nghiên cứu sử dụng vi khuẩn nội sinh có khả năng phân hủy nacyllhomoserine lactones (ahls) trong phòng trừ bệnh thối nhũn khoai tây do vi khuẩn erwinia carotovora subsp. carotovora

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ THU HÀ NGHIÊN CỨU SỬ DỤNG VI KHUẨN NỘI SINH CÓ KHẢ NĂNG PHÂN HỦY N-ACYL-L-HOMOSERINE LACTONES (AHLs) TRONG PHÒNG TRỪ BỆNH THỐI NHŨN KHOAI TÂY DO VI KHUẨN ERWINIA CAROTOVORA SUBSP CAROTOVORA LUẬN VĂN THẠC SĨ HÀ NỘI – 2014 BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO BỘ NÔNG NGHIỆP VÀ PTNT HỌC VIỆN NÔNG NGHIỆP VIỆT NAM NGUYỄN THỊ THU HÀ NGHIÊN CỨU SỬ DỤNG VI KHUẨN NỘI SINH CÓ KHẢ NĂNG PHÂN HỦY N-ACYL-L-HOMOSERINE LACTONES (AHLs) TRONG PHÒNG TRỪ BỆNH THỐI NHŨN KHOAI TÂY DO VI KHUẨN ERWINIA CAROTOVORA SUBSP CAROTOVORA CHUYÊN NGÀNH : CÔNG NGHỆ SINH HỌC MÃ SỐ: 60.42.02.01 NGƯỜI HƯỚNG DẪN KHOA HỌC: TS HOÀNG HOA LONG TS ĐỒNG HUY GIỚI HÀ NỘI – 2014 LỜI CAM ĐOAN - Tôi xin cam đoan rằng, số liệu kết nghiên cứu luận văn trung thực chưa sử dụng để bảo vệ học vị - Tôi xin cam đoan rằng, giúp đỡ cho việc thực luận văn cảm ơn thông tin trích dẫn luận văn rõ nguồn gốc Hà Nội, ngày tháng năm 2014 Tác giả luận văn NGUYỄN THỊ THU HÀ Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page i LỜI CẢM ƠN Tôi xin trân trọng bày tỏ lòng biết ơn sâu sắc tới: TS Hoàng Hoa Long TS Đồng Huy Giới quan tâm, hướng dẫn tạo điều kiện thuận lợi giúp trình nghiên cứu đề tài hoàn thành luận văn Tôi xin gửi lời cảm ơn tới ThS Nguyễn Thanh Hà, CN Nguyễn Thị Thu Hà, cán bộ, anh chị em Bộ môn Bệnh học Phân tử - Viện Di truyền Nông nghiệp giúp đỡ nhiều trình thực đề tài Tôi xin cảm ơn thầy, cô giáo khoa Công nghệ sinh học, môn Sinh học tận tình giúp đỡ đóng góp ý kiến quý báu để hoàn thành luận văn Cuối cùng, xin gửi lời cảm ơn tới gia đình, người thân, bạn bè đồng nghiệp động viên, giúp đỡ, tạo điều kiện thuận lợi cho suốt trình thực đề tài Hà Nội, ngày tháng năm 2014 NGUYỄN THỊ THU HÀ Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page ii MỤC LỤC Lời cam đoan i Lời cảm ơn ii Mục lục iii Danh mục chữ viết tắt vi Danh mục bảng vii Danh mục hình viii MỞ ĐẦU 1 Đặt vấn đề Mục tiêu nghiên cứu Ý nghĩa khoa học thực tiễn đề tài CHƯƠNG TỔNG QUAN TÀI LIỆU 1.1 Tổng quan khoai tây 1.2 Bệnh thối nhũn khoai tây vi khuẩn thuộc chi Erwinia gây 1.2.1 Bệnh thối nhũn khoai tây 1.2.2 Bệnh thối nhũn khoai tây chi vi khuẩn Erwinia gây 1.2.3 Cơ chế trao đổi thông tin vi khuẩn Erwinia gây bệnh (Quorum Sensing) 1.3 Vi sinh vật đối kháng 12 1.3.1 Quan hệ đối kháng giới vi sinh vật 12 1.3.2 Vi sinh vật nội sinh đối kháng 12 1.3.3 Ứng dụng vi khuẩn nội sinh phát triển nông nghiệp bền vững 14 1.4 Tình hình nghiên cứu sử dụng vi khuẩn nội sinh phòng bệnh thối nhũn 15 1.4.1 Tình hình nghiên cứu Việt Nam 15 1.4.2 Tình hình nghiên cứu giới 16 1.5 Các chủng vi khuẩn thị 18 1.5.1 Các chủng vi khuẩn thị 18 1.5.2 Chromobacterium violaceum CV026 18 1.5.3 Chromobacterium violaceum VIR07 19 Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page iii CHƯƠNG VẬT LIỆU, NỘI DUNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 20 2.1 Vật liệu nghiên cứu 20 2.1.1 Thời gian địa điểm nghiên cứu 20 2.1.2 Đối tượng nghiên cứu 20 2.1.3 Môi trường sử dụng nghiên cứu 20 2.1.4 Thiết bị nghiên cứu 21 2.2 Nội dung nghiên cứu 21 2.3 Phương pháp nghiên cứu 21 2.3.1 Phương pháp nghiên cứu vi khuẩn gây bệnh thối nhũn khoai tây Erwinia carotovora subsp carotovora 21 2.3.2 Phương pháp nghiên cứu vi khuẩn nội sinh 25 2.3.3 Tuyển chọn chủng vi khuẩn nội sinh có khả phân huỷ AHLs điều kiện in vitro in vivo 2.3.4 26 Đánh giá khả ức chế phát triển vi khuẩn gây bệnh thối nhũn triệu chứng bệnh lát cắt củ khoai tây VKNS 2.3.5 28 Phân loại vi khuẩn nội sinh đánh giá mức độ an toàn sinh học chủng vi khuẩn nội sinh 2.3.6 29 Đánh giá khả tồn