KHẢO SÁT TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ PHÂN TÍCH HÀM LƯỢNG DẦU CỦA MỘT SỐ DÒNG CỌC RÀO ( JATROPHA CURCAS L.)

ĐẠI HỌC QUỐC GIA THÀNH PHỐ HỒ CHÍ MINH TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN NGUYỄN THỊ LÀI KHẢO SÁT TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ PHÂN TÍCH HÀM LƯỢNG DẦU CỦA MỘT SỐ DÒNG CỌC RÀO ( JATROPHA CURCAS L.) Chuyên ngành: DI TRUYỀN HỌC Mã số: 60 42 70 LUẬN VĂN THẠC SĨ KHOA HỌC SINH HỌC NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: PGS TS BÙI VĂN LỆ & TS THÁI XUÂN DU TP HỒ CHÍ MINH - 2010 i LỜI CẢM ƠN Em muốn dành lời luận văn để gởi lời cảm ơn sâu sắc tới thầy, PGS TS Bùi Văn Lệ, TS Thái Xuân Du tất thầy dành cho em suốt năm tháng qua Cảm ơn hai thầy định hướng, giúp đỡ hỗ trợ em học tập, nghiên cứu sống Em xin chân thành cảm ơn thầy cô Khoa Sinh, Ngành Di Truyền, Bộ môn Công nghệ Sinh học Chuyển gen trường Đại học Khoa học Tự nhiên Tp HCM kiến thức chuyên ngành mà thầy cô trau dồi cho em suốt năm cao học Em xin chân thành cảm ơn anh chị phịng Cơng nghệ tế bào thực vật, Viện Sinh học Nhiệt Đới Tp HCM cung cấp nguồn vật liệu thí nghiệm cho q trình thực đề tài Em xin gởi lời cảm ơn cô Th.sĩ Cung Hoàng Phi Phượng, Th.sĩ Kiều Phương Nam, Th.sĩ Quách Ngô Diễm Phương, Th.sĩ Bùi Lan Anh Và xin gởi lời cảm ơn đến em Trần Lê Lưu Ly, Trần Minh Tuấn thuộc phịng Cơng nghệ Thực vật Chuyển gen trường Đại học Khoa học Tự nhiên Tp HCM giúp đỡ, động viên em suốt trình thực đề tài Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học ii MỤC LỤC Lời cảm ơn i Mục lục ii Danh mục ký hiệu, chữ viết tắt v Danh mục bảng vi Danh mục hình vẽ, đồ thị vii MỞ ĐẦU Chương 1: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Giới thiệu Cọc rào 1.1.1 Vị trí phân loại 1.1.2 Nguồn gốc 1.1.3 Đặc điểm sinh học 1.1.3.1 Hình thái đặc tính thực vật 1.1.3.2 Điều kiện sinh thái 1.1.4 Thành phần hóa học Cọc rào 1.1.4.1 Thành phần hóa học 1.1.4.2 Thành phần độc tố 10 1.1.5 Công dụng tổng hợp Cọc rào 13 1.1.5.1 Nhựa mủ 13 1.1.5.2 Lá, vỏ rễ 14 1.1.5.3 Hạt dầu 14 1.1.6 Cọc rào nhiên liệu sinh học 14 1.2 Sự đa dạng di truyền 17 1.2.1 Biến dị di truyền cấu trúc di truyền 18 1.2.2 Dòng chảy gen 19 1.2.3 Ý nghĩa đa dạng di truyền 19 1.3 Những phương pháp nghiên cứu đa dạng sinh học thực vật 20 1.3.1 Marker di truyền 20 1.3.2 DNA marker 21 1.3.3 RAPD – Random amplified polymorphic DNA 21 1.3.4 Ứng dụng nghiên cứu tính đa hình DNA xây dựng phát sinh loài 22 1.3.4.1 Một số thuât ngữ 22 1.3.4.2 Các phương pháp chủ yếu xây dựng phát sinh loài 23 1.4 Ứng dụng kỹ thuật RAPD nghiên cứu di truyền Cọc rào 24 1.4.1 Các nghiên cứu giới 24 1.4.2 Các nghiên cứu Việt Nam 24 Chương 2: Vật liệu phương pháp 26 Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học iii 2.1 Vật liệu, trang thiết bị hóa chất 26 2.1.1 Vật liệu nghiên cứu 26 2.1.1.1 Hạt Cọc rào 26 2.1.1.2 Lá Cọc rào 27 2.1.2 Dụng cụ thiết bị dùng nghiên cứu 27 2.1.2.1 Dụng cụ 27 2.1.2.2 Thiết bị 27 2.1.3 Hóa chất 28 2.1.3.1 Hóa chất tách chiết DNA 28 2.1.3.2 Hóa chất điện di 29 2.1.3.3 Hóa chất phản ứng PCR 29 2.1.3.4 Thang DNA 30 2.2 Phương pháp nghiên cứu 30 2.1 Các phương pháp tách chiết tinh DNA 30 2.2.2 Các tiêu đánh giá sản phẩm DNA thu sau tách chiết 32 2.2.3 Thiết lập phản ứng RAPD 33 2.2.3.1 Chương trình phản ứng RAPD 33 2.2.3.2 Thành phần phản ứng RAPD 33 2.2.3.3 Tối ưu hóa thành phần phản ứng RAPD 33 2.2.4 Phân tích kết đa hình từ phản ứng RAPD 34 2.2.4.1 Phân tích kết đa hình cá thể Cọc rào 34 2.2.4.2 Phân tích khoảng cách di truyền ba quần thể Cọc rào: Bình Thuận, Ninh Thuận Thành phố Hồ Chí Minh 35 2.2.5 Phương pháp phân tích hàm lượng dầu thành phần acid béo hạt Cọc rào 35 2.2.5.1 Phương pháp AOCS Aa 4-38 35 2.2.5.2 Phương pháp AOCS Ce 1e-91 36 Chương : Kết biện luận 38 3.1 Kết khảo sát trình tách chiết DNA 38 3.2 Tối ưu hóa phản ứng RAPD 40 3.2.1 Khảo sát nồng độ Dntp 41 3.2.2 Khảo sát nồng độ DNA lam mạch khuôn 41 3.2.3 Khảo sát nồng độ mồi 42 3.2.4 Khảo sát nồng độ Mg2+ 43 3.2.5 Khảo sát nồng độ Tag polymerase 44 3.3 Đa dạng di truyền Cọc rào qua khảo sát kỹ thuật RAPD 46 3.3.1 Kết đa