh lại với hệ thống định danh IDS 14 GRN trình tự 16S rDNA xác định lồi Acinetobacter baumannii Phát diện ESBL xác định dựa vào kiểu hình kiểu gen: (i) Phương pháp xác định kiểu hình dựa vào mở rộng vịng vơ khuẩn vùng giao tiếp cephalosporin clavulanate gồm phương pháp đĩa đôi đĩa kết hợp; (ii) Phương pháp dựa vào kiểu gen gồm phương pháp PCR giải trình tự khuếch đại vùng gen blaPER-1 với cặp mồi đặc hiệu công bố giới Kết giải trình tự nucleotide so sánh với ngân hàng liệu gen NCBI Kết nghiên cứu xác định diện ESBL dựa vào phương pháp kháng sinh đồ phương pháp PCR đồng thời xác định gen v tiết ESBL blaPER-1 Acinetobacter baumannii vị trí integron lớp Đây nghiên cứu Việt Nam phát kiểu hình ESBL kiểu gen blaPER1 Acinetobacter baumannii góp phần vào tình hình nghiên cứu chung nước giới blaPER-1 Acinetobacter baumannii vi SUMMARY Over the last decade, increasing therapeutic difficulties owing to the emergence of highly multidrug-resistant Acinetobacter baumannii have been described with increasing frequency One of the mechanisms of resistance to βlactam antibiotics in Acinetobacter baumannii that is producing extendedspectrum β-lactamases (ESBLs) such as PER-1 is an ESBL to have the ability to inactivate the oxyimino – cephalosporins and aztreonam Therefore, based on the phenotype to detect ESBL screen-positive of Acinetobacter baumannii is the aim of our research conducted at Nam Khoa laboratory from October 2009 to August 2010 with the study “Detection of the blaPER-1 gene extended-spectrum βlactamse-producing in Acinetobacter baumannii” Based on the results of the phenotypic tests of 350 Acinetobacter spp isolates isolated from 3,000 specimens at Nguyen Tri Phuong hospital in Ho Chi Minh city, Vietnam (from January 2009 to June 2010), we found that there are only Acinetobacter spp isolates confirmed ESBL positive phenotype and chose Acinetobacter spp isolates confirmed non-ESBL phenotype randomized controlled trials as well All isolates were re-identified to determine Acinetobacter baumannii based on the suitable bio-chemical reactions by using the IDS 14 GNR system and 16S rDNA ESBL expressing status of the strains was determined by the phenotypic and genotypic tests: (i) The phenotypic test, which is based on seeking synergy between cephalosporins and clavulanate, includes the double disc and combination disc methods; (ii) The genotypic test includes the direct PCR method with the PCR-amplified the blaPER-1 gene by using previously reported primers and the gene sequencing techniques Nucleotide sequence analysis was performed at the National Center of Biotechnology Information Website vii A detailed analysis of the results not only determined ESBL expressing status based on the phenotypic test and direct PCR, but also identified the blaPER-1 gene of Acinetobacter baumannii located on the class I integron To the best of our knowledge, this is the first study to detect the ESBL phenotype and blaPER-1 gene of Acinetobacter baumannii in Vietnam, further supporting the global spread of such strains viii Query 62 AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGC Sbjct 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGAGTTTGATCCTGGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGC Query 118 63 -GGGGATAGGGT-GCTTGC-ACCT-GATTCCTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGG Sbjct 115 61 ||||| | ||| |||||| | || || ||||||||||||||||||||||||||||||| GGGGGA-A-GGTAGCTTGCTA-CTGGA CCTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGG Query 177 119 AATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACGTTC-CGAAAGGGACGCTAATACCGCATACGTCCT Sbjct 174 116 ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||| AATCTGCCTATTAGTGGGGGACAAC-ATCTCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGTCCT Query 237 178 ACGGGAGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAG Sbjct 234 175 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ACGGGAGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAG Query 297 238 CTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGAT Sbjct 294 235 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGAT Query 357 298 CCGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT Sbjct 354 295 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT Query 417 358 TGGACAATGGGGGGAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTTTGGTT Sbjct 414 355 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| TGGACAATGGGGGGAACCCTGATCCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTATGGTT Query 475 418 GTAAAGCACTTTAAGCGAGGAGGAGGCTTAC-CTGGTTAATACCT-GGGATAAGTGGACG Sbjct 472 415 |||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||| |||||| ||||||| GTAAAGCACTTTAAGCGAGGAGGAGGCT-ACTCTAGTTAATACCTAGGGATA-GTGGACG Query 476 Sbjct 473 TTACTCGCAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCCCGCGGTAA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| TTACTCGCAGAATAAGCACCGGCTAACTCTGTGCCAGCAGCC-GCGGTAA 73 525 521 PHỤ LỤC Kết giải trình tự gen blaPER-1 A baumannii Mẫu 1900 blaPER-1: Trình tự 1900 blaPER-1 hoàn chỉnh (944 bp): CCATTATAAAAGCTGTAGTTACTGCCTCGACGCTACTGATGGTATCTTTT AGTTCATTCGAAACCTCAGGCGCAATCCCCACTGTTAAAAGAGCAAATT GAATCCATAGTCATTGGAAAAAAAGCCACTGTAGGCGTTGCACTGTGGG GGCCTGACCATCTGGAACCTTTACTGATTAATCCTTTTGAAAAATTCCCA ATGCAAAGTGTATTTAAATTGCATTTACCTATGTTGGTACTGCATCAGGT TGATCACGGAAAGTTGGATTTAAATCACACCGTTATCGTAAACAGGGCT AAGGTTTTACAGAATACCTGGGCTCCGATAATGAAAGCGTATCACGGAG ACGAGTTTAGTGTTCCAGTGCAGCAACTGCTGCTATACTCGGTCTCGCAC AGCGATAACGTGGCCTGTGATTTGTTATTTGAACTGGTTGGTGGACCAGC TGCTTTGCATGACTATATCCAGTCTATGGGTATAAAGGATACCGCTGTGG TCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGTATCAAAA CTAAAGGAGACCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATG ATCAGGTGCAGTATCAAAACTGGACCTCGATGAAAGGTGCTGCAGAGAT CCTGAAAAAGTTTGAGCAAAAAACACAGCTGTCTGAAACCTCGCAGGCT TTGTTATGGAAGTGGATGGTCGAAACCACCACAGGACCAGAGCGGTTAA AAGGTTTGTTACCAGCTGGTACTGTGGTCGCACATAAAACTGGTACTTCG GGTATCAAAGCCGGAAAAACTGCGGCCACTAATGATTTAGGTATCATTC TGTTGCCTGATGGACGGCCCTTGCTGGTTGCTGTTTTTGTGAAAGACTCA GCCGAGTCAAGCCGAACCAATGAAGCTATCATTGCGCAGGTTGCTCAGA CTGCG 74 Kết xác định blaPER-1 A baumannii: gb|GU944725.1| Acinetobacter baumannii strain NF812784 class I integron putative recombinase and extended-spectrum beta-lactamase PER-1(blaPER1) genes,complete cds,and GST-like pseudogene,complete sequence Length=7245 Score = 957 bits (518), Expect = 0.0 Identities = 537/546 (98%), Gaps = 1/546 (0%) Strand=Plus/Plus Query 61 CATTATAAAAGCTGTAGTTACTGCCTCGACGCTACTGATGGTATCTTTTAGTTCATTCGA Sbjct 1614 1555 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CATTATAAAAGCTGTAGTTACTGCCTCGACGCTACTGATGGTATCTTTTAGTTCATTCGA