chủng vi khuẩn nội sinh bên mô chủ 32 CHƯƠNG KẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN 34 3.1 Vi khuẩn gây bệnh thối nhũn khoai tây 34 3.1.1 Phân lập vi khuẩn gây bệnh thối nhũn khoai tây 34 3.1.2 Đánh giá độc tính tác nhân gây bệnh củ khoai tây phòng thí nghiệm 34 3.1.3 Khả sản sinh AHLs chủng vi khuẩn gây bệnh 36 3.2 Phân lập, tuyển chọn chủng vi khuẩn nội sinh từ củ khoai tây 37 3.3 Tuyển chọn chủng vi khuẩn nội sinh có khả phân hủy AHLs điều kiện in vitro in vivo 3.4 37 Đánh giá khả ức chế phát triển vi khuẩn gây bệnh thối nhũn triệu chứng bệnh lát cắt củ khoai tây VKNS Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp 40 Page iv 3.4.1 Đánh giá khả phòng bệnh VKNS lát cắt khoai tây với vi khuẩn gây bệnh Ecc 3.4.2 40 Đánh giá khả phòng trừ bệnh thối nhũn gây chủng vi khuẩn gây bệnh P2.6.1 chủng VKNS lát cắt củ khoai tây 3.5 46 Phân loại đánh giá mức độ an toàn sinh học chủng vi khuẩn nội sinh 48 3.5.1 Phân loại chủng vi khuẩn nội sinh 48 3.5.2 Xác định mức độ an toàn sinh học chủng vi khuẩn nội sinh 50 3.6 Đánh giá khả tồn chủng vi khuẩn nội sinh bên mô chủ 50 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ 52 Kết luận 52 Kiến nghị 52 TÀI LIỆU THAM KHẢO 53 PHỤ LỤC 60 Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page v DANH MỤC CHỮ VIẾT TẮT CHỮ VIẾT TẮT CHỮ VIẾT ĐẦY ĐỦ ADN Acid DeoxyriboNucleic AHLs N-acyl-L-homoserine lactones ARN Acid RiboNucleic Bg Burkholderia glumae BVTV Bảo vệ thực vật DTNN Di truyền Nông nghiệp ĐC Đối chứng CV026 Chromobacterium violaceum CTV Cộng tác viên CFU (Colony Forming Unit) đơn vị hình thành khuẩn lạc CS Cộng CT Công thức Ecc Erwinia cartovora subsp carotovora Ep Endophytes FAO Food and Agriculture Organization of the United Nations LB Môi trường Luria Bertani medium P Potato PCR Polymerase chain reaction STT Số thứ tự QQ Quorum quenching QS Quorum sensing UV Ultra Violet TB Tế bào VIR07 Chromobacterium violaceum VKNS Vi khuẩn nội sinh YPDA Yeast Peptone Dextrose Agar Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page vi DANH MỤC BẢNG STT Tên bảng Trang 1.1 Bệnh thối nhũn chi vi khuẩn Erwinia gây 1.2 Đặc tính sinh hóa E carotovora subsp carotovora 1.3 Hệ thống QS sử dụng phân tử tín hiệu N-AHLs số loài Erwinia 3.1 Kết đánh giá độc tính chủng vi khuẩn phân lập từ củ 11 khoai tây bị bệnh thối nhũn 35 3.2 Khả sinh AHLs chủng vi khuẩn gây bệnh 36 3.3 Các chủng VKNS có khả phân hủy AHLs 38 3.4 Khả phòng bệnh VKNS lây nhiễm đồng thời với Ecc 42 3.5 Khả phòng bệnh VKNS nhiễm VKNS trước Ecc 24h 43 3.6 Khả phòng bệnh VKNS nhiễm VKNS sau Ecc 24h 45 3.7 Khả phòng bệnh VKNS lây nhiễm đồng thời với P2.6.1 46 3.8 Khả phòng bệnh VKNS lây nhiễm VKNS trước P2.6.1 24h 47 3.9 Khả phòng bệnh VKNS lây nhiễm VKNS sau P2.6.1 24h 48 3.13 Khả tồn chủng vi khuẩn nội sinh bên mô chủ 51 Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page vii DANH MỤC HÌNH ẢNH STT Tên hình ảnh Trang 1.1 Triệu chứng bệnh thối nhũn khoai tây 1.2 Cấu trúc phân tử N-acyl homoserine lactones 10 1.3 Phân hủy phân tử tín hiệu AHLs loại enzyme khác 16 2.1 Mẫu khoai tây bị bệnh thu thập 22 2.2 Thí nghiệm thử khả sản sinh AHLs vi khuẩn 25 2.3 Phương pháp xác định VKNS phân hủy AHLs 27 3.1 Hình thái khuẩn lạc số chủng vi khuẩn môi trường YPDA sau 24 nuôi cấy 28oC 34 3.2 Vết bệnh tái nhiễm khoai tây chủng vi khuẩn sau 24h 36 3.3 Khả sản sinh AHLs chuỗi ngắn chuỗi dài chủng vi khuẩn gây bệnh P.2.6.1 37 3.4 Các chủng VKNS cho khả phân hủy AHLs chuỗi ngắn CV026 39 3.5 Các chủng VKNS cho khả phân hủy AHLs chuỗi dài VIR07 40 3.6 Sản phẩm PCR nhân đoạn gen 16S rRNA chủng VKNS 49 3.7 Quan hệ tiến hóa chủng VKNS, với chủng vi khuẩn khác phân tích dựa vào trình tự gen 16S rRNA GenBank Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp 50 Page viii 33 Morohoshi T, Ebata