hình thu sau phản ứng RAPD-PCR 46 3.3.1.1 Sàng lọc mồi 46 3.3.1.2 Kết khuếch đại DNA 46 Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học iv 3.3.2 Tương quan di truyền mẫu khảo sát dựa hệ số tương ứng đơn giản (SM coefficient) 52 3.3.3 Phân nhóm di truyền mẫu Cọc rào khảo sát 53 3.3.4 Khảo sát tính đa dạng cấu trúc di truyền dòng Cọc rào Bình Thuận, Ninh Thuận Thành phố Hồ Chí Minh 58 3.3.4.1 Tính đa dạng cấu trúc di truyền quần thể Cọc rào 62 3.3.4.2 Tương quan di truyền quần thể Cọc rào khảo sát dựa khoảng cách di truyền 64 3.4 Phân tích hàm lượng dầu thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào 65 3.4.1 Phân tích hàm lượng dầu hạt Cọc rào 65 3.4.2 Phân tích thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào 66 3.4.3 So sánh hàm lượng dầu acid béo mẫu AĐ AĐ/F1 71 Chương 4: Kết luận đề nghị 73 4.1 Kết luận 73 4.2 Đề nghị 75 TÀI LIỆU THAM KHẢO PHỤ LỤC Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học MỞ ĐẦU Cùng với phát triển kinh tế toàn cầu, nhu cầu lượng nhiên liệu ngày tăng nhiên liệu dùng cho giao thông Trong nguồn lượng dầu mỏ cạn kiệt Theo dự báo nhà khoa học, đến khoảng năm 2050-2060, khơng tìm nguồn lượng thay thế, giới lâm vào cảnh khủng hoảng lượng nghiêm trọng [3] Việc tiêu thụ khối lượng khổng lồ dầu mỏ giai đoạn đã, gây nên hậu khủng khiếp môi trường, sức khoẻ Hiệu ứng nhà kính lượng khí cacbonnic thải từ việc đốt cháy dầu mỏ làm cho trái đất nóng dần lên [82] Quá tải chế điều hịa khí hậu khiến nước biển dâng lên, bão tố, hạn hán, lũ lụt tăng tần suất cường độ Khí thải từ dầu khí nhân tố quan trọng làm tăng tỷ lệ ung bướu, bệnh tim mạch, bệnh hô hấp… Do vậy, nhiều quốc gia giới có sách kết hợp việc sử dụng tiết kiệm hiệu dạng lượng có với sách sử dụng dạng lượng thân thiện môi trường [82] Có nhiều nguồn lượng đề xuất khai thác lượng mặt trời, lượng gió, thủy triều, sử dụng nguyên liệu hydro … Và khoảng 30 năm trở lại đây, hướng sử dụng dầu diesel sinh học (biodiesel) nhằm thay phần nguồn nhiên liệu hóa thạch Biodiesel chiết xuất hoàn toàn từ thực vật hạt cải dầu (Mỹ), hạt hướng dương (Ý Miền nam nước Pháp), đậu nành (Mỹ Braxil), hạt (Hy Lạp), dầu cọ (Malaysia) từ hạt Cọc Rào (Nicaragoa Nam Mỹ) [10] Cây Cọc rào du nhập vào Việt Nam từ lâu, sử dụng làm thuốc chữa bệnh, trồng làm hàng rào hạt sử dụng để thắp sáng [3]… So với khác, Cọc rào có ưu điểm vượt trội hẳn loài cho dầu khác khả chống chịu với điều kiện bất lợi mơi trường Ngồi sử dụng hạt để lấy dầu, việc trồng giúp cải tạo đất môi trường vùng đất hoang, khô cằn, nghèo dinh dưỡng [10] Cây Cọc rào Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học mang lại lợi ích kinh tế gắn chặt với đời sống thu nhập cộng đồng nông thôn, giúp người nơng dân xóa đói giảm nghèo vùng đất bỏ hoang mà nhiều trồng khác không phát triển [6] Qua điều tra thực tế Việt Nam cho thấy, Cọc rào mọc hoang dại tự nhiên độ cao tới 1000 m mặt biển, chúng có mặt hầu hết tỉnh Có giống có hàm lượng dầu đạt 40% huyện Đức Trọng, tỉnh Lâm Đồng Sự phong phú mặt phân bố có ý nghĩa đặc biệt quan trọng công tác bảo tồn nguồn gen Cọc rào việc tuyển chọn tạo giống [3] Hiện có nhiều cơng ty nước ngồi nước đầu tư trồng khai thác hạt nhiều tỉnh thành nước ta Nhưng theo nhiều nghiên cứu cho thấy Cọc rào nước ta hoang dại, nửa hoang dại, chuyển thành trồng thời gian ngắn Tài liệu nghiên cứu cịn q sơ sài, khía cạnh kinh tế [4] Nước ta chưa có giống tuyển chọn suất cao công nhận phổ biến cho sản xuất Cây Cọc rào trồng đại trà nhiều vùng với nguồn giống nhập từ nước thu thập từ địa phương nước chưa qua khảo nghiệm, thiếu kiểm nghiệm [4] Phương pháp nhân giống chủ yếu theo lối cổ truyền cách gieo hạt giâm cành, tính đa dạng di truyền dòng Cọc rào hàm lượng dầu thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào điều đáng quan tâm lĩnh vực bảo tồn khai thác nguồn tài nguyên Mức đa dạng di truyền quần thể cao quần thể có khả sống sót trước biến đổi điều kiện mơi trường Tính đa dạng di truyền quần thể giúp nhà chọn giống có nhiều lựa chọn việc chọn nguồn giống có suất hàm lượng dầu cao phục vụ cho công tác nghiên cứu cho sản xuất