Phân lập và bước đầu định danh vi nấm biển từ vịnh vân phong

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC & MÔI TRƯỜNG ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC PHÂN LẬP VÀ BƯỚC ĐẦU ĐỊNH DANH VI NẤM BIỂN TỪ VỊNH VÂN PHONG Giáo viên hướng dẫn : TS PHẠM THU THỦY Sinh viên thực hiện : NGUYỄN MINH TÂN Mã số sinh viên Khánh Hòa: 2017 : 55134004 TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG BỘ MÔN: CÔNG NGHỆ SINH HỌC ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC PHÂN LẬP VÀ BƯỚC ĐẦU ĐỊNH DANH VI NẤM BIỂN TỪ VỊNH VÂN PHONG GVHD : TS PHẠM THU THỦY SVTH : NGUYỄN MINH TÂN MSSV : 55134004 Khánh Hòa, tháng 6/2017 i LỜI CAM ĐOAN Tôi xin cam đoan kết đề tài: “Phân lập bước đầu định danh vi nấm biển từ Vịnh Vân Phong” trình bày luận văn hoàn toàn trung thực, khách quan Tôi xin cam đoan giúp đỡ cho việc thực đề tài nghiên cứu hoàn thành luận văn cám ơn, các thông tin trích dẫn luận văn xác rõ nguồn gốc Khánh Hòa, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Nguyễn Minh Tân ii LỜI CẢM ƠN Trong suốt trình thực luận văn, nhận giúp đỡ nhiều tổ chức cá nhân Nhân dịp này, xin cảm ơn Ban lãnh đạo Viện Công nghệ sinh học & Môi trường, Trường Đại học Nha Trang, tạo điều kiện cho hoàn thành khóa luận tốt nghiệp đại học Đặc biệt, xin bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc đến giáo viên hướng dẫn TS Phạm Thu Thủy, Viện Công nghệ sinh học & Môi trường, Trường Đại học Nha Trang trực tiếp hướng dẫn, giúp đỡ truyền đạt cho nhiều kinh nghiệm quý báu suốt trình thực luận văn Đồng thời gửi lời cảm ơn chân thành tới PGS.TS Nguyễn Văn Duy toàn thể Quý thầy cô Bộ môn Công nghệ sinh học Bộ môn Sinh học tận tình giúp đỡ, bảo thời gian thực luận văn Tôi biết ơn gia đình, bạn bè đóng góp công sức, động viên hoàn thành luận văn Tôi xin chân thành cảm ơn! Khánh Hòa, ngày tháng năm 2017 Tác giả luận văn Nguyễn Minh Tân iii MỤC LỤC LỜI CAM ĐOAN i LỜI CẢM ƠN ii DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT vi DANH MỤC HÌNH vii DANH MỤC BẢNG viii MỞ ĐẦU CHƯƠNG I: TỔNG QUAN 1.1 Tổng quan Vịnh Vân Phong .3 1.2 Tổng quan vi nấm biển .4 1.2.1 Tổng quan nấm men 1.2.1.1 Đặc điểm hình thái, cấu tạo tế bào 1.2.1.2 Sinh trưởng dinh dưỡng .10 1.2.1.3 Hình thức sinh sản 11 1.2.1.4 Phân loại nấm men 12 1.2.2 Tổng quan nấm mốc .13 1.2.2.1 Đặc điểm hình thái, cấu tạo tế bào 13 1.2.2.2 Sinh trưởng dinh dưỡng .15 1.2.2.3 Hình thức sinh sản 15 1.2.2.4 Phân loại nấm mốc 16 1.3 Các phương pháp định danh vi nấm biển 17 1.3.1 Phương pháp quan sát hình thái 17 1.3.2 Định danh bằng giải trình tự đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 17 1.4 Các nghiên cứu nước vi nấm biển 21 1.4.1 Nghiên cứu nước 21 1.4.2 Nghiên cứu nước 21 iv CHƯƠNG II: VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP 23 2.1 Đối tượng, thời gian địa điểm nghiên cứu .23 2.1.1 Đối tượng phạm vi nghiên cứu 23 2.1.2 Thời gian địa điểm nghiên cứu 24 2.2 Dụng cụ thiết bị chuyên dụng 24 2.3 Nguyên vật liệu 24 2.3.1 Môi trường 24 2.3.2 Thuốc nhuộm 26 2.3.3 Hóa chất khác 26 2.4.1 Thu mẫu, bảo quản mẫu nước biển .28 2.4.2 Phân lập vi nấm bằng phương pháp màng lọc 29 2.4.3 Nuôi cấy bảo quản chủng vi nấm .30 2.4.4 Phương pháp quan sát bằng hình thái 31 2.4.5 Định danh bằng giải trình tự đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 .33 2.4.5.1 Tách chiết DNA tổng số nấm mốc 33 2.4.5.2 Tách chiết DNA tổng