A, Nakazawa S, Kato N, and Ikeda T, (2005) N-acyl homoserine lactone-producing or -degrading bacteria isolated from the intestinal microbial flora of Ayu fish (Plecoglossus altivelis) Microbes and Environments, 20, 264-268 34 Morohoshi T, Someya N, Ikeda T (2009) “Novel N-Acyl homoserine lactone-degrading bacteria isolate from the leaf surface of Solanum tuberosum and their quorum quenching properties”, Bioscience Biotechnology Biochemistry, 73, pp 2124-2127 35 Morohoshi T., Kato M., Fukamachi K., Kato N and Ikeda T (2008), “Nacyl homoserine lactone regulates violacein production in Chromobacterium violaceum type strain ATCC12472”, FEMS Microbiol Lett, 279(1), pp 124130 36 Nasser W., Bouillant M L., Salmond G and Reverchon S (1998), “Characterization of the Erwinia chrysanthemi expI–expR locus directing the synthesis of two N-acyl-homoserine lactone signal molecules”, MolMicrobiol, 29, pp 1391–1405 37 Park SJ, Park SY, Ryu CM, Park SH, Lee JK (2008) “The role of AiiA, a quorum-quenching enzyme from Bacillus thuringiensis, on the rhizosphere competence” Journal of Microbiology and Biotechnology 18(9),pp 151821 38 Park, S.Y., Lee, S.J., Oh, T.K., Oh, J.W., Koo, B.T., Yum, D.Y & Lee, J.K (2003) AhlD, an N -acylhomoserine lactonase in Arthrobacter sp., and predicted homologues in other bacteria Microbiology 149, 1541-1550 39 Perombelon M C M (2002), “Potato diseases caused by soft rot erwinias: an overview of pathogenesis”, Plant Pathol, 51, pp 1-12 40 Perombelon M C M and Salimond G P C (1995), “Bacterial soft rot, Pathogenesis and host specificity in plant diseases”, 1, pp 1-17 Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 57 41 Prajapat R., Marwal A and Jha P N (2013), “Erwinia carotovora associated with Potato: A Critical Appraisal with respect to Indian perspective”, Int.J.Curr.Microbiol.App.Sci, 2(10), pp 83-89 42 Rosenthal, Elisabeth (2008), “Potatoes called savior in global food crisis”, San Francisco Chronicle 43 Saitou N.and Nei M (1987), “The neighbor- joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees”, Mol Biol Evol, 4, pp 406-425 44 Schaefer A L., Val D L., Hanzelka B L., Cronan J E Jr and Greenberg E P (1996), “Generation of cell-to-cell signalsin quorum sensing: acyl homoserine lactone synthase activity of a purified Vibrio fischeri LuxI protein”, Proc Natl Acad Sci USA, 93, pp 9505–9509 45 Sturz AV, Matheson BG, 1996 Populations of endophytic bacteria which influence host- resistance to Erwinia- induced bacterial soft rot in potato tubers Plant and Soil 184, 265–271 46 Toth I K and Birch P R J (2005), “Rotting softly and stealthily”, Current Opinion in Plant Biology, 8, pp 424–429 47 Toth I K., Bell K S., Holeva M C and Birch P R J (2003), “Soft rot erwiniae: from genes to genomes”, Molecular Plant Pathology, 4, pp.17–30 48 TRBA 466 "Classification of Prokaryotes (Bacteria and Archae) into Risk Groups", ABAS 2010, pp 1-254 49 Uroz, S., D’Angelo-Picard, C., Carlier, A., Elasri, M., Sicot, C., Petit, A., Oger, P., Faure, D & Dessaux, Y (2003) Novel bacteria degrading Nacylhomoserine lactones and their use as quenchers of quorum-sensingregulated functions of plant-pathogenic bacteria Microbiology 149, 19811989 50 Val D L and Cronan J E Jr (1998) “In vivo evidence that S-adenosyl methionine and fatty acid synthesis intermediates are the substrates for the LuxI family of autoinducer synthase”, J Bacteriol, 180, pp 2644–2651 Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 58 51 Van Buren AM, Andre C, Ishimaru CA, 1993 Biological control of the bacterial ring rot pathogen by endophytic bacteria isolated from potato Phytopathology 83, 1406 52 VannesteJ.L, Yu, J and Cornish, D.A (1998),“Biological control of bacterial soft rot” Acta Hort (ISHS) 464:pp.519-19 