Ngoài ra, việc sử dụng marker phân tử để đánh giá đa dạng di truyền quần thể Cọc rào giúp nhà chọn giống xác định giống địa phương giống nhập từ nước Dựa vào kết nghiên cứu đa dạng di truyền hàm lượng dầu thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào, bước đầu chọn kĩ thuật RAPD - PCR để khảo sát tính đa dạng di truyền cá thể Cọc rào Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học khảo sát mức đa dạng di truyền cấu trúc di truyền dòng Cọc rào thu thập được, phương pháp AOCS Aa – 38 để phân tích hàm lượng dầu phương pháp AOCS Ce 1e-91 để phân tích thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào thông qua đề tài “KHẢO SÁT TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ PHÂN TÍCH HÀM LƯỢNG DẦU CỦA MỘT SỐ DÒNG CỌC RÀO ( Jatropha curcas L.)” Mục tiêu đề tài: Khảo sát mối quan hệ di truyền số cá thể Cọc rào thu thập tỉnh: Ninh Thuận, Bình Thuận, Phú n, Khánh Hịa, Lâm Đồng, Tp Hồ Chí Minh hai giống nhập ngoại từ Ấn Độ Thái Lan kỹ thuật RAPD: ● Khảo sát mức độ tương quan di truyền cá thể Cọc rào ● Khảo sát mức đa dạng di truyền cấu trúc di truyền ba dòng Cọc rào tỉnh Bình Thuận, Ninh Thuận Thành phố Hồ Chí Minh Phân tích hàm lượng dầu thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào thu thập Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học CHƯƠNG TỔNG QUAN TỔNG QUAN 1.1 Giới thiệu Cọc rào 1.1.1 Vị trí phân loại [68] Giới : Plantae Ngành : Magnoliophyta Lớp : Magnoliopsida Bộ : Euphorbiale Họ : Euphorbiaceae Chi : Jatropha Lòai : Curcas Tên khoa học : Jatropha curcas L (Linnaeus 1753) Hình 1.1: Cây Cọc rào (Jatropha curcas L.) [75] Tên Jatropha có nguồn gốc từ tiếng Hy Lạp, ghép từ hai chữ Jatros (bác sĩ) Trophe (thức ăn), ám công dụng làm thuốc [68] Curcas tên gọi thông thường Tuy nhiên, quốc gia tên gọi có khác: Anh thường gọi Physic nut, Pháp thường gọi Pourghère [68], Trung Quốc Ma Phong Tiểu Đồng tử Ở Việt Nam, gọi nhiều tên khác tùy theo địa phương Cọc giậu, Đậu cọc rào, Cọc rào, Cây li, Ba đậu nam, Dầu mè [10]… 1.1.2 Nguồn gốc Cọc rào (Jatropha curcas L.) có lịch sử 70 triệu năm Có nhiều chứng cho thấy, có nguồn gốc từ Mexico Trung Mỹ Cọc rào thủy thủ người Bồ Đào Nha đưa sang đảo Cape Verde vào kỉ thứ 16, lan sang nhiều quốc gia Châu Phi, Châu Á sau trồng Tổng Quan Luận Văn Thạc sĩ Sinh học nhiều nước, trở thành địa khắp nước nhiệt đới, cận nhiệt đới toàn giới [35] Từ năm 1991, Giáo sư người Đức Klause Becker Trường Đại học Stuttgart nhận đơn đặt hàng Tập đoàn Daimler Chrysler hợp tác với hãng tư vấn Áo tiến hành nghiên cứu Jatropha Nicaragua để làm nguyên liệu sản xuất diesel sinh học, từ dấy lên sốt Jatropha phạm vi toàn cầu Hiện nay, nhiều nước giới chạy đua phát triển này, nước Ấn Độ, Trung Quốc, Thái Lan, Malaixia, Indonexia, Philippin, Mianma nhiều nước Châu Phi, nhằm phục vụ nhu cầu lượng chỗ xuất [10] Cọc rào có mặt Việt Nam từ trước kỷ XIV Mọc hoang dại tự nhiên, chúng có mặt hầu hết tỉnh thành nước Cho đến trồng rải rác nhiều địa phương: Đức Trọng, Bắc Bình, Lạng Sơn, Ninh Thuận, Bình Thuận, Ninh Sơn, Thanh Hóa, Lào Cai, Đồng Nai, Thành phố Hồ Chí Minh [6] 1.1.3 Đặc điểm sinh học 1.1.3.1 Hình thái đặc tính thực vật Cọc rào thân bụi gỗ mềm, thân thẳng cao khoảng – m với tán rộng, vòng đời 50 năm Trong điều kiện chăm sóc tốt, cao từ – 10 m sống lâu Trong thực tế để tiện thu họach, người ta thường cắt cành, tạo tán cho cao khoảng – m Cành non mập mọng nước, nhựa màu trắng sữa hay màu vàng nhạt Cây rậm lá, to có màu xanh, hình ovan hình trái tim dài cm - 16 cm, rộng 5cm - 10cm, chẻ thùy - thùy cạn Cuống dài cm - 23 cm Lá mọc theo kiểu xen kẽ, xếp luân phiên nhau, thường tập trung nhiều [68] Tổng Quan Luận Văn Thạc sĩ Sinh học Genetic Resources and Crop Evolution 55: 803-809 [33] GOHIL R H , PANDYA J B., (2009) Genetic evaluation of Jatropha (Jatropha Curcas linn.) genotypes J Agric Res., 47(3): 221-228 [34] GUPTA S., SRIVASTAVA M., MISHR G P., NAIK P K., CHAUHAN R S., TIWARI S K., MEETUL KUMAR AND RAGHWENDRA SINGH, (2008) Analogy of ISSR and RAPD markers for comparative analysis of genetic diversity among different Jatropha