Query 121 62 AACCTCAGGCGCAATCCCCACTGTTAAAAGAGCAAATTGAATCCATAGTCATTGGaaaaa Sbjct 1673 1615 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AACCTCA-GCGCAATCCCCACTGTTAAAAGAGCAAATTGAATCCATAGTCATTGGAAAAA Query 181 122 aaGCCACTGTAGGCGTTGCACTGTGGGGGCCTGACCATCTGGAACCTTTACTGATTAATC Sbjct 1733 1674 |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| AAGCCACTGTAGGCGTTGCAGTGTGGGGGCCTGACGATCTGGAACCTTTACTGATTAATC Query 241 182 CTTTTGAAAAATTCCCAATGCAAAGTGTATTTAAATTGCATTTACCTATGTTGGTACTGC Sbjct 1793 1734 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| CTTTTGAAAAATTCCCAATGCAAAGTGTATTTAAATTGCATTTAGCTATGTTGGTACTGC 75 Query 301 242 ATCAGGTTGATCACGGAAAGTTGGATTTAAATCACACCGTTATCGTAAACAGGGCTAAGG Sbjct 1853 1794 ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ATCAGGTTGATCAGGGAAAGTTGGATTTAAATCAGACCGTTATCGTAAACAGGGCTAAGG Query 361 302 TTTTACAGAATACCTGGGCTCCGATAATGAAAGCGTATCACGGAGACGAGTTTAGTGTTC Sbjct 1913 1854 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| TTTTACAGAATACCTGGGCTCCGATAATGAAAGCGTATCAGGGAGACGAGTTTAGTGTTC Query 421 362 CAGTGCAGCAACTGCTGCTATACTCGGTCTCGCACAGCGATAACGTGGCCTGTGATTTGT Sbjct 1973 1914 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CAGTGCAGCAACTGCTGCAATACTCGGTCTCGCACAGCGATAACGTGGCCTGTGATTTGT Query 481 422 TATTTGAACTGGTTGGTGGACCAGCTGCTTTGCATGACTATATCCAGTCTATGGGTATAA Sbjct 2033 1974 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TATTTGAACTGGTTGGTGGACCAGCTGCTTTGCATGACTATATCCAGTCTATGGGTATAA Query 541 482 AGGATACCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGTATC Sbjct 2093 Query 2034 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGGAGACCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGTATC Sbjct 2094 542 AAAACT |||||| AAAACT 547 2099 Score = 736 bits (398), Expect = 0.0 Identities = 398/398 (100%), Gaps = 0/398 (0%) Strand=Plus/Plus Query 606 547 TAAAGGAGACCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGT Sbjct 2090 2031 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAAAGGAGACCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGT Query 666 607 ATCAAAACTGGACCTCGATGAAAGGTGCTGCAGAGATCCTGAAAAAGTTTGAGCAAAAAA Sbjct 2150 2091 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ATCAAAACTGGACCTCGATGAAAGGTGCTGCAGAGATCCTGAAAAAGTTTGAGCAAAAAA Query 726 667 CACAGCTGTCTGAAACCTCGCAGGCTTTGTTATGGAAGTGGATGGTCGAAACCACCACAG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 76 Sbjct 2210 2151 CACAGCTGTCTGAAACCTCGCAGGCTTTGTTATGGAAGTGGATGGTCGAAACCACCACAG Query 786 727 GACCAGAGCGGTTAAAAGGTTTGTTACCAGCTGGTACTGTGGTCGCACATAAAACTGGTA Sbjct 2270 2211 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GACCAGAGCGGTTAAAAGGTTTGTTACCAGCTGGTACTGTGGTCGCACATAAAACTGGTA Query 846 787 CTTCGGGTATCAAAGCCGGAAAAACTGCGGCCACTAATGATTTAGGTATCATTCTGTTGC Sbjct 2330 2271 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTTCGGGTATCAAAGCCGGAAAAACTGCGGCCACTAATGATTTAGGTATCATTCTGTTGC Query 906 847 CTGATGGACGGCCCTTGCTGGTTGCTGTTTTTGTGAAAGACTCAGCCGAGTCAAGCCGAA Sbjct 2390 2331 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTGATGGACGGCCCTTGCTGGTTGCTGTTTTTGTGAAAGACTCAGCCGAGTCAAGCCGAA Query 907 Sbjct 2391 CCAATGAAGCTATCATTGCGCAGGTTGCTCAGACTGCG |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCAATGAAGCTATCATTGCGCAGGTTGCTCAGACTGCG 944 2428 Mẫu 2040 blaPER-1: Trình tự 2040 blaPER-1 hoàn chỉnh (896 bp): TAAAAGCTGTAGTTACTGCCTCGACGCTACTGATGGTATCTTTTAGTTCA TTCGAAACCTCAGCGCAATCCCCACTGTTAAAAGAGCAAATTGAATCCA TAGTCATTGGAAAAAAAGCCACTGTAGGCGTTGCAGTGTGGGGGCCTGA CGATCTGGAACCTTTACTGATTAATCCTTTTGAAAAATTCCCAATGCAAA GTGTATTTAAATTGCATTTAGCTATGTTGGTACTGCATCAGGTTGATCAG GGAAAGTTGGATTTAAATCAGACCGTTATCGTAAACAGGGCTAAGGTTT TACAGAATACCTGGGCTCCGATAATGAAAGCGTATCAGGGAGACGAGTT TAGTGTTCCAGTGCAGCAACTGCTGCAATACTCGGTCTCGCACAGCGAT AACGTGGCCTGTGATTTGTTATTTGAACTGGTTGGTGGACCAGCTGCTTT GCATGACTATATCCAGTCTATGGGTATAAAGGAGACCGCTGTGGTCGCA AATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGTATCAAAACTGGA CCTCGATGAAAGGTGCTGCACAGATCCTGAAAAAGTTTGAGCAAAAAAC 77 ACAGCTGTCTGAAACCTCGCAGGCTTTGTTATGGAAGTGGATGGTCGAA ACCACCACAGGACCAGAGCGGTTAAAAGGTTTGTTACCAGCTGGTACTG TGGTCGCACATAAAACTGGTACTTCGGGTATCAAAGCCGGAAAAACTGC GGCCACTAATGATTTAGGTATCATTCTGTTGCCTGATGGACGGCCCTTGC TGGTTGCTGTTTTTGTGAAAGACTCAGCCGAGTCAAGCCGAACCAATGA AGCTATCATTGCGCAGGTTGCTCAGACTGCGTATCAATTTGAATTGAAAA AGCTTTCT Kết xác định blaPER-1 A baumannii: gb|GU944725.1| Acinetobacter baumannii strain NF812784 class I integron putative recombinase and extended-spectrum beta-lactamase PER-1 (blaPER-1) genes, complete cds, and GST-like pseudogene, complete sequence Length=7245 Score = 1650 bits (893), Expect = 0.0 Identities = 895/896 (99%), Gaps = 0/896 (0%) Strand=Plus/Plus Query 60 TAAAAGCTGTAGTTACTGCCTCGACGCTACTGATGGTATCTTTTAGTTCATTCGAAACCT Sbjct 1619 1560 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TAAAAGCTGTAGTTACTGCCTCGACGCTACTGATGGTATCTTTTAGTTCATTCGAAACCT Query 120 61 CAGCGCAATCCCCACTGTTAAAAGAGCAAATTGAATCCATAGTCATTGGaaaaaaaGCCA |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 78 Sbjct 1679 1620 CAGCGCAATCCCCACTGTTAAAAGAGCAAATTGAATCCATAGTCATTGGAAAAAAAGCCA Query 180 121 CTGTAGGCGTTGCAGTGTGGGGGCCTGACGATCTGGAACCTTTACTGATTAATCCTTTTG Sbjct 1739 1680 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTGTAGGCGTTGCAGTGTGGGGGCCTGACGATCTGGAACCTTTACTGATTAATCCTTTTG Query 240 181 AAAAATTCCCAATGCAAAGTGTATTTAAATTGCATTTAGCTATGTTGGTACTGCATCAGG Sbjct 1799 1740 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AAAAATTCCCAATGCAAAGTGTATTTAAATTGCATTTAGCTATGTTGGTACTGCATCAGG Query 300 241 TTGATCAGGGAAAGTTGGATTTAAATCAGACCGTTATCGTAAACAGGGCTAAGGTTTTAC Sbjct 1859 1800 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TTGATCAGGGAAAGTTGGATTTAAATCAGACCGTTATCGTAAACAGGGCTAAGGTTTTAC Query 360 301 AGAATACCTGGGCTCCGATAATGAAAGCGTATCAGGGAGACGAGTTTAGTGTTCCAGTGC Sbjct 1919 1860 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGAATACCTGGGCTCCGATAATGAAAGCGTATCAGGGAGACGAGTTTAGTGTTCCAGTGC Query 420 361 AGCAACTGCTGCAATACTCGGTCTCGCACAGCGATAACGTGGCCTGTGATTTGTTATTTG Sbjct 1979 1920 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AGCAACTGCTGCAATACTCGGTCTCGCACAGCGATAACGTGGCCTGTGATTTGTTATTTG Query 480 421 AACTGGTTGGTGGACCAGCTGCTTTGCATGACTATATCCAGTCTATGGGTATAAAGGAGA Sbjct 2039 1980 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| AACTGGTTGGTGGACCAGCTGCTTTGCATGACTATATCCAGTCTATGGGTATAAAGGAGA Query 540 481 CCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGTATCAAAACT Sbjct 2099 2040 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CCGCTGTGGTCGCAAATGAAGCGCAGATGCACGCCGATGATCAGGTGCAGTATCAAAACT Query 600 541 GGACCTCGATGAAAGGTGCTGCACAGATCCTGAAAAAGTTTGAGCAAAAAACACAGCTGT Sbjct 2159 2100 