53 Whitehead N A., Barnard A M., Slater H., Simpson N J and Salmond G P (2001), “Quorum-sensing in Gram-negative bacteria” FEMS Microbiol, 25, pp 365–404 54 Wilson D (1995) Endophyte- the evolution of the term clarification of its use and definition Oikos 73, pp 274-276 Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 59 PHỤ LỤC Phụ lục 1.1: Danh sách chủng vi khuẩn phân lập củ khoai tây bị bệnh ST T 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 Ký hiệu P1.1 P1.2 P1.3 P1.4 P1.5 P1.6 P1.7 P1.8 P1.9 P1.10 P1.11 P1.12 P1.4.1 P1.4.2 P1.4.3 P1.5.1 P1.6.1 P2.4.1 P2.4.2 P2.4.3 P2.4.4 P2.4.5 P2.4.6 P2.5.1 P2.5.2 P2.5.3 P2.5.4 P2.5.5 P2.5.6 P2.5.7 P2.6.1 P2.6.2 P3.4.1 P3.4.2 P3.4.3 P3.4.4 P3.4.5 Màu sắc khuẩn lạc Hình thái khuẩn lạc Trắng Trắng đục Trắng sữa Vàng Trắng sữa Trắng đục Trắng Trắng Trắng Trắng Vàng Trắng có vẩn Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng Trắng viền tâm trắng đục Trắng sữa Trắng viền tâm trắng đục Trắng đục Trắng sữa Trắng đục Trắng sữa tâm trắng đục Trắng viền tâm trắng đục Trắng sữa Hơi vàng Trắng sữa Vàng nhạt Trắng viền tâm trắng đục Trắng đục Trắng đục tâm có chấm trắng Hơi vàng Trắng sữa Vàng Vàng nhạt viền tâm chấm vàng đậm Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn đường viền k mịn Hình tròn Không định hình Không định hình có viền chân rết Hình tròn Không định hình có viền chân rết Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 60 ST T 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 72 73 74 75 76 77 Ký hiệu P3.4.6 P3.4.7 P3.4.8 P3.4.9 P3.4.10 P3.4.11 P3.4.12 P3.5.1 P3.5.2 P3.5.3 P3.5.4 P3.5.5 P3.5.6 P3.5.7 P3.5.8 P3.5.9 P3.5.10 P3.5.11 P3.5.12 P3.6.1 P3.6.2 P3.6.3 P3.6.4 P4.5.1 P4.5.2 P4.5.3 P4.5.4 P4.5.5 P4.5.6 P4.6.1 P4.6.2 P4.6.3 P4.6.4 P.5.6.1 P.5.6.2 P.5.6.3 P.5.6.4 P.5.6.5 P.5.6.6 P.6.6.1 Màu sắc khuẩn lạc Hình thái khuẩn lạc Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Vàng Trắng sữa có vân trắng đục Trắng sữa Trắng sữa Vàng nhạt viền tâm chấm vàng đậm Vàng nhạt viền tâm chấm vàng đậm Trắng Trắng sữa Trắng đục Trắng Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Hồng vỏ đỗ Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng Trắng đục Trắng đục Trắng Trắng Trắng đục Trắng đục Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Không định hình Không định hình Không định hình Hình tròn Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 61 ST T 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 Ký hiệu P.6.6.2 P.6.6.3 P.7.6.1 P.7.6.2 P.7.6.3 P.7.6.4 P8.6.1 P8.6.2 P8.6.3 P8.6.4 P8.6.5 P8.6.6 P8.6.7 P8.6.8 P8.6.9 P8.6.10 P8.6.11 P8.6.12 P8.6.13 P.9.6.1 P.9.6.2 Màu sắc khuẩn lạc Hình thái khuẩn lạc Trắng Trắng đục Trắng Trắng Trắng đục Trắng Trắng sữa Vàng Vàng Trắng đục Vàng Vàng Trắng sữa Trắng sữa Trắng sữa Trắng đục Trắng sữa Vàng Trắng Trắng Trắng đục Không định hình Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Không định hình Không định hình Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Hình tròn Hình tròn Không định hình Hình tròn Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 62 Phụ lục 1.2 : Các chủng VKNS phân lập từ củ khoai tây STT 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 Ký hiệu Ep 1.1 Ep 1.2 Ep 1.3 Ep 1.4 Ep 1.5 Ep 1.6 Ep 1.7 Ep 1.8 Ep 1.9 Ep 1.10 Ep 1.11 Ep 1.12 Ep 1.13 Ep 1.14 Ep 1.15 Ep 1.16 Ep 1.17 Ep 1.18 Ep 1.19 Ep1.20 Ep 2.1 Ep 2.2 Ep 2.3 Ep 2.4 Ep 2.5 Ep 2.6 Ep 2.7 Ep 2.8 Ep 2.9 Ep 2.10 Ep 2.11 Ep 2.12 Ep 2.13 Ep 2.14 Ep 2.15 Hình thái màu sắc khuẩn lạc Trắng sữa Trắng Trắng Trắng sữa Trắng, chấm nhỏ Hồng nhạt Vàng nhạt Trắng Trắng Trắng sữa Vàng nhạt Vàng nhạt Chấm nhỏ , vàng Trắng đục Chấm trắng đục Trắng, chảy Vàng nhạt Chấm trắng đục Chấm trắng Vàng nhạt Trắng sữa Chấm vàng nhạt Trắng Trắng sữa Vàng nhạt Vàng nhạt Trắng, chảy