curcas genotypes African Journal of Biotechnology (23): 4230-4243 [35] HELLER, J., (1996) Physic nut International Plant Genetic Resources Institute [36] HENNING REINHARD K., Jatropha curcas L in Africa (available at http:/ /www.underutilized- species.org/Documents/PUBLICATIONS/jatropha_ curcas_ afr ica.pdf) [37] HERRERA J M., AYALA A L M., MAKKAR H., FRANCIS G AND BECKER K., (2010) Agroclimatic Conditions, Chemical and Nutritional Characterization of Different Provenances of Jatropha curcas L from Mexico European Journal of Scientific Research 39 (3): 396-407 [38] IKBAL, BOORA K S., DHILLON R S., (2010) Evaluation of genetic deversity in Jatropha curcas L using RAPD markers India Journal and biotechnology 9: 50- 57 [39] IUPAC, (1987) Standard methods for analysis of oils, fats and derivatives Blackwell scientific publications 7th edition (1987), Great Britain [40] IUPAC, (1990) Determination of 12-3 and 12-6 Unsaturated fatty acids in Vegetable oils and fats by Capillary gas liquid Chromatography Pure&App/ Chem., 62(4): 795-802 [41] JONGSCHAAP R.E.E., CORRÉ W.J., BINDRABAN P.S and BRANDENBURG W.A, (2007) Claims and Facts on Jatropha curcas L Plant research International, 66 pages [42] JUN-LING S., XIANG-NAN J., HUI-QUN N, PEI-GUANG S., SHI- Tài Liệu Tham Khảo Luận Văn Thạc sĩ Sinh học HUI N., XIAO-YANG C., (2010) AFLP analysis of genetic diversity of Jatropha curcas grown in Hainan, China Trees - Structure and Function 24 (3): 455-462 [43] KEB-LLANES, (2002) Plant DNA Extraction Protocol Plant Molecular Biology Reporter 20: 299a-299e 2002 [44] MINGFU W., HAIYAN W., ZHIQIANG X., MEILING Z., CHENG L., WENQUAN W., (2010) Development of EST-SSR and genomic-SSR markers to assess genetic diversity in Jatropha Curcas L BMC Research Notes 3:42 doi:10.1186/1756-0500-3-42 [45] MINGJUAN T., JINGWEN S., YUN L., FAN C., SHIHUA S., (2007) Isolation and functional characterization of the JcERF gene, a putative AP2/EREBP domain-containing transcription factor, in the woody oil plant Jatropha curcas Plant Mol Biol 63:419–428 [46] MOHAMAD ABDULLA JUBERA, JANAGOUDAR B S., BIRADAR D P., RAVIKUMAR R L., KOTI R V and PATIL S J., (2008) Genetic diversity analysis of elite Jatropha curcas (L.) genotypes using randomly amplified polymorphic DNA markers Karnataka J Agric Sci 22 (2): 293-295 [47] MOUSUMI DEBNATH and VERMA H.N., (2008) Effect of phytoprotein treatment on Jatropha curcas for wasteland reclamation African Journal of Biotechnology (5): 613-616 [48] NEI, M., (1972) Genetic distance between populations Am Nat., 106: 283- 292 [49] NEI, M., (1973) Analysis of gene diversity in subdivided populations Proc Natl Acad Sci U.S.A., 70: 3321-3323 [50] PARAWIRA W., (2010) Biodiesel production from Jatropha curcas: A review, Scientific Research and Essays 5(14):1796-1808 [51] PATCHARIN TANYA, PUNTAREE TAEPRAYOON, YAOWANART HADKAM & PEERASAK SRINIVES, (2010) Genetic Diversity Among Jatropha and Jatropha-Related Species Based Tài Liệu Tham Khảo Luận Văn Thạc sĩ Sinh học on ISSR Markers Plant Mol Biol Rep DOI 10.1007/s11105-010-0220-2 [52] POREBSKI S., GRANT BAILEY L AND BERNARD R BAUM, (1997) Modification of a CTAB DNA extraction protocol for plants containing high polysaccharide and polyphenol components Plant Mol Biol Rep., 15: 8-15 [53] PRADEEP REDDY M., SARLA N & SIDDIQ E.A., (2002) Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphism and its application in plant breeding Euphytica 128: 9–17 [54] QI-BAO S., LIN-FENG L., YONG L., GUO-JIANG W., AND XUEJUN G., (2008) SSR and AFLP Markers Reveal Low Genetic Diversity in the Biofuel Plant Jatropha curcas in China Crop Sci 48:1865–1871 [55] RAVIKUMAR R L., KOTI R V & PATIL S J., (2009) Genetic diversity analysis of elite Jatropha curcas (L.) genotypes using randomly amplified polymorphic DNA markers Karnataka J Agric Sci., 22 (2): 293-295 [56] SABINA ANOKYE MENSAH, (2010) Jatropha Oil Production as Biofuel for Shea Butter Processing Machine in Ghana:Quality Characteristics and Storability of the Derived Shea Butter 186 pages (available at http://opus.kobv.de/btu/volltexte/2010 