số nấm men 35 2.4.5.3 Kỹ thuật PCR khuếch đại đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 36 2.4.5.4 Kỹ thuật điện di gel Agarose 37 2.4.5.5 Giải phân tích trình tự đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 38 2.4.6 Xây dựng phát sinh loài 38 CHƯƠNG III: KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 39 3.1 Kết phân lập vi nấm bằng màng lọc .39 3.2 Phương pháp quan sát hình thái 39 3.2.1 Thành phần vi nấm biển thu Vịnh Vân Phong .39 3.2.2 Đặc điểm hình thái vi nấm biển thu Vịnh Vân Phong 40 v 3.3 Định danh bằng giải trình tự đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 51 3.3.1 Kết tách chiết DNA tổng số 51 3.3.2 Kết PCR khuếch đại đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 52 3.3.3 Kết giải phân tích đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 53 3.3.4 Kết xây dựng phát sinh loài .58 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 59 Kết luận 59 Kiến nghị 59 TÀI LIỆU THAM KHẢO 60 PHỤ LỤC vi DANH MỤC CÁC CHỮ VIẾT TẮT TÊN VIẾT TẮT ITS PCR – SSCP DGGE TGGE RFLP PCR LSU SSU DNA rDNA mtDNA RNA COI VLPs Nu TE EDTA SDS cs TÊN ĐẦY ĐỦ Internal transcribed spacer PCR – single – strand conformation polymorphism (đa hình cấu hình sợi đơn) Denaturing gradient gel electrophoresis (điện di gel gradient biến tính) Temperature gradient gel electrophoresis Restriction fragment length polymorphism (đa hình chiều dài các đoạn cắt giới hạn) Polymerase Chain Reaction Large subunit Small subunit Deoxyribonucleic Acid Ribosome Deoxyribonucleic Acid Mitochondrial Deoxyribonucleic Acid Ribonucleic Acid Cytochrome Oxydase Virus-Like Particles Nucleotide Tris – EDTA Ethylene Diamine Triacetic Acid Sodium Dodecyl Sulfate Cộng vii DANH MỤC HÌNH Hình 1.1 Bản đồ vị trí địa lý Vịnh Vân Phong .3 Hình 1.2 Một số hình thái tế bào nấm men .7 Hình 1.3 Sơ đồ cấu tạo tế bào nấm men Hình 1.4 Tế bào nấm sợi có vách ngăn 13 Hình 1.5 Cấu tạo tế bào nấm mốc .14 Hình 1.6 Sơ đồ hệ gen rDNA nhân vi nấm .18 Hình 2.1 Ba khu vực thu mẫu thuộc Vịnh Vân Phong Google Earth .23 Hình 2.2 Sơ đồ cách tiếp cận tổng quát đề tài 28 Hình 2.3 Thiết bị lấy mẫu nước nằm ngang (Wildco, Mỹ) 29 Hình 3.1 Kết tách chiết DNA tổng số chủng nấm men, nấm mốc 52 Hình 3.2 Kết PCR đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 chủng vi nấm 53 Hình 3.3 Cây phát sinh loài từ phương pháp phân tích Neighbor Joining với bootstrap 1000 lần dựa đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2 chủng vi nấm biển vịnh Vân Phong chủng tương đồng gần chúng (Mã số gen thể ngoặc đơn) .58 viii DANH MỤC BẢNG Bảng 1.1 Phân loại giới nấm (Eumycota) Bảng 2.1 Thông tin khu vực lấy mẫu 23 Bảng 2.2 Thông tin cặp mồi ITS1F_KYO2/ITS4 36 Bảng 3.1 Mật độ số lượng chủng vi nấm biển phân lập từ Vịnh Vân Phong 39 Bảng 3.2 Hình thái nấm men thu từ vị trí thuộc Vịnh Vân Phong 40 Bảng 3.3 Hình thái nấm mốc thu từ vị trí thuộc Vịnh Vân Phong 47 Bảng 3.4 Tổng kết sơ số lượng chủng bằng phân tích hình thái 51 Bảng 3.5 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng TB3Y với các chủng gần Genbank 53 Bảng 3.6 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng TB6Y với các chủng gần Genbank 54 Bảng 3.7 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng TB10M với các chủng gần Genbank 55 Bảng 3.8 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng DM4Y với các chủng gần Genbank 55 Bảng 3.9 