Trắng đục Trắng, chảy Chấm vàng nhạt Trắng đục, chảy Vàng Trắng đục Trắng đục Chấm trắng Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 63 STT 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62 63 64 65 66 67 68 69 70 71 Ký hiệu Ep 2.16 Ep 2.17 Ep 2.18 Ep 3.1 Ep 3.2 Ep 3.3 Ep 3.4 Ep 3.5 Ep 3.6 Ep 3.7 Ep 3.8 Ep 3.9 Ep 3.10 Ep 3.11 Ep 4.1 Ep 4.2 Ep 4.3 Ep 4.4 Ep 4.5 Ep 4.6 Ep 4.7 Ep 4.8 Ep 4.9 Ep 4.10 Ep 4.11 Ep 4.12 Ep 4.13 Ep 4.14 Ep 4.15 Ep 4.16 Ep 4.17 Ep 4.18 Ep 4.19 Ep 4.20 Ep 5.1 Ep 5.2 Hình thái màu sắc khuẩn lạc Vàng nhạt Chấm trắng Trắng Chấm trắng Chấm trắng Trắng đục Vàng nhạt Trắng đục Trắng sữa Chấm trắng Chấm trắng Vàng nhạt Chấm vàng nhạt Chấm trắng Trắng đục Tròn to, vàng đục Tròn to, vàng nhạt Trắng đục viền Tròn to, trắng đục Tròn nhỏ, vàng nhạt Không định hình Tròn, viền trắng Tròn, viền dịch trắng sữa Tròn nhỏ, vàng đục Trắng sữa viền Tròn nhỏ, trắng sữa viền Tròn nhỏ, vàng nhạt Tròn nhỏ, viền vàng Tròn, mép trắng sữa Tròn nhỏ, vàng Tròn nhỏ, vàng nhạt viền mép Tròn to, dịch trắng Tròn, dịch trắng viền mép Tròn nhỏ, mép dịch trắng sữa Không định hình, trắng Không định hình, hồng nhạt Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 64 STT 72 73 74 75 76 77 78 79 80 81 82 83 84 85 86 87 88 89 90 91 92 93 94 95 96 97 98 99 100 Ký hiệu Ep 5.3 Ep 5.4 Ep 5.5 Ep 5.6 Ep 5.7 Ep 5.8 Ep 6.1 Ep 6.2 Ep 6.3 Ep 6.4 Ep 6.5 Ep 6.6 Ep 6.7 Ep 6.8 Ep 6.9 Ep 6.1 Ep 7.1 Ep 7.2 Ep 7.3 Ep 7.4 Ep 7.5 Ep 7.6 Ep 7.7 Ep 7.8 Ep 7.9 Ep 7.10 Ep 7.11 Ep 8.1 Ep 8.2 Hình thái màu sắc khuẩn lạc Tròn, trắng sữa Tròn, mép viền trắng Không định hình trắng đục Tròn, trắng đục Khuẩn tròn, trắng sữa Tròn, trắng đục Không định hình, vàng cam Khuẩn tròn, trắng sữa Tròn, trắng đục Không định hình, hồng nhạt Tròn, vàng cam Tròn, trắng sữa, có chấm trắng tâm Tròn nhỏ, trắng sữa Tròn, vàng cam Tròn, vàng chanh Tròn trắng sữa Không định hình, hồng nhạt Không định hình, trắng đục Tròn, vàng nhạt Tròn to, trắng đục Tròn to, trắng đục Tròn nhỏ, vàng nhạt Tròn, mép trắng đục, tâm trắng Tròn nhỏ, trắng sữa Tròn, trắng đục, tâm hoi vàng Tròn, trắng đục, tâm trắng đậm Không định hình, trắng Tròn, vàng chanh Không định hình, trắng đục có gợn Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 65 Trình tự gen 16S rARN Chủng vi khuẩn P.2.5.1: AGCGGTAGCACAGAGGAGCTTGCTCCTTGGGTGACGAGCGGCGGACG GGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGGATAACTACTG GAAACGGTAGCTAATACCGCATAACCTCGCAGGAGCAAAGAGGGGG ACCTTAGGGCCTCTCGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGATTAGCTAGT AGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGCTGGTCTGAG AGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACG GGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGCCTGATGCA GCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGCACTTTC AGCGAGGAGGAAGGCGGTAAGGTTAATAACCTTATCGATTGACGTTA CTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATGACTGGGCGTAAAGCGCACG CAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCTTAACCTGGG AACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAGTCTTGTAGAGGGGGGTAGA ATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGG TGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAGGTGCGAAAG CGTGTGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAA CGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTTCCGGAGCTA ACGCGTTGAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTAAGACT CAAAT Chủng vi khuẩn P.2.6.1: TAGAGTTTGATCATGCTCAGATTGAACGCTGGCGGCAGGCCTAACAC ATGCAAGTCGAGCGGTAGCACAGAAGAGCTTGCTCTTTGGGTGACGA GCGGCGGACGGGTGAGTAATGTCTGGGAAACTGCCTGATGGAGGGGA TAACTACTGGAAACGGTAGCTAATACCGCATAACCTCGCAAGAGCAA AGAGGGGGACCTTMGGGCCTCTCGCCATCAGATGTGCCCAGATGGGA TTAGCTAGTAGGTGAGGTAATGGCTCACCTAGGCGACGATCCCTAGC TGGTCTGAGAGGATGACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAG Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 