1759/pdf/Doctoral_Thesis_SAM.pdf) [57] SADAF BIBI, HABIB AHMAD, SAJID GHAFOOR, KHAIST BEGUM, SAHIB GUL AFRIDI AND IMTIAZ AHMED KHAN, (2010) Genetic Analysis of Some Commonly Grown Genotypes of Maize in Pakistan Using Maize Specific Simple Sequence Repeat (SSR) Primers Current Research Journal of Biological Sciences 2(4): 259261 [58] SCOTT V TINGEY AND JOSEPH P DEI TUFO, (1993) Genetic Analysis with Random Amplified Polymorphic DNA Markers Plant Physiol 101: 349-352 [59] SENTHIL KUMAR R., PARTHIBAN K T., M GOVINDA RAO, (2009) Molecular characterization of Jatropha genetic resources through Tài Liệu Tham Khảo Luận Văn Thạc sĩ Sinh học inter-simple sequence repeat (ISSR) markers Mol Biol Rep 36:1951– 1956 [60] SHANKER C., DHYANI S K., (2006) Insect pests of Jatropha curcas L and the potential for their Management Current Science 91(2): 162163 [61] SHIRISH A RANADE, ANUJ P SRIVASTAVA, TIKAM S RANA, JYOTI SRIVASTAVA, RAKESH TULI, (2008) Easy assessment of diversity in Jatropha curcas L plants using two single-primer amplification reaction (SPAR) methods Biomass and Bioenergy 32 (6): 533-540 [62] STEWART C N., JR., AND LAURA E VIA, (1993) A Rapid CTAB DNA Isolation Technique Useful for RAPD Fingerprinting and Other PCR Applications BioTechniques 14(5): 748-749 [63] SUBRAMANYAM K., DOWLAHABAD MURALIDHARA RAO, DEVENNA N., ARAVINDA A., PANDURANGADU, (2010) Evaluation of genetic diversity among Jatropha curcas (L.) by RAPD analysis Indian Journal of Biotechnology 9: 283-288 [64] SUBRAMANYAM K., MURALIDHARARAO D., DEVANNA N., (2009) Genetic diversity assessment of wild and cultivated varieties of Jatropha curcas (L.) in India by RAPD analysis African Journal of Biotechnology (9): 1900-1910 [65] SUDHEER PAMIDIAMARRI D V N., NIRALI PANDYA, MUPPALA P REDDY , RADHAKRISHNAN T., (2008) Comparative study of interspecific genetic divergence and phylogenic analysis of genus Jatropha by RAPD and AFLP Mol Biol Rep DOI 10.1007/s11033-008-9261-0 [66] SUDHEER PAMIDIMARRI D V N., MEENAKSHI, RITAM SARKAR, GIRISH BORICHA AND MUPPALA P REDDY, (2009) A simplified method for extraction of high quality genomic DNA from Jatropha curcas for genetic diversity and molecular marker studies Indian Journal of Biotechnology 8: 187-192 Tài Liệu Tham Khảo Luận Văn Thạc sĩ Sinh học [67] SUDHEER PAMIDIMARRI D V N., SWETA SINGH, MASTAN SHAIK G., JALPA PATEL, REDDY MUPPALA P., (2008) Molecular characterization and identification of markers for toxic and non-toxic varieties of Jatropha curcas L using RAPD, AFLP and SSR markers 36(6): 1357-1364 [68] SUNDER S., (2006) Jatropha curcas for biodiesel, organic farming and health J V Publishing house India [69] THE GLOBAL EXCHANGE FOR SOCIAL INVESTMENT, (2008) Global Maket Study on Jatropha (available http://www.jatrophaplatform.org/documents/GEXSI_Global-Jatropha-Study_FULLREPORT.pdf) [70] VERMA K.C AND GAUR A.K, (2009) Jatropha curcas L.: Substitute for Conventional Energy World Journal of Agricultural Sciences (5): 552-556 [71] WALED ABDO AHMED and JUMAT SALIMON, (2009) Phorbol Ester as Toxic Constituents of Tropical Jatropha Curcas Seed Oil European Journal of Scientific Research 31 (3): 429-436 [72] WEI QIN, HUANG MING-XING, XU YING, ZHANG XIN-SHEN and CHEN FANG, (2005) Expression of a ribosome inactivating protein (curcin 2) in Jatropha curcas is induced by stress J Biosci 30(3): 351– 357 [73] WEYERHAEUSER H., TENNIGKEIT T., SU Y F., AND KAHRL F., (2007) Biofuels in China: An Analysis of the Opportunities and Challenges of Jatropha Curcas in Southwest China 53: 1-27 [74] YEH, FRANCIS C., YANG, R-C., BOYLE, TIMOTHY, B.J., YE, ZH., and MAO, JUDY X, (1997) Popgen, the user-friendly shareware for population genetic analysis Molecular biology and Biotechnology centre, University of Alberta, Canada Tài Liệu Tham Khảo Luận Văn Thạc sĩ Sinh học C TÀI LIỆU TRÊN INTERNET [75] http://fedacambodia.com/Images/Jatropha007.jpg [76] http://www.vfej.vn/public/Images/ContentImages/HotImage/ Anh_T7/ 0nhienlieu2410.bmp [77] http://make-biodiesel.com/tag/latest/ [78] http://www.ecplaza.net/tradeleads/seller/6166633/jatropha_oilsasame_seed.html [79] http://www.jatropha.de/india/oil-lamp-3-k.jpg [80] http://www.sabahseeds.com/img/jatropha-chart.jpg [81] http://www.nature.com/news/2007/071010/images/449652b-i1.0.jpg [82] http://www.vaec.gov.vn/Chitiet/Chitietnghiencuutrienkhai/tabid/678/ mid/1384/ArticleID/1436/PreTabId/492/dnnprintmode/true/Default.aspx?SkinS rc=%5BG%5DSkins%2F_default%2FNo+Skin&ContainerSrc=%5BG%5DCo ntainers%2F_default%2FNo+Container [83] http://www.lrc- tnu.edu.vn:8080/gsdl/collect/luanvanl/index/assoc/ HASHd275.dir/doc.pdf [84] http://choluanvan.com/decuong/LA9344.pdf Tài Liệu Tham Khảo Luận Văn Thạc sĩ Sinh học Phụ Lục /* Diploid RAPD Data Set */ Number of populations = Number of loci = 61 Locus name : OPAB5-1 OPAB5-2 OPAB5-3 OPAB5-4 OPAB6-1 OPAB6-2 OPAB6-3 OPAB6-4 OPAK14-1 OPAK14-2 OPAK14-3 OPAK14-4 OPAK14-5 OPAK14-6 OPAK14-7 OPAK14-8 OPAK14-9 OPAK14-10 OPAL8-1 OPAL8-2 OPAL8-3 OPAL8-4 OPAL11-1 OPAL11-2 OPAL11-3 OPAL11-4 OPAL11-5 OPAL11-6 OPAL12-1 OPAL12-2 OPAL12-3 OPAL12-4 OPAL12-5 OPAW7-1 OPAW7-2 OPAW7-3 OPAW7-4 OPAW7-5 OPAW7-6 OPAW7-7 OPAW7-8 OPAW7-9 OPAW7-10 OPAW7-11 OPD14-1 OPD14-2 OPD14-3 OPD14-4 OPD14-5 OPD14-6 OPT17-1 OPT17-2 OPT17-3 OPT17-4 OPT17-5 OPT18-1 OPT18-2 OPT18-3 OPT18-4 OPT18-5 OPT18-6 name = Binh Thuan 1111 1111 0101111000 1010 001110 00000 00101000101 000110 01011 001110 1111 1111 0101111100 1010 011110 11111 10000100100 000110 01111 011110 1111 1110 1101111100 1010 011110 00011 01000100100 111110 11011 000110 1110 1110 0101010000 1110 011110 01011 01000101000 110110 01011 000110 1111 1111 0111111010 1010 111110 11111 01000010100 111110 11011 011110 1111 1110 0000110000 1011 011110 11111 10001010010 110110 11011 111110 1111 1110 0101110000 1010 111110 11111 01000100010 110110 11011 110110 name = Ninh Thuan 1111 1110 0101110000 1010 001110 00111 01000000000 011110 00011 000110 1111 1111 0111111000 1010 011110 11111 10000010000 110111 11111 111110 1111 1110 0001110000 1010 111110 11111 01000100000 110111 11111 111110 1111 1111 0000100000 1010 111111 11111 10000101000 110111 11111 111110 1111 1110 0100101001 1110 001110 00111 00111000000 111111 11011 011110 name = Ho Chi Minh 1111 1111 0101010000 1010 111110 01011 01000010100 111110 11011 110110 1111 1111 0001110000 1010 001110 01111 01000010010 110110 11011 110111 name = Phu Yen 1111 1110 0101101000 1010 111110 11111 01000010110 110110 11011 110110 name = Khanh Hoa 1111 1110 0101111000 1010 011110 11111 10000010010 111110 11011 110110 Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học name = Lam Dong 1111 1110 0100101000 1010 111110 11011 10000010000 011110 11111 011110 name = An Do 1111 1111 0101010000 1010 001110 11011 01000010100 010110 11111 110110 name = Uc 1110 1110 0001110000 1011 111110 11011 01000010000 011110 00011 110110 Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học ********************************************************************* ************** ** ** ** Nei's Analysis of Gene Diversity in Subdivided Populations ** ** [See Nei (1987) Molecular Evolutionary Genetics (p 187-192)] ** ** ** ********************************************************************* ************** ============================================================ Locus Sample Size Ht Hs Gst Nm* ============================================================ OPAB5-1 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAB5-2 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAB5-3 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAB5-4 19 0.2852 0.0588 0.7939 0.1298 OPAB6-1 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAB6-2 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAB6-3 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAB6-4 19 0.4268 0.0898 0.7897 0.1332 OPAK14-1 19 0.0184 0.0172 0.0655 7.1319 OPAK14-2 19 0.4486 0.1687 0.6240 0.3013 OPAK14-3 19 0.0439 0.0408 0.0718 6.4676 OPAK14-4 19 0.3763 0.1169 0.6894 0.2253 OPAK14-5 19 0.3854 0.1106 0.7132 0.2011 OPAK14-6 19 0.4416 0.0581 0.8684 0.0758 OPAK14-7 19 0.4942 0.1002 0.7973 0.1271 OPAK14-8 19 0.0380 