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng DM5Y với các chủng gần Genbank 56 Bảng 3.10 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng DM8Y với các chủng gần Genbank 57 Bảng 3.11 Kết so sánh trình tự đoạn gen ITS chủng DM11M2 với các chủng gần Genbank 57 59 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ Kết luận Từ mẫu nước biển thu vị trí (bãi tắm Dôc Lết, cửa sông Tu Bông, cảng sò Đầm Môn) vịnh Vân Phong, phân lập 36 chủng vi nấm biển bao gồm 27 chủng nấm men, chủng nấm mốc Thông qua nghiên cứu hình thái khuẩn lạc tế bào, kết cho thấy có 27 chủng vi nấm biển có các đặc điểm hình thái khác biệt mô tả Thông qua khuếch đại giải trình tự đoạn gen ITS1–5,8S–ITS2, bước đầu định danh chủng vi nấm biển thuộc loài thuộc chi khác Cụ thể chủng TB3Y, TB6Y, TB10M, DM4Y, DM5Y, DM8Y, DM11M2 có quan hệ tiến hóa gần gũi với các loài tương ứng sau: Meyerozyma caribbica, Candida akabanensis, Aspergillus niger, Pichia kudriavzevii, Rhodotorula diobovata, Candida blankii, Aspergillus aculeatus Xây dựng phát sinh loài chủngvi nấm biển vịnh Vân Phong dựa thị gen ITS1–5,8S–ITS2 rDNA Kết cho thấy gần gũi tiến hóa các chủng định danh với các chủng Genbank Kiến nghị Tiếp tục định danh toàn các chủng vi nấm còn lại Nghiên cứu định danh các chủng đến loài Nghiên cứu các đặc điểm sinh học hoạt tính sinh enzyme ngoại bào: amylase, protease…của các chủng 60 TÀI LIỆU THAM KHẢO Tài liệu tiếng Việt Khưu Phương Yến Anh (2007) Nghiên cứu khả sinh enzyme cellulose số chủng nấm sợi phân lập từ rừng ngập mặn Cần Giờ Luận văn Thạc sĩ Sinh học Trường Đại học Sư phạm Tp Hồ Chí Minh Nguyễn Văn Bá (2005) Giáo trình môn nấm học Viện Nghiên cứu Phát triển Công nghệ Sinh học, Trường Đại học Cần Thơ Nguyễn Lân Dũng (2009) Vi sinh vật học Nxb Giáo Dục Nguyễn Lân Dũng (2012) Vi sinh vật học Phần I: Thế giới vi sinh vật Nxb Khoa học Kỹ thuật Đỗ Mạnh Hào Phạm Thế Thư (2010) Một số kết nghiên cứu vi sinh vật vùng ven biển Hải Phòng Tạp chí Khoa học Công nghệ biển T10, 1, 51-65 Mai Thị Hằng (2002) Tổng kết kết nghiên cứu tính đa dạng vai trò nhóm nấm sợi phân lập từ số RNM hai tỉnh Nam Đinh Thái Bình Đánh giá vai trò VSV hệ sinh thái RNM, pp 86-97 Nguyễn Thị Lan Hương (2009) Tuyển chọn khảo sát khả sinh amylase số chủng nấm sợi từ RNM Cần Giờ Tp Hồ Chí Minh Luận văn Thạc sĩ Sinh học Trường Đại học Sư Phạm Tp Hồ Chí Minh Nguyễn Đình Luyện, Trần Thị Hồng Hà, Trần Thị Như Hằng, Lê Hữu Cường, Vũ Đình Giáp, Đỗ Hữu Nghị, Phạm Quốc Long, Nguyễn Hoài Nam, Lê Mai Hương (2012) Khảo sát sơ hoạt tính kháng vi sinh vật số chủng nấm phân lập từ mẫu sinh vật biển Việt Nam Proceedings of the International Conference on “Bien Dong 2012”, pp 448-455 Nguyễn Đức Lượng, Phan Thị Huyền, Nguyễn Ánh Tuyết (2006) Thí nghiệm Công nghệ Sinh học Tập 2: Thí nghiệm vi sinh vật học Nxb Đại học Quốc gia Tp Hồ Chí Minh 10 Đặng Vũ Hồng Miên (2015) Hệ nấm mốc Việt Nam Nxb Khoa học Kỹ thuật 11 Lương Đức Phẩm (2005) Nấm men công nghiệp Nxb Khoa học Kỹ thuật 61 12 Trần Thanh Thản (2011) Đánh giá trạng đa dạng sinh học cảnh quan khu vực vịnh Vân Phong phục vụ ứng cứu cố tràn dầu Luận văn Thạc sĩ sinh học Trường Đại học Khoa học Tự nhiên, Đại học Quốc gia Hà Nội 13 Nguyễn Xuân Thành, Nguyễn Bá Hiển, Hoàng Hải, Vũ Thị Hoan (2005) Giáo trình vi sinh vật học công nghiệp Nxb Giáo Dục Tài liệu tiếng Anh 14 Andreakis N., Hoj L., Kearns., Hall M.R., Ericson G., Cobboa R.E., Gordonob