66 ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAG CCTGATGCAGCCATGCCGCGTGTGTGAAGAAGGCCTTCGGGTTGTAA AGCACTTTCAGCGAGGAGGAAGGCGGTAAGGTTAATAACCTTATCGA TTGACGTTACTCGCAGAAGAAGCACCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGC CGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCGTTAATCGGAATGACTGGGCGTA AAGCGCACGCAGGCGGTCTGTTAAGTTGGATGTGAAATCCCCGGGCT TAACCTGGGAACTGCATTCAAAACTGACAGGCTAGAGTCTTGTAGAG GGGGGTAGAATTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAG GAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAGACTGACGCTCAG GTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCA CGCTGTAAACGATGTCGATTTGGAGGTTGTGCCCTTGAGGCGTGGCTT CCGGAGCTAACGCGTTAAATCGACCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAG GTTAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCA TGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTACTCTTGACAT CCACAGAATTTGGTAGAGATACCTTAGTGCCTTCGGGAACTGTGAGA CAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTGTGAAATGTTGGGTTA AGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTTGTTGCCAGCGATTTCGG TCGGGAACTCAAAGGAGACTGCCGGTGATAAACCGGAGGAAGGTGG GGATGACGTCAAGTCATCATGGCCCTTACGAGTAGGGCTACACACGT GCTACAATGGCGTATACAAAGAGAAGCGACCTCGCGAGAGCAAGCG GACCTCATAAAGTACGTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTCGACT CCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAGATCAGAATGCTACGGTG AATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGT GGGTTGCATAAGAAGTAGGTAGCTTAACCTTCGGGAGGCCGCTTACC ACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAG GAGAACCTGCGGTTGGATCACCTCCTTACCAAGAAGATGTGTGTTAA GTGAA Chủng vi khuẩn nội sinh 1.13: ATACATCGGAACGTGCCCAATCGTGGGGGATAACGCAGCTGAAAGCT GTGCTAATACCGCATACGATCTACGGATGAAAGCAGGGGATCGCAAG Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 67 ACCTTGCGCGAATGGAGCGGCCGATGGCAGATTAGGTAGTTGGTGAG GTAAAGGCTCACCAAGCCTTCGATCTGTAGCTGGTCTGAGAGGACGA CCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCA GCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCCATGC CGCGTGCAGGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAACTGCTTTTGTACGGA ACGAAACGGCCTTTTCTAATAAAGAGGGCTAATGACGGTCCGTAGAA TAAGCACCGGCTAACTACGTGCCACAGCCGCGGTATACGTAGGGTGC AAGCGTTATCGGAATTACTGGGCGTAAGCGTGCGCAGGCGGTATGTA AGACAGTTGTGAAATCCCCGGGCTCACCTGGGAACTGCATCTGTGAC TGCATTGCTGGATACGGCACAGGG Chủng vi khuẩn nội sinh 1.6: ATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACAT TTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACTTA TGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCAC CAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTG GGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAA TCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGA TGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTG CTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCAC GGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGT TATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGTTTCTTAAGTC TGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGG GAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTG AAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCT GGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAA Chủng vi khuẩn nội sinh 2.7: TCTTCACTGACTCAGTAACGAAGCTAACGCGTGAAGTTGACCGCCTG GGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACC Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 68 CGCACAAGCGGTGGATGATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAAAA CCTTACCCACCTTTGACATGTACGGAATTCGCCAGAGATGGCTTAGTG CTCGAAAGAGAACCGTAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTC ATTAGTTGCTACATTTAGTTGGGCACTCTAATGAGACTGCCGGTGACA AACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTATAG GTGGGGCTACACACGTCATACAATGGCTGGTACAAAGGGTTGCCAAC