0.0327 0.1382 3.1189 OPAK14-9 19 0.0184 0.0172 0.0655 7.1319 OPAK14-10 19 0.0260 0.0236 0.0936 4.8412 OPAL8-1 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAL8-2 19 0.0439 0.0408 0.0718 6.4676 OPAL8-3 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAL8-4 19 0.2325 0.0172 0.9261 0.0399 OPAL11-1 19 0.4967 0.1281 0.7420 0.1739 OPAL11-2 19 0.4486 0.1687 0.6240 0.3013 OPAL11-3 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAL11-4 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAL11-5 19 0.0000 0.0000 **** **** OPAL11-6 19 0.0260 0.0236 0.0936 4.8412 OPAL12-1 19 0.4083 0.1146 0.7192 0.1952 OPAL12-2 19 0.2492 0.1203 0.5172 0.4668 OPAL12-3 19 0.4959 0.1083 0.7816 0.1397 OPAL12-4 19 0.0900 0.0588 0.3471 0.9404 OPAL12-5 19 0.0900 0.0588 0.3471 0.9404 OPAW7-1 19 0.4180 0.0764 0.8173 0.1118 OPAW7-2 19 0.4898 0.1002 0.7955 0.1285 OPAW7-3 19 0.0439 0.0408 0.0718 6.4676 Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học OPAW7-4 OPAW7-5 OPAW7-6 OPAW7-7 OPAW7-8 OPAW7-9 OPAW7-10 OPAW7-11 OPD14-1 OPD14-2 OPD14-3 OPD14-4 OPD14-5 OPD14-6 OPT17-1 OPT17-2 OPT17-3 OPT17-4 OPT17-5 OPT18-1 OPT18-2 OPT18-3 OPT18-4 OPT18-5 OPT18-6 19 0.0260 0.0236 0.0936 4.8412 19 0.0630 0.0563 0.1058 4.2276 19 0.1325 0.1002 0.2440 1.5488 19 0.3403 0.0563 0.8345 0.0992 19 0.0439 0.0408 0.0718 6.4676 19 0.4421 0.1083 0.7550 0.1622 19 0.4247 0.0845 0.8011 0.1242 19 0.0184 0.0172 0.0655 7.1319 19 0.5000 0.1240 0.7520 0.1649 19 0.1247 0.0622 0.5012 0.4976 19 0.4967 0.1281 0.7420 0.1739 19 0.0000 0.0000 **** **** 19 0.0000 0.0000 **** **** 19 0.1286 0.0618 0.5196 0.4623 19 0.3874 0.1183 0.6946 0.2199 19 0.2964 0.0618 0.7915 0.1317 19 0.4241 0.0753 0.8225 0.1079 19 0.0000 0.0000 **** **** 19 0.0000 0.0000 **** **** 19 0.4276 0.0908 0.7876 0.1349 19 0.2375 0.1183 0.5018 0.4963 19 0.3619 0.1183 0.6731 0.2428 19 0.0000 0.0000 **** **** 19 0.0000 0.0000 **** **** 19 0.0705 0.0518 0.2660 1.3796 Mean 19 0.1882 0.0556 0.7049 0.2094 St Dev 0.0381 0.0024 ============================================================ * Nm = estimate of gene flow from Gst or Gcs E.g., Nm = 0.5(1 - Gst)/Gst; See McDermott and McDonald, Ann Rev Phytopathol 31:353-373 (1993) The number of polymorphic loci is : 44 The percentage of polymorphic loci is : 72.13 ********************************************************************* ************** ** ** ** Nei's Original Measures of Genetic Identity and Genetic distance ** ** [See Nei (1972) Am Nat 106:283-292)] ** ** ** ********************************************************************* ************** ============================================================= ============================= Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học pop ID ============================================================= ============================= **** 0.9402 0.8937 0.8382 0.8553 0.8307 0.8606 0.8376 0.0616 **** 0.8753 0.8426 0.8559 0.8555 0.8277 0.8188 0.1124 0.1332 **** 0.8707 0.8608 0.7663 0.9227 0.8410 0.1765 0.1713 0.1385 **** 0.9016 0.8197 0.8361 0.8033 0.1563 0.1557 0.1499 0.1035 **** 0.8525 0.8033 0.8033 0.1855 0.1561 0.2662 0.1989 0.1596 **** 0.7869 0.7869 0.1502 0.1891 0.0805 0.1790 0.2191 0.2397 **** 0.8033 0.1773 0.2000 0.1732 0.2191 0.2191 0.2397 0.2191 **** ============================================================= ============================= Nei's genetic identity (above diagonal) and genetic distance (below diagonal) ********************************************************************* ************** ** ** ** Dendrogram Based Nei's (1972) Genetic distance: Method = UPGMA ** ** Modified from NEIGHBOR procedure of PHYLIP Version 3.5 ** ** ** ********************************************************************* ************** + -pop1 + -1 ! + -pop2 + -4 ! ! + pop3 ! + + + pop7 ! ! ! ! + pop4 + + ! ! + pop5 ! ! + pop6 ! + pop8 * File Name: dgram1.plt Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học Between And 6 5 4 1 pop1 pop2 2 pop3 pop7 3 pop4 pop5 pop6 pop8 Length -0.28806 1.63514 1.10370 4.22971 3.08083 3.08083 3.28599 4.02455 4.02455 3.23720 5.17703 5.17703 10.04937 