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGACCTCGATGAAAGGTGCTGCAGAGATCCTGAAAAAGTTTGAGCAAAAAACACAGCTGT Query 660 601 CTGAAACCTCGCAGGCTTTGTTATGGAAGTGGATGGTCGAAACCACCACAGGACCAGAGC 79 Sbjct 2219 2160 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTGAAACCTCGCAGGCTTTGTTATGGAAGTGGATGGTCGAAACCACCACAGGACCAGAGC Query 720 661 GGTTAAAAGGTTTGTTACCAGCTGGTACTGTGGTCGCACATAAAACTGGTACTTCGGGTA Sbjct 2279 2220 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGTTAAAAGGTTTGTTACCAGCTGGTACTGTGGTCGCACATAAAACTGGTACTTCGGGTA Query 780 721 TCAAAGCCGGAAAAACTGCGGCCACTAATGATTTAGGTATCATTCTGTTGCCTGATGGAC Sbjct 2339 2280 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| TCAAAGCCGGAAAAACTGCGGCCACTAATGATTTAGGTATCATTCTGTTGCCTGATGGAC Query 840 781 GGCCCTTGCTGGTTGCTGTTTTTGTGAAAGACTCAGCCGAGTCAAGCCGAACCAATGAAG Sbjct 2399 2340 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GGCCCTTGCTGGTTGCTGTTTTTGTGAAAGACTCAGCCGAGTCAAGCCGAACCAATGAAG Query 896 841 CTATCATTGCGCAGGTTGCTCAGACTGCGTATCAATTTGAATTGAAAAAGCTTTCT Sbjct 2455 2400 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| CTATCATTGCGCAGGTTGCTCAGACTGCGTATCAATTTGAATTGAAAAAGCTTTCT 80 PHỤ LỤC Các kháng sinh thuộc nhóm β-lactama chất ức chế β-lactamase (Nguồn Estapé, 2008) 81 PHỤ LỤC Nguồn gốc đặt tên β-lactamase (Jacoby, 2006) Tên β-lactamase Nguồn gốc ABA Acinetobacter baumannii ACC Ambler class C ACI Acidaminococcus fermentans ACT AmpC type ADC Acinetobacter derived cephalosporinase AER Aeromonas ARI Acinetobacter resistant to imipenem ASA Aeromonas salmonicida Asb Aeromonas sobria β-lactamase AST Nocardia asteroids BcII Bacillus cereus type II BEL Belgium extended β-lactamase BES Brazil extended spectrum BIL Bilal (tên bệnh nhân đầu tiên) BlaB β-lactamase class B BlaF β-lactamase Mycobacterium fortuitum Bla1, Bla2 β-lactamase BOR Bordetella spp BPS Burkholderia pseudomallei BRO (Branhamella) Moraxella catarrhalis BUT Buttiauxella spp CARB Carbenicillin CAU Caulobacter crescentus CAV Aeromonas caviae 82 CAZ Ceftazidime CAZ-lo Ceftazidime low activity CAZ-hi Ceftazidime high activity CblA Chromosomal β-lactamase Bacteroides uniformis class A CcrA Cefoxitin and carbapenem resistant CdiA Citrobacter diversus class A enzyme CDIV Citrobacter diversus CEP Cephalosporins CepA Chromosomal cephalosporinase Bacteroides fragilis class A CFE Citrobacter freundii CfiA Cefoxitin and imipenem resistant CfxA Cefoxitin class A CGA Chryseobacterium gleum class A CGB Chryseobacterium gleum class B CKH Chieko Kunugita Akio Hyodo (tên tác giả) CME Chryseobacterium meningosepticum CMT Complex mutant derived from TEM-1 CMY Cephamycins CphA Carbapenem hydrolyzing Aeromonas hydrophila CTX Cefotaxime CTX-M Cefotaxime, first isolated at Munich CumA or CUMA Cefuroxime and class A DES Desulfovibrio desulfuricans DHA Dhahran, Saudi Arabia 83 DJP Derived from author’s initials EBR Empedobacter brevis ERP Erwinia persicina ESP Extended-spectrum β-lactamase FAR Nocardia farcinica FEC Fecal E coli FEZ Legionella (Fluoribacter) gormanii endogenous FOX Cefoxitin FPM Fujisawa Proteus mirabilis FUR Cefuroxime GES Guiana-extended spectrum GIM German imipenemase GOB Chryseobacterium meningosepticum class B HER Escherichia hermannii HMS Hedges, Matthew, Smith (tên tác giả) HugA or HUGA Hopital Universitaire de Geneve Class A BC Integron-borne cephalosporinase MI Imipenem-hydrolyzing