CCGCGAGGGGGAGCTAATCCCATAAAACCAGTCGTAGTCCGGATCGC AGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGGA TCAGAATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCG TCACACCATGGGAGCGGGTTCTGCTCAGAAGTAG Chủng vi khuẩn nội sinh 2.8: GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGTCCATTACTGACGC TGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCACGCCGTAAACGATGAATGTTAGCCGTCGGGCAGTATACTGTTCG GTGGCGCAGCTAACGCATTAAACATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGC AAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGG AGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAACCTTACCAGCTCTTG ACATTCGGGGTTTGGGCAGTGGAGACATTGTCCTTCAGTTAGGCTGGC CCCAGAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGT TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCTTAGTTGCCAGC ATTTAGTTGGGCACTCTAAGGGGACTGCCGGTGATAAGCCGAGAGGA AGGTGGGGATGACGTCAAGTCCTCATGGCCCTTACGGGCTGGGCTAC ACACGTGCTACAATGGTGGTGACAGTGGGCAGCGAGACAGCGATGTC GAGCTAATCTCCAAAAGCCATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTC GAGTGCATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGC GGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACA Chủng vi khuẩn nội sinh 6.4: GCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGT Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 69 AACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATAC CGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCG GCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGT AACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATC GGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGC AGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCG CGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAA GAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCA GAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT GGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGT TTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATT GGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAG GCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGA GCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGT GCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATT Chủng vi khuẩn nội sinh 7.1: GCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGT AACCTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATAC CGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATTGAAAGGCGGCTTCG GCTGTCACTTATGGATGGACCCGCGTCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGT AACGGCTCACCAAGGCAACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATC GGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGC AGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCG CGTGAGTGATGAAGGCTTTCGGGTCGTAAAACTCTGTTGTTAGGGAA GAACAAGTGCTAGTTGAATAAGCTGGCACCTTGACGGTACCTAACCA GAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGT GGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGTGGT TTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTCAACCGTGGAGGGTCATT GGAAACTGGGAGACTTGAGTGCAGAAGAGGAAAGTGGAATTCCATGT Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 70 GTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAG GCGACTTTCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGA GCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGT GCTAAGTGTTAGAGGGTTTCCGCCCTTTAGTGCTGAAGTTAACGCATT AAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACT Học viện Nông nghiệp Việt Nam – Luận văn Thạc sỹ Khoa học Nông nghiệp Page 71 [...]