10.33743 ********************************************************************* ************** ** ** ** Nei's Unbiased Measures of Genetic Identity and Genetic distance ** ** [See Nei (1978) Genetics 89:583-590] ** ** ** ********************************************************************* ************** ============================================================= ============================= pop ID ============================================================= ============================= **** 0.9614 0.9127 0.8467 0.8639 0.8391 0.8693 0.8460 0.0394 **** 0.8958 0.8529 0.8663 0.8660 0.8378 0.8288 0.0914 0.1101 **** 0.8803 0.8703 0.7747 0.9328 0.8502 0.1665 0.1592 0.1275 **** 0.9016 0.8197 0.8361 0.8033 0.1463 0.1435 0.1389 0.1035 **** 0.8525 0.8033 0.8033 0.1754 0.1439 0.2552 0.1989 0.1596 **** 0.7869 0.7869 0.1401 0.1769 0.0695 0.1790 0.2191 0.2397 **** 0.8033 0.1672 0.1878 0.1622 0.2191 0.2191 0.2397 0.2191 **** ============================================================= ============================= Nei's genetic identity (above diagonal) and genetic distance (below diagonal) Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học ********************************************************************* ************** ** ** ** Dendrogram Based Nei's (1978) Genetic distance: Method = UPGMA ** ** Modified from NEIGHBOR procedure of PHYLIP Version 3.5 ** ** ** ********************************************************************* ************** + pop1 + -1 ! + pop2 + -4 ! ! + pop3 ! + -2 + -5 + pop7 ! ! ! ! + -pop4 + + ! ! + -pop5 ! ! + pop6 ! + pop8 * File Name: dgram2.plt Between And 6 5 4 1 pop1 pop2 2 pop3 pop7 Phụ Lục Length -0.32755 1.77336 1.51836 4.51063 1.97059 1.97059 3.00506 3.47615 3.47615 2.82254 Luận Văn Thạc sĩ Sinh học 3 pop4 pop5 pop6 pop8 Phụ Lục 5.17703 5.17703 9.77293 10.10048 Luận Văn Thạc sĩ Sinh học /* Diploid RAPD Data Set */ Number of populations = Number of loci = 58 Locus name : OPAB5-1 OPAB5-2 OPAB5-3 OPAB5-4 OPAB6-1 OPAB6-2 OPAB6-3 OPAB6-4 OPAK14-1 OPAK14-2 OPAK14-3 OPAK14-4 OPAK14-5 OPAK14-6 OPAK14-7 OPAK14-8 OPAK14-9 OPAK14-10 OPAK14-11 OPAL11-1 OPAL11-2 OPAL11-3 OPAL11-4 OPAL11-5 OPAL11-6 OPAL12-1 OPAL12-2 OPAL12-3 OPAL12-4 OPAL12-5 OPAW7-1 OPAW7-2 OPAW7-3 OPAW7-4 OPAW7-5 OPAW7-6 OPAW7-7 OPAW7-8 OPAW7-9 OPAW7-10 OPAW7-11 OPD14-1 OPD14-2 OPD14-3 OPD14-4 OPD14-5 OPD14-6 OPT17-1 OPT17-2 OPT17-3 OPT17-4 OPT17-5 OPT18-1 OPT18-2 OPT18-3 OPT18-4 OPT18-5 OPT18-6 name = Binh Thuan 1111 1111 01101111000 001110 00000 00101000101 000110 01011 001110 1111 1111 00101111100 011110 11111 10000100100 000110 01111 011110 1111 1110 10101111100 011110 00011 01000100100 111110 11011 000110 1110 1110 00101010000 011110 01011 01000101000 110110 01011 000110 1111 1111 00111111010 111110 11111 01000010100 111110 11011 011110 1111 1110 00000110000 011110 11111 10001010010 110110 11011 111110 1111 1110 00101110000 111110 11111 01000100010 110110 11011 110110 name = Ninh Thuan 1111 1110 00101110000 001110 00111 01000000000 011110 00011 000110 1111 1111 00111111000 011110 11111 10000010000 110111 11111 111110 1111 1110 00001110000 111110 11111 01000100000 110111 11111 111110 1111 1111 00000100000 111111 11111 10000101000 110111 11111 111110 1111 1110 00100101101 001110 00111 00111000000 111111 11011 011110 name = Ho Chi Minh 1111 1111 00101010000 111110 01011 01000010100 111110 11011 110110 1111 1111 00001110000 001110 01111 01000010010 110110 11011 110111 Phụ Lục Luận Văn Thạc sĩ Sinh học ... SÁT TÍNH ĐA DẠNG DI TRUYỀN VÀ PHÂN TÍCH HÀM LƯỢNG DẦU CỦA MỘT SỐ DÒNG CỌC RÀO ( Jatropha curcas L.)? ?? Mục tiêu đề tài: Khảo sát mối quan hệ di truyền số cá thể Cọc rào thu thập tỉnh: Ninh Thuận,... di truyền 64 3.4 Phân tích hàm lượng dầu thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào 65 3.4.1 Phân tích hàm lượng dầu hạt Cọc rào 65 3.4.2 Phân tích thành phần acid béo dầu hạt Cọc rào. .. béo dầu hạt Cọc rào, bước đầu chọn kĩ thuật RAPD - PCR để khảo sát tính đa dạng di truyền cá thể Cọc rào Mở Đầu Luận Văn Thạc sĩ Sinh học khảo sát mức đa dạng di truyền cấu trúc di truyền dòng Cọc