B.R., and Evans-Illidge E., (2015) Diversity of Marine-Derived Fungal Cultures Exposed by DNA Barcodes: The Algorithm Matters PLoS ONE, 10 (8), e0136130 15 Arfi Y., Marchand C., Wartel M., Record E., (2012) Fungal diversity in anoxic–sulfidic sediments in a mangrove soil Fung Ecol, 5, 282–285 16 Arora D.K., and Khachatourians G.G., (2003).Applied mycology and biotechnology Volume 3: Fungal genomics Elsevier 17 Bass D., Howe A., Brown N., Barton H., Demidova M., Michelle H., Li L., Sanders H., Watkinson S.C., Willcock S., and Richards T.A., (2007) Yeast forms dominate fungal diversity in the deep oceans P Roy Soc B-Biol Sci, 274, 3069–3077 18 Begerow D., Nilsson H., Unterseher M., and Maier W., (2010) Current state and perspectives of fungal DNA barcoding and rapid identification procedures Appl Microbiol Biotechnol, 87, 99–108 19 Blunt J.W., Copp B.R., Keyzers R.A., Munro M.H.G., and Prinsep, M.R., (2014) Marine natural products Natural product reports, 31(2), 160–258 20 Chen Y.S., Yanagida F., and Chen L.Y., (2009) Isolation of marine yeasts from coastal waters of northeastern Taiwan Aquat Biol, 8, 55–60 21 Cury J.C., Araujo F.V., Coelho-Souza S.A., Peixoto R.S., Oliveira J.A.L., Santos H.F., Davila A.M.R., Rosado A.S., (2011) Microbial diversity of a Brazilian coastal region influenced by an upwelling system and anthropogenic activity PloS ONE, 6, e16553 22 Damare V., and Raghukumar S., (2008) Abundance of thraustochytrids and bacteria in the equatorial Indian Ocean, in relation to transparent exopolymeric particles (TEPs) FEMS Microbiol Ecol, 65, 40–49 62 23 Deacon J., (2006) Fungal biology 4th edition Blackwell Institute of Cell and Molecular Biology, University of Edinburgh, UK 24 Doan C.D.P., Sano A., Tamaki H., Pham H.N.D and Terashima Y., (2016) Comparison of distribution of oil-degrading filamentous fungi on subtropical Iriomote Island, Japan, and tropical Con Dao Island, Vietnam Tropics, 25 (2), 67–76 25 Gao Z., Li B., Zheng C., and Wang G., (2008) Molecular detection of fungal communities in the Hawaiian marine sponges Suberites zeteki and Mycale armata Appl Environ Microbiol, 74, 6091–6101 26 Gao Z., Johnson J., Wang G., (2010) Molecular characterization of the spatial diversity and novel lineages of mycoplankton in Hawaiian coastal waters The ISME Journal, 4, 111–120 27 Gutiérrez M.H., Pantoja S., Quiñones R.A., and González R.R., (2010) First record of filamentous fungi in the coastal upwelling ecosystem off central Chile.Gayana, 74, 66–73 28 Hawksworth D.L., (1991) The fungal dimension of biodiversity: magnitude, significance, andconservation Mycol Res, 95 (6), 641–655 29 Hill J., Nelson E., Tilman D., Polasky S and Tiffany D., (2006) Environmental, economic, and energetic costs and benefits of biodiesel and ethanol biofuels Proc Natl Acad Sci USA, 103, 11206–11210 30 Jones E.B.G and Marina B., (2011) Are there more marine fungi to be described? Bot Mar, 54, 343–354 31 Jones E.B.G., Sutrong S., Sakayaroj J., Bahkali A.H., Wahab M.A A., Boekhout T., Pang L.K., (2015) Classification of marine Ascomycota, Basidiomycota, Blastocladiomycota and Chytridiomycota Fungal Diversity, 73 (1): 1–72 32 Kaul S., Gupta S., Ahmed M., and Dhar M.K., (2013) Endophytic fungi from medicinal plants: a treasure hunt for bioactive metabolites Phytochem Rev, 11, 487–505 33 Kidd S., Halliday C., Alexiou