β-lactamase ImiS Imipenemase Aeromonas veronii bv sobria IMP Imipenem IND Chryseobacterium (Flavobacterium) indologenes IRT Inhibitor resistant TEM β-lactamase JOHN Flavobacterium johnsoniae KLUA Kluyvera ascorbata KLUC Kluyvera cryocrescens KLUG Kluyvera georgiana 84 KOXY Klebsiella oxytoca KPC K pneumoniae carbapenemase L-1 or L1 Labile enzyme from Stenotrophomonas (Pseudomonas, Xanthomonas) maltophilia LAT Tên bện nhân LCR Tên bện nhân LEN K pneumoniae strain LEN-1 LHK Laribacter hongkongensis LoxA Legionella oxacillinase LXA Cephalexin active MAL Levinea malonatica Mbl Metallo-β-lactamase MEN Tên bện nhân MET Metallo-β-lactamase MGH Massachusetts General Hospital MIR Miriam Hospital MJ Tên tác giả MOX Moxalactam MUS Myroides odoratimimus Nmc or NMC Not metalloenzyme carbapenemase NPS National pseudomonas survey OCH Ochrobactrum anthropi OHIO The state of Ohio OKP Other K pneumoniae β-lactamase ORN Raoultella ornithinolytica OXA Oxacillin OXY Klebsiella oxytoca 85 P99 Enterobacter cloacae strain P99 PC1 Staphylococcus aureus strain PC1 PCM Pseudomonas cepacia metalloenzyme I PER Pseudomonas extended resistant (và tên tác giả Patrice, Esthel Roger) PIT Tên tác giả (Pitton) PLA Raoultella planticola POX Pseudomonas oxacillinase PSE Pseudomonas-specific enzyme RAHN Rahnella aquatilis RHH Royal Hallamshire Hospital ROB Tên bệnh nhân RTG Enzyme with RTG (arginine, threonine, glycine) triad in conserved box VII SAR Southern Africa Sed Citrobacter sedlakii SFB Shewanella frigidimarina β-lactamase SFC Serratia fonticola resistant to carbapenem Sfh Serratia fonticola carbapenem hydrolase SFO Serratia fonticola SHV Sulfhydryl reagent variable SIM Seoul imipenemase SLB Shewanella livingstonensis β-lactamase Sme or SME Serratia marcescens enzyme SPM Sao Paulo metallo-β-lactamase SRT Serratia resistant to β-lactam T-5575 SST Serratia susceptible to β-lactam T-5575 86 TEM Tên bệnh nhân (Temoneira) R-TEM R plasmid origin of TEM TEM-AQ TEM enzyme from L’Aquila TEM-E TEM enzyme from Edinburgh THIN-B Janthinobacterium lividum class B TLA Tlahuicas Indians TLB Toho-1-like β-lactamase TLE TEM-like enzyme Toho Toho University School of Medicine TRC TEM enzyme resistant to clavulanic acid TRI TEM resistant to β-lactamase inhibitors TUS Myroides odoratus VEB Vietnam extended-spectrum β-lactamase VHH Vibrio harveyi strain HB3 VHW Vibrio harveyi strain W3B VIM Verona integron-encoded metallo-β-lactamase XCC Xanthomonas campestris pv campestris Ybx Product of an open reading frame of unknown function (hence Y) in position bx on the B subtilis chromosome YENT Yersinia enterocolitica YOU Youville Hospital 87 ... 60.42.80 LUẬN VĂN THẠC SĨ CÔNG NGHỆ SINH HỌC Hướng dẫn khoa học: TS BS PHẠM HÙNG VÂN Thành phố Hồ Chí Minh Tháng 11/2010 XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN GENE blaPER-1 CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII TIẾT... TRƯỜNG ĐẠI HỌC NÔNG LÂM TP HỒ CHÍ MINH ….W U X… CHÂU THỤY VY XÁC ĐỊNH SỰ HIỆN DIỆN GENE blaPER-1 CỦA VI KHUẨN ACINETOBACTER BAUMANNII TIẾT β-LACTAMASE PHỔ RỘNG Chuyên ngành: Công nghệ sinh học Mã... tài ? ?Xác định diện gene blaPER-1 vi khuẩn Acinetobacter baumannii tiết β-lactamase phổ rộng? ?? Mục tiêu chung đề tài: xác định kiểu hình kiểu gene blaPER-1 tiết ESBL vi khuẩn Acinetobacter baumannii