... chứng bệnh cho cây Theo các nghiên cứu gần đây, một nhóm vi khuẩn có khả năng phân hủy AHLs qua cơ chế quorum quenching (QQ) đã được sử dụng trong phòng trừ sinh học bệnh thực vật (Esmaeil Mahmoudi et al., 2011) Do vậy, tôi tiến hành chọn nghiên cứu đề tài Nghiên cứu sử dụng vi khuẩn nội sinh có khả năng phân hủy N-acyl-L-homoserine lactones (AHLs) trong phòng trừ bệnh thối nhũn khoai tây do vi khuẩn Erwinia. .. vật và vi khuẩn nội sinh 1.4 Tình hình nghiên cứu sử dụng vi khuẩn nội sinh phòng bệnh thối nhũn 1.4.1 Tình hình nghiên cứu ở Vi t Nam Ở nước ta, hiện chưa có nghiên cứu nào về cơ chế gây bệnh của vi khuẩn thối nhũn cũng như sử dụng các chủng vi khuẩn nội sinh đối kháng để phân hủy AHLs của vi khuẩn gây bệnh trong phòng trừ bệnh thối nhũn do vi khuẩn gây hại cây trồng Trong lĩnh vực thủy sản, TS Nguyễn... Erwinia carotovora subsp carotovora ” 2 Mục tiêu nghiên cứu - Phân lập và định danh được các chủng vi khuẩn nội sinh phân hủy AHLs có khả năng ức chế sự phát triển của vi khuẩn thối nhũn từ khoai tây - Thử nghiệm các chủng vi khuẩn nội sinh để phòng trừ bệnh thối nhũn khoai tây do vi khuẩn Erwinia carotovora subsp carotovora 3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài - Đề tài tập trung khai thác tiềm năng. .. cà chua - Nội dung 3: Tuyển chọn các chủng vi khuẩn nội sinh có khả năng phân hủy AHLs trong điều kiện in vitro và in vivo - Nội dung 4: Đánh giá khả năng ức chế sự phát triển của vi khuẩn gây bệnh thối nhũn và triệu chứng bệnh trên lát cắt củ khoai tây của vi khuẩn nội sinh - Nội dung 5: Phân loại, đánh giá mức độ an toàn sinh học của các chủng vi khuẩn nội sinh - Nội dung 6: Đánh giá khả năng tồn... là chủng vi khuẩn biểu mô Erwinia herbicola Eh252 có khả năng ức chế vi khuẩn gây bệnh thối nhũn do sản sinh một loại kháng sinh có gốc peptide Khi lây nhiễm chủng vi khuẩn này trên lát khoai tây và cà rốt trước khi nhiễm vi khuẩn gây bệnh, biểu hiện bệnh thối nhũn giảm đáng kể so với đối chứng (VannesteJ.L et al., 1998) Trong những năm gần đây phòng trừ sinh học bệnh thối nhũn do vi khuẩn sử dụng các... tự, vi khuẩn nội sinh trong một quần thể hoạt động giống như các tác nhân phòng trừ sinh học Sturz và Matheson (1996) chỉ ra rằng kháng với sự phát triển bệnh thối nhũn do vi khuẩn Erwinia carotovora var atroseptica ở củ khoai tây có tương quan với mật độ quần thể vi khuẩn nội sinh trong củ khoai tây, gây ức chế sinh trưởng mầm bệnh in vitro Chen và cộng sự cũng chỉ ra rằng trong số 170 chủng vi khuẩn. .. vi khuẩn nội sinh ức chế sự phát triển của vi khuẩn gây bệnh thối nhũn, làm rõ cơ chế tương tác giữa vi khuẩn nội sinh và vi khuẩn gây bệnh thông qua phá hủy mạng lưới QS Vấn đề này không chỉ có ý nghĩa khoa học đối với một loại bệnh nhất định trên cây trồng mà còn giúp tạo cơ sở để nghiên cứu điều trị các bệnh trên người do vi khuẩn phụ thuộc tín hiệu QS gây ra - Ứng dụng vi khuẩn nội sinh phòng trừ. .. chủng vi khuẩn chỉ thị VIR07 không chuyển màu tím (màu của khuẩn lạc vi khuẩn) Hình 2.2 Thí nghiệm thử khả năng sản sinh AHLs của vi khuẩn 2.3.2 Phương pháp nghiên cứu vi khuẩn nội sinh 2.3.2.1 Vật liệu nghiên cứu Tổng số 25 mẫu củ khoai tây sạch bệnh thu thập từ các chợ đầu mối trên địa bàn Hà Nội và các vùng trồng khoai tây ở Thường Tín, Đông Anh 2.3.2.2 Phương pháp phân lập vi khuẩn nội sinh Phân. .. chủng vi khuẩn nội sinh bên trong mô cây chủ 2.3 Phương pháp nghiên cứu 2.3.1 Phương pháp nghiên cứu vi khuẩn gây bệnh thối nhũn khoai tây Erwinia carotovora subsp carotovora 2.3.1 1 Điều tra và thu thập mẫu bệnh Mẫu khoai tây bị bệnh thối nhũn được thu thập từ các chợ đầu mối trên địa bàn Hà Nội và trên các cánh đồng trồng khoai tây khu vực Thường Tín, Đông Anh, Sóc Sơn Học vi n Nông nghiệp Vi t Nam... chủng vi khuẩn gây bệnh sản sinh AHLs: Erwinia carotovora subsp carotovora (Ecc) gây bệnh thối nhũn khoai tây và Burkholderia glumae (Bg) gây bệnh đen lép hạt lúa - Chủng vi khuẩn chỉ thị Chromobacterium violaceum CV026 và VIR07 có khả năng phản ứng với các phân tử AHLs và hình thành sắc tố màu tím (violacein) 2.1.3 Môi trường sử dụng trong nghiên cứu 2.1.3.1 Môi trường phân lập và nuôi cấy vi khuẩn