H., and Ellis D., (2016) Descriptions Of Medical Fungi Third Edition Pfizer Australia 63 34 Kirowboe T., and Jackson G.A., (2001) Marine snow, organic solute plumes, and optimal sensory behaviour of bacteria Limnol Oceanogr, 46, 1309–1318 35 Kubanek J., Jensen P.R., Keifer P.A., Sullards M.C., Collins D.O., Fenica F., (2003) Seaweed resistance to microbial attack: a targeted chemical defense against marine fungi Proc Natl Acad Sci USA, 100, 6916–6921 36 Kullman B., (2014) Estimation of fungal genome size by flow cytometry ResearchGate, pp 1–3 37 Lai X., Cao L., Tan H., Fang S., Huang Y., and Zhou S., (2007) Fungal communities from methane hydrate-bearing deepsea marine sediments in South China Sea ISME J , 1, 756–762 38 Li Li., Singh P., Liu Y., Pan S., and Wang G., (2014) Diversity and biochemical features of culturable fungi from the coastal waters of Southern China AMB Express , 4, 1–13 39 Manohar C.S., and Raghukumar C., (2013) Fungal diversity from various marine habitats deduced through culture-independent studies FEMS Microbiol Lett, 341, 69–78 40 Matsushika A., Watanabe S., Kodaki T., Makino K., and Sawayama S., (2008) Bioethanol production from xylose by recombinant Saccharomyces cerevisiae expressing xylose reductase, NADP(+)-dependent xylitol dehydrogenase, and xylulokinase J Biosci Bioeng, 105, 296–299 41 Nagahama T., Takahashi E., Nagano Y., Wahab M.A.A., and Miyazaki M., (2011) Molecular evidence that deep-branching fungi are major fungal components in deep-sea methane cold-seep sediments Environ Microbiol, 13, 2359–2370 42 Nagano Y., Nagahama T., Hatada Y., Nunoura T., Takami H., Miyazaki J., Takai J., Horikoshi K., (2010) Fungal diversity in deep-sea sediments – the presence of novel fungal groups Fung Ecol, 3, 316–325 43 Noor Ifatul H.M.D., Lee H.Y., Nazamid S., Wan Norhana M N., and Mahyudin N.A., (2016) In vitro antibacterial activity of marine-derived fungi isolated from Pulau Redang and Pulau Payar Marine Parks, Malaysia against selected food–borne pathogens International Food Research Journal, 23(6), 2681–2688 64 44 Pang K.L., Mitchell J.I., (2005) Molecular approaches for assessing fungal diversity in marine substrata Bot Mar, 48 (5,6): 332–347 45 Radulovici A.E., Archambault P., and Dufresne F., (2010) DNA Barcodes for Marine Biodiversity: Moving Fast Forward? Diversity, 2, 450–472 46 Redecker D., (2002) New views on fungal evolution based on DNA markers and the fossil record Research in Microbiology, 153, 125–130 47 Richards A.T., Jones M.D.M., Leonard G., and Bass D., (2012) Marine fungi: their ecology and molecular diversity Ann Rev Mar Sci, 4, 495–522 48 Schoch C.L., Seifertb K.A., Huhndorfc S., Robertd V., Spougea J.L., Levesqueb C.A., Chenb W., Consortiuma F.B., (2012) Nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region as a universal DNA barcode marker for Fungi PNAS, 109, 6241–6246 49 Singh P., Raghukumar C., Verma P., and Shouche Y., (2011) Fungal Community Analysis in the Deep–Sea Sediments of the Central Indian Basin by Culture–Independent Approach Microb Ecol, 61, 507–517 50 Singh P., Raghukumar C., Verma P., and Shouche Y., (2012a) Assessment of fungal diversity in deep–sea sediments by multiple primer approach World J Microbiol Biotechnol, 28, 659–667 51 Singh P., Raghukumar C., Verma P., and Shouche Y., (2012b) Diversity and ecology of marine–derived fungi Marine Fungi and Fungallike Organisms, pp 383–408 52 Thaler A.D.,Van Dover C.L.,Vilgalys R., (2012) Ascomycete phylotypes recovered from a Gulf of Mexico methane seep are identical to an uncultured deep–sea fungal clade from the Pacific Fung Ecol, 5, 270–273 53 Thomas T., Rusch D., DeMaere M.Z., Yung P.Y., Lewi M., Halpern A., Heidelberg K.B., Egan S., Steinberg P.D., and Kjelleberg S., (2010) Functional genomic signatures of sponge bacteria reveal unique and shared features of symbiosis The ISME journal, (12), 1557–67 54 Tisdall J.M., and Oades J.M., (1982) Organic matter and water-stable aggregates in grassland soils J Soil Sci, 33, 141–163 65 55 Toju H., Tanabe A.S., Yamamoto S., Sato H., (2012) High-Coverage ITS primers for the DNA-Based identification of Ascomycetes and Basidiomycetes in environmental samples PLoS ONE, 7(7), e40863 56 Wang G., and Johnson Z., (2009) Impact of parasitic fungi on the diversity and functional ecocology of marine phytoplankton In: Kersey TW, Munger SP (eds) Marine Phytoplankton Nova Science Publishers, Hauppauge, NY, pp 211–228 57 Wegley L., Edwards R., Rodriguez-Brito B., Liu H., and Rohwer F., (2007) Metagenomic analysis of the microbial community associated with the coral Porites astreoides Environ Microbiol, 9, 2707–2719 58 White T.J., (1990) Amplification and direct sequencing of fungi ribosomal RNA genes for phylogenetics PCR protocol: A Guide to Methods and Applications, 18, 315–322 59 Xu J., (2016) Fungal DNA barcoding Génome, 59(11), 913–932 60 Zhan J., Pettway R.E., and McDonald B.A., (2002) The global genetic structure of the wheat pathogen Mycosphaerella graminicola is characterized by high nuclear diversity, low mitochondrial diversity, regular recombination, and gene flow Fungal Genetics and Biology, 38, 286–297 61 Zhang Y., Zhang S., Wang M., Bai F., Liu X., (2010) High diversity of the fungal community structure in naturally-occurring Ophiocordyceps sinensis PLoS ONE, 5(12), e15570 62 Zettler L.A, Baross J., Bharathi L., Boetius A., (2010) A global census of marine microbes Life in the World’s Oceans: Diversity, Distribution and Abundance Oxford: Blackwell Publishing Ltd, pp 223–45 Tài liệu website 63 http://www.biocourseware.com/iphone/cell/index_pad.htm 64 https://www.slideshare.net/minhthu12/gioi-thieu-ve-van-phong 65 https://www.quora.com/What-is-the-anatomy-of-fungi-cells 66 http://3bscitech.com.vn/thiet-bi-lay-mau-nuoc-dang-dung-hang-co-san-1-11175497.html 67 David Moore (2016) 66 http://davidmoore.org.uk/Assets/Mostly_Mycology/Jon_Dixon/kingdom_fungi.htm 68 Mycobank.org PHỤ LỤC Kết gióng hàng trình tự đoạn gen ITS chủng vi nấm biển nghiên cứu chủng có độ tương đồng gần với chúng Genbank ... mẫu nước biển ven bờ thu Vịnh Vân Phong Bước đầu định danh các chủng vi nấm phân lập Nội dung nghiên cứu − Thu mẫu nước biển ven bờ vị trí khác thuộc Vịnh Vân Phong − Phân lập vi nấm biển bằng... Riêng Vịnh Vân Phong chưa có công trình vi nấm biển phù du ven bờ Chính tính đa dạng, tiềm ứng dụng lớn có nhiều tính mới nên định thực đề tài Phân lập bước đầu định danh vi nấm biển từ Vịnh Vân. ..TRƯỜNG ĐẠI HỌC NHA TRANG VI ̣N CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ MÔI TRƯỜNG BỘ MÔN: CÔNG NGHỆ SINH HỌC ĐỒ ÁN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC PHÂN LẬP VÀ BƯỚC ĐẦU ĐỊNH DANH VI NẤM BIỂN TỪ VỊNH